genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81657408--81657437	14	2.1	14	100	0	60	36	0	50	13	1.42
81659014--81659160	46	3.2	45	75	16	147	30	19	27	21	1.98
81659014--81659326	92	3.3	93	77	7	289	27	19	28	24	1.98
81659105--81659326	48	4.7	46	77	7	164	26	18	28	26	1.98
81662636--81662733	24	4.0	24	90	1	151	36	4	37	21	1.73
81662642--81662736	12	7.9	12	64	9	50	35	5	36	22	1.77
81664352--81664432	33	2.4	34	75	8	85	28	17	23	30	1.97
81670945--81671000	29	1.9	29	92	0	94	19	25	7	48	1.74
81670972--81671081	46	2.4	46	93	0	184	19	25	14	40	1.89
81671142--81671295	33	4.7	33	72	12	120	24	25	18	31	1.98
81689845--81690026	40	4.6	40	95	2	314	23	23	27	25	2.00
81695936--81696113	27	6.6	26	81	8	178	26	15	28	28	1.96
81695937--81696092	82	1.9	81	85	6	217	26	16	28	28	1.97
81695933--81696113	82	2.2	81	81	4	213	27	16	28	28	1.97
81696018--81696124	27	3.9	27	77	10	65	26	14	28	29	1.95
81703824--81704001	27	6.6	26	81	8	178	26	15	28	28	1.96
81703825--81703980	82	1.9	81	85	6	217	26	16	28	28	1.97
81703821--81704001	82	2.2	81	81	4	213	27	16	28	28	1.97
81703906--81704012	27	3.9	27	77	10	65	26	14	28	29	1.95
81708357--81708404	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
81710024--81710057	17	2.0	17	94	0	59	35	20	17	26	1.95
81710111--81710232	47	2.6	46	82	7	140	32	16	27	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81710248--81710473	98	2.4	94	84	6	287	26	19	29	24	1.98
81710248--81710451	49	4.3	47	78	9	184	26	20	28	24	1.99
81730610--81730717	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
81732198--81732250	26	2.0	25	82	13	63	35	24	13	26	1.92
81736145--81736178	11	3.1	11	95	0	59	38	2	17	41	1.65
81736145--81736188	22	2.0	22	81	0	52	36	6	15	40	1.74
81739922--81739946	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
81746089--81746129	19	2.2	19	100	0	82	39	31	9	19	1.84
81746503--81746536	8	4.4	8	96	3	61	29	14	23	32	1.94
81752439--81752505	25	2.7	25	80	0	71	25	25	17	31	1.97
81754783--81754810	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
81762287--81762431	49	3.0	49	81	4	175	27	17	26	28	1.97
81765470--81765499	13	2.2	14	94	5	53	83	0	3	13	0.77
81777177--81777212	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
81780993--81781018	13	2.0	13	100	0	52	15	15	38	30	1.88
81785389--81785432	23	2.0	23	86	4	63	52	0	9	38	1.33
81799265--81799299	15	2.3	15	90	0	61	5	2	5	85	0.81
81799279--81799350	24	3.0	23	81	6	81	12	4	6	76	1.13
81799270--81799358	24	3.7	24	77	14	76	12	3	8	75	1.16
81799290--81799358	11	5.8	12	73	19	56	13	2	10	73	1.19
81799344--81799416	22	3.1	22	70	16	58	36	0	5	57	1.22
81800154--81800420	136	2.0	136	99	0	525	34	15	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81803710--81803762	20	2.7	21	88	11	85	43	0	0	56	0.99
81803710--81803774	20	3.1	21	82	12	73	46	0	0	53	1.00
81803818--81803906	22	3.8	23	76	11	74	39	0	3	57	1.15
81803879--81803909	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
81803859--81803951	12	7.8	12	67	14	59	39	2	0	58	1.10
81803892--81803953	22	2.7	23	80	5	72	38	3	0	58	1.15
81810210--81810262	8	6.1	8	81	12	52	81	3	1	13	0.92
81810202--81810236	10	3.4	10	92	4	52	77	0	0	22	0.78
81810359--81810407	23	2.2	22	88	3	71	57	0	0	42	0.99
81810359--81810403	24	1.9	23	90	4	72	53	0	0	46	1.00
81810378--81810420	22	2.0	22	81	9	52	58	2	0	39	1.11
81810476--81810530	21	2.5	22	85	8	67	56	0	0	43	0.99
81810484--81810567	35	2.4	35	86	4	125	60	0	0	39	0.97
81810510--81810544	14	2.6	13	90	4	52	57	0	0	42	0.99
81810524--81810590	21	3.0	21	79	12	80	56	2	0	40	1.14
81810567--81810592	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
81810594--81810631	13	2.6	15	88	12	53	73	7	2	15	1.17
