genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30361602--30361816	46	4.6	46	74	8	168	28	18	27	24	1.98
30369358--30369620	46	5.6	48	76	12	228	27	19	29	23	1.98
30369358--30369620	141	1.9	138	82	9	336	27	19	29	23	1.98
30374028--30374100	34	2.1	34	80	5	85	26	27	23	23	2.00
30378943--30379120	27	6.6	26	81	6	169	26	15	29	28	1.96
30378944--30379099	82	1.9	81	84	6	208	26	16	29	27	1.96
30378940--30379120	82	2.2	81	80	4	204	27	16	28	28	1.97
30383985--30384056	21	3.5	20	75	7	72	13	18	16	51	1.77
30383963--30384112	42	3.6	42	83	1	167	14	22	18	44	1.85
30384044--30384105	21	3.0	21	70	0	52	14	27	20	37	1.92
30386169--30386622	47	9.6	47	94	0	755	29	29	8	32	1.87
30386169--30386612	239	1.9	237	94	0	780	29	29	8	32	1.87
30392184--30392328	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
30396134--30396173	20	2.0	20	90	4	64	25	2	22	50	1.62
30398296--30398585	27	10.7	27	91	1	420	27	23	9	40	1.85
30398351--30398783	27	16.1	27	82	3	138	33	22	9	34	1.86
30398321--30398650	54	6.1	54	86	0	221	31	23	8	37	1.84
30398578--30398784	80	2.6	81	80	3	213	39	22	9	28	1.85
30398578--30398786	27	7.8	27	78	4	190	39	22	9	28	1.85
30398788--30398873	27	3.1	27	76	14	86	39	15	8	37	1.77
30399693--30399748	20	2.8	20	89	10	80	35	16	17	30	1.92
30399693--30399730	11	3.6	11	86	13	62	36	13	18	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30399798--30399920	26	4.8	26	87	1	169	27	21	22	27	1.99
30399798--30399926	52	2.5	51	91	6	210	29	20	21	27	1.98
30400138--30400216	31	2.5	31	95	0	140	25	20	26	27	1.99
30408645--30408688	21	2.2	20	84	12	54	36	9	11	43	1.72
30414006--30414223	40	5.4	40	84	7	271	24	23	26	25	2.00
30414006--30414223	83	2.7	80	86	6	271	24	23	26	25	2.00
30422206--30422429	40	5.6	40	86	3	297	24	23	26	25	2.00
30422210--30422429	83	2.7	80	88	5	293	23	23	27	25	2.00
30424253--30424355	43	2.4	43	83	3	109	34	25	12	27	1.92
30445171--30445259	28	3.1	28	82	4	108	32	21	23	22	1.98
30445366--30445430	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
30446262--30446294	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
30452099--30452276	40	4.5	39	90	3	234	25	28	22	23	1.99
30460111--30460288	40	4.5	40	90	4	245	25	28	23	23	2.00
30475142--30475188	24	2.0	23	87	4	67	19	21	25	34	1.96
30479038--30479191	43	3.6	43	77	6	143	31	24	16	27	1.97
30480848--30480945	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
30480876--30480958	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
30480848--30480959	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
30486590--30486623	9	3.9	9	88	7	52	76	0	0	23	0.79
30492815--30492840	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
30494273--30494354	43	1.9	42	85	2	110	31	21	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30496238--30496415	40	4.5	40	91	3	254	23	23	28	24	2.00
30507971--30508196	40	5.7	40	91	4	307	25	26	22	25	2.00
30525522--30525743	40	5.6	40	90	1	322	27	27	22	23	2.00
30535419--30535474	21	2.7	21	91	0	94	26	28	33	10	1.90
30545151--30545489	47	7.1	47	89	3	498	31	9	30	28	1.89
30545151--30545489	145	2.4	144	90	3	524	31	9	30	28	1.89
30545608--30545686	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
30555779--30555803	13	1.9	13	100	0	50	40	44	0	16	1.47
30560084--30560165	43	1.9	43	84	0	110	29	29	18	23	1.97
30560430--30560476	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
30560880--30560976	23	4.1	24	85	2	117	38	21	5	35	1.76
30564892--30564966	8	8.9	8	76	16	62	29	0	4	66	1.09
30564907--30564940	7	4.7	7	92	3	50	23	0	0	76	0.79
30564896--30564941	15	3.0	15	80	3	56	23	0	2	73	0.94
30565526--30565568	15	3.0	15	86	6	63	46	34	0	18	1.50
30565531--30565631	22	4.7	22	68	17	59	45	30	0	22	1.59
