genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59878815--59878970	82	1.9	81	85	3	215	26	15	28	29	1.96
59878811--59878991	82	2.2	81	81	2	211	27	15	27	29	1.96
59880466--59880724	46	5.5	47	78	9	194	24	30	16	28	1.97
59880465--59880730	94	2.8	91	79	12	240	24	30	16	27	1.97
59880466--59880724	140	1.8	140	82	8	330	24	30	16	28	1.97
59892065--59892232	46	3.6	46	76	9	139	24	30	17	27	1.97
59898354--59898485	55	2.4	55	81	0	138	29	28	25	17	1.97
59900337--59900414	6	13.0	6	85	5	86	19	3	2	74	1.09
59903104--59903288	40	4.6	40	93	1	291	27	27	21	23	1.99
59908740--59908792	24	2.2	24	100	0	106	39	11	7	41	1.69
59908750--59908799	24	2.3	20	83	16	57	50	8	6	36	1.57
59924418--59924469	23	2.3	23	83	9	63	65	3	7	23	1.35
59930459--59930636	46	3.8	46	75	11	193	30	28	20	20	1.98
59930466--59930637	93	1.8	93	91	2	283	29	29	20	20	1.98
59931575--59931618	21	2.1	21	100	0	88	77	0	9	13	0.99
59933818--59933846	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
59935837--59935963	68	1.9	68	85	6	177	32	15	28	23	1.95
59935936--59936090	66	2.3	66	83	1	175	32	16	30	20	1.95
59943258--59943318	28	2.1	29	84	3	79	27	11	29	31	1.92
59955190--59955345	40	3.9	40	90	3	233	23	27	22	26	1.99
59961073--59961377	153	2.0	153	99	0	601	26	21	19	32	1.97
59963343--59963563	40	5.5	40	91	2	320	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59970782--59971059	27	10.3	27	80	2	220	39	22	9	29	1.85
59970970--59971094	27	4.6	27	76	13	96	40	26	6	27	1.80
59971079--59971220	27	5.3	27	85	5	180	36	18	18	26	1.94
59971608--59971669	22	2.8	22	78	9	72	19	25	22	32	1.97
59971831--59971958	28	4.6	28	86	4	163	17	23	21	36	1.95
59971831--59971960	55	2.4	54	84	6	163	17	23	21	36	1.94
59971831--59971994	27	6.0	26	84	6	175	18	23	20	37	1.94
59972112--59972174	6	10.3	6	74	16	58	17	19	14	49	1.80
59988766--59988925	24	6.6	24	74	9	146	31	30	13	23	1.93
59990859--59991041	79	2.3	81	81	7	205	25	27	22	25	2.00
59990857--59991041	40	4.7	40	80	7	207	25	27	22	24	2.00
59996908--59996952	23	2.0	23	100	0	90	26	22	26	24	2.00
59998818--59999040	119	1.9	120	81	6	274	25	27	21	24	1.99
59998816--59999040	40	5.7	40	83	6	260	25	28	21	24	1.99
60000862--60001124	40	6.6	40	86	3	298	26	27	20	25	1.99
60001056--60001133	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
60008715--60008743	9	3.3	9	95	4	51	10	0	0	89	0.48
60015545--60015698	43	3.6	43	78	6	134	33	25	16	24	1.96
60028323--60028496	46	3.8	46	77	13	194	20	19	29	29	1.97
60028318--60028489	93	1.8	93	92	0	290	20	19	29	29	1.97
60035645--60035704	26	2.2	27	94	5	104	45	6	18	30	1.75
60036131--60036217	45	1.9	45	88	0	129	22	10	24	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60039627--60039747	45	2.7	45	88	0	179	23	18	27	31	1.97
60042541--60042741	108	1.8	110	86	4	291	22	25	18	32	1.97
60042494--60042748	55	4.8	54	77	9	242	21	25	17	34	1.96
60052786--60052848	18	3.4	18	74	10	65	33	19	26	20	1.96
60053100--60053149	23	2.2	23	82	13	59	42	22	14	22	1.88
60053212--60053273	26	2.3	26	86	2	88	20	22	17	38	1.93
60053212--60053297	27	3.2	27	86	1	111	22	18	18	40	1.91
60053254--60053310	27	2.1	27	80	6	62	26	12	22	38	1.89
60053294--60053413	27	4.4	27	83	4	152	39	16	11	32	1.85
60053294--60053622	54	6.3	54	82	9	396	37	15	13	32	1.87
60053294--60053623	81	4.2	81	80	10	373	37	15	13	33	1.87
60053399--60053428	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
60053345--60053477	69	1.9	69	90	0	212	35	17	12	35	1.87
60053373--60053455	42	2.0	42	92	0	139	33	19	9	37	1.84
60053414--60053622	27	7.7	27	89	0	319	36	14	15	33	1.88
60055443--60055505	18	3.4	18	74	10	65	33	19	26	20	1.96
60055757--60055806	23	2.2	23	82	13	59	42	22	14	22	1.88
60055869--60055930	26	2.3	26	86	2	88	20	22	17	38	1.93
