genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56106387--56106522	47	2.8	48	79	12	129	29	16	29	24	1.97
56110001--56110036	18	1.9	19	88	5	56	22	11	0	66	1.22
56112150--56112308	79	2.0	80	80	3	178	28	13	13	44	1.82
56119628--56119678	21	2.5	20	87	6	68	35	15	1	47	1.57
56120420--56120458	21	1.9	21	84	5	53	10	12	7	69	1.37
56122394--56122488	48	2.0	48	85	0	127	31	28	18	21	1.97
56124161--56124288	39	3.3	39	85	0	175	21	18	37	22	1.94
56126039--56126103	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
56142775--56142827	22	2.3	23	80	3	63	28	11	1	58	1.43
56143314--56143352	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
56144479--56144586	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
56147609--56147776	40	4.3	40	80	4	180	24	20	29	25	1.99
56147609--56147776	77	2.1	77	81	3	183	24	20	29	25	1.99
56149051--56149264	107	2.0	107	100	0	428	20	19	28	31	1.97
56149650--56149730	33	2.4	34	79	8	94	25	19	23	30	1.98
56154733--56154840	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
56161899--56161935	17	2.4	16	83	16	51	48	2	13	35	1.57
56165454--56165479	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
56166063--56166113	3	17.3	3	76	11	52	62	1	35	0	1.06
56168218--56168264	19	2.4	20	89	10	71	21	21	31	25	1.98
56168240--56168456	40	5.5	39	81	7	181	26	19	27	26	1.99
56168285--56168454	79	2.1	79	83	3	207	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56168285--56168454	40	4.3	39	86	5	198	25	21	27	25	1.99
56168312--56168489	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
56176174--56176224	21	2.4	21	96	0	93	19	21	33	25	1.97
56176245--56176414	79	2.1	79	83	3	207	25	21	27	25	1.99
56176245--56176414	40	4.3	39	86	5	198	25	21	27	25	1.99
56176272--56176449	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
56177802--56177927	59	2.2	59	89	1	191	37	8	22	31	1.85
56178319--56178373	21	2.7	20	85	5	74	25	5	41	27	1.77
56178384--56178423	21	1.9	21	89	0	62	7	22	35	35	1.82
56179091--56179268	43	4.2	43	84	5	222	44	17	8	28	1.79
56179095--56179268	85	2.1	83	84	6	226	44	17	9	28	1.79
56180905--56180938	15	2.2	16	94	5	61	35	41	5	17	1.74
56181232--56181334	46	2.2	46	96	0	188	45	10	12	31	1.76
56181338--56181492	48	3.2	48	91	0	247	45	16	13	24	1.84
56181446--56181548	34	3.1	34	61	29	78	42	15	17	24	1.88
56181434--56181566	64	2.1	64	92	0	230	43	15	18	22	1.87
56181706--56181745	12	3.3	12	89	6	55	50	15	5	30	1.65
56181705--56181787	42	2.0	42	86	9	116	48	14	8	28	1.73
56181817--56181885	6	11.5	6	81	6	59	57	11	8	21	1.60
56181807--56181867	12	5.1	12	84	7	79	57	13	8	21	1.62
56182394--56182466	31	2.4	29	77	8	83	23	9	19	47	1.78
56183805--56183856	20	2.6	20	96	0	95	13	28	30	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56191726--56192030	46	6.6	46	86	0	376	41	13	24	20	1.88
56191737--56192030	138	2.1	138	88	1	428	42	13	24	20	1.88
56197419--56197466	19	2.6	18	90	9	78	37	2	14	45	1.57
56197483--56197571	42	2.1	42	87	0	124	28	7	13	50	1.69
56201373--56201420	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
56201429--56201524	42	2.3	42	83	1	131	33	6	12	47	1.66
56202813--56202842	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
56205078--56205107	14	2.1	14	100	0	60	36	0	26	36	1.57
56205112--56205145	16	2.1	16	100	0	68	29	11	26	32	1.92
56207669--56207742	20	3.8	20	70	22	75	44	24	0	31	1.54
56207857--56207903	23	2.0	23	95	0	85	44	27	2	25	1.65
56211244--56211279	18	2.0	18	100	0	72	38	11	5	44	1.63
56222494--56222718	40	5.7	40	83	5	269	25	21	27	25	1.99
56230537--56230761	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
56230537--56230794	119	2.2	119	81	6	283	25	22	27	25	2.00
