genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44287632--44287741	47	2.3	47	90	0	166	35	14	23	26	1.93
44287728--44287868	54	2.6	53	82	7	160	36	18	21	22	1.95
44287730--44287918	55	3.5	53	76	7	166	37	18	22	21	1.95
44292419--44292570	40	3.7	40	87	4	216	23	23	27	25	2.00
44292419--44292602	40	4.6	40	84	4	192	23	23	27	25	2.00
44292419--44292602	80	2.3	81	83	7	214	23	23	27	25	2.00
44297072--44297155	44	1.9	44	85	4	116	41	11	21	25	1.87
44297337--44297484	54	2.7	55	82	3	174	36	18	24	20	1.95
44297082--44297931	433	2.0	434	97	0	1594	35	16	24	23	1.95
44297770--44297917	54	2.7	55	86	3	201	35	18	25	20	1.96
44301757--44301800	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
44302027--44302248	40	5.6	40	90	1	331	28	25	22	23	1.99
44311252--44311323	33	2.2	32	90	7	119	30	16	2	50	1.60
44311261--44311326	33	2.0	33	100	0	132	30	15	3	51	1.58
44315813--44316027	40	5.3	40	84	8	265	23	22	26	27	1.99
44315813--44316027	83	2.7	80	85	8	276	23	22	26	27	1.99
44323609--44323832	40	5.6	40	87	3	297	23	23	27	25	2.00
44323613--44323832	83	2.7	80	88	5	293	23	24	27	25	2.00
44325934--44326061	49	2.7	47	81	6	150	27	19	27	25	1.99
44334487--44334555	36	1.9	36	90	0	111	26	21	26	26	2.00
44334438--44334604	85	2.0	85	95	0	298	25	19	26	28	1.99
44340615--44340643	11	2.7	11	94	5	51	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44345590--44345622	7	4.7	7	92	7	50	9	0	0	90	0.44
44345590--44345622	8	4.4	8	88	11	52	9	0	0	90	0.44
44345590--44345622	15	2.3	14	94	5	57	9	0	0	90	0.44
44359008--44359133	27	4.7	26	81	6	135	27	17	26	27	1.98
44359007--44359133	54	2.3	54	82	11	152	28	17	26	27	1.98
44361997--44362061	33	2.0	33	93	0	112	35	33	16	13	1.89
44367440--44367485	19	2.3	20	85	10	60	36	0	8	54	1.32
44367825--44367879	23	2.4	22	90	6	83	45	21	0	32	1.52
44369818--44369911	38	2.4	38	84	5	127	25	23	12	38	1.90
44370105--44370274	25	7.0	24	84	9	211	26	23	21	28	1.99
44370332--44370377	9	4.9	9	79	10	56	36	21	6	34	1.80
44370341--44370379	20	2.0	20	94	0	69	33	20	10	35	1.86
44370320--44370377	29	2.0	29	96	0	107	34	22	8	34	1.85
44374698--44374831	43	3.1	43	84	0	178	27	31	17	23	1.97
44376037--44376100	31	2.1	31	100	0	128	48	12	12	26	1.76
44379132--44379162	15	2.1	15	100	0	62	25	29	19	25	1.99
44382960--44383137	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
44382981--44383136	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
44382960--44383149	82	2.3	83	77	12	212	30	27	15	27	1.96
44391065--44391242	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
44391086--44391241	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
44391065--44391267	82	2.5	83	78	11	220	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44391065--44391267	27	7.4	25	75	17	124	29	28	15	26	1.96
44397967--44398042	36	2.1	36	97	0	143	26	23	9	40	1.84
44415147--44415208	27	2.3	27	82	0	70	46	8	22	22	1.78
44420692--44420725	17	2.0	17	100	0	68	11	23	11	52	1.70
44423045--44423220	46	3.8	46	78	12	189	19	21	30	28	1.98
44423042--44423213	93	1.8	93	92	0	290	20	21	30	27	1.98
44432028--44432080	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
44440034--44440083	25	2.0	25	100	0	100	28	24	8	40	1.83
44442478--44442599	50	2.5	49	81	5	142	28	22	13	35	1.92
44444004--44444033	13	2.3	13	94	0	51	56	13	6	23	1.60
44449072--44449199	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
44449072--44449199	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
44454918--44454969	25	2.0	28	85	11	74	50	1	19	28	1.58
44455347--44455501	10	15.9	10	68	18	60	63	1	5	29	1.28
44462741--44462850	54	2.0	54	91	0	175	27	11	11	49	1.74
44465882--44466102	104	2.1	104	86	0	316	28	23	14	32	1.95
