genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12152139--12152215	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
12153266--12153346	20	3.7	21	73	22	60	60	2	1	35	1.18
12153266--12153308	21	2.0	21	86	0	59	58	0	0	41	0.98
12153433--12153474	21	2.0	21	81	9	50	59	0	2	38	1.10
12157077--12157114	17	2.3	17	90	4	60	78	2	0	18	0.86
12157077--12157114	8	4.6	8	90	6	58	78	2	0	18	0.86
12157230--12157265	16	2.2	16	90	0	54	0	50	0	50	1.00
12157789--12157819	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
12157747--12157817	25	2.8	25	72	8	72	26	7	0	66	1.17
12170856--12171029	72	2.5	70	86	8	237	30	15	17	36	1.91
12171266--12171506	67	3.5	70	83	14	297	32	16	19	31	1.94
12172800--12172868	28	2.3	31	78	7	81	72	1	21	4	1.10
12173468--12173506	17	2.3	17	86	8	53	33	15	7	43	1.75
12173553--12173608	17	3.2	17	74	23	53	35	14	10	39	1.81
12173553--12173610	19	3.2	18	73	24	59	34	15	10	39	1.81
12173585--12173635	26	2.0	25	84	7	66	23	15	17	43	1.88
12173718--12174145	17	25.0	18	69	17	198	30	13	11	44	1.79
12173718--12174145	54	8.3	52	67	16	216	30	13	11	44	1.79
12173722--12173892	88	1.9	88	83	4	220	30	15	12	42	1.83
12173970--12174145	18	10.3	16	73	16	124	31	11	11	45	1.76
12174019--12174063	19	2.4	18	82	10	54	44	8	11	35	1.71
12174124--12174171	20	2.3	20	82	10	53	45	10	8	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12190523--12190595	40	1.9	38	81	15	89	4	21	4	69	1.22
12192042--12192100	23	2.5	23	94	2	100	25	18	10	45	1.81
12203455--12203495	22	1.9	21	85	5	55	51	19	2	26	1.59
12203756--12203785	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
12204966--12205018	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
12210710--12210768	28	2.1	28	100	0	118	50	0	3	45	1.18
12210710--12210778	28	2.7	26	86	8	88	47	0	2	49	1.16
12212421--12212547	57	2.2	57	85	2	175	28	14	7	49	1.70
12212422--12212612	57	3.2	57	75	12	168	28	16	6	48	1.71
12217170--12217244	31	2.5	30	85	8	91	32	6	9	52	1.60
12225213--12226053	422	2.0	422	96	0	1549	26	16	17	38	1.92
12230005--12230044	19	2.2	17	86	8	53	42	0	7	50	1.30
12232888--12232925	18	2.1	18	100	0	76	50	21	28	0	1.49
12234201--12234282	23	3.6	22	77	9	76	36	3	0	59	1.15
12238490--12238539	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
12243129--12243178	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
12251836--12251947	7	15.7	7	72	15	61	39	40	0	20	1.53
12251963--12252014	26	2.0	26	100	0	104	46	19	0	34	1.50
12251948--12252086	26	5.6	25	72	13	85	43	23	0	31	1.59
12252028--12252121	14	6.7	14	70	18	61	46	25	0	27	1.53
12252275--12252373	41	2.4	41	88	1	146	18	20	23	38	1.93
12252277--12252397	41	3.0	40	84	7	138	19	21	22	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12256600--12256653	23	2.3	23	90	0	81	51	3	1	42	1.30
12256636--12256728	40	2.3	42	80	10	113	46	2	4	47	1.34
12256633--12256728	41	2.3	40	75	12	106	45	2	4	47	1.33
12260549--12260577	7	4.1	7	100	0	58	72	0	0	27	0.85
12260596--12260705	3	36.0	3	69	3	58	60	1	8	29	1.35
12260593--12260641	25	2.0	25	87	0	71	67	4	6	22	1.30
12260596--12260705	16	6.8	16	71	18	68	60	1	8	29	1.35
12265716--12265916	93	2.1	95	81	8	250	23	32	19	23	1.97
12265716--12265929	47	4.5	49	74	14	189	23	32	20	23	1.98
12267676--12267749	35	2.1	36	94	2	132	50	4	13	32	1.60
12270151--12270194	20	2.0	22	87	12	65	68	13	9	9	1.40
12270846--12271004	86	1.8	86	80	10	191	31	5	2	60	1.33
12270848--12270981	3	45.3	3	65	21	52	32	5	2	60	1.31
12271101--12271134	17	2.0	17	94	0	59	26	0	5	67	1.13
12271126--12271294	26	6.9	25	76	13	156	34	7	5	53	1.51
12271125--12271314	26	7.6	25	75	14	155	34	7	5	52	1.53