81810609--81810655	24	2.0	23	84	12	60	74	8	6	10	1.22
81815085--81815109	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
81819679--81819829	40	3.8	39	86	4	196	22	28	25	23	1.99
81823076--81823175	29	3.5	29	90	1	148	28	15	27	30	1.96
81830978--81831079	39	2.6	39	84	9	127	22	28	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81837726--81838517	47	16.6	47	91	2	1197	33	8	29	29	1.86
81837726--81838517	96	8.3	96	93	2	1262	33	8	29	29	1.86
81837726--81838517	145	5.5	144	94	1	1299	33	8	29	29	1.86
81837907--81837989	27	3.3	27	65	22	79	34	3	27	33	1.75
81842955--81842989	18	1.9	18	88	0	52	74	0	11	14	1.08
81850290--81850327	16	2.3	16	86	13	51	18	0	5	76	0.97
81853084--81853172	23	3.6	23	84	9	106	16	4	31	47	1.67
81853363--81853449	21	4.0	23	73	13	76	13	21	26	37	1.91
81860772--81860801	15	2.0	15	100	0	60	6	20	0	73	1.05
81860844--81860881	11	3.4	11	92	3	58	21	2	5	71	1.19
81865486--81865510	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
81867920--81867950	16	1.9	16	93	0	53	35	25	9	29	1.88
81870728--81870764	16	2.3	16	90	0	56	62	27	0	10	1.28
81875050--81875088	20	2.0	20	89	0	60	48	12	10	28	1.74
81875072--81875111	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
81876715--81876765	9	5.7	9	78	0	57	5	35	11	47	1.65
81886090--81886247	43	3.7	43	81	8	196	32	25	13	28	1.93
81886090--81886247	86	1.8	86	86	5	230	32	25	13	28	1.93
81887311--81887420	36	3.1	36	90	0	175	43	18	9	29	1.80
81899770--81899827	17	3.2	16	79	16	53	50	0	25	24	1.50
81902214--81902260	18	2.6	18	82	0	58	4	29	40	25	1.75
81902209--81902264	6	9.5	6	84	1	51	3	28	42	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81902631--81902720	45	2.0	45	97	0	171	38	15	27	17	1.90
81904579--81904611	17	1.9	17	100	0	66	12	9	6	72	1.26
81904578--81904646	16	4.2	16	75	3	66	17	5	5	71	1.27
81905138--81905197	14	4.1	15	79	14	63	0	33	0	66	0.92
81906845--81906879	17	2.1	17	88	0	52	28	5	0	65	1.15
81911108--81911152	19	2.4	19	85	7	56	24	24	11	40	1.87
81913064--81913148	32	2.7	30	80	8	73	32	10	3	52	1.53
81913095--81913176	31	2.6	31	79	11	87	40	9	1	48	1.44
81913414--81913526	58	1.9	58	90	0	181	38	14	12	35	1.83
81921743--81921769	12	2.2	12	100	0	54	40	7	29	22	1.81
81924126--81924171	24	1.9	24	90	0	74	36	4	8	50	1.53
81926330--81926404	22	3.1	24	74	18	84	6	20	17	56	1.63
81927374--81927452	39	2.0	39	95	0	140	30	18	12	37	1.89
81929772--81929798	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
81931115--81931188	34	2.2	34	100	0	148	44	8	8	39	1.64
81931332--81931364	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
81938722--81938768	17	2.9	17	78	12	55	42	0	8	48	1.33
81938722--81938771	16	3.2	16	78	13	59	44	0	8	48	1.32
81940821--81940848	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
81941869--81941921	26	2.1	26	82	3	63	24	16	20	37	1.93
81944259--81944370	29	3.9	29	75	5	84	27	27	14	30	1.95
81944256--81944352	29	3.4	28	73	9	88	25	29	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81944452--81944489	19	2.0	19	94	0	67	18	31	18	31	1.95
81945834--81945865	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
81948711--81948775	29	2.2	30	83	5	80	26	32	15	26	1.95
81948866--81948902	19	1.9	19	94	0	65	21	32	13	32	1.92
81951079--81951352	152	1.8	152	85	0	386	38	21	10	29	1.87
81952504--81952569	25	2.9	20	72	25	51	39	18	3	39	1.66
81952508--81952559	25	2.0	26	82	17	65	40	17	3	38	1.68
81954441--81954522	41	2.0	40	88	2	119	36	8	15	39	1.78
81954712--81954827	45	2.8	39	76	17	110	21	20	19	37	1.94
81954733--81954833	45	2.2	45	89	3	150	21	18	18	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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