genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100630654--100630687	17	1.9	18	94	5	61	58	0	0	41	0.98
100630725--100630768	17	2.4	18	81	14	54	56	2	2	38	1.24
100637751--100637775	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
100639395--100639594	43	4.7	43	92	2	339	24	20	32	24	1.98
100645453--100645542	36	2.5	36	81	0	99	33	14	22	30	1.93
100645480--100645542	18	3.5	18	91	0	99	30	14	25	30	1.95
100647183--100647231	24	2.0	24	100	0	98	36	8	12	42	1.72
100656174--100656242	35	2.0	35	97	0	129	56	11	10	21	1.64
100660712--100660768	30	1.9	30	88	0	87	12	26	33	28	1.92
100662779--100662967	94	2.0	94	97	0	360	48	14	3	33	1.61
100664625--100665077	44	10.3	44	89	0	629	27	25	15	31	1.96
100668597--100668885	144	2.0	144	97	0	542	26	23	18	31	1.97
100676956--100677008	26	2.0	26	82	7	63	24	13	20	41	1.88
100678494--100678601	26	4.2	26	86	4	146	35	24	6	34	1.81
100678494--100678601	52	2.1	52	89	3	164	35	24	6	34	1.81
100679737--100679844	53	2.0	53	100	0	216	49	14	3	32	1.62
100686106--100686301	53	3.6	53	77	3	203	35	18	23	21	1.95
100694143--100694250	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
100698518--100698549	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
100701252--100701359	26	4.2	26	89	0	162	37	25	6	30	1.81
100703060--100703115	14	4.1	13	75	24	53	58	1	1	37	1.19
100703046--100703371	16	20.4	16	65	22	75	57	2	4	34	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100703048--100703113	34	1.9	34	87	0	96	59	1	3	36	1.22
100703250--100703390	34	4.4	32	71	17	89	60	2	2	34	1.26
100703286--100703393	13	8.0	14	67	22	63	61	0	2	35	1.17
100703284--100703329	2	24.5	2	78	12	53	56	0	2	41	1.11
100703314--100703394	35	2.3	36	81	10	96	61	1	2	34	1.17
100705078--100705735	289	2.3	289	91	1	1077	31	20	15	31	1.94
100717788--100717843	14	4.1	13	75	24	53	60	1	1	35	1.17
100717778--100717836	14	3.9	15	80	12	75	61	1	3	33	1.23
100717774--100717841	34	2.0	33	88	2	100	61	1	2	33	1.20
100717800--100717843	12	3.4	12	82	14	52	61	0	2	36	1.09
100718166--100718344	18	9.9	18	89	4	256	36	11	15	36	1.84
100718174--100718344	35	4.8	35	94	2	279	36	12	14	36	1.84
100718827--100718886	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
100718828--100718886	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
100718863--100718912	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
100725801--100726120	44	7.3	43	74	11	258	31	17	25	26	1.97
100725809--100726209	132	3.0	132	92	0	658	30	17	24	26	1.98
100727102--100727177	39	1.9	39	91	0	125	30	22	9	38	1.85
100733160--100733210	26	2.0	26	84	7	68	33	3	1	60	1.26
100733211--100733256	13	3.6	13	80	13	51	34	2	0	63	1.07
100733186--100733256	20	3.4	21	75	19	67	35	1	1	61	1.13
100734487--100734542	17	3.4	17	75	25	57	60	0	1	37	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100735025--100735186	18	8.9	18	88	4	229	37	15	11	36	1.83
100735025--100735186	71	2.2	72	89	6	247	37	15	11	36	1.83
100735025--100735186	35	4.5	37	90	5	244	37	15	11	36	1.83
100735549--100736065	205	2.5	205	93	0	854	29	21	18	30	1.97
100739204--100739349	45	3.3	45	71	14	122	27	23	16	32	1.96
100739204--100739508	89	3.4	88	85	1	342	28	23	18	28	1.98
100740698--100740801	51	2.0	51	92	0	172	14	24	19	42	1.88
100740970--100741023	27	2.0	27	100	0	108	29	25	11	33	1.91
100750912--100750998	28	3.0	28	67	23	70	28	24	17	29	1.97
100750893--100751013	60	2.0	61	87	9	176	29	23	18	28	1.98
100752365--100752651	49	5.8	49	82	5	353	28	26	19	26	1.99
100752371--100752652	100	2.8	100	97	0	530	28	26	19	25	1.98
100756974--100757012	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
100757476--100757565	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
100757671--100757735	28	2.3	28	91	0	103	29	7	29	33	1.85
100764092--100764130	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
