genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37594240--37594370	46	2.8	46	87	0	181	34	9	30	25	1.87
37599196--37599250	28	2.0	27	85	3	74	32	18	25	23	1.97
37619628--37619706	37	2.1	37	88	0	113	25	31	17	25	1.97
37619825--37620235	47	8.7	47	94	0	680	28	29	8	32	1.87
37624272--37624444	46	3.7	46	75	14	176	23	20	26	30	1.99
37624269--37624439	93	1.8	93	91	2	281	22	21	26	29	1.99
37628809--37628882	27	2.8	26	76	15	71	27	21	18	32	1.97
37628837--37628924	27	3.3	27	88	3	115	27	17	15	39	1.90
37628877--37629350	27	17.7	27	84	3	521	30	11	20	38	1.87
37628877--37629350	80	5.9	80	85	1	563	30	11	20	38	1.87
37629690--37629755	28	2.4	28	92	0	114	28	34	13	22	1.92
37631793--37631938	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
37639801--37639986	40	4.7	40	84	4	214	27	26	22	23	1.99
37643433--37643521	27	3.3	27	81	6	90	28	14	17	39	1.89
37643473--37643838	27	13.7	27	78	6	343	29	10	20	39	1.86
37643499--37643838	107	3.2	107	82	2	389	29	10	20	39	1.86
37643473--37643838	80	4.6	81	79	6	370	29	10	20	39	1.86
37644178--37644246	28	2.5	28	90	0	111	33	39	8	18	1.82
37647050--37647142	27	3.4	27	84	0	87	33	16	11	38	1.85
37647095--37647566	27	17.6	27	76	10	303	32	9	19	39	1.83
37647092--37647547	80	5.7	81	77	4	275	32	9	19	39	1.83
37647094--37647566	54	8.8	54	78	5	415	32	9	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37647123--37647567	160	2.8	161	80	7	485	32	8	19	39	1.83
37647882--37647973	28	3.3	28	89	0	130	26	35	17	20	1.95
37654383--37654804	135	3.1	140	93	3	716	44	5	9	40	1.59
37654780--37654930	76	2.0	75	89	1	230	30	16	7	45	1.74
37657945--37657992	24	2.0	24	84	8	62	29	0	25	45	1.53
37659153--37659183	13	2.4	13	100	0	62	16	38	22	22	1.92
37667019--37667100	39	2.1	39	88	4	121	21	20	26	30	1.98
37675736--37675886	27	5.6	27	81	4	169	27	15	27	29	1.96
37675736--37675886	55	2.8	55	86	5	191	27	15	27	29	1.96
37678452--37678538	39	2.2	39	97	0	165	21	24	27	26	1.99
37678452--37678551	39	2.6	39	90	3	130	22	24	27	27	1.99
37679781--37679823	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
37680599--37680693	44	2.2	44	85	7	124	32	21	16	29	1.95
37695360--37695400	20	2.0	20	95	0	73	26	4	7	60	1.43
37709380--37709440	27	2.2	28	88	5	90	37	22	9	29	1.87
37715726--37715949	39	5.7	40	83	9	248	24	27	22	25	2.00
37715726--37715949	79	2.8	78	81	9	256	24	27	22	25	2.00
37718362--37718413	25	2.1	25	100	0	104	42	0	28	28	1.56
37723189--37723230	17	2.5	17	96	0	75	28	19	16	35	1.93
37734095--37734150	21	2.7	21	88	2	78	26	30	35	7	1.83
37734111--37734155	21	2.1	21	91	0	72	22	26	42	8	1.83
37734561--37734609	23	2.1	24	88	3	73	28	30	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37735495--37735663	46	3.7	45	78	10	148	24	30	17	27	1.97
37738208--37738390	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
37738209--37738392	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
37738261--37738415	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
37745620--37745797	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
37745621--37745776	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
37745617--37745797	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
37761226--37761272	16	2.9	16	78	12	60	38	4	27	29	1.76
37764935--37764970	17	2.1	17	100	0	72	25	0	38	36	1.56
37765095--37765137	11	3.9	11	78	9	52	69	2	0	27	1.00
37767720--37767764	20	2.3	20	85	11	58	33	0	11	55	1.35
37768285--37768321	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
37773259--37773333	31	2.5	30	82	6	80	41	8	25	25	1.82
37773322--37773394	29	2.5	29	90	2	110	41	12	31	15	1.84
37773287--37773394	30	3.6	30	82	7	114	41	12	28	17	1.85
37773259--37773464	30	6.9	30	74	7	107	37	12	25	24	1.90
37773680--37773732	26	2.0	26	100	0	106	43	15	11	30	1.81