12271124--12271294	51	3.5	48	80	11	163	34	7	5	53	1.51
12271171--12271314	51	2.8	51	76	15	138	34	9	6	50	1.59
12271457--12271501	20	2.3	20	82	14	58	24	4	2	68	1.19
12271495--12271528	8	4.6	7	92	3	50	32	0	2	64	1.08
12271493--12271538	16	2.9	15	87	12	58	30	2	2	65	1.16
12275751--12275806	27	2.1	27	100	0	112	32	19	28	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12283336--12283724	160	2.4	161	87	5	540	29	16	18	35	1.93
12283586--12283813	89	2.6	89	88	4	327	30	18	17	32	1.95
12283409--12284006	249	2.4	250	90	2	905	29	17	17	34	1.94
12283660--12284040	162	2.3	162	84	6	480	29	17	18	34	1.94
12283763--12283906	73	2.0	73	86	6	202	30	18	19	31	1.95
12283825--12284005	89	2.0	87	90	5	283	27	17	18	36	1.93
12284535--12284582	25	1.9	25	95	0	87	31	31	10	27	1.90
12285083--12285126	20	2.0	22	87	12	65	68	13	9	9	1.40
12285796--12285829	16	2.1	16	88	5	50	26	5	5	61	1.42
12285936--12286025	46	2.0	46	100	0	180	33	12	4	50	1.60
12285940--12286043	46	2.3	45	90	6	158	33	12	4	49	1.62
12286077--12286252	26	7.4	24	77	17	147	34	4	3	57	1.35
12286049--12286264	51	4.7	46	75	19	170	34	3	4	57	1.35
12286098--12286508	215	1.9	214	79	13	460	35	6	4	53	1.48
12286416--12286463	23	2.0	23	84	8	60	33	2	4	60	1.27
12286529--12286647	18	6.7	18	71	13	70	22	2	2	72	1.09
12286553--12286597	20	2.2	21	88	4	65	26	4	2	66	1.22
12286591--12286639	24	2.0	24	84	7	64	26	0	4	69	1.06
12286542--12286643	9	11.7	9	72	18	65	23	1	2	71	1.10
12290165--12290208	21	2.1	21	86	0	61	72	0	13	13	1.12
12291107--12291138	6	5.3	6	92	0	55	18	21	15	43	1.87
12299155--12299193	19	2.1	19	95	0	69	33	20	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12300065--12300108	21	2.1	21	86	0	61	72	0	13	13	1.12
12302927--12303037	19	5.8	19	66	18	54	39	0	5	54	1.23
12305928--12305965	16	2.2	18	86	9	53	39	0	0	60	0.97
12327010--12327065	27	2.1	27	100	0	112	37	7	3	51	1.47
12327062--12327088	12	2.2	12	100	0	54	22	0	0	77	0.76
12330925--12330994	35	2.0	35	91	0	113	38	11	10	40	1.75
12333918--12333961	21	2.1	21	86	0	61	40	0	0	59	0.98
12333916--12333959	5	8.6	5	85	5	52	38	0	0	61	0.96
12339269--12339381	56	2.0	56	98	0	217	33	10	25	30	1.90
12340682--12340715	17	2.1	17	89	10	54	26	20	0	52	1.46
12340865--12340909	19	2.5	18	82	10	56	31	4	8	55	1.51
12350416--12350466	26	2.0	26	84	0	66	43	1	9	45	1.48
12361537--12361597	28	2.1	28	84	3	77	54	8	8	29	1.59
12364211--12364240	11	2.6	12	89	10	53	40	0	0	60	0.97
12364215--12364241	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
12366631--12366976	171	2.0	171	93	1	595	33	21	10	34	1.88
12369573--12369633	23	2.6	25	80	17	76	36	11	4	47	1.61
12369829--12369919	30	3.0	28	76	15	74	56	8	1	34	1.38
12369848--12369920	30	2.4	30	88	2	101	56	8	1	34	1.38
12369848--12369930	30	2.8	30	83	10	100	59	7	1	32	1.33
12375421--12375534	53	2.2	53	95	0	201	28	28	10	32	1.90
12377851--12378052	109	1.9	109	93	2	352	33	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12378639--12378689	22	2.3	22	89	0	75	50	1	9	37	1.47
12388072--12388099	13	2.2	13	100	0	56	39	17	7	35	1.78
12394612--12394674	31	2.1	30	90	3	99	58	9	3	28	1.45
12394707--12394749	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
12394714--12394762	22	2.2	22	82	7	55	57	6	18	18	1.61
12396877--12396911	16	2.2	16	100	0	70	20	5	34	40	1.76
12397067--12397104	19	2.0	19	94	0	67	28	0	7	63	1.23
12399386--12399468	32	2.6	32	88	1	121	32	9	20	37	1.85
12400133--12400163	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
12400144--12400203	30	2.0	30	93	0	102	28	1	11	58	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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