genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10067554--10067592	18	2.2	18	86	9	53	15	41	30	12	1.85
10078978--10079002	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
10079232--10079278	24	2.0	23	88	8	69	36	0	23	40	1.55
10083329--10083377	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
10083675--10083738	21	3.0	20	80	13	65	65	1	4	28	1.21
10083719--10083836	13	9.3	13	70	18	56	62	0	3	33	1.12
10083721--10083849	16	8.3	15	71	17	68	63	0	3	32	1.12
10083768--10083830	8	7.7	9	68	24	50	63	0	1	34	1.04
10083675--10083832	23	6.8	23	72	21	100	62	0	4	32	1.19
10083675--10083836	24	7.0	24	72	20	96	62	0	4	32	1.19
10083722--10083836	32	3.6	31	72	21	96	62	0	3	33	1.12
10083675--10083846	77	2.3	78	76	14	184	63	0	4	31	1.19
10085497--10086250	205	3.7	206	92	1	1176	29	21	18	31	1.97
10087832--10087985	47	3.3	46	90	3	245	29	29	6	34	1.83
10092270--10092353	43	2.0	43	87	0	123	32	28	22	16	1.96
10092346--10092658	40	7.9	40	84	4	402	27	28	20	23	1.99
10092341--10092658	79	4.0	79	90	1	467	27	29	20	22	1.99
10113824--10113872	14	3.8	13	82	15	66	57	0	0	42	0.99
10114169--10114334	20	8.2	19	69	26	94	62	0	4	32	1.19
10114185--10114319	19	7.1	17	70	20	58	62	0	4	32	1.21
10114218--10114334	13	9.3	13	69	25	58	62	0	3	34	1.12
10114261--10114331	23	3.2	22	77	18	76	64	0	1	33	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10114216--10114335	32	3.6	31	74	15	89	62	0	3	34	1.12
10119494--10119700	28	7.4	28	96	0	362	26	11	27	34	1.90
10119466--10119700	84	2.8	84	90	1	355	26	11	27	34	1.90
10127540--10127746	28	7.4	28	95	0	353	27	11	27	34	1.90
10127512--10127746	84	2.8	84	92	1	364	26	11	27	34	1.90
10131967--10132036	26	2.7	27	84	6	99	25	27	22	24	2.00
10132551--10132575	13	1.9	13	100	0	50	56	0	20	24	1.43
10137181--10137234	27	2.0	26	85	3	72	33	22	16	27	1.95
10137920--10137979	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
10146805--10147029	40	5.7	40	87	3	276	28	28	19	23	1.98
10153685--10153909	40	5.7	40	87	3	276	28	28	19	23	1.98
10157357--10157420	22	2.9	22	72	19	62	57	0	1	40	1.08
10157362--10157409	8	6.2	8	85	4	64	60	0	2	37	1.09
10167508--10167560	20	2.7	19	81	16	63	58	0	0	41	0.98
10168295--10168338	23	1.9	23	95	0	79	36	13	31	18	1.90
10173570--10173627	30	1.9	30	92	0	98	12	25	41	20	1.87
10175477--10175521	22	2.0	22	83	8	56	75	0	4	20	0.97
10175487--10175524	3	13.3	3	88	5	53	73	0	0	26	0.83
10175571--10175620	22	2.3	22	86	10	75	76	4	8	12	1.15
10175637--10175674	16	2.4	16	87	12	60	73	0	0	26	0.83
10175610--10175674	17	3.9	16	78	11	60	73	1	1	23	1.00
10180100--10180156	30	1.9	30	85	0	78	14	28	36	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10190722--10190824	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
10190965--10191291	48	6.8	48	98	0	609	30	28	6	34	1.82
10196988--10197090	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
10203492--10203520	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
10213353--10213437	5	16.8	5	71	24	63	18	7	0	74	1.04
10213355--10213437	25	3.5	24	75	21	79	19	7	0	73	1.06
10227106--10227153	22	2.2	22	100	0	96	50	27	0	22	1.50
10245084--10246179	549	2.0	555	90	2	1720	26	22	21	29	1.99
10266455--10266637	79	2.3	81	83	7	223	25	28	21	24	1.99
10266453--10266637	40	4.7	40	80	7	216	25	28	21	23	1.99
10276939--10277068	42	3.1	42	96	0	233	30	23	20	25	1.98
10284616--10284745	42	3.1	42	94	0	215	32	21	20	26	1.97
10290671--10290825	46	3.4	46	76	12	165	23	22	25	28	1.99
10308565--10308606	22	2.0	20	86	9	57	38	4	21	35	1.75
10309201--10309234	18	1.9	17	88	5	50	38	0	26	35	1.57
10311027--10311054	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
10314401--10314520	42	2.8	42	74	10	102	31	17	21	29	1.96
10318388--10318461	23	3.4	23	72	7	66	37	14	16	31	1.89
10318510--10318544	17	2.1	17	88	0	52	31	25	20	22	1.98
