genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83837611--83837926	46	6.7	46	72	16	145	28	17	29	24	1.97
83843697--83843821	40	3.1	40	94	0	205	31	21	22	24	1.98
83844632--83844665	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
83847769--83847940	40	4.3	40	87	1	229	25	29	22	23	1.99
83865858--83865907	27	1.9	26	84	8	66	30	4	12	54	1.55
83871229--83871317	44	2.0	44	95	0	160	43	16	12	26	1.84
83871570--83871678	56	1.9	56	86	0	155	34	22	13	28	1.93
83872915--83873166	90	2.8	89	81	6	251	36	13	26	23	1.91
83872916--83873196	30	9.4	30	76	6	198	37	13	25	23	1.91
83874807--83874831	13	1.9	13	100	0	50	16	32	44	8	1.76
83880888--83880951	19	3.4	19	78	10	62	20	6	0	73	1.04
83883826--83883858	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
83893258--83893286	14	2.1	14	100	0	58	48	31	13	6	1.69
83904500--83904555	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
83904500--83904555	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
83904605--83904701	26	3.8	26	91	1	153	26	24	22	25	2.00
83904605--83904714	51	2.2	49	90	8	168	29	22	22	25	1.99
83919546--83919578	14	2.4	14	94	0	57	48	24	9	18	1.76
83921809--83921931	51	2.4	51	87	2	167	17	18	37	26	1.93
83930182--83930357	46	3.8	46	78	7	212	28	27	21	22	1.99
83930190--83930360	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
83930780--83930836	30	1.9	30	88	0	87	29	24	8	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83938612--83938684	29	2.5	29	86	4	94	27	16	30	26	1.97
83941100--83941270	93	1.8	93	89	2	272	28	26	21	23	1.99
83941092--83941263	46	3.7	45	74	14	163	29	26	20	24	1.99
83941691--83941750	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
83944603--83944632	12	2.5	12	100	0	60	36	16	0	46	1.47
83947092--83947297	40	5.2	40	92	0	306	24	20	28	26	1.99
83947039--83947297	80	3.2	80	85	2	308	24	20	28	26	1.99
83947039--83947297	120	2.2	119	83	3	315	24	20	28	26	1.99
83954964--83955224	40	6.6	40	86	4	305	25	20	27	26	1.99
83961224--83961256	13	2.5	13	86	13	50	18	18	15	48	1.81
83966581--83966756	46	3.8	46	78	4	201	21	21	28	28	1.98
83966578--83966748	93	1.8	93	91	0	279	21	22	28	28	1.99
83972349--83972416	31	2.3	30	82	10	77	39	10	11	38	1.76
83977418--83977564	30	4.9	30	71	11	97	27	23	14	34	1.93
83977342--83977545	60	3.4	60	72	5	178	26	22	13	37	1.91
83979928--83980003	29	2.6	29	93	0	125	31	28	19	19	1.97
83980463--83980499	19	2.1	19	85	10	51	54	18	0	27	1.44
83986932--83987122	94	2.0	93	81	8	219	23	27	19	29	1.98
83998332--83998691	47	7.6	47	91	1	558	28	29	8	33	1.87
84008830--84008867	16	2.4	16	82	4	51	36	5	7	50	1.54
84014229--84014301	24	3.0	24	83	4	92	28	32	15	23	1.95
84037521--84037680	45	3.6	46	85	7	197	26	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84037673--84037843	38	4.5	38	87	0	234	33	26	19	20	1.97
84037678--84037870	76	2.5	76	84	3	228	32	24	20	22	1.98
84038140--84038250	45	2.5	45	79	7	129	27	27	16	28	1.97
84038140--84038268	43	2.9	44	78	6	145	27	28	18	25	1.98
84043085--84043288	40	5.1	40	89	1	277	27	28	22	22	1.99
84045166--84045373	40	5.2	40	83	7	253	25	21	27	25	1.99
84045166--84045352	79	2.3	81	83	8	247	24	21	27	26	2.00
84045170--84045387	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
84055050--84055232	79	2.3	82	83	7	225	24	22	27	25	2.00
84055050--84055234	40	4.6	41	83	7	222	24	22	27	25	2.00
84055103--84055257	79	2.0	79	82	7	190	26	20	26	26	1.99
84058217--84058405	40	4.7	40	86	2	263	32	25	21	20	1.98
84060941--84060981	18	2.4	17	84	8	55	75	0	4	19	0.98
84060939--84060990	24	2.2	24	77	16	56	71	0	7	21	1.11
84061899--84062002	6	16.8	6	70	16	70	47	14	19	19	1.83
84061904--84061999	25	3.8	25	82	6	106	45	15	19	18	1.85
84061899--84062002	31	3.6	29	81	15	108	47	14	19	19	1.83
