genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57287048--57287102	27	2.0	27	85	0	74	47	23	10	18	1.80
57287379--57287408	14	2.1	14	93	0	51	36	6	16	40	1.75
57287543--57287620	25	3.2	25	66	10	70	29	5	5	60	1.40
57287537--57287653	49	2.5	48	90	5	177	28	5	4	61	1.38
57287921--57287972	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
57288010--57288040	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
57288115--57288172	26	2.3	25	79	8	64	55	0	1	43	1.10
57288121--57288174	28	1.9	28	85	14	76	51	0	1	46	1.11
57291256--57291338	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
57291558--57291652	25	3.8	25	94	0	136	25	23	24	27	2.00
57291533--57291653	50	2.4	50	77	9	131	25	23	23	28	2.00
57292577--57292746	54	3.1	55	80	7	177	32	9	17	40	1.82
57292560--57292766	27	7.6	27	77	6	150	29	8	20	41	1.82
57297159--57297256	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
57297187--57297269	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
57297159--57297270	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
57305467--57305564	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
57305495--57305577	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
57305467--57305578	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
57313763--57313860	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
57313791--57313873	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
57313763--57313874	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57317334--57317372	20	2.0	20	94	0	69	20	35	25	17	1.95
57318500--57318538	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
57324019--57324126	43	2.5	43	89	3	164	25	14	24	35	1.94
57330725--57330938	40	5.4	40	87	5	276	23	22	28	25	2.00
57342878--57343065	27	7.0	27	83	2	218	36	18	19	25	1.94
57342871--57343066	54	3.6	54	84	4	245	37	17	18	26	1.93
57342879--57343063	81	2.3	80	86	2	246	37	17	19	25	1.94
57343045--57343108	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
57343264--57343346	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
57343642--57343726	27	3.2	26	80	8	82	17	20	23	38	1.93
57343848--57344040	6	31.8	6	78	15	184	21	17	12	48	1.81
57343848--57344040	85	2.2	87	91	7	311	21	17	12	48	1.81
57343848--57344040	91	2.1	91	93	3	327	21	17	12	48	1.81
57343848--57344040	30	6.4	30	83	8	248	21	17	12	48	1.81
57345985--57346153	27	6.3	27	88	4	74	28	23	11	36	1.89
57346003--57346557	27	20.6	27	84	2	688	27	22	9	40	1.86
57346579--57346773	27	7.2	27	82	1	203	36	19	18	25	1.94
57346586--57346771	81	2.3	82	85	1	241	37	18	18	25	1.94
57346972--57347054	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
57347367--57347434	27	2.5	27	85	4	84	19	25	20	35	1.96
57347557--57347737	6	29.8	6	72	16	142	19	16	14	49	1.80
57347557--57347629	31	2.4	30	88	2	110	19	17	16	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57347560--57347732	79	2.2	79	89	4	269	19	16	15	48	1.81
57349749--57350428	27	25.2	27	84	3	791	27	22	9	40	1.84
57350433--57350627	27	7.2	27	80	4	205	34	17	20	27	1.95
57350441--57350625	81	2.3	81	84	1	228	34	17	21	27	1.95
57350827--57350909	27	3.1	26	84	5	103	19	20	21	38	1.93
57350997--57351055	22	2.7	22	81	0	64	18	25	23	32	1.97
57351220--57351293	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
57351411--57351501	25	3.7	24	88	2	128	19	18	13	48	1.81
57351436--57351561	6	20.8	6	74	16	109	19	16	14	50	1.79
57351411--57351526	49	2.4	49	84	8	148	21	17	12	48	1.80
57351485--57351582	24	4.1	23	75	10	72	19	15	14	51	1.77
57362107--57362191	40	2.1	40	100	0	170	34	15	9	41	1.79
57364059--57364331	40	6.8	40	94	0	467	24	21	29	24	1.99
57369736--57369864	50	2.5	51	88	7	192	37	16	20	25	1.93
57369840--57370050	31	6.8	31	89	3	255	27	16	29	26	1.97
57369840--57370050	93	2.3	93	86	1	289	27	16	29	26	1.97
57370075--57370198	47	2.7	46	86	2	167	27	16	27	29	1.97
