genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53045026--53045080	27	2.1	26	83	10	67	45	21	14	18	1.85
53047605--53047635	16	1.9	16	93	0	53	58	25	3	12	1.50
53049148--53049263	29	4.0	29	80	4	119	26	13	29	30	1.94
53050316--53050349	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
53072861--53073025	42	3.9	42	80	4	188	26	24	16	32	1.96
53080177--53080218	22	1.9	22	85	9	59	40	0	21	38	1.53
53090546--53090600	27	2.0	27	100	0	110	14	21	18	45	1.85
53092651--53092835	40	4.6	39	78	9	140	23	20	28	27	1.99
53092704--53092833	40	3.3	39	88	3	179	23	20	28	27	1.99
53092704--53092868	79	2.1	79	80	2	179	24	20	28	26	1.99
53100477--53100660	40	4.6	39	78	9	140	23	20	28	27	1.99
53100530--53100658	40	3.3	39	88	4	179	22	20	28	27	1.99
53100530--53100693	78	2.1	79	80	3	179	24	20	28	26	1.99
53108392--53108490	39	2.5	39	85	6	121	24	23	28	24	2.00
53112473--53112502	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
53115845--53115878	16	2.1	17	88	5	52	64	5	11	17	1.45
53118233--53118271	17	2.3	17	95	0	69	15	0	23	61	1.33
53118260--53118305	17	2.7	17	93	0	74	10	0	32	56	1.34
53118432--53118470	17	2.5	16	88	12	55	12	0	35	51	1.40
53118287--53118986	275	2.5	276	88	6	996	36	3	21	38	1.70
53118726--53118967	134	1.8	134	90	3	393	38	3	20	38	1.69
53119007--53119441	126	3.5	126	89	0	656	38	15	17	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53121103--53121230	39	3.3	38	83	3	166	21	26	20	31	1.98
53127766--53127928	39	4.2	39	88	0	236	23	24	18	33	1.97
53132259--53132312	7	7.7	7	95	0	99	59	12	0	27	1.34
53133460--53133506	22	2.2	21	85	14	62	46	8	17	27	1.76
53134749--53134797	14	3.5	13	81	13	53	48	0	4	46	1.20
53143684--53143742	30	1.9	31	83	10	77	62	0	16	20	1.32
53144878--53144922	23	2.0	23	83	16	58	13	20	26	40	1.89
53163530--53163715	49	3.8	49	79	3	203	25	26	18	29	1.98
53163543--53163720	98	1.8	99	86	1	232	25	27	17	29	1.97
53165970--53166037	35	1.9	35	96	0	127	39	19	7	33	1.79
53166075--53166108	17	2.0	17	94	0	59	41	8	2	47	1.50
53167432--53167477	15	3.1	15	80	0	56	41	2	0	56	1.11
53167699--53167745	24	2.0	24	86	0	67	21	34	8	36	1.84
53168755--53168812	24	2.4	24	79	0	71	25	24	6	43	1.79
53170423--53170447	11	2.3	11	100	0	50	56	28	0	16	1.41
53171300--53171398	52	1.9	52	91	0	162	28	22	14	35	1.93
53179635--53179661	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
53180023--53180069	16	3.0	16	84	9	62	42	6	0	51	1.27
53180706--53180774	36	1.9	36	96	0	129	44	21	7	26	1.78
53185662--53185686	13	1.9	13	100	0	50	8	40	20	32	1.81
53191333--53191407	36	2.1	37	82	12	93	45	21	8	25	1.79
53198216--53198260	21	2.1	21	100	0	90	31	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53202730--53202789	30	2.0	30	90	0	93	35	25	3	36	1.72
53211241--53211296	21	2.7	21	85	0	76	14	30	33	21	1.93
53214633--53214667	18	1.9	17	88	11	52	51	0	5	42	1.25
53214741--53214781	7	5.7	7	97	2	73	43	0	0	56	0.99
53215393--53215475	40	2.1	40	97	0	157	27	13	15	43	1.84
53218339--53218416	22	3.6	21	92	3	129	53	5	7	33	1.51
53220667--53220706	21	2.0	21	90	5	64	37	22	20	20	1.94
53224291--53224400	54	2.0	54	100	0	220	32	12	36	18	1.88
53231902--53231954	25	2.2	25	86	3	72	39	1	1	56	1.21
53237038--53237142	44	2.4	45	84	7	126	29	8	22	39	1.84
53237171--53237251	20	4.0	19	76	10	72	23	9	13	53	1.70
53237608--53237640	17	1.9	17	93	0	57	27	18	12	42	1.85
53261738--53261769	16	2.0	16	100	0	64	18	18	18	43	1.88
53262945--53263013	36	1.9	36	93	0	120	11	27	33	27	1.91
53266777--53267059	140	2.0	140	97	0	530	37	14	13	34	1.85
53272953--53273140	29	6.4	29	80	2	180	39	13	25	21	1.90
53272927--53273142	87	2.5	88	84	0	281	38	13	26	21	1.91