10318572--10318628	17	3.4	17	80	0	60	42	19	15	22	1.89
10320994--10321034	21	2.0	21	90	9	66	39	24	17	19	1.92
10328153--10328209	30	1.9	30	92	0	96	42	10	3	43	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10328480--10328518	20	2.0	20	85	10	53	43	5	10	41	1.61
10331329--10332286	483	2.0	483	99	0	1907	31	16	15	37	1.89
10338542--10338600	31	1.9	31	93	6	102	32	27	13	27	1.94
10340469--10340493	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
10340569--10340637	30	2.2	33	82	12	92	50	2	0	46	1.16
10355719--10355755	18	2.1	18	100	0	74	10	0	37	51	1.37
10357008--10357042	15	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
10358072--10358096	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
10361704--10361972	45	5.8	46	77	11	221	27	19	29	23	1.98
10365835--10365937	38	2.7	38	83	3	136	21	22	24	32	1.98
10365835--10365975	38	3.7	38	80	3	131	20	19	25	34	1.96
10368511--10368564	15	3.6	15	80	20	60	33	1	1	62	1.16
10368510--10368556	15	2.9	16	84	15	62	36	2	2	59	1.21
10369728--10369768	14	2.9	14	92	7	66	41	9	19	29	1.83
10370222--10370265	15	3.2	15	72	24	51	45	0	0	54	0.99
10370260--10370286	7	3.9	7	100	0	54	44	0	11	44	1.39
10370306--10370346	14	3.0	14	89	10	59	43	0	0	56	0.99
10370350--10370411	22	2.9	21	80	4	61	48	0	1	50	1.10
10370900--10371006	55	2.0	54	94	1	187	13	30	7	48	1.69
10372266--10372302	14	2.6	14	95	0	65	35	5	32	27	1.79
10375943--10375982	15	2.7	15	96	0	71	27	15	15	42	1.86
10377505--10377577	32	2.5	27	76	19	83	27	5	16	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10377518--10377578	32	1.9	32	96	0	113	29	4	16	49	1.66
10378884--10378920	17	2.2	18	90	9	60	54	5	0	40	1.24
10382214--10382408	93	2.1	92	87	4	277	44	4	4	46	1.43
10382386--10382484	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
10382441--10382474	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
10382446--10382493	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
10382490--10382668	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
10382486--10382673	61	3.1	61	68	14	190	41	2	6	49	1.41
10382534--10382568	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
10382483--10382705	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
10382654--10382688	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
10382517--10382702	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
10382642--10382913	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
10382798--10382832	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
10382994--10383088	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
10383067--10383141	16	4.4	16	76	15	60	36	33	1	29	1.66
10383099--10383143	16	2.8	16	93	0	72	40	31	4	24	1.75
10383533--10383559	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
10389443--10389467	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
10390928--10390962	9	3.8	9	96	3	61	28	0	11	60	1.32
10397300--10397340	17	2.4	17	88	8	57	60	2	0	36	1.10
10399143--10399430	133	2.2	133	89	1	443	27	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10399207--10399394	44	4.2	44	66	16	127	27	22	21	29	1.99
10399251--10399554	89	3.4	87	66	8	216	27	22	20	30	1.98
10407966--10408285	46	7.0	46	93	0	498	38	15	24	22	1.92
10413735--10413784	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
10413755--10413813	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
10415824--10415866	19	2.4	17	88	7	59	60	2	0	37	1.10
10416018--10416047	13	2.3	13	94	0	51	60	3	6	30	1.39
10421363--10421392	15	2.1	15	93	6	53	53	6	0	40	1.27
10422086--10422123	14	2.6	15	80	19	53	76	2	0	21	0.91
10426825--10428022	594	2.0	598	95	1	2145	34	17	17	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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