genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58408334--58408803	190	2.5	190	99	0	931	32	8	28	30	1.87
58408977--58409055	37	2.1	37	86	4	106	25	18	29	26	1.98
58410753--58410858	40	2.6	40	82	5	124	33	27	15	24	1.95
58412276--58412313	20	1.9	19	85	15	51	36	0	13	50	1.42
58416106--58416346	39	6.2	39	94	0	392	12	28	23	36	1.90
58425214--58425252	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
58427179--58427496	49	6.4	49	76	4	298	26	18	25	28	1.98
58427224--58427496	98	2.8	98	92	2	422	26	17	26	29	1.98
58427275--58427554	98	2.9	97	86	4	269	26	16	27	29	1.97
58430919--58430978	29	2.1	29	81	3	68	45	1	23	30	1.63
58431856--58431965	57	1.9	57	98	0	211	27	13	16	42	1.85
58432921--58433014	42	2.2	42	92	0	152	23	26	29	20	1.99
58436065--58436124	25	2.4	25	91	0	93	23	23	21	31	1.98
58439009--58439115	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
58444957--58445141	79	2.3	81	83	7	227	24	21	27	26	1.99
58444960--58445141	40	4.6	40	82	6	219	24	21	28	25	1.99
58445010--58445164	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	26	1.99
58452976--58453157	79	2.3	81	83	7	230	25	21	27	25	2.00
58452976--58453157	40	4.6	39	81	9	199	25	21	27	25	2.00
58453026--58453190	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
58455744--58455773	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
58455985--58456266	50	5.6	50	76	5	246	32	24	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58456910--58456949	16	2.5	16	95	0	71	45	15	5	35	1.68
58463450--58463480	7	4.4	7	95	0	53	12	9	45	32	1.75
58474047--58474206	42	3.8	41	73	6	124	18	22	15	43	1.87
58474124--58474164	21	2.0	21	85	0	55	14	19	19	46	1.84
58476601--58476646	24	1.9	24	95	0	83	43	26	2	28	1.66
58478212--58478247	18	1.9	19	88	5	56	50	16	0	33	1.46
58479080--58479121	21	2.0	21	100	0	84	42	14	9	33	1.78
58479394--58479432	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
58481393--58481433	21	2.0	21	85	9	57	63	14	12	9	1.52
58483349--58483425	39	2.0	39	97	0	145	31	18	23	27	1.97
58483587--58483757	43	4.0	42	74	8	141	26	15	24	33	1.95
58491943--58491981	19	2.0	20	90	10	62	33	5	28	33	1.79
58501471--58501659	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
58501498--58501696	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.42
58501460--58501752	120	2.4	120	92	2	482	41	3	4	50	1.39
58501533--58501720	61	3.1	61	69	17	183	42	2	6	49	1.40
58501585--58501636	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
58501971--58502038	16	4.2	16	96	0	127	39	35	0	25	1.56
58502481--58502506	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58508121--58508161	18	2.3	18	82	0	55	39	14	4	41	1.67
58508362--58508442	23	3.6	23	79	3	101	35	22	25	16	1.94
58515119--58515153	18	2.0	17	94	5	61	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58517647--58517814	43	3.9	42	79	6	176	27	27	17	26	1.97
58517647--58517814	85	2.0	86	84	1	221	27	27	17	26	1.97
58517670--58517865	85	2.3	83	81	6	207	27	29	15	28	1.96
58522921--58522974	22	2.4	22	90	3	81	51	20	1	25	1.57
58522925--58523001	22	3.6	22	80	3	68	46	25	2	24	1.65
58522964--58523015	14	3.7	14	78	0	59	44	30	1	23	1.64
58522957--58522997	21	1.9	22	85	5	57	41	34	0	24	1.55
58523140--58523196	21	2.7	22	75	8	55	43	26	1	28	1.65
58523192--58523292	36	2.8	36	84	0	121	40	34	0	23	1.62
58523230--58523271	21	2.0	22	90	4	68	42	30	0	26	1.55
58523253--58523287	15	2.4	14	90	4	52	48	31	0	20	1.50
58523211--58523350	14	9.7	14	69	11	59	43	30	2	23	1.66
58524616--58524757	41	3.5	40	77	2	140	23	19	17	39	1.92
58524770--58524809	12	3.3	12	89	0	62	50	30	10	10	1.69
58530291--58530368	41	2.0	40	84	5	104	24	23	19	33	1.97
58531187--58531219	7	4.7	7	96	0	57	54	30	0	15	1.41