53272925--53273143	29	7.5	29	76	6	158	38	13	26	22	1.91
53273821--53273895	38	1.9	39	94	5	134	58	2	8	30	1.41
53287844--53288015	40	4.3	40	85	5	206	25	20	27	26	1.99
53287844--53288015	79	2.2	79	82	5	204	25	20	27	26	1.99
53294954--53294993	21	2.0	21	95	5	73	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53297623--53297666	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
53298876--53299023	48	3.1	48	92	0	242	38	8	23	29	1.84
53299886--53299947	31	2.0	31	100	0	124	38	16	12	32	1.86
53309933--53310096	42	3.9	42	79	1	175	31	15	21	31	1.95
53309940--53310096	85	1.9	84	82	4	199	31	16	21	29	1.95
53317828--53317909	23	3.6	23	74	11	69	37	19	20	21	1.94
53321062--53321142	42	1.9	42	97	0	153	29	7	25	37	1.83
53323343--53323613	94	2.8	93	78	8	262	28	18	28	24	1.98
53333972--53333999	13	2.2	13	100	0	56	21	7	57	14	1.61
53334826--53335472	27	24.0	27	83	7	688	28	22	8	40	1.84
53334836--53335478	54	11.9	54	86	1	770	28	22	8	40	1.83
53334829--53335472	162	4.0	162	91	1	1015	28	22	8	40	1.83
53335483--53335679	27	7.3	27	85	0	241	37	19	18	24	1.94
53335483--53335678	54	3.6	54	86	2	268	36	19	18	25	1.94
53335877--53335959	27	3.1	26	87	5	112	19	20	21	38	1.93
53336270--53336338	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
53336461--53336550	6	14.8	6	74	19	80	20	17	13	48	1.80
53336461--53336550	24	3.7	24	89	7	137	20	17	13	48	1.80
53339837--53339938	29	3.6	28	85	6	125	27	29	16	26	1.97
53339828--53339938	58	1.9	57	85	1	150	27	29	15	27	1.96
53349483--53349689	53	3.8	54	81	1	245	19	24	18	37	1.94
53356979--53357131	55	2.8	54	79	2	173	20	22	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53364422--53364617	53	3.7	52	74	8	162	19	22	19	37	1.94
53369773--53369827	23	2.4	23	93	0	92	12	23	36	27	1.91
53382462--53382524	31	2.0	31	90	0	99	25	23	14	36	1.93
53382709--53382856	25	6.2	25	92	3	227	28	24	19	27	1.99
53382903--53382974	20	3.5	20	92	1	117	31	22	11	34	1.89
53395839--53395898	29	2.1	29	93	0	102	55	10	10	25	1.64
53401177--53401277	22	4.4	23	81	8	118	32	18	22	25	1.97
53401177--53401300	22	5.4	24	79	13	104	31	19	23	25	1.98
53401165--53401287	45	2.7	46	76	19	121	33	17	23	26	1.96
53405015--53405075	20	3.0	20	76	9	79	18	32	13	36	1.89
53404991--53405075	40	2.1	40	91	4	136	18	32	11	36	1.88
53405081--53405156	40	1.9	40	86	0	107	7	32	23	35	1.84
53405081--53405132	20	2.6	20	75	0	50	7	34	25	32	1.84
53407712--53407873	42	3.9	42	82	8	179	28	23	16	31	1.96
53407988--53408038	9	5.1	11	80	20	67	62	9	0	27	1.26
53407988--53408038	20	2.6	20	96	3	95	62	9	0	27	1.26
53410896--53411009	43	2.6	44	80	5	133	26	29	17	26	1.97
53410933--53411024	45	2.0	45	83	4	114	31	27	16	25	1.96
53411744--53411783	19	2.2	19	90	4	64	60	2	5	32	1.32
53414163--53414221	29	2.0	29	93	0	100	25	27	13	33	1.93
53416299--53416400	43	2.4	43	83	3	125	29	16	21	32	1.95
53421834--53421923	33	2.7	34	77	13	98	32	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53433399--53433567	40	4.2	40	85	3	196	24	22	27	25	2.00
53436994--53437498	47	10.6	47	92	2	803	33	8	29	28	1.86
53436994--53437498	96	5.3	94	94	1	803	33	8	29	28	1.86
53439948--53440038	38	2.4	38	96	3	166	29	15	29	25	1.96
53440092--53440438	159	2.2	160	92	1	581	23	21	29	25	1.99
53440092--53440438	40	8.7	40	91	0	545	23	21	29	25	1.99
53443829--53444332	47	10.6	47	92	3	794	33	8	29	28	1.86
53443829--53444332	96	5.3	96	93	2	797	33	8	29	28	1.86
53446775--53446860	38	2.3	38	97	0	163	31	12	29	26	1.93
53446919--53447266	40	8.7	40	90	0	518	23	20	29	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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