30565592--30565636	14	3.2	14	90	0	63	48	28	0	22	1.50
30566469--30566502	17	1.9	18	88	5	52	14	2	32	50	1.58
30566444--30566565	54	2.2	55	85	2	165	20	0	30	48	1.55
30566607--30566738	41	3.2	41	91	1	194	24	18	16	40	1.90
30568080--30568126	20	2.3	21	82	10	62	55	2	2	40	1.24
30568604--30568628	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30569718--30569872	43	3.6	43	73	12	140	25	18	25	31	1.97
30574035--30574257	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
30574110--30574292	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
30581938--30582103	38	4.3	40	86	6	207	24	20	28	26	1.99
30588350--30588422	28	2.4	32	80	20	109	35	23	17	23	1.95
30588355--30588410	28	2.0	28	100	0	112	35	25	17	21	1.95
30588517--30588567	26	2.0	26	92	0	84	35	27	21	15	1.94
30589975--30590011	17	2.2	17	90	9	58	48	18	16	16	1.81
30602446--30602496	20	2.7	20	85	14	65	45	0	19	35	1.51
30603186--30603276	46	2.0	46	84	0	119	30	19	29	19	1.97
30603330--30603450	49	2.5	49	84	2	145	29	21	27	21	1.98
30609350--30609568	48	4.6	48	89	4	288	24	31	17	26	1.97
30609397--30609659	48	5.6	46	82	8	188	24	30	17	27	1.97
30609491--30609662	46	3.8	43	78	10	159	23	29	18	28	1.98
30611008--30611046	17	2.4	17	95	4	71	25	28	5	41	1.77
30616821--30617183	48	7.6	48	74	9	271	25	30	17	27	1.97
30623019--30623143	63	2.0	63	96	0	232	38	10	12	39	1.77
30624594--30624637	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
30627966--30628024	28	2.1	28	96	0	109	28	27	10	33	1.89
30630271--30630295	13	1.9	13	100	0	50	20	24	32	24	1.98
30633431--30633641	40	5.3	40	86	4	239	24	20	26	28	1.99
30638233--30638274	22	1.9	22	90	9	68	42	0	26	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30642993--30643071	37	2.1	37	84	9	99	24	29	18	27	1.98
30643190--30643635	47	9.5	47	93	1	705	28	30	8	32	1.87
30643190--30643635	187	2.4	189	90	1	707	28	30	8	32	1.87
30646172--30646208	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
30650264--30650293	14	2.1	14	100	0	60	50	6	13	30	1.67
30654072--30654225	28	5.5	28	97	0	274	31	28	14	25	1.95
30659435--30659531	40	2.4	41	84	6	119	29	28	14	26	1.95
30664145--30664270	39	3.2	39	89	0	189	28	29	19	22	1.98
30665890--30665927	20	1.9	20	89	10	60	36	15	7	39	1.77
30666380--30666423	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
30668430--30668468	18	2.2	18	90	0	60	46	12	12	28	1.79
30669078--30669119	19	2.3	19	83	4	50	54	0	2	42	1.13
30669322--30669356	6	5.8	6	100	0	70	34	0	0	65	0.93
30669745--30669795	25	2.0	25	84	0	66	9	29	0	60	1.28
30672653--30672712	28	2.1	28	81	9	68	28	11	5	55	1.57
30674235--30674281	25	1.9	24	82	4	58	61	0	2	36	1.08
30674708--30674735	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
30675698--30675754	18	2.8	22	72	22	61	33	19	17	29	1.95
30675924--30675995	35	2.1	35	94	0	126	40	13	12	33	1.83
30675924--30676006	35	2.4	34	88	8	121	39	14	14	31	1.86
30675978--30676059	34	2.4	34	81	4	94	41	13	13	31	1.83
30676322--30676426	28	3.8	28	82	7	119	60	7	12	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30687724--30687810	44	2.0	44	86	8	124	49	2	10	37	1.50
30692911--30692969	18	3.0	18	69	21	55	25	10	16	47	1.78
30703248--30703305	19	3.2	19	78	9	66	20	10	24	44	1.82
30704141--30704202	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
30704197--30704244	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
30707902--30707951	5	10.4	5	81	16	61	20	2	0	78	0.86
30707904--30707957	20	2.8	20	72	25	53	22	1	0	75	0.89
30707902--30707963	15	4.3	14	82	12	72	20	1	0	77	0.85
30707903--30707963	28	2.3	28	86	13	76	21	1	0	77	0.86
30708951--30708976	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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