genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22042124--22042171	22	2.0	26	84	15	68	41	4	0	54	1.20
22042730--22042776	23	2.1	23	84	11	62	29	2	4	63	1.25
22051578--22051634	25	2.2	26	90	3	89	63	33	0	3	1.12
22051578--22051618	14	3.1	14	76	20	52	58	36	0	4	1.20
22054572--22054600	13	2.1	14	93	6	51	27	20	3	48	1.66
22057291--22057333	19	2.2	20	87	4	61	30	18	4	46	1.69
22070581--22070614	17	2.0	17	100	0	68	41	23	5	29	1.78
22070817--22070965	42	3.5	43	76	9	135	29	26	18	26	1.98
22070809--22070929	43	2.8	43	82	5	156	28	25	19	26	1.99
22072685--22072712	8	3.5	8	100	0	56	28	10	14	46	1.78
22076326--22076737	54	7.6	54	74	7	244	33	20	9	37	1.84
22076525--22076602	28	2.8	28	92	1	122	39	19	7	33	1.80
22076206--22076900	27	25.7	27	73	6	190	35	20	9	34	1.85
22076888--22076942	27	2.0	27	82	6	67	50	21	12	14	1.76
22077696--22077770	20	3.8	20	84	10	86	38	9	17	34	1.82
22077820--22077993	26	6.8	26	92	2	273	26	22	22	27	2.00
22077820--22078006	51	3.7	51	89	3	290	27	21	22	27	1.99
22078140--22078230	42	2.2	42	87	0	128	29	13	20	36	1.91
22078254--22078355	31	3.3	31	95	0	177	31	16	24	27	1.96
22082390--22082462	36	2.0	36	100	0	146	47	5	27	19	1.71
22090944--22091237	50	5.8	50	82	2	329	25	17	25	31	1.97
22090990--22091226	101	2.4	100	85	0	321	25	16	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22090990--22091272	151	1.9	151	86	0	404	26	16	26	30	1.97
22094235--22094283	25	2.0	25	83	0	62	36	20	12	30	1.89
22094314--22094369	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
22094332--22094369	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
22094415--22094483	25	2.8	25	95	2	122	26	27	21	24	1.99
22096104--22096366	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
22096143--22096401	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
22098507--22098618	54	2.1	54	93	0	188	25	29	33	11	1.91
22099287--22099340	20	2.7	20	94	0	90	18	22	3	55	1.58
22105414--22105487	20	3.7	20	81	0	94	20	21	6	51	1.70
22115667--22115745	42	1.9	42	85	10	110	16	35	22	25	1.95
22119979--22120106	46	2.7	47	81	13	158	21	21	28	28	1.99
22136239--22136270	16	2.0	16	100	0	64	37	0	37	25	1.56
22137414--22137473	27	2.2	27	88	5	86	40	18	23	18	1.92
22143938--22143983	24	2.0	23	86	4	65	8	19	15	56	1.65
22143947--22143990	16	2.8	16	86	3	54	6	18	15	59	1.58
22151157--22151192	17	2.1	17	94	0	63	41	13	5	38	1.68
22162340--22162405	24	2.7	24	97	2	123	30	50	3	16	1.61
22171417--22171458	19	2.2	19	87	8	59	66	2	2	28	1.16
22181379--22181967	47	12.6	47	89	5	888	33	7	29	29	1.85
22181379--22181967	96	6.3	94	90	4	888	33	7	29	29	1.85
22181379--22181967	143	4.2	143	91	6	936	33	7	29	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22183418--22183649	40	5.8	40	92	0	374	24	22	28	25	2.00
22187644--22188288	47	13.6	47	91	2	995	33	7	29	29	1.86
22187644--22188288	96	6.8	96	91	3	1002	33	7	29	29	1.86
22190744--22190801	23	2.6	22	78	5	71	37	15	18	27	1.92
22193347--22193431	45	1.9	44	85	2	116	28	14	21	36	1.92
22195590--22195631	21	2.0	21	90	4	68	21	11	4	61	1.48
22199552--22199629	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
22199582--22200083	174	2.9	174	96	0	923	29	14	24	30	1.95
22205997--22206220	119	1.9	120	84	6	303	25	27	22	25	2.00
22205976--22206222	40	6.2	40	85	6	297	25	27	21	25	2.00
22213813--22214035	40	5.7	40	79	7	215	26	27	20	25	1.99
22213813--22214032	79	2.8	78	82	6	230	25	28	20	25	1.99
22215163--22215337	56	3.1	56	96	0	323	22	23	10	43	1.84
22216931--22217153	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
22217006--22217188	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
22223961--22224183	40	5.6	40	83	3	218	25	20	27	26	1.99
22229250--22229618	184	2.0	184	95	0	666	31	17	15	34	1.91
