genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28571658--28571683	8	3.2	8	100	0	52	26	26	11	34	1.91
28573405--28573468	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
28573683--28573801	23	5.1	23	93	1	202	30	22	20	26	1.98
28573852--28573916	20	3.2	20	88	0	103	32	20	12	35	1.89
28578603--28578649	20	2.3	20	92	0	85	34	23	10	31	1.89
28578686--28578733	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28586728--28586871	39	3.7	39	91	0	225	22	21	27	28	1.99
28604322--28604387	29	2.3	29	89	5	98	30	30	10	28	1.90
28604209--28604537	175	1.9	174	93	0	568	31	24	14	30	1.94
28604496--28604568	29	2.5	30	84	13	107	28	28	15	27	1.96
28612903--28612981	28	2.8	28	88	0	113	32	11	26	29	1.91
28621931--28621964	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
28623786--28624003	79	2.7	81	79	12	238	26	27	21	25	1.99
28623800--28624003	40	5.1	40	82	8	238	25	27	21	24	1.99
28639747--28640342	92	7.0	89	78	17	525	29	28	8	33	1.87
28639742--28640173	44	9.7	47	84	12	508	29	28	9	33	1.88
28640015--28640289	38	6.8	39	74	19	148	30	27	7	34	1.85
28643266--28643315	25	2.0	24	88	3	73	30	34	8	28	1.86
28643477--28643670	40	4.9	39	85	3	237	25	27	21	25	1.99
28643477--28643749	80	3.5	79	80	5	259	24	27	22	25	2.00
28643490--28643749	40	6.6	40	81	5	223	24	27	22	25	2.00
28644058--28644136	29	2.7	29	82	5	97	27	31	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28644118--28644218	42	2.4	41	96	3	184	26	35	14	22	1.93
28646061--28646139	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
28646256--28646495	45	5.4	47	84	8	272	29	30	7	32	1.86
28646417--28646624	117	1.9	106	83	10	263	34	27	5	32	1.81
28646306--28646758	49	9.2	50	75	17	352	32	28	7	32	1.84
28646523--28646750	96	2.3	96	91	5	361	30	27	8	33	1.86
28650709--28650885	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
28650709--28650864	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
28658380--28658492	27	4.2	25	79	13	100	36	23	23	17	1.95
28658380--28658492	55	2.1	54	85	5	147	36	23	23	17	1.95
28660899--28660931	16	2.1	16	88	5	50	84	0	12	3	0.72
28666263--28666381	39	3.1	39	95	0	211	27	23	21	26	1.99
28668093--28668117	12	2.1	12	100	0	50	32	16	32	20	1.94
28672418--28672602	40	4.7	40	80	7	191	24	22	27	25	2.00
28672471--28672635	79	2.1	79	80	6	183	26	20	26	26	1.99
28680511--28680695	40	4.7	40	80	6	198	24	22	27	25	2.00
28680564--28680728	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
28684720--28684753	15	2.3	15	89	0	50	20	17	8	52	1.71
28684727--28684756	15	2.0	15	100	0	60	20	20	6	53	1.67
28700720--28700785	28	2.5	26	77	5	69	46	16	3	33	1.62
28701617--28701692	27	2.9	27	72	14	77	36	21	25	17	1.94
28704298--28704384	43	2.0	43	93	0	147	27	31	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28712788--28712970	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
28712789--28712972	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
28712841--28713005	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
28715333--28715490	68	2.3	70	79	7	171	21	27	16	34	1.95
28720838--28721015	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28720859--28721014	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28724660--28724713	22	2.5	20	80	13	63	51	7	5	35	1.53
28725130--28725171	21	2.0	21	95	0	75	23	26	19	30	1.98
28727306--28727359	26	2.1	26	96	0	99	38	16	9	35	1.81
28730621--28730792	93	1.8	93	87	2	256	29	29	19	22	1.98
28730613--28730786	46	3.8	44	72	11	152	29	28	18	22	1.98
28730664--28730807	46	3.1	45	67	16	105	30	29	18	21	1.97
28733243--28733306	27	2.4	27	84	2	76	39	18	18	23	1.93
28733259--28733312	27	2.0	27	89	7	83	31	18	18	31	1.95
28733483--28733611	20	6.4	20	89	0	186	13	20	27	37	1.91