37775741--37775959	47	4.7	47	89	0	321	28	30	7	34	1.84
37775741--37776211	94	5.2	94	69	18	350	29	30	7	32	1.85
37775933--37775984	16	3.4	16	71	28	58	34	26	0	38	1.57
37775929--37775989	30	2.0	30	100	0	122	32	27	0	39	1.57
37775834--37776211	124	2.9	127	88	6	528	29	30	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37775882--37776036	77	2.0	77	97	0	292	29	29	5	36	1.79
37775987--37776062	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
37775959--37776211	47	5.4	47	97	0	434	30	30	7	31	1.86
37775788--37776130	171	2.0	171	91	0	551	29	29	6	33	1.84
37775741--37776177	218	2.0	218	93	0	748	29	30	7	33	1.84
37776128--37776203	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
37782831--37783048	79	2.8	81	80	11	247	26	26	21	26	1.99
37782864--37783048	40	4.7	40	79	10	218	26	27	21	24	1.99
37786072--37786215	78	1.8	78	96	0	270	24	13	20	40	1.89
37791417--37791601	40	4.7	40	80	7	191	24	21	27	26	1.99
37791472--37791624	79	1.9	79	81	7	186	26	19	27	26	1.99
37799443--37799626	40	4.7	40	82	8	216	25	22	26	26	2.00
37799443--37799598	78	2.0	79	83	7	201	25	21	26	26	2.00
37799444--37799618	78	2.2	79	81	10	196	25	22	26	25	2.00
37801689--37801855	27	6.2	27	88	5	248	32	19	23	25	1.97
37801685--37801874	27	7.0	27	88	1	208	33	19	22	24	1.97
37802020--37802098	27	2.9	27	79	3	70	24	20	20	35	1.96
37802298--37802385	33	2.7	33	92	3	151	26	20	29	23	1.99
37806788--37806817	14	2.1	14	100	0	60	13	10	20	56	1.65
37820602--37820680	29	2.7	30	82	13	101	27	13	29	29	1.95
37820633--37820959	173	1.9	174	92	0	548	30	14	24	31	1.94
37824324--37824446	60	2.0	60	93	0	210	30	18	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37834535--37834710	50	3.5	49	86	4	228	29	26	17	26	1.98
37834535--37834718	101	1.8	99	87	2	269	28	27	17	26	1.98
37838260--37838482	39	5.7	40	83	8	248	25	21	27	25	1.99
37838260--37838482	79	2.8	80	80	11	253	25	21	27	25	1.99
37838312--37838515	79	2.6	79	83	8	204	26	21	27	25	1.99
37846294--37846472	40	4.5	39	88	4	236	26	21	26	25	1.99
37846250--37846472	79	2.8	80	79	12	255	26	21	27	25	1.99
37846251--37846472	40	5.6	39	82	10	201	26	21	27	24	1.99
37846301--37846505	79	2.6	79	82	9	206	26	20	27	24	1.99
37850179--37850356	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
37850179--37850356	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
37850200--37850355	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
37858074--37858251	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
37858074--37858251	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
37858095--37858250	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
37862725--37862946	64	3.4	65	78	9	236	24	29	14	31	1.95
37862781--37862946	67	2.5	68	82	8	171	24	29	14	31	1.94
37871031--37871069	21	1.9	20	89	5	60	46	5	15	33	1.68
37877527--37877639	42	2.7	42	79	2	138	28	15	23	31	1.96
37885826--37885857	17	1.9	17	93	6	57	53	0	9	37	1.34
37886173--37886206	16	2.1	16	100	0	68	23	23	20	32	1.98
37886434--37886497	18	3.6	18	69	12	60	40	1	18	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37886433--37886502	35	2.0	35	100	0	140	37	2	20	40	1.67
37896092--37896121	12	2.5	12	94	0	51	56	6	6	30	1.51
37911055--37911098	24	1.9	23	86	9	63	45	2	31	20	1.64
37922508--37922762	55	4.8	54	81	8	258	21	24	16	36	1.94
37922555--37922755	108	1.8	110	88	4	309	22	25	16	35	1.95
37925094--37925123	14	2.1	14	100	0	60	36	6	6	50	1.55
37935280--37935304	13	1.9	13	100	0	50	16	36	32	16	1.90
37940911--37941091	40	4.6	39	79	13	176	24	20	28	26	1.99
37940907--37941114	79	2.6	78	77	11	219	24	21	27	26	1.99
37948975--37949159	40	4.7	40	81	10	202	24	21	27	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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