genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593837--2593918	29	2.8	28	80	14	85	54	0	1	43	1.07
2593907--2593941	7	4.7	7	89	10	52	71	0	0	28	0.86
2593897--2593945	25	2.0	24	84	4	62	67	0	0	32	0.91
2593907--2593941	16	2.4	14	90	9	52	71	0	0	28	0.86
2597008--2597043	19	1.9	18	88	5	54	47	22	0	30	1.52
2602432--2602494	33	1.9	33	90	0	99	28	1	36	33	1.67
2602429--2602494	16	4.1	16	90	3	96	28	1	34	34	1.67
2602713--2603656	119	7.9	120	98	0	1817	47	6	1	43	1.40
2602713--2603656	239	3.9	239	98	0	1813	47	6	1	43	1.40
2602713--2603656	358	2.6	358	98	0	1811	47	6	1	43	1.40
2617357--2617433	31	2.5	31	97	0	145	28	16	20	33	1.95
2621068--2621119	27	2.0	27	84	3	70	40	1	1	55	1.22
2623592--2623634	20	2.1	21	86	4	61	53	2	2	41	1.26
2624132--2624157	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2628284--2628355	25	2.7	29	79	18	86	38	1	0	59	1.06
2628284--2628355	24	2.7	28	79	18	75	38	1	0	59	1.06
2635572--2635613	14	3.0	14	83	10	59	16	0	38	45	1.48
2635891--2635938	20	2.4	20	82	6	62	35	2	4	58	1.29
2636223--2636261	3	12.7	3	94	5	69	69	0	0	30	0.89
2636935--2636997	34	1.9	33	81	9	76	47	1	1	49	1.20
2636972--2637096	11	11.2	11	65	21	55	53	0	1	44	1.15
2636972--2637050	23	3.5	22	75	11	70	51	1	2	44	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637055--2637114	30	1.9	32	90	6	97	58	0	1	40	1.08
2647007--2647032	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
2647230--2647269	17	2.3	17	86	4	53	60	0	0	40	0.97
2648787--2648817	13	2.4	13	94	0	53	6	58	0	35	1.24
2648768--2648826	31	1.9	31	89	6	93	3	59	0	37	1.14
2648769--2648822	12	4.4	12	77	13	56	3	57	0	38	1.17
2648769--2648826	18	3.2	18	83	9	73	3	58	0	37	1.15
2651625--2651681	22	2.5	22	73	15	55	45	8	8	36	1.66
2651724--2651761	3	12.7	3	94	0	58	63	0	5	31	1.17
2653881--2653957	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
2653897--2653936	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2653885--2653951	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
2653920--2653959	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
2655038--2655077	3	13.7	3	92	5	64	27	0	2	70	1.01
2656364--2656403	16	2.5	15	80	11	53	72	0	0	27	0.85
2656562--2656618	28	2.0	28	96	0	105	36	19	7	36	1.79
2660393--2660438	23	2.0	23	95	0	83	34	2	13	50	1.53
2662430--2662472	21	2.2	20	84	15	56	30	2	20	46	1.63
2662430--2662474	18	2.3	20	78	17	51	31	2	20	46	1.62
2662707--2662758	20	2.6	20	84	0	68	21	32	30	15	1.94
2663539--2663606	29	2.3	29	83	14	79	47	0	4	48	1.22
2665896--2665957	26	2.3	26	91	2	106	48	1	3	46	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2670123--2670166	23	1.9	23	81	9	54	63	0	13	22	1.29
2672174--2672401	122	1.9	122	81	1	278	29	16	12	40	1.86
2674190--2674307	59	2.0	59	100	0	236	32	16	16	33	1.92
2685204--2685260	28	2.0	28	100	0	114	36	10	17	35	1.84
2691813--2691854	19	2.2	19	100	0	84	45	4	23	26	1.73
2703302--2703332	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
2707387--2707443	18	3.2	18	92	0	96	31	17	24	26	1.97
2715168--2715239	33	2.2	33	85	7	94	56	9	2	30	1.46
2725686--2725725	20	2.0	20	100	0	80	30	30	0	40	1.57
2738599--2739215	212	3.0	199	83	8	781	29	13	19	37	1.90
2738850--2739215	203	1.8	199	89	4	572	30	13	19	36	1.90
2743883--2743912	15	2.0	15	93	0	51	3	56	0	40	1.16
2745000--2745047	24	2.0	24	84	12	62	45	0	4	50	1.21
2748660--2748690	4	7.8	4	92	0	53	51	19	0	29	1.47
2757538--2757563	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2758771--2758856	44	2.0	44	95	0	154	44	9	17	29	1.80