60055869--60055954	27	3.2	27	86	1	111	22	18	18	40	1.91
60055911--60055967	27	2.1	27	80	6	62	26	12	22	38	1.89
60055951--60056070	27	4.4	27	83	4	152	39	16	11	32	1.85
60055951--60056279	54	6.3	54	82	9	396	37	15	13	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60055951--60056280	81	4.2	81	80	10	373	37	15	13	33	1.87
60056056--60056085	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
60056002--60056134	69	1.9	69	90	0	212	35	17	12	35	1.87
60056030--60056112	42	2.0	42	92	0	139	33	19	9	37	1.84
60056071--60056279	27	7.7	27	89	0	319	36	14	15	33	1.88
60059211--60059297	37	2.4	37	84	1	104	37	27	13	20	1.91
60060697--60060737	21	2.0	20	90	4	64	29	0	21	48	1.50
60066723--60066916	43	4.5	43	92	2	300	31	34	23	10	1.89
60066710--60066941	129	1.8	129	88	1	351	31	34	21	12	1.92
60085264--60085304	21	2.0	20	85	4	55	29	0	19	51	1.47
60092282--60092386	55	1.9	55	86	0	147	24	31	22	20	1.98
60093169--60093340	44	3.8	44	78	10	177	24	29	19	27	1.98
60093127--60093385	94	2.8	94	82	6	278	23	29	18	28	1.98
60101848--60101893	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
60101855--60101899	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
60107462--60107486	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
60107711--60107759	10	4.8	10	80	14	55	40	22	22	14	1.90
60107711--60107759	21	2.4	21	89	3	73	40	22	22	14	1.90
60109811--60109891	42	2.0	41	82	2	99	16	25	1	56	1.47
60109885--60109925	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
60112089--60112113	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
60119788--60119851	13	4.9	13	79	7	67	29	6	25	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60125576--60125661	27	3.2	26	83	4	109	36	23	23	17	1.95
60129282--60129367	27	3.2	26	86	4	118	37	23	22	17	1.94
60131595--60131773	43	4.2	43	86	2	137	35	25	13	25	1.93
60131575--60131772	86	2.3	87	80	3	213	34	24	13	27	1.93
60139348--60139514	43	3.9	43	91	0	271	36	25	12	25	1.91
60140858--60140889	12	2.7	12	95	0	55	0	50	0	50	1.00
60143630--60143675	19	2.3	20	92	3	76	47	15	10	26	1.78
60143961--60144122	43	3.8	43	84	2	209	33	24	14	27	1.94
60160947--60161166	40	5.6	40	84	6	272	27	28	21	22	1.99
60160947--60161166	80	2.8	79	87	4	311	27	28	21	22	1.99
60165761--60165810	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
60165772--60165819	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
60167994--60168171	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60168015--60168170	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60167994--60168185	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
60182517--60182664	51	2.9	51	89	2	226	29	13	27	29	1.94
60194013--60194199	60	3.1	61	80	11	174	28	26	20	24	1.99
60195165--60195293	46	2.9	45	82	7	133	26	27	20	24	1.99
60195291--60195598	38	8.1	38	90	0	445	32	24	21	22	1.98
60198258--60198305	25	1.9	25	91	0	78	35	25	12	27	1.92
60198342--60198424	20	4.2	20	87	6	132	36	10	20	32	1.87
60198477--60198596	24	5.0	24	83	10	147	31	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60198478--60198575	47	2.1	47	88	5	144	32	18	19	29	1.96
60198789--60198852	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
60200886--60200980	48	2.0	48	83	8	122	20	27	20	32	1.97
60202367--60202596	38	6.1	38	84	0	264	31	23	21	23	1.98
60208198--60208260	15	4.2	15	75	0	63	50	15	19	14	1.77
60224347--60224993	47	13.6	47	91	3	1008	33	8	29	28	1.87
60224347--60224993	96	6.8	95	92	3	1016	33	8	29	28	1.87
60224347--60224993	145	4.5	143	93	2	1034	33	8	29	28	1.87
60227127--60227201	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
60227255--60227538	40	7.1	40	89	0	417	24	22	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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