genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18146954--18147125	93	1.8	93	92	0	290	20	21	29	27	1.98
18159172--18159527	88	4.0	88	85	1	453	28	21	21	28	1.99
18159216--18159527	44	7.1	44	65	9	161	28	22	21	27	1.99
18159464--18159602	68	2.0	68	91	0	224	24	23	23	28	2.00
18159380--18159683	156	1.9	156	91	0	500	25	24	23	26	2.00
18159532--18160141	88	6.9	88	88	0	880	27	24	20	27	1.99
18159944--18160080	44	3.1	44	70	8	143	25	24	24	26	2.00
18160151--18160765	44	13.6	44	68	15	186	30	17	22	29	1.96
18160139--18160413	140	2.0	140	83	1	345	30	18	23	27	1.97
18160399--18160667	137	2.0	137	89	4	413	33	18	18	30	1.95
18162055--18162098	22	2.0	22	95	0	79	22	15	22	38	1.92
18162355--18162553	3	66.7	3	69	7	102	27	7	3	62	1.36
18162439--18162550	43	2.7	41	78	6	116	28	8	1	61	1.34
18162577--18162615	17	2.3	17	90	0	60	25	7	0	66	1.18
18162608--18162642	17	2.1	17	94	0	61	22	0	8	68	1.16
18162621--18162678	26	2.3	26	77	19	68	29	5	5	60	1.40
18166399--18166434	18	1.9	19	88	5	56	30	2	0	66	1.06
18166605--18166666	23	2.8	22	76	11	72	33	17	12	35	1.88
18173136--18173378	43	5.7	43	87	3	355	24	15	28	30	1.96
18178883--18178922	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
18181098--18181128	12	2.5	13	94	5	55	51	0	16	32	1.44
18188758--18188833	27	2.9	26	84	5	91	34	17	9	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18188977--18189001	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
18195640--18195706	33	2.0	33	100	0	134	11	17	8	61	1.56
18198545--18198573	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
18200868--18201004	60	2.3	59	78	8	143	29	19	24	26	1.98
18210016--18210040	11	2.3	11	100	0	50	68	0	16	16	1.22
18214748--18214804	30	1.9	30	88	0	87	8	24	36	29	1.86
18216863--18216887	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
18226140--18226170	9	3.6	9	95	4	55	29	0	0	70	0.87
18226154--18226196	22	2.0	21	86	4	59	46	0	0	53	1.00
18226142--18226220	38	2.1	39	88	7	117	40	0	0	59	0.97
18226164--18226220	17	3.2	17	76	11	53	43	0	0	56	0.99
18226161--18226224	20	3.3	20	73	20	64	43	0	0	56	0.99
18229306--18229392	24	3.6	24	90	0	138	33	31	13	21	1.93
18229258--18229392	72	1.9	72	82	3	173	34	29	11	24	1.90
18230565--18230598	17	2.0	17	88	0	50	35	5	0	58	1.22
18234606--18234662	29	1.9	29	89	3	87	31	21	1	45	1.62
18234606--18234672	30	2.2	30	84	5	82	31	17	5	44	1.73
18235541--18235600	18	3.2	18	69	17	59	20	16	18	45	1.86
18235536--18235612	38	2.0	38	100	0	154	23	18	18	40	1.91
18246437--18246481	22	2.0	22	91	0	72	31	4	28	35	1.77
18247507--18247533	5	5.4	5	100	0	54	0	22	0	77	0.76
18251165--18251227	17	3.5	17	77	14	63	34	0	1	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18251179--18251226	17	2.5	20	83	12	66	29	0	2	68	1.01
18251165--18251234	18	3.8	18	80	10	79	34	0	1	64	1.03
18251181--18251234	27	2.0	28	82	10	69	29	0	1	68	1.00
18263352--18263735	176	2.2	175	88	2	565	33	19	19	26	1.96
18265403--18265450	21	2.3	22	82	10	64	35	0	2	62	1.07
18265401--18265454	20	2.4	24	76	20	71	38	0	1	59	1.08
18267291--18267323	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
18267966--18268000	17	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
18272340--18272377	12	3.2	12	84	0	58	47	10	0	42	1.38
18279746--18279820	31	2.4	30	84	8	89	40	5	17	37	1.72
18281127--18281160	17	1.9	18	88	5	52	50	2	0	47	1.16
18281520--18281566	21	2.2	22	84	3	60	29	0	8	61	1.25
18281657--18281700	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
18282990--18283044	18	3.1	17	77	12	56	70	5	14	9	1.30
18283611--18283694	16	5.1	16	79	4	78	70	2	3	23	1.15
18283732--18285004	151	8.4	150	88	4	1803	57	6	6	28	1.51
