genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14036103--14036175	33	2.2	33	83	7	87	31	8	13	46	1.73
14037657--14037719	31	2.0	31	93	0	108	22	17	14	46	1.84
14038746--14038805	30	2.0	30	100	0	120	33	13	23	30	1.93
14038790--14038902	57	2.0	57	94	0	199	25	30	13	30	1.94
14041615--14041792	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14041616--14041771	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14041612--14041792	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14045647--14045677	15	2.1	15	93	0	53	51	16	12	19	1.76
14048086--14048246	35	4.6	35	79	4	173	42	18	9	29	1.82
14052095--14052139	22	2.0	22	100	0	90	40	17	17	24	1.91
14055674--14055853	35	5.1	35	82	2	200	40	19	10	29	1.85
14060662--14060699	20	1.9	20	84	10	51	39	0	7	52	1.31
14060972--14061041	25	2.8	25	84	4	88	28	21	14	35	1.92
14066908--14066962	26	2.1	26	86	3	74	20	12	12	54	1.70
14067803--14067869	33	2.0	33	91	0	107	37	20	19	22	1.95
14070734--14070773	21	2.0	21	95	5	73	25	25	35	15	1.94
14082417--14082585	72	2.5	69	79	10	163	31	14	30	22	1.94
14102143--14102273	49	2.6	50	90	1	201	41	11	13	32	1.80
14104732--14104797	29	2.3	28	79	7	78	16	27	12	43	1.83
14104586--14104810	118	1.9	119	86	2	319	24	23	11	40	1.87
14109877--14109917	21	2.0	20	86	9	57	48	17	14	19	1.81
14125782--14125870	42	2.1	42	97	0	169	16	35	24	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14129869--14130060	39	4.9	40	84	5	148	27	29	22	20	1.99
14129905--14130064	78	2.1	78	84	4	207	26	29	21	21	1.99
14129939--14130064	39	3.2	39	95	0	216	26	30	21	21	1.98
14135348--14135473	39	3.2	39	89	0	180	30	29	19	21	1.97
14135980--14136019	20	2.0	20	85	5	53	32	7	0	60	1.25
14138268--14138309	20	2.1	20	86	0	57	52	7	14	26	1.67
14138367--14138417	20	2.7	19	81	6	68	29	13	7	49	1.70
14140036--14140072	14	2.6	14	91	4	56	45	5	0	48	1.25
14142242--14142276	16	2.2	16	94	0	61	42	0	8	48	1.33
14142252--14142315	22	2.9	22	70	23	53	42	1	4	51	1.32
14150749--14150780	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
14153828--14153880	20	2.7	20	79	2	63	35	1	1	60	1.19
14156026--14156084	31	2.0	31	83	6	77	47	10	6	35	1.64
14156045--14156259	102	2.1	102	99	0	421	40	13	8	38	1.75
14160856--14160904	25	2.0	25	88	8	73	34	0	2	63	1.06
14160936--14161005	12	6.0	12	77	11	65	27	0	2	70	1.02
14160936--14161005	33	2.1	34	84	12	101	27	0	2	70	1.02
14160953--14161014	19	3.5	19	66	20	53	30	0	4	64	1.14
14161030--14161070	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
14161385--14161419	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
14161490--14161641	67	2.3	63	79	6	160	28	5	11	53	1.59
14173125--14173668	90	6.1	90	88	1	772	30	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14173125--14173634	45	11.4	44	66	17	246	30	14	26	27	1.95
14175228--14175275	25	2.0	24	91	4	78	33	0	2	64	1.05
14175336--14175375	10	3.9	10	83	3	53	30	0	2	67	1.04
14175332--14175380	20	2.5	20	84	12	66	30	0	4	65	1.11
14175399--14175439	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
14175750--14175784	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
14177182--14178437	423	3.0	423	91	0	1992	32	14	20	33	1.92
14179874--14179919	18	2.6	18	90	10	69	69	0	26	4	1.07
14180525--14180561	19	1.9	19	89	10	58	54	2	5	37	1.38
14182406--14182468	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
14182591--14182623	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
14183788--14183818	16	1.9	16	93	0	53	48	16	6	29	1.70
14185431--14185463	16	2.0	17	88	5	50	18	15	15	51	1.77
14188241--14188276	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
14190519--14190583	32	2.0	32	96	0	121	27	9	26	36	1.87
14196599--14196664	24	2.6	26	80	17	77	56	0	1	42	1.08
