genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  162  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54118457--54118616	9	16.7	9	67	16	81	64	2	2	30	1.20
54118482--54118536	21	2.7	21	80	5	60	58	0	1	40	1.09
54118523--54118626	20	5.2	20	69	11	61	65	3	3	26	1.27
54118456--54118625	30	5.8	30	70	13	106	64	2	2	29	1.22
54118542--54118626	10	8.6	10	71	16	52	67	4	3	24	1.26
54118799--54118928	38	3.4	36	70	18	104	26	5	1	66	1.22
54118821--54118876	20	2.8	22	79	15	59	26	7	0	66	1.18
54119137--54119429	91	3.2	90	83	11	327	40	6	17	35	1.76
54123199--54123247	23	2.1	23	100	0	98	28	18	8	44	1.78
54133054--54133333	2	140.0	2	66	21	117	42	6	4	46	1.51
54133057--54133184	11	11.9	11	72	20	60	40	9	2	47	1.48
54133236--54133318	23	3.6	23	71	21	66	43	7	2	46	1.44
54133233--54133334	27	3.7	26	73	21	75	43	6	2	47	1.45
54133051--54133333	94	3.0	93	73	19	271	42	6	4	45	1.52
54147532--54147557	11	2.4	11	100	0	52	46	30	7	15	1.74
54155353--54155524	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
54155346--54155521	46	3.8	46	77	14	200	29	28	20	21	1.98
54162928--54163099	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
54162929--54163096	46	3.6	46	77	15	193	29	28	20	20	1.98
54170022--54170272	68	3.8	65	74	14	201	24	29	16	30	1.96
54172026--54172056	15	2.1	15	93	0	53	12	0	3	83	0.75
54179280--54179449	40	4.3	39	85	5	225	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54179306--54179504	79	2.5	78	78	6	184	27	28	19	25	1.98
54187486--54187708	119	1.9	120	84	8	303	26	27	21	24	1.99
54187465--54187708	40	6.1	40	85	5	291	26	27	21	24	1.99
54191411--54191436	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
54191790--54191841	13	3.8	13	73	9	50	44	7	3	44	1.51
54191791--54191850	28	2.1	28	100	0	120	36	8	6	48	1.60
54191804--54191851	15	3.3	15	71	11	55	35	8	8	47	1.64
54192257--54192290	14	2.4	14	90	9	52	41	0	0	58	0.98
54192306--54192421	33	3.3	35	82	11	116	50	0	2	46	1.15
54196523--54196601	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
54202117--54202220	38	2.7	38	81	8	131	25	21	21	32	1.98
54202130--54202249	38	3.1	38	81	2	114	24	20	20	34	1.97
54203409--54203543	60	2.2	60	80	6	139	25	25	20	28	1.99
54203548--54203590	19	2.3	19	84	8	52	34	25	18	20	1.96
54207643--54207686	18	2.4	18	88	7	63	25	50	9	15	1.74
54211572--54211614	11	3.9	11	81	0	50	60	6	0	32	1.23
54212099--54212140	12	3.4	12	80	6	57	80	7	11	0	0.88
54213246--54213675	74	5.7	74	85	4	530	32	20	16	31	1.94
54213246--54213675	148	2.9	149	86	5	600	32	20	16	31	1.94
54213777--54213943	68	2.6	63	81	6	167	28	27	16	26	1.97
54214266--54214299	17	1.9	18	88	5	52	5	20	29	44	1.75
54223809--54223895	19	4.3	19	68	24	61	56	5	5	32	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54224155--54224226	24	3.1	23	77	16	60	56	5	2	34	1.37
54224184--54224226	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
54224710--54224751	12	3.4	12	80	6	57	80	7	11	0	0.88
54231286--54231325	21	1.9	21	84	0	53	45	0	5	50	1.23
54232752--54232994	132	1.8	132	89	0	378	39	19	16	24	1.92
54240053--54240110	26	2.2	26	96	0	107	48	22	22	6	1.74
54241059--54241101	11	4.0	11	75	6	52	16	2	4	76	1.05
54242824--54242945	6	19.8	6	70	14	79	47	13	19	18	1.82
54242847--54242917	19	3.8	19	72	10	74	43	15	22	18	1.87
54242836--54242922	37	2.4	37	86	0	120	43	14	21	19	1.87
54242847--54242941	19	4.7	19	64	21	50	45	15	20	18	1.86
54243063--54243156	27	3.5	26	84	5	125	34	21	24	20	1.97
54243344--54243407	22	2.9	21	73	17	58	32	21	25	20	1.97
54243794--54244225	27	16.0	27	85	1	544	26	19	17	35	1.95
54246301--54246410	6	17.8	6	70	12	71	48	11	19	20	1.80
54246313--54246401	19	4.8	18	76	13	74	46	12	20	21	1.83
