genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32948160--32948290	43	3.0	43	79	8	149	31	26	16	25	1.96
32951224--32951289	29	2.3	29	84	5	80	40	36	1	21	1.62
32951240--32951301	29	2.1	29	93	0	106	37	38	0	24	1.56
32952530--32952571	12	3.5	12	78	9	50	35	0	7	57	1.26
32952654--32952709	23	2.5	22	79	2	58	35	5	7	51	1.52
32953035--32953226	47	4.1	46	74	19	157	33	3	5	57	1.39
32953034--32953354	25	13.9	23	72	17	188	34	4	5	56	1.42
32953027--32953228	95	2.2	89	81	10	219	33	3	5	56	1.40
32953204--32953282	31	2.5	30	84	11	97	36	2	5	55	1.35
32953296--32953356	26	2.4	25	78	13	70	37	6	3	52	1.44
32955618--32955993	75	4.9	74	77	13	334	32	15	18	33	1.92
32956013--32956048	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
32955957--32956166	88	2.4	87	80	4	226	29	13	20	36	1.91
32956697--32956760	29	2.2	29	97	0	119	35	40	0	23	1.55
32957481--32957600	6	19.3	6	68	19	68	49	15	15	19	1.80
32957465--32957600	31	4.4	31	80	3	132	50	15	15	19	1.79
32957737--32957838	27	3.8	27	84	7	118	36	20	24	18	1.95
32957996--32958060	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32958505--32958735	27	8.6	27	87	1	311	23	20	20	35	1.96
32958755--32959306	27	20.3	27	81	4	378	31	8	19	40	1.82
32958827--32959306	27	17.7	26	82	5	483	31	8	19	40	1.82
32959663--32959707	20	2.1	22	84	8	58	33	2	4	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32959663--32959730	22	3.1	22	76	14	59	35	1	5	57	1.32
32959668--32959770	31	3.5	30	77	16	108	33	1	7	56	1.39
32964509--32964691	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
32964488--32964691	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
32977400--32977583	40	4.6	40	80	10	180	25	27	22	24	2.00
32977400--32977531	40	3.3	40	90	3	187	26	28	21	24	1.99
32977428--32977584	79	2.0	80	82	6	194	25	28	22	24	2.00
32997936--32997962	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
33005515--33005566	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
33011638--33011668	15	2.1	15	93	0	53	58	38	0	3	1.15
33012323--33012759	50	8.9	50	82	4	503	24	27	19	28	1.99
33014047--33014102	28	2.0	29	85	3	78	33	8	26	30	1.87
33016076--33016130	2	27.5	2	100	0	110	50	49	0	0	1.00
33018927--33018959	16	1.9	18	88	11	52	60	0	3	36	1.12
33018847--33018985	27	5.2	27	74	14	110	57	2	3	35	1.31
33019762--33019805	20	2.1	21	87	8	63	65	13	4	15	1.41
33020548--33020710	45	3.6	45	77	4	168	27	23	19	29	1.98
33020772--33020988	44	5.0	43	68	12	111	29	18	23	29	1.98
33020712--33021032	88	3.7	88	86	2	416	28	18	22	30	1.97
33020743--33021067	88	3.7	88	86	3	329	28	18	23	29	1.98
33021045--33021154	44	2.5	44	80	2	123	27	21	20	30	1.98
33024187--33024363	55	3.2	55	90	0	255	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33024187--33024338	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	28	1.94
33042091--33042117	12	2.2	12	100	0	54	14	51	22	11	1.73
33043573--33043749	27	6.5	27	81	5	169	28	28	16	26	1.97
33043593--33043748	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
33051567--33051742	27	6.6	26	81	6	156	28	27	15	27	1.96
33051567--33051742	54	3.3	53	82	6	194	28	27	15	27	1.96
33051588--33051741	81	1.9	80	86	6	222	28	27	16	27	1.97
33055470--33055734	40	6.6	40	90	0	395	24	28	23	23	1.99
33057016--33057161	37	3.9	37	95	0	247	26	30	19	23	1.98
33057364--33057557	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
33057457--33057528	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
33077942--33078134	55	3.6	53	77	9	178	36	17	23	22	1.95
33090142--33090177	14	2.6	14	100	0	72	25	36	8	30	1.85
33101538--33101565	13	2.2	13	100	0	56	14	14	28	42	1.84
33101996--33102026	15	2.1	15	94	5	55	35	29	22	12	1.91
33103836--33103877	19	2.2	19	91	8	68	30	0	2	66	1.04