22242468--22242527	29	2.1	29	100	0	120	23	20	23	33	1.97
22252272--22252326	27	2.0	27	100	0	110	45	7	29	18	1.76
22252445--22253222	301	2.6	301	92	0	1259	36	9	18	35	1.84
22253319--22253343	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
22254410--22254585	52	3.5	50	84	7	205	27	15	29	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22255515--22255540	10	2.6	10	100	0	52	23	15	42	19	1.89
22265125--22265212	16	5.4	16	72	17	65	57	1	3	37	1.23
22265803--22265842	20	2.0	21	85	5	55	27	0	7	65	1.20
22272830--22272863	17	2.0	17	88	0	50	41	11	11	35	1.78
22286273--22286324	26	2.0	26	100	0	104	26	26	11	34	1.91
22290653--22290781	24	5.4	24	91	2	197	27	21	20	30	1.98
22290653--22290781	47	2.7	48	90	3	197	27	21	20	30	1.98
22290832--22290896	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
22290832--22290885	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
22296434--22296598	35	4.7	35	85	1	215	32	12	24	31	1.92
22298945--22299025	40	2.1	38	86	8	112	40	17	16	25	1.89
22301745--22301812	16	4.2	16	90	0	109	26	2	33	36	1.72
22302048--22302082	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22301942--22302250	157	2.0	156	96	0	573	44	2	4	47	1.39
22302185--22302226	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22302194--22302232	15	2.7	15	88	7	55	53	0	0	46	1.00
22302303--22302354	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
22302188--22302701	120	4.3	120	95	1	910	49	5	2	42	1.37
22302423--22302585	16	10.8	16	64	20	57	49	4	1	44	1.32
22302423--22302594	15	11.6	15	66	21	69	50	4	1	44	1.31
22307156--22307186	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
22307291--22307323	17	1.9	17	93	0	57	27	6	9	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22307644--22307686	12	3.7	12	78	6	52	25	2	4	67	1.22
22307644--22307692	23	2.1	23	96	0	89	24	4	6	65	1.33
22309099--22309148	24	2.1	24	100	0	100	36	16	12	36	1.85
22311839--22312225	131	2.9	128	83	4	427	26	18	18	36	1.94
22320853--22320973	64	1.9	64	82	0	152	30	19	16	33	1.94
22324374--22324759	131	2.9	130	83	3	443	26	17	18	36	1.94
22328389--22328749	179	2.0	179	98	0	704	31	25	13	29	1.93
22334535--22334578	22	2.0	21	83	12	54	25	15	20	38	1.92
22338496--22338624	48	2.7	47	89	3	195	27	32	17	22	1.97
22342197--22342226	15	2.0	15	93	0	51	40	36	0	23	1.55
22350144--22350178	18	1.9	18	94	0	61	0	37	0	62	0.95
22350913--22350984	22	3.3	21	79	9	72	44	1	4	50	1.30
22350913--22351036	21	6.1	21	72	19	93	41	0	4	54	1.25
22350951--22351019	36	1.9	36	88	2	104	37	1	1	59	1.15
22351091--22351150	10	6.4	9	73	19	52	36	0	1	61	1.06
22351200--22351288	30	2.9	29	75	18	74	41	2	2	53	1.25
22352662--22352706	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
22352751--22352784	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
22354899--22354957	30	1.9	30	86	3	82	28	23	0	47	1.52
22354899--22354967	30	2.3	31	82	7	79	28	21	2	46	1.66
22355168--22355206	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
22356573--22356622	19	2.4	23	68	28	56	40	0	4	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22357211--22357236	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
22361016--22361115	30	3.3	30	83	6	105	29	20	24	27	1.99
22364058--22364109	21	2.5	21	84	6	70	53	0	0	46	1.00
22364071--22364144	21	3.9	21	67	26	65	58	0	0	41	0.98
22364101--22364158	22	2.6	22	86	8	73	55	3	1	39	1.27
22365967--22366081	27	4.3	26	86	5	140	36	23	24	15	1.94
22365967--22366081	54	2.1	54	87	3	160	36	23	24	15	1.94
22367700--22367809	26	4.2	26	96	0	184	35	24	5	34	1.79
22371767--22371854	27	3.3	26	90	3	122	35	25	23	15	1.95
22373471--22373580	26	4.2	26	92	2	168	35	24	5	34	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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