54246301--54246410	31	3.5	31	71	9	89	48	11	19	20	1.80
54246301--54246382	37	2.2	37	86	0	110	48	10	20	19	1.79
54246528--54246662	27	5.0	26	82	4	126	35	20	22	21	1.96
54246528--54246662	54	2.5	53	79	5	146	35	20	22	21	1.96
54246832--54246883	22	2.3	23	75	15	56	28	21	26	23	1.99
54247274--54247732	27	17.0	27	86	2	537	26	18	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54252243--54252322	40	2.0	40	97	0	151	22	21	20	36	1.95
54252707--54252814	55	2.0	55	81	3	128	31	28	22	17	1.97
54256520--54256697	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
54256541--54256696	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
54266104--54266183	6	13.2	6	89	4	117	16	1	2	80	0.90
54293739--54293996	38	6.8	38	83	3	313	32	24	21	22	1.98
54293734--54293996	76	3.5	76	86	1	348	32	25	20	21	1.98
54293739--54293996	114	2.3	114	88	0	381	32	24	21	22	1.98
54298938--54299170	38	6.1	38	88	0	331	32	24	21	22	1.98
54302125--54302174	16	3.1	16	97	0	91	40	0	26	34	1.56
54303336--54303475	6	22.8	6	74	12	115	48	15	17	17	1.81
54303348--54303475	31	4.4	30	75	16	126	47	16	17	17	1.83
54303336--54303453	55	2.1	55	85	3	157	48	15	18	17	1.82
54303590--54303649	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
54303976--54304490	27	19.2	27	87	2	662	40	6	21	31	1.78
54304470--54304530	27	2.3	27	88	0	86	31	6	16	45	1.73
54304485--54304636	54	2.8	53	77	6	146	29	8	21	40	1.82
54304497--54304636	27	5.2	26	73	12	104	29	8	20	41	1.82
54311712--54311794	41	2.0	41	93	4	141	39	4	20	34	1.74
54314469--54314540	33	2.1	34	94	2	128	52	16	12	18	1.74
54315743--54315814	21	3.3	20	68	24	56	25	22	11	41	1.86
54315719--54315851	45	3.0	45	89	1	196	23	23	12	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54315757--54315828	22	3.2	22	70	18	76	25	22	11	41	1.86
54330337--54330477	67	2.0	67	81	8	158	21	29	19	30	1.97
54339031--54339099	36	1.9	36	90	0	111	27	20	24	27	1.99
54342035--54342128	40	2.4	38	83	7	116	30	13	25	29	1.94
54346935--54347001	27	2.5	27	88	7	100	41	20	22	14	1.89
54347138--54347201	26	2.4	27	86	2	85	31	12	23	32	1.92
54347450--54347480	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
54350754--54350788	18	1.9	18	88	0	52	31	14	17	37	1.89
54353131--54353183	21	2.5	21	81	0	61	32	9	35	22	1.86
54356353--54356591	47	5.0	47	87	5	338	27	28	7	35	1.85
54356417--54356492	22	3.3	22	66	16	64	25	31	10	32	1.89
54356342--54356595	96	2.7	96	88	6	365	27	28	7	35	1.85
54361093--54361132	21	1.9	21	85	10	55	55	7	10	27	1.60
54367641--54367680	20	2.1	19	85	4	53	45	17	5	32	1.70
54369324--54369450	33	3.7	33	82	8	164	32	21	19	26	1.97
54381287--54381507	40	5.6	40	81	3	241	25	23	26	24	2.00
54386668--54386737	29	2.4	29	85	4	88	27	15	17	40	1.90
54408303--54408450	6	24.3	6	82	10	185	48	14	18	18	1.81
54408360--54408475	24	4.7	25	91	3	132	47	14	19	18	1.83
54408869--54409197	27	12.2	27	88	0	424	40	6	22	31	1.78
54409203--54409262	26	2.3	27	88	2	86	31	10	16	41	1.81
54412229--54412282	18	3.0	18	91	0	90	48	12	18	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54412590--54412804	27	8.0	26	81	2	162	41	19	12	26	1.87
54412622--54412804	27	6.8	26	81	6	195	41	17	12	28	1.86
54412597--54412804	54	3.9	52	82	4	229	41	18	12	27	1.87
54412609--54412804	81	2.4	80	84	6	254	40	18	11	28	1.86
54416136--54416172	18	2.1	18	94	0	65	43	18	18	18	1.89
54416506--54416698	27	7.1	27	77	1	136	42	20	12	24	1.87
54416508--54416724	27	8.0	26	69	19	97	43	19	13	23	1.86
54416483--54416724	54	4.5	54	80	5	249	42	19	13	24	1.87
54419131--54419256	45	2.8	45	84	5	159	30	13	22	34	1.92
54423590--54423635	22	2.1	22	95	0	83	41	6	32	19	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344