28733584--28733623	20	2.0	20	85	0	53	12	35	27	25	1.92
28733508--28733635	60	2.1	60	80	0	139	14	24	26	35	1.93
28733647--28733722	26	2.9	26	84	3	91	21	19	22	36	1.95
28735438--28735568	43	3.1	43	75	8	124	23	16	25	34	1.95
28745377--28745410	17	2.0	17	100	0	68	47	35	11	5	1.65
28763899--28764090	47	4.1	47	88	1	262	34	10	28	26	1.90
28763928--28764046	22	5.1	22	62	28	59	31	13	31	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28764297--28764404	36	3.0	36	95	1	189	23	19	31	25	1.98
28765673--28766098	79	5.4	80	90	1	648	24	20	27	26	1.99
28765673--28766098	39	10.8	40	90	2	648	24	20	27	26	1.99
28770119--28770311	47	4.1	47	90	0	287	32	11	29	26	1.91
28770522--28770626	37	2.8	37	92	0	174	23	17	31	27	1.97
28771766--28771971	39	5.3	39	89	0	297	19	22	27	30	1.98
28778509--28778724	39	5.5	39	88	1	299	20	22	26	30	1.98
28781820--28781941	39	3.1	39	90	0	190	23	27	21	27	1.99
28786636--28786726	39	2.3	39	100	0	182	29	29	23	17	1.97
28793600--28793646	20	2.3	20	92	0	85	12	27	36	23	1.91
28799804--28799874	21	3.2	21	66	24	56	39	23	12	23	1.89
28799787--28799875	45	2.0	45	90	0	142	39	24	11	24	1.88
28829938--28830161	40	5.7	40	83	5	224	24	20	28	25	1.99
28830012--28830194	79	2.3	80	82	1	217	25	20	28	25	1.99
28837876--28838045	40	4.3	40	89	0	216	24	20	28	26	1.99
28837898--28838080	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
28864574--28864805	40	5.8	40	91	0	374	29	20	27	22	1.98
28871287--28871311	13	1.9	13	100	0	50	76	0	16	8	1.02
28872625--28872812	40	4.7	40	95	0	313	30	20	26	22	1.98
28883044--28883332	87	3.4	86	86	5	363	28	14	18	37	1.91
28883287--28883321	14	2.5	14	95	0	61	25	11	0	62	1.28
28898479--28898710	40	5.8	40	91	0	374	29	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28905702--28905933	40	5.8	40	91	0	374	29	20	27	22	1.98
28909642--28909709	35	1.9	35	82	5	84	35	13	14	36	1.85
28912215--28912370	47	3.3	47	96	0	285	29	29	8	32	1.87
28922247--28922271	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
28939444--28939483	21	2.0	21	90	5	64	10	42	27	20	1.83
28959062--28959237	46	3.8	46	78	14	200	20	21	28	29	1.98
28959059--28959230	93	1.8	93	93	2	301	20	21	29	28	1.98
28962691--28962907	46	4.7	45	77	8	197	23	29	19	26	1.98
28964802--28965024	39	5.6	39	84	7	233	25	26	21	26	2.00
28969485--28969528	21	2.1	21	91	0	70	13	2	43	40	1.57
28973500--28973543	8	5.5	8	86	5	54	6	11	0	81	0.86
28973500--28973546	16	2.9	16	81	6	60	6	10	0	82	0.82
28974109--28974149	21	1.9	22	90	5	66	53	0	9	36	1.34
28974827--28974870	20	2.3	19	84	11	54	29	4	27	38	1.76
28978474--28978552	39	2.0	39	95	0	140	44	12	18	24	1.85
28979725--28979749	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28982217--28982265	18	2.7	17	81	12	53	32	0	0	67	0.91
28984438--28984502	28	2.4	27	84	5	94	18	24	23	33	1.96
28987948--28987978	7	4.4	7	95	0	53	25	3	12	58	1.50
28988980--28989158	59	3.1	58	81	2	214	34	5	8	51	1.54
28990464--28990496	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
29003846--29003934	29	3.0	29	80	9	108	34	20	6	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29005486--29005593	43	2.5	43	81	0	126	28	22	25	24	1.99
29009697--29009819	45	2.7	45	87	0	156	20	22	12	44	1.84
29011691--29011739	21	2.3	22	80	16	59	46	2	0	51	1.12
29013742--29013968	48	4.7	48	88	2	332	23	16	31	27	1.96
29017054--29017151	24	4.0	24	88	6	153	36	5	37	20	1.75
29018267--29018327	31	2.0	31	100	0	122	37	26	26	9	1.87
29027417--29027618	40	5.1	40	82	1	199	36	15	30	17	1.91
29036823--29036887	19	3.2	19	79	16	69	53	4	0	41	1.21
29036809--29036887	39	2.0	41	82	12	101	56	5	0	37	1.21
29036897--29036930	11	3.2	11	95	4	61	64	8	0	26	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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