18284181--18284215	13	2.8	13	86	4	54	74	2	0	22	0.95
18284634--18284668	12	2.9	12	86	0	52	74	0	0	25	0.82
18288577--18288743	46	3.6	46	75	16	182	31	29	17	21	1.96
18288584--18288756	93	1.9	93	92	0	292	29	29	19	21	1.98
18288582--18288771	46	4.1	44	68	18	100	30	28	18	22	1.97
18290603--18290650	16	2.9	17	82	17	57	37	0	8	54	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18290615--18290658	16	2.7	17	89	6	65	34	0	9	56	1.31
18290602--18290660	29	2.0	29	87	12	86	35	0	8	55	1.30
18290724--18290785	32	1.9	34	90	9	103	32	6	3	58	1.40
18290859--18290920	29	2.1	30	87	3	90	37	8	3	51	1.48
18290971--18291012	22	2.0	21	90	9	68	33	9	4	52	1.55
18295112--18295144	17	1.9	17	93	0	57	69	21	0	9	1.15
18296122--18296179	30	1.9	30	82	0	71	18	15	6	58	1.59
18296339--18296395	29	2.0	29	89	0	87	33	1	0	64	1.04
18296427--18296608	12	16.5	11	70	21	98	32	1	1	64	1.11
18296436--18296608	5	35.6	5	71	24	104	32	1	0	64	1.08
18299451--18299687	118	2.0	118	99	0	465	48	12	7	31	1.68
18299926--18299998	23	3.3	23	66	14	73	49	9	5	35	1.59
18299941--18299973	16	2.1	16	94	0	57	63	15	0	21	1.30
18299866--18300006	39	3.5	39	77	14	162	50	13	4	31	1.63
18299866--18300006	42	3.5	42	77	13	163	50	13	4	31	1.63
18302574--18302618	17	2.5	19	82	10	58	33	0	0	66	0.92
18307484--18307515	13	2.4	14	94	5	57	53	9	0	37	1.34
18312460--18312490	15	2.1	15	100	0	62	19	0	19	61	1.35
18312815--18312854	9	4.6	9	84	6	55	62	7	0	30	1.23
18314391--18314463	28	2.6	29	83	14	98	39	32	0	27	1.57
18314430--18314483	21	2.6	21	90	0	81	42	31	0	25	1.55
18314558--18314641	28	3.0	28	72	8	71	42	33	1	22	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18314622--18314676	29	1.9	28	92	3	92	40	45	0	14	1.45
18314627--18314697	28	2.5	29	81	2	72	43	39	1	15	1.55
18314681--18314725	13	3.3	13	79	11	54	51	28	2	17	1.58
18314623--18314731	15	7.6	14	74	13	57	44	36	0	17	1.55
18323013--18323049	12	2.8	14	80	16	51	35	13	2	48	1.57
18325947--18325998	17	2.8	18	80	16	54	40	1	0	57	1.10
18325951--18325998	18	2.7	17	78	18	53	41	2	0	56	1.11
18325962--18325996	18	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
18326716--18326750	6	5.8	6	93	0	61	14	34	14	37	1.86
18330292--18330326	6	5.8	6	100	0	70	34	17	48	0	1.47
18332534--18332582	25	2.0	24	84	4	62	28	14	10	46	1.77
18333462--18333504	9	4.6	9	77	11	50	67	0	0	32	0.91
18334164--18334191	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
18351083--18351222	70	2.0	70	98	0	271	45	5	8	41	1.56
18351997--18352064	9	7.6	9	80	6	66	30	7	17	44	1.76
18355058--18355115	30	1.9	30	92	0	98	25	31	25	17	1.97
18356181--18356216	18	1.9	18	88	5	54	16	2	8	72	1.21
18361550--18361586	15	2.4	16	82	13	51	24	0	5	70	1.08
18361550--18361623	14	5.1	14	76	9	51	25	1	2	70	1.09
18361733--18361782	3	17.7	3	80	12	52	22	0	2	76	0.89
18361751--18361796	11	4.1	11	83	5	56	15	0	4	80	0.86
18361745--18361817	17	4.4	17	76	10	69	16	2	4	76	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18361739--18361790	23	2.3	23	86	6	70	19	0	1	78	0.84
18361732--18361808	6	13.3	6	78	9	54	19	1	2	76	0.97
18375848--18375902	22	2.6	22	82	5	69	5	5	27	61	1.40
18375876--18375989	11	10.5	11	84	1	131	0	2	33	63	1.15
18375881--18375989	33	3.3	33	90	1	166	0	2	34	61	1.17
18375952--18375999	22	2.2	22	92	0	78	4	8	25	62	1.41
18376707--18376748	11	3.8	11	87	0	57	0	7	35	57	1.26
18376707--18376748	22	1.9	22	90	0	66	0	7	35	57	1.26
18378826--18378859	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
18384529--18384589	16	3.7	16	72	8	59	27	24	1	45	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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