100764569--100764683	55	2.1	56	80	8	128	35	21	24	18	1.95
100764594--100764683	27	3.2	27	79	7	92	33	23	24	18	1.97
100765452--100765485	16	2.1	16	88	5	50	14	11	20	52	1.73
100767800--100768087	49	5.8	49	80	4	326	28	27	18	25	1.98
100767805--100768088	100	2.8	100	95	0	505	28	27	19	25	1.98
100769614--100769653	20	2.0	20	85	9	55	27	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100785764--100785788	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
100787820--100787956	60	2.3	60	85	8	172	24	24	21	29	1.99
100791764--100792430	44	15.2	44	79	10	666	28	14	27	29	1.95
100791764--100792430	88	7.6	88	81	8	741	28	14	27	29	1.95
100791764--100792430	132	5.1	132	88	3	761	28	14	27	29	1.95
100791808--100792557	131	5.7	129	86	4	798	29	15	26	29	1.96
100792508--100792802	78	3.8	78	90	3	450	31	19	23	25	1.98
100792835--100793000	89	1.9	89	89	2	262	33	14	26	25	1.94
100792742--100793015	45	6.1	45	74	10	238	33	16	24	25	1.95
100793275--100793347	19	3.9	19	87	7	114	39	10	13	35	1.80
100793309--100793356	19	2.5	20	77	16	64	43	8	14	33	1.75
100793339--100793383	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
100795397--100795434	13	2.8	14	88	4	60	7	0	15	76	1.01
100797347--100797380	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
100797347--100797380	14	2.4	14	100	0	68	50	5	0	44	1.26
100799007--100799140	67	2.0	66	98	1	259	33	13	10	42	1.78
100799866--100799936	31	2.3	32	88	7	103	47	8	22	21	1.77
100800111--100800160	25	2.0	25	96	0	91	18	12	20	50	1.78
100803051--100803088	12	3.2	12	85	3	51	78	2	0	18	0.86
100803051--100803088	18	2.2	17	90	4	58	78	2	0	18	0.86
100804685--100804772	15	6.0	15	74	14	58	70	3	5	20	1.23
100804694--100804790	3	32.7	3	73	12	67	71	3	4	21	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100812779--100812825	22	2.0	23	84	15	62	63	2	27	6	1.30
100820330--100820404	39	1.9	39	94	0	132	29	16	28	26	1.96
100828228--100828266	21	2.0	21	90	10	64	71	0	28	0	0.86
100829152--100829203	27	1.9	27	92	0	86	40	0	5	53	1.25
100837146--100837171	12	2.2	12	100	0	52	50	30	7	11	1.67
100844112--100844250	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
100845156--100845291	52	2.6	52	92	0	227	35	22	13	27	1.93
100857044--100857074	16	1.9	16	100	0	62	29	38	0	32	1.57
100858814--100858882	12	5.8	11	75	20	50	28	2	4	63	1.28
100858810--100858890	24	3.4	23	83	6	83	30	2	4	61	1.30
100859099--100859174	38	2.0	37	85	10	100	34	0	3	61	1.14
100859091--100859166	25	2.9	25	79	16	75	34	0	5	60	1.19
100859110--100859165	15	3.9	15	72	13	55	33	0	5	60	1.19
100859304--100859342	20	2.0	20	85	10	53	33	7	0	58	1.26
100859490--100859542	27	2.0	27	88	0	79	28	7	3	60	1.41
100859731--100859762	15	2.1	15	94	0	55	31	3	0	65	1.08
100866759--100866886	64	2.0	64	90	0	202	31	17	14	36	1.90
100866966--100867284	43	7.4	42	67	10	194	34	21	23	20	1.96
100867002--100867334	44	7.6	43	66	10	174	34	21	23	19	1.96
100866966--100867384	87	4.8	87	91	0	624	35	20	23	20	1.96
100867508--100867629	45	2.7	45	83	3	140	29	17	24	28	1.97
100869149--100869233	3	28.7	3	70	11	50	31	3	4	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100869141--100869202	23	2.6	22	82	12	63	29	3	3	64	1.25
100869421--100869500	11	7.5	11	72	8	58	35	0	5	60	1.19
100869424--100869508	13	6.6	13	70	15	52	34	0	4	61	1.17
100869638--100869676	20	2.0	20	85	10	53	33	7	0	58	1.26
100869750--100869836	11	8.1	11	71	17	51	31	2	10	56	1.45
100869833--100869885	27	2.0	27	88	0	79	28	7	3	60	1.41
100872593--100872623	16	1.9	16	100	0	62	29	38	0	32	1.57
100875737--100875816	41	2.0	41	89	0	124	31	23	25	20	1.98
100879488--100879561	25	3.2	25	68	28	81	39	2	4	54	1.34
100893562--100893605	19	2.3	19	80	7	54	22	4	6	65	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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