57370169--57370283	42	2.7	43	86	6	155	31	14	26	27	1.95
57376331--57376361	15	2.1	15	100	0	62	29	32	12	25	1.93
57378273--57378380	27	4.0	27	81	4	119	30	18	21	29	1.97
57378365--57378706	27	12.7	27	81	6	293	38	20	9	31	1.84
57378496--57378744	81	3.0	81	80	6	184	40	18	10	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57393058--57393101	21	2.2	20	83	4	52	6	22	4	65	1.35
57397810--57397857	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
57397804--57397847	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
57398840--57398884	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
57401364--57401413	18	2.8	18	84	0	64	16	28	0	56	1.41
57401339--57401416	24	3.2	24	79	0	93	14	28	0	57	1.37
57402719--57402766	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
57402713--57402756	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
57403750--57403794	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
57408100--57408128	14	2.1	14	100	0	58	27	20	13	37	1.91
57411927--57411987	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57413940--57413986	11	4.6	10	80	12	51	51	27	2	19	1.58
57414689--57414852	43	3.8	43	75	11	138	32	25	18	23	1.97
57422130--57422179	15	3.1	15	78	18	55	8	20	0	72	1.10
57426047--57426224	27	6.6	26	81	8	153	28	15	26	29	1.96
57426044--57426224	82	2.2	81	82	2	220	28	15	26	29	1.96
57426129--57426235	27	3.9	27	85	1	79	27	14	27	30	1.95
57434118--57434293	27	6.5	25	82	7	120	27	15	26	30	1.96
57434116--57434293	54	3.3	54	81	11	152	28	15	26	29	1.96
57434145--57434293	55	2.7	54	83	8	169	28	14	27	29	1.95
57434113--57434293	82	2.2	81	82	4	222	28	15	26	29	1.96
57434198--57434304	27	3.9	27	85	1	79	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57435902--57435941	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
57437184--57437231	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
57437585--57437634	11	4.6	11	80	12	59	80	6	4	10	1.02
57437586--57437633	21	2.4	19	89	10	69	79	6	4	10	1.05
57437585--57437634	20	2.4	22	93	6	86	80	6	4	10	1.02
57442835--57442874	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
57444112--57444159	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
57444433--57444457	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
57459710--57460103	47	8.4	47	90	0	581	29	30	8	32	1.86
57459926--57460001	22	3.3	22	66	10	62	26	28	10	34	1.90
57463309--57463406	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
57463337--57463417	27	3.0	27	87	5	92	29	12	25	32	1.92
57468207--57468254	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
57480061--57480213	65	2.4	65	78	0	171	26	16	18	37	1.93
57480345--57480396	26	2.0	26	85	7	70	15	9	23	51	1.72
57485068--57485338	46	5.7	50	71	22	128	23	29	20	26	1.99
57485124--57485338	46	4.6	45	78	13	188	24	29	20	25	1.99
57485124--57485338	94	2.3	90	80	11	222	24	29	20	25	1.99
57485216--57485341	47	2.7	44	84	11	155	23	29	19	26	1.99
57487574--57487795	40	5.6	40	88	1	313	22	21	26	28	1.99
57490320--57490349	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
57490547--57490989	50	8.8	50	74	7	297	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57490553--57490989	151	2.9	151	84	1	572	31	25	17	26	1.97
57504781--57504811	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
57504778--57504817	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57505011--57505247	55	4.5	53	79	9	227	21	24	18	35	1.95
57505050--57505247	108	1.8	110	87	4	303	23	25	17	34	1.96
57508753--57508922	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
57523798--57523947	27	5.5	27	80	6	144	28	28	16	26	1.97
57529205--57529429	40	5.6	40	83	1	254	24	26	24	25	2.00
57529169--57529429	80	3.3	79	82	4	285	24	25	23	26	2.00
57530697--57530727	14	2.2	14	94	0	53	0	16	3	80	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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