14196709--14196749	18	2.2	19	91	4	66	70	0	4	24	1.06
14213741--14214372	316	2.0	316	99	0	1237	32	18	21	27	1.97
14219805--14220097	48	6.1	48	96	0	514	35	6	26	31	1.81
14220247--14220351	37	2.8	37	89	0	165	24	17	30	27	1.97
14222932--14223098	43	3.9	43	75	6	151	31	23	16	28	1.96
14228126--14228174	25	2.0	25	91	0	80	34	4	4	57	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14231984--14232020	14	2.6	15	83	12	51	43	8	0	48	1.32
14232035--14232222	61	3.1	61	68	14	181	43	2	5	48	1.39
14232096--14232141	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
14231991--14232259	120	2.2	120	93	3	454	42	2	4	49	1.37
14232036--14232219	57	3.1	58	66	25	139	42	2	5	48	1.39
14232216--14232257	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14232207--14232248	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14232381--14232490	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
14232471--14232538	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
14232770--14232900	61	2.2	58	82	6	147	51	3	0	43	1.25
14237443--14237669	48	4.7	48	81	4	235	25	18	28	27	1.98
14237450--14237668	96	2.3	96	84	3	280	25	17	28	28	1.98
14239689--14240057	185	2.0	185	96	0	675	34	12	18	34	1.88
14244283--14244434	78	1.9	78	87	0	223	31	16	21	30	1.95
14244879--14244986	44	2.5	42	78	11	112	29	13	23	33	1.93
14249829--14249947	29	4.2	30	78	8	133	26	29	14	29	1.95
14249831--14249943	58	2.0	57	84	5	147	25	30	15	29	1.95
14253621--14253648	12	2.3	12	100	0	56	42	0	32	25	1.55
14259088--14259168	42	1.9	43	87	2	119	35	27	14	22	1.93
14264285--14264309	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
14264857--14265035	27	6.6	27	78	8	166	26	14	29	29	1.95
14264857--14265034	54	3.3	54	80	8	191	26	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14264854--14265035	82	2.2	81	84	3	249	26	14	28	29	1.95
14272323--14272347	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
14272895--14273072	27	6.6	27	79	7	173	26	15	29	29	1.96
14272895--14273071	54	3.3	55	81	6	200	26	15	28	29	1.96
14272896--14273050	81	1.9	81	88	5	233	26	15	29	29	1.96
14272892--14273072	81	2.2	81	82	4	231	26	15	28	29	1.96
14280789--14280965	27	6.6	27	83	4	196	27	15	28	29	1.96
14280790--14280944	82	1.9	80	86	5	222	27	15	28	29	1.96
14280786--14280965	82	2.2	80	82	3	218	27	15	27	29	1.96
14283062--14283165	35	3.0	35	94	1	183	37	18	25	19	1.94
14285547--14285730	40	4.6	40	82	6	230	25	23	26	25	2.00
14285547--14285764	80	2.8	79	84	6	266	24	22	26	25	2.00
14291640--14291745	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	34	1.47
14292100--14292160	19	3.2	18	75	20	61	57	1	4	36	1.30
14292092--14292222	64	2.1	63	83	12	162	54	2	5	37	1.36
14292426--14292459	3	11.3	3	93	0	59	67	0	0	32	0.91
14292569--14292632	23	2.7	23	84	11	76	57	9	0	32	1.30
14292572--14292639	3	22.3	3	73	8	57	61	7	0	30	1.23
14293212--14293274	8	7.2	8	74	13	54	22	0	3	74	0.96
14293209--14293273	19	3.6	18	74	13	71	23	0	3	73	0.97
14293209--14293286	19	4.3	19	70	18	67	26	0	3	69	1.06
14294457--14294632	50	3.5	49	82	9	196	25	17	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14299183--14299264	39	2.1	39	97	0	155	25	25	15	32	1.96
14300877--14300920	21	2.1	21	86	0	61	34	20	0	45	1.51
14304353--14304570	42	5.2	42	83	0	265	18	20	14	46	1.84
14304378--14304572	63	3.1	62	78	6	221	19	20	14	45	1.85
14304353--14304570	21	10.4	21	78	7	183	18	20	14	46	1.84
14308345--14308399	28	2.0	27	85	3	74	25	18	20	36	1.94
14311857--14312380	47	11.1	47	89	4	772	31	8	30	29	1.87
14311857--14312380	96	5.5	96	90	5	798	31	8	30	29	1.87
14311857--14312380	143	3.7	142	88	6	776	31	8	30	29	1.87
14312499--14312577	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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