58531180--58531219	14	2.8	13	85	14	53	52	30	0	17	1.45
58532182--58532245	33	2.0	33	96	3	121	14	28	25	32	1.94
58532688--58532737	22	2.2	23	85	3	66	40	20	20	20	1.92
58533491--58533763	137	2.0	137	95	0	492	38	15	10	35	1.82
58535169--58535341	46	3.7	46	79	10	208	22	20	26	30	1.98
58535166--58535336	93	1.8	93	92	0	288	22	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58535566--58535603	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58542748--58542919	46	3.7	46	79	11	199	22	20	27	29	1.98
58543144--58543181	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58546528--58546574	12	4.2	11	79	12	51	72	2	0	25	0.96
58546809--58546897	44	2.0	44	97	0	169	46	3	4	46	1.40
58548231--58548352	57	2.1	57	83	3	147	32	15	18	33	1.92
58548248--58548378	57	2.3	57	82	0	154	30	16	20	32	1.94
58549852--58549908	22	2.6	22	85	0	78	19	29	31	19	1.96
58551058--58551161	52	2.0	52	96	0	190	30	19	11	38	1.87
58552947--58553139	40	4.8	40	92	1	300	23	30	24	21	1.99
58561212--58561396	40	4.7	40	88	2	266	23	28	24	23	2.00
58566157--58566199	21	2.1	20	86	4	59	37	0	16	46	1.47
58566672--58566869	57	3.5	57	81	10	181	28	18	20	31	1.97
58569810--58569890	26	3.0	26	69	13	65	41	1	19	37	1.60
58571633--58571687	26	2.1	26	96	0	101	27	23	16	32	1.96
58571757--58571840	20	4.2	20	80	11	91	36	15	34	13	1.86
58571757--58571862	40	2.6	39	80	7	97	35	16	33	15	1.89
58579225--58579265	20	2.0	20	100	0	82	19	9	19	51	1.74
58589092--58589137	19	2.4	20	78	10	60	63	0	17	19	1.32
58589100--58589135	18	1.9	19	88	5	56	66	0	16	16	1.25
58595220--58595244	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
58596982--58597007	8	3.2	8	100	0	52	50	0	11	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58599969--58600138	92	1.8	93	86	3	245	28	30	20	21	1.98
58626128--58626211	43	2.0	43	87	0	123	21	17	32	28	1.96
58630499--58630624	28	4.5	28	94	1	209	32	29	12	25	1.93
58630498--58630649	28	5.4	28	89	3	173	32	29	12	25	1.92
58637489--58637533	22	2.0	22	100	0	90	24	22	8	44	1.81
58644883--58644963	27	3.0	27	83	0	108	32	16	22	29	1.95
58644973--58645125	27	5.7	26	80	7	146	40	21	9	28	1.85
58644946--58645102	54	2.9	53	78	11	165	39	20	10	29	1.86
58644973--58645125	54	2.8	52	80	6	171	40	21	9	28	1.85
58645144--58645259	27	4.3	27	79	7	110	45	17	6	30	1.74
58645125--58645244	54	2.2	53	79	8	127	45	18	6	30	1.75
58645050--58645215	90	1.8	90	82	5	210	42	18	9	29	1.81
58645154--58645296	55	2.6	54	79	9	139	44	16	7	32	1.76
58645248--58645304	27	2.1	28	90	3	89	40	12	7	40	1.70
58645566--58645689	41	3.0	41	81	0	167	18	20	32	28	1.97
58645829--58645893	22	3.0	22	75	8	60	21	24	23	30	1.99
58646096--58646143	22	2.2	22	88	0	69	10	20	27	41	1.85
58651898--58652023	27	4.7	26	81	6	135	27	17	26	27	1.98
58651897--58652023	54	2.3	54	82	11	152	28	17	26	27	1.98
58659908--58660033	27	4.7	26	81	6	135	27	17	26	27	1.98
58659907--58660033	54	2.3	54	82	11	152	28	17	26	27	1.98
58672376--58672405	13	2.3	13	100	0	60	46	0	6	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58675325--58675383	30	2.0	30	83	6	75	22	62	8	6	1.47
58675412--58675463	18	2.9	18	80	5	61	34	55	0	9	1.32
58675412--58675470	30	2.0	30	89	0	91	32	55	0	11	1.36
58675454--58675489	15	2.4	15	85	0	54	33	55	0	11	1.35
58675418--58675507	18	5.0	18	73	8	76	32	56	1	10	1.40
58675472--58675561	42	2.1	42	85	0	117	24	56	6	12	1.59
58675484--58675585	42	2.4	42	86	0	141	22	58	6	11	1.56
58675535--58675599	30	2.2	30	83	5	78	21	60	6	12	1.54
58675601--58675960	60	6.0	60	91	0	549	19	56	10	13	1.65
58675685--58675960	30	9.2	30	63	25	111	20	57	9	13	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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