33104617--33104645	15	1.9	15	100	0	58	31	6	20	41	1.79
33106426--33106618	40	4.8	40	82	2	235	35	15	27	21	1.93
33109412--33109449	19	2.0	19	85	10	51	2	36	0	60	1.11
33125784--33125841	31	2.0	29	83	12	75	34	44	6	13	1.71
33130409--33130535	47	2.7	47	83	9	154	25	27	18	27	1.98
33138068--33138194	50	2.6	50	81	7	145	21	27	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33138170--33138242	24	3.0	24	95	0	128	23	26	19	31	1.98
33138230--33138342	46	2.5	44	81	9	129	29	25	16	28	1.97
33140060--33140107	21	2.3	21	85	0	60	22	20	41	14	1.89
33145335--33145365	15	2.1	15	100	0	62	25	19	6	48	1.72
33146245--33146307	26	2.5	27	85	10	80	65	3	6	25	1.32
33148431--33148502	26	2.8	24	76	12	72	61	8	2	27	1.39
33148809--33148846	2	19.0	2	94	0	67	47	2	0	50	1.15
33154076--33154137	25	2.5	25	86	0	88	22	22	24	30	1.99
33155744--33155867	43	2.9	43	82	5	128	23	18	29	28	1.98
33157230--33157254	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
33159096--33159228	51	2.9	44	75	13	124	27	18	26	27	1.98
33160659--33160717	23	2.6	23	88	0	100	13	28	33	23	1.93
33161181--33161235	27	2.0	27	96	0	101	38	7	20	34	1.80
33163584--33163828	49	4.9	49	82	4	303	29	26	17	25	1.97
33163745--33163821	26	3.1	26	62	24	65	32	27	14	25	1.94
33177821--33177999	29	6.1	29	78	7	175	24	25	12	37	1.91
33177821--33177999	59	3.1	56	79	7	171	24	25	12	37	1.91
33180626--33180679	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
33180680--33180768	27	3.3	27	85	0	115	22	20	21	35	1.96
33186290--33186340	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
33186995--33187138	27	5.4	27	81	1	146	23	21	18	36	1.95
33186995--33187137	54	2.7	54	84	3	182	23	20	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33192437--33192532	41	2.4	41	87	1	140	37	20	17	23	1.94
33192465--33192559	20	4.6	20	67	7	64	34	17	21	26	1.95
33197530--33197757	48	4.8	48	79	7	234	21	29	22	27	1.99
33197527--33197763	96	2.5	96	85	5	318	21	28	21	27	1.99
33200548--33200578	14	2.2	14	100	0	62	38	12	6	41	1.69
33202744--33202970	48	4.7	48	79	5	228	22	28	21	27	1.99
33202740--33202969	96	2.4	96	86	2	311	23	27	20	28	1.99
33207314--33207346	17	1.9	17	93	0	57	30	9	0	60	1.27
33209492--33209599	32	3.3	32	78	11	103	39	7	10	42	1.67
33214073--33214113	9	4.8	9	85	8	59	65	0	0	34	0.93
33214077--33214109	17	1.9	17	100	0	66	69	0	0	30	0.88
33217506--33217830	140	2.3	140	85	2	429	28	21	19	31	1.97
33222151--33222328	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
33222172--33222327	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33224629--33224768	27	5.2	26	86	3	118	28	11	20	39	1.87
33224670--33224772	54	1.9	53	90	5	163	29	7	22	40	1.82
33228509--33228575	27	2.5	27	82	4	82	29	14	14	40	1.87
33228554--33228715	27	6.0	26	79	11	175	32	9	19	39	1.83
33228556--33228719	54	3.1	53	86	7	206	31	9	19	39	1.83
33228531--33228718	81	2.3	80	82	7	227	32	9	18	39	1.83
33230224--33230269	24	1.9	24	81	0	56	17	36	4	41	1.69
33245569--33245621	23	2.3	22	84	12	63	60	1	7	30	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33247734--33247861	46	2.7	46	87	4	168	22	32	19	25	1.97
33248077--33248104	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
33253309--33253342	13	2.6	13	85	0	50	8	35	35	20	1.84
33258151--33258452	39	7.7	40	88	6	372	25	21	27	25	2.00
33265263--33265564	39	7.7	40	87	7	365	25	21	26	25	2.00
33269688--33269715	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
33273740--33273796	10	5.5	10	78	15	53	35	1	5	57	1.31
33280508--33280757	107	2.3	107	76	8	247	24	14	16	44	1.84
33280508--33280775	35	7.5	34	73	14	166	24	14	15	45	1.84
33280508--33280778	72	3.8	68	74	10	222	24	14	15	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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