44466068--44466142	36	2.1	36	89	0	114	26	21	16	36	1.94
44465964--44466242	140	2.0	140	87	1	398	29	23	13	32	1.93
44466530--44466564	18	1.9	18	88	0	52	22	14	31	31	1.94
44469443--44469480	18	2.0	20	90	10	62	31	2	7	57	1.41
44469469--44469539	33	2.2	31	77	18	74	30	0	5	63	1.17
44469453--44469578	51	2.5	48	81	12	128	32	0	6	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44469505--44469558	21	2.7	20	83	8	74	31	0	3	64	1.11
44472665--44472807	76	1.9	76	86	5	209	44	13	6	34	1.71
44472662--44472803	39	3.7	40	70	20	113	43	14	7	35	1.72
44473468--44473522	21	2.6	22	77	8	60	56	25	1	16	1.50
44476168--44476208	9	4.9	9	82	11	52	39	0	0	60	0.96
44477970--44478101	49	2.6	50	80	8	142	25	20	25	28	1.99
44477970--44478150	50	3.6	50	79	5	159	25	18	27	29	1.98
44507360--44507424	32	2.0	32	96	0	121	30	6	26	36	1.81
44508903--44508955	26	2.0	26	89	7	81	35	22	15	26	1.93
44511478--44511513	15	2.4	15	90	0	54	41	2	5	50	1.40
44511836--44511880	19	2.3	20	84	3	56	26	8	6	57	1.54
44511869--44511932	27	2.5	26	82	5	67	23	4	12	59	1.52
44516640--44516735	28	3.5	28	73	8	97	40	19	23	15	1.90
44520646--44520758	23	5.0	23	84	5	115	22	19	19	38	1.93
44520651--44520758	46	2.4	44	83	4	128	21	19	19	39	1.92
44520930--44520969	18	2.2	19	86	4	55	47	0	22	30	1.52
44521625--44521693	22	3.1	22	77	8	77	20	23	15	40	1.91
44524620--44524980	178	2.0	178	98	0	704	34	9	17	39	1.81
44525225--44525272	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
44528943--44528989	15	3.3	14	76	11	51	21	4	0	74	0.99
44529881--44529915	9	3.7	9	85	14	52	85	2	11	0	0.69
44533275--44533302	10	2.8	10	100	0	56	32	7	0	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44536944--44537100	46	3.5	44	74	20	132	29	18	28	24	1.98
44537038--44537148	46	2.5	44	85	7	143	28	19	27	24	1.99
44539084--44539395	27	11.6	27	80	7	271	38	20	11	29	1.87
44539084--44539341	81	3.2	81	83	6	319	39	21	9	29	1.85
44539326--44539736	27	15.3	27	88	0	554	31	19	23	25	1.98
44540144--44540269	6	20.3	6	66	18	53	19	14	15	50	1.79
44545985--44546108	43	2.9	43	86	1	169	22	31	21	24	1.98
44548033--44548062	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
44552440--44552542	40	2.5	40	81	4	118	26	28	16	29	1.97
44552536--44552644	43	2.5	43	84	0	128	25	31	19	23	1.98
44557455--44557597	44	3.3	44	77	8	152	27	25	19	26	1.99
44560284--44560317	17	2.0	17	100	0	68	11	29	5	52	1.61
44560661--44560805	50	2.9	50	85	1	184	28	28	17	24	1.98
44561569--44561906	168	2.0	168	98	0	658	31	14	21	32	1.93
44564086--44564591	49	10.6	49	93	4	847	32	8	29	29	1.87
44564086--44564591	96	5.3	96	94	2	853	32	8	29	29	1.87
44564086--44564591	145	3.5	144	95	1	872	32	8	29	29	1.87
44572079--44572177	44	2.3	43	80	5	101	27	25	18	29	1.98
44575010--44575142	47	2.8	47	82	10	182	27	21	28	21	1.99
44575012--44575221	94	2.2	93	85	8	273	27	18	30	23	1.98
44576817--44576963	25	5.9	25	78	9	140	18	27	21	32	1.96
44576782--44576942	50	3.2	48	81	6	146	18	26	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44576855--44576963	49	2.2	51	85	9	154	20	30	20	29	1.97
44576855--44576977	25	5.0	25	80	7	83	19	29	20	30	1.97
44576846--44576987	74	1.9	74	80	5	162	20	28	20	30	1.97
44578988--44579075	40	2.2	40	91	0	140	25	13	11	50	1.75
44579358--44579419	22	2.8	22	72	18	56	40	16	16	27	1.89
44587059--44587141	43	1.9	43	85	0	112	18	15	31	34	1.92
44591307--44591449	25	5.8	25	74	11	98	17	27	20	34	1.95
44591297--44591449	50	3.1	48	82	7	180	18	27	18	34	1.95
44591408--44591474	24	2.7	25	79	2	73	19	32	19	28	1.96
44591297--44591485	99	1.9	101	82	6	242	19	28	19	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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