2759204--2759256	20	2.7	20	85	8	65	45	0	3	50	1.19
2759153--2759240	46	2.0	45	84	8	117	36	2	3	57	1.28
2766330--2766354	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2772457--2772491	16	2.2	16	89	0	52	51	0	0	48	1.00
2772446--2772506	20	3.3	19	80	15	65	55	1	0	42	1.09
2774014--2774043	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778264--2778373	55	2.0	55	89	3	168	24	18	28	29	1.98
2779934--2779960	6	4.5	6	100	0	54	33	0	33	33	1.58
2781316--2781764	63	7.1	63	75	7	376	48	23	12	15	1.78
2781322--2781764	127	3.5	127	90	1	658	48	23	12	15	1.78
2782108--2782186	10	8.2	10	71	18	53	56	2	2	37	1.26
2782114--2782267	19	8.2	19	70	18	67	55	1	5	37	1.35
2782109--2782181	29	2.6	28	82	4	83	58	1	2	36	1.21
2782111--2782268	9	16.8	9	63	18	54	55	1	5	37	1.35
2783523--2783575	9	5.6	9	78	8	52	20	0	3	75	0.96
2785875--2785970	7	13.9	7	67	21	51	33	1	17	47	1.55
2785863--2785972	14	8.0	13	72	18	73	32	0	18	48	1.54
2785895--2785972	21	3.8	20	75	11	77	29	1	19	50	1.56
2790351--2790378	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2792137--2792199	31	2.0	31	84	0	81	47	0	4	47	1.23
2795666--2795732	17	4.1	17	69	18	52	64	1	0	34	1.03
2795660--2795707	16	3.1	15	78	6	51	68	0	0	31	0.90
2800223--2800251	12	2.4	12	100	0	58	0	6	24	68	1.13
2804067--2804097	8	3.8	8	95	4	53	90	0	0	9	0.46
2804067--2804098	9	3.7	9	91	8	57	90	0	0	9	0.45
2804245--2804274	3	10.0	3	92	0	51	30	0	0	70	0.88
2806678--2806729	18	2.8	19	77	11	63	42	17	7	32	1.77
2811593--2811989	131	3.0	131	74	6	374	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837209--2837244	11	3.3	11	88	0	54	22	36	38	2	1.69
2837210--2837254	22	2.0	23	86	4	65	20	35	40	4	1.72
2837909--2837972	29	2.2	28	80	2	74	31	3	4	60	1.32
2837999--2838065	34	2.0	33	88	8	100	35	4	2	56	1.35
2838051--2838097	14	3.1	15	75	9	51	34	6	0	59	1.23
2838126--2838196	32	2.2	32	83	11	85	33	2	1	61	1.19
2838302--2838347	21	2.0	25	84	16	64	28	10	0	60	1.30
2838800--2838951	76	2.0	76	96	0	277	26	13	13	46	1.80
2838998--2839256	131	2.0	131	86	0	365	28	16	18	37	1.92
2845956--2846103	74	2.0	74	90	2	235	31	23	20	23	1.98
2849371--2849423	26	2.0	26	100	0	106	47	15	7	30	1.73
2850697--2850757	25	2.4	25	97	2	113	52	9	13	24	1.70
2851610--2851682	26	2.8	26	76	15	62	35	4	2	57	1.32
2852248--2852297	24	2.1	24	100	0	100	30	0	16	54	1.42
2856943--2857115	46	3.7	46	75	13	183	21	20	29	28	1.98
2856937--2857108	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	28	1.98
2860890--2860926	17	2.1	18	85	14	51	59	2	0	37	1.12
2861396--2861468	33	2.3	33	90	9	116	34	1	2	61	1.19
2863086--2863135	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2867725--2867774	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2874666--2874704	19	2.0	20	85	5	53	66	2	0	30	1.05
2875254--2875297	20	2.1	21	87	4	63	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2878742--2878805	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
2882344--2882390	18	2.5	19	89	6	69	25	10	17	46	1.79
2885336--2885370	17	2.1	17	94	0	61	45	8	0	45	1.34
2889621--2889666	5	9.0	5	90	2	56	23	2	2	71	1.08
2889737--2889783	15	3.1	15	90	0	67	25	10	0	63	1.26
2889743--2889792	15	3.3	15	88	0	73	28	10	0	62	1.27
2890366--2890417	11	4.5	11	73	17	52	61	0	0	38	0.96
2897878--2897936	27	2.3	25	82	11	66	57	3	0	38	1.15
2898702--2898772	31	2.3	31	75	4	72	59	8	8	23	1.54
2926550--2926587	19	2.0	20	89	5	60	55	2	0	42	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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