84062406--84062628	27	8.3	27	86	0	293	22	20	20	36	1.95
84062406--84062655	81	3.1	79	74	10	218	24	19	20	35	1.96
84066279--84066380	40	2.5	39	89	7	150	30	27	19	22	1.98
84071343--84071375	11	2.8	12	86	4	50	42	18	0	39	1.50
84075226--84075261	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84075557--84075617	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
84081021--84081154	40	3.3	40	80	1	151	33	21	17	27	1.96
84098589--84098671	30	2.7	31	85	3	107	22	24	19	33	1.97
84098879--84098937	25	2.4	23	86	10	82	28	22	18	30	1.97
84098984--84099032	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
84103385--84103467	30	2.7	31	81	3	107	22	24	19	33	1.97
84103661--84103730	24	3.0	23	87	4	86	27	21	22	28	1.99
84103778--84103826	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
84107291--84107507	46	4.7	46	90	1	301	38	15	24	21	1.92
84107242--84107507	138	2.0	130	85	7	354	37	15	24	22	1.92
84107768--84107814	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
84112819--84113558	39	18.9	39	86	1	1014	27	27	23	21	1.99
84112819--84113542	157	4.6	157	92	0	1108	27	27	23	20	1.99
84112817--84113560	196	3.8	197	89	2	1050	28	27	23	21	1.99
84117400--84117494	28	3.4	28	84	8	97	35	23	23	17	1.95
84117382--84117494	27	4.2	26	81	8	118	38	22	22	17	1.94
84117382--84117494	55	2.1	54	83	5	138	38	22	22	17	1.94
84120208--84120352	28	5.5	28	82	14	193	24	10	29	35	1.89
84120274--84120312	19	2.1	19	100	0	78	20	5	33	41	1.74
84120246--84120335	47	1.9	46	97	2	171	23	8	30	37	1.85
84120293--84120352	27	2.2	28	90	3	95	23	11	31	33	1.91
84120301--84120365	27	2.4	27	84	5	69	29	10	24	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84128254--84128403	28	5.4	28	91	0	221	26	12	28	34	1.92
84135795--84135842	17	2.8	17	87	6	62	45	0	0	54	0.99
84147573--84147700	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
84147572--84147700	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
84154560--84154681	46	2.6	47	82	5	138	26	22	15	36	1.94
84161730--84161790	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
84163895--84163938	20	2.2	20	95	0	79	31	13	9	45	1.75
84170943--84171014	21	3.2	22	69	18	67	23	9	27	38	1.86
84172397--84172618	92	2.3	98	81	9	255	23	28	19	28	1.98
84172397--84172664	94	2.8	94	76	12	253	23	28	19	28	1.98
84173007--84173064	30	1.9	31	89	6	93	27	24	12	36	1.91
84173558--84173660	51	2.0	51	100	0	206	36	21	5	35	1.78
84176156--84176300	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
84182764--84182812	24	1.9	27	88	12	77	65	4	2	28	1.22
84200542--84200726	40	4.6	39	82	5	194	24	22	28	24	2.00
84200542--84200726	79	2.3	81	82	7	218	24	22	28	24	2.00
84200595--84200759	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
84216047--84216288	43	5.6	43	85	3	317	29	26	18	25	1.98
84216047--84216288	86	2.8	86	88	2	360	29	26	18	25	1.98
84227123--84227258	50	2.8	49	82	3	157	30	26	18	24	1.98
84227129--84227315	101	1.9	99	82	6	234	28	27	18	25	1.98
84229458--84229496	15	2.6	14	88	11	60	61	23	7	7	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84233493--84233976	49	10.1	49	88	4	727	30	8	31	28	1.88
84233493--84233976	96	5.0	96	96	0	815	30	8	31	28	1.88
84236903--84237100	50	4.0	50	76	4	177	28	27	18	25	1.98
84240341--84240515	98	1.8	93	83	10	228	29	21	26	22	1.99
84250242--84250298	25	2.3	25	85	11	73	22	22	24	29	1.99
84256920--84257345	47	9.1	47	93	1	665	31	10	31	26	1.90
84257319--84257455	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
84257638--84257748	37	3.0	37	94	0	195	22	18	30	27	1.98
84261290--84261488	27	7.4	27	84	1	247	37	19	19	23	1.94
84261291--84261488	107	1.8	108	86	1	290	37	19	19	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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