56236533--56236682	41	3.7	41	75	5	133	22	20	27	30	1.98
56253084--56253291	40	5.2	40	85	2	242	25	27	23	23	2.00
56261078--56261285	40	5.2	40	83	3	215	25	28	23	22	1.99
56261088--56261284	80	2.4	83	80	9	246	25	29	22	22	1.99
56267294--56267339	24	2.0	23	86	4	65	45	8	13	32	1.73
56269315--56269547	48	4.8	48	75	9	204	24	29	18	27	1.98
56269418--56269592	50	3.6	47	82	6	172	26	32	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56269316--56269592	146	1.9	146	80	7	319	24	29	18	26	1.98
56275273--56275382	43	2.6	43	83	2	132	25	14	26	33	1.94
56285713--56286006	50	5.8	50	76	5	261	29	25	18	26	1.98
56300519--56300567	23	2.1	23	96	0	89	28	24	12	34	1.91
56320540--56320612	34	2.1	34	82	9	87	27	21	21	28	1.99
56325471--56325536	34	1.9	34	87	0	96	24	25	24	25	2.00
56334624--56334692	36	1.9	36	93	0	120	42	11	21	24	1.86
56334803--56334867	19	3.4	19	68	19	62	30	21	7	40	1.81
56334803--56334882	39	2.1	39	100	0	160	33	20	7	38	1.80
56334822--56334882	20	3.1	20	65	21	56	36	21	6	36	1.79
56340665--56340702	18	2.0	20	90	10	62	47	0	26	26	1.52
56341976--56342084	29	3.8	28	81	4	128	29	27	15	27	1.96
56346370--56346488	29	4.2	29	82	2	134	30	25	14	30	1.95
56355688--56355733	21	2.2	21	100	0	92	34	15	17	32	1.91
56356082--56356113	16	2.0	17	88	11	50	43	9	6	40	1.62
56362930--56363008	39	2.0	39	82	0	95	44	24	3	27	1.71
56363634--56363670	18	2.1	18	100	0	74	24	10	32	32	1.90
56366101--56366144	22	2.0	22	100	0	88	31	13	9	45	1.75
56366602--56366700	39	2.5	39	83	3	110	43	21	4	31	1.71
56368981--56369021	17	2.3	18	80	12	50	31	17	2	48	1.60
56375232--56375344	27	4.1	28	80	10	119	37	22	23	17	1.94
56376760--56376830	24	3.0	24	87	0	106	25	38	2	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56381550--56381590	20	2.0	20	85	0	55	17	24	21	36	1.94
56391340--56391464	28	4.5	28	93	2	191	26	13	28	31	1.94
56395104--56395474	185	2.0	184	90	0	589	43	16	7	31	1.76
56404876--56404954	20	3.9	19	72	9	68	10	29	22	37	1.87
56411335--56411416	28	2.9	28	83	3	101	30	14	24	30	1.95
56414759--56414883	50	2.4	50	80	11	146	36	13	15	34	1.86
56414779--56414877	50	1.9	52	87	4	148	38	14	14	33	1.86
56416974--56417150	40	4.4	40	81	4	207	26	25	22	24	2.00
56419909--56420070	42	3.7	42	79	9	146	32	25	12	29	1.92
56419976--56420188	50	4.3	49	86	5	250	36	26	12	25	1.91
56419976--56420188	99	2.1	101	85	5	281	36	26	12	25	1.91
56422872--56423103	49	4.7	49	83	3	266	29	27	17	25	1.98
56422859--56423096	99	2.4	101	82	2	266	29	26	17	26	1.98
56425235--56425301	15	4.5	15	78	9	66	56	16	16	10	1.66
56425235--56425301	30	2.3	30	84	7	93	56	16	16	10	1.66
56428319--56428543	49	4.5	49	86	2	288	30	27	17	24	1.97
56428306--56428550	99	2.5	100	83	2	305	29	27	17	24	1.98
56430185--56430234	24	2.1	24	100	0	100	28	16	4	52	1.61
56432712--56432869	68	2.3	67	96	0	271	31	14	29	24	1.94
56432746--56432943	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
56441521--56441586	33	2.0	33	90	0	105	27	7	15	50	1.71
56441761--56441829	15	4.7	15	79	15	81	7	13	18	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56447040--56447154	42	2.7	42	89	2	160	31	29	11	27	1.91
56447104--56447316	50	4.3	50	93	0	329	31	28	15	24	1.95
56451973--56452022	18	2.7	18	87	6	64	78	4	2	16	1.00
56451963--56452017	26	2.1	27	86	3	76	80	5	1	12	0.97
56466958--56466999	22	1.9	22	95	0	75	35	14	21	28	1.92
56468168--56468228	21	3.0	21	90	2	97	22	26	39	11	1.88
56471369--56471894	27	19.7	27	81	6	570	31	9	18	39	1.83
56471369--56471894	53	9.8	53	83	5	553	31	9	18	39	1.83
56471369--56471894	80	6.6	79	86	3	608	31	9	18	39	1.83
56472195--56472284	29	3.1	29	82	1	92	18	32	15	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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