genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88790561--88790635	36	2.1	36	92	5	125	21	50	9	18	1.74
88791470--88791531	3	20.3	3	86	3	88	37	0	0	62	0.95
88809836--88809887	26	2.0	26	96	0	95	57	17	7	17	1.62
88819632--88819857	72	3.1	72	78	2	231	24	16	26	32	1.96
88828387--88828425	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
88831262--88831471	102	2.0	103	87	0	305	28	20	28	23	1.99
88837605--88837664	29	2.1	29	100	0	120	41	6	25	26	1.80
88837723--88837764	22	1.9	22	90	0	66	33	16	33	16	1.92
88840351--88840404	15	3.5	15	79	16	56	53	0	9	37	1.33
88840541--88840632	33	2.7	34	79	12	93	60	2	6	30	1.34
88840577--88840644	34	2.0	34	82	8	84	57	1	5	35	1.32
88840608--88840665	28	2.0	30	86	6	84	62	0	6	31	1.22
88840720--88840776	29	1.9	30	82	10	73	56	3	17	22	1.56
88843387--88843428	22	1.9	22	85	0	57	23	23	30	21	1.99
88844864--88844949	44	2.0	44	81	4	102	27	16	17	38	1.91
88844978--88846102	44	25.0	45	68	13	279	29	20	17	33	1.95
88845345--88845917	133	4.3	134	85	2	714	30	21	15	31	1.95
88845343--88846100	89	8.5	88	75	6	506	30	21	16	31	1.95
88853739--88853844	52	2.0	54	94	3	189	39	1	24	33	1.66
88862177--88862259	34	2.5	34	86	2	105	22	24	24	28	1.99
88862177--88862280	34	3.1	34	83	4	104	23	24	25	26	2.00
88868553--88868679	46	2.7	48	79	13	140	29	15	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88870156--88870206	25	2.0	25	100	0	102	25	0	11	62	1.29
88874890--88874941	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
88875117--88875348	40	5.8	40	94	0	401	25	28	21	24	1.99
88884868--88885047	79	2.3	80	77	7	188	23	26	23	25	2.00
88884865--88885047	40	4.6	40	78	8	194	24	26	23	25	2.00
88894046--88894279	80	2.9	79	86	6	310	30	8	19	41	1.80
88894025--88894415	27	14.6	27	79	5	195	34	8	18	38	1.81
88910952--88911021	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
88910951--88911046	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
88911241--88911323	31	2.7	30	89	7	132	30	15	25	28	1.96
88913671--88913762	27	3.4	27	90	0	112	26	26	8	39	1.85
88913761--88913906	27	5.4	27	78	4	143	41	19	9	29	1.83
88913895--88913980	27	3.1	27	80	14	95	41	12	9	36	1.75
88914908--88914977	25	2.8	24	86	4	95	25	22	22	28	1.99
88914907--88914990	25	3.4	24	80	8	89	28	20	22	28	1.98
88915197--88915279	31	2.7	30	92	7	141	28	15	27	27	1.96
88915307--88915377	33	2.1	33	81	2	79	26	19	22	30	1.98
88920783--88920829	23	2.0	23	100	0	94	21	12	29	36	1.91
88931970--88932180	28	7.5	28	93	3	327	33	28	12	26	1.92
88940348--88940520	28	6.2	28	96	0	303	34	28	11	24	1.91
88942789--88942903	43	2.7	43	87	2	160	33	23	16	26	1.96
88955389--88955428	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88962855--88963029	92	1.9	93	83	7	230	24	30	18	25	1.98
88965819--88965857	16	2.4	16	91	0	60	46	25	20	7	1.77
88966069--88966215	57	2.6	57	78	9	149	27	12	32	26	1.93
88966069--88966220	29	5.3	29	76	6	134	27	13	32	26	1.93
88969158--88969269	27	4.1	27	82	7	129	16	24	22	37	1.93
88969158--88969269	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
88970547--88970633	42	2.1	42	91	0	138	25	17	16	41	1.89
88973362--88973400	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
88975042--88975082	22	1.9	21	85	5	55	60	12	9	17	1.57
88981005--88981060	15	3.5	15	71	21	51	71	1	7	19	1.18
88987041--88987148	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
88992191--88992255	34	2.0	34	81	6	80	32	24	15	27	1.95
88994101--88994208	26	4.2	26	87	0	162	37	23	6	32	1.80
88996462--88996495	17	1.9	17	88	5	50	38	5	5	50	1.51
88998904--88998944	19	2.2	19	86	4	57	29	2	4	63	1.28
89003641--89003757	41	2.8	42	81	6	148	28	27	20	23	1.99
89011770--89011884	43	2.7	43	79	12	132	32	28	15	23	1.95
89017050--89017177	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
89017049--89017177	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
89022847--89023016	49	3.5	49	75	4	139	23	25	19	31	1.98
89023082--89023198	46	2.5	46	81	12	125	21	29	20	29	1.98
89030867--89030904	20	1.9	19	89	5	58	34	15	7	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89035445--89035475	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
89035950--89036011	30	2.1	30	93	3	108	24	3	16	56	1.55
89036348--89036390	22	2.0	22	95	0	77	60	9	9	20	1.55
89036347--89036403	22	2.6	22	82	0	60	63	7	12	17	1.50
89039273--89039299	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
89040225--89040322	42	2.3	42	87	3	135	32	12	21	33	1.90
89046817--89046971	42	3.7	41	75	5	148	30	14	23	32	1.94
89049237--89049487	44	5.9	41	74	10	180	24	17	26	32	1.97
89049245--89049479	86	2.7	85	79	4	258	25	17	25	31	1.97
89049245--89049492	42	5.8	42	71	10	126	25	17	25	31	1.97
89053528--89053596	29	2.4	29	80	7	79	28	21	24	24	1.99
89066046--89066114	28	2.5	28	85	0	84	31	27	13	27	1.93
89067224--89067293	24	2.9	24	82	0	77	22	25	18	32	1.97
89067257--89067302	24	1.9	24	91	8	76	23	23	17	34	1.96
89078083--89078141	16	3.7	16	93	0	82	49	16	22	11	1.78
89078090--89078141	8	6.4	8	75	2	50	48	17	23	11	1.79
89078354--89078442	29	3.1	29	87	4	128	29	12	26	31	1.93
89078722--89078775	27	2.0	27	82	3	65	46	22	16	14	1.84
89090141--89090690	47	11.7	47	97	1	996	28	30	9	31	1.88
89098137--89098171	17	2.1	16	89	5	52	45	0	0	54	0.99
89098508--89098564	11	5.2	11	84	0	78	21	36	0	42	1.53
89098529--89098838	164	1.9	164	91	1	514	26	16	5	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89115962--89116019	19	3.1	18	87	12	73	48	5	0	46	1.24
89116030--89116076	23	2.2	22	85	11	62	72	4	2	21	1.12
89116087--89116121	11	3.1	11	88	8	52	62	20	2	14	1.43
89119731--89119790	13	4.7	13	78	10	70	33	5	25	36	1.78
89123264--89123432	46	3.7	46	87	3	218	22	24	13	39	1.90
89123264--89123432	91	1.9	91	83	5	225	22	24	13	39	1.90
89136840--89136994	39	4.0	40	84	1	127	17	20	30	31	1.95
89139757--89139800	21	2.0	21	83	12	54	45	2	4	47	1.35
89145961--89146005	23	2.0	23	82	8	56	37	2	4	55	1.32
89146209--89146277	21	3.3	21	70	8	68	43	0	18	37	1.51
89146197--89146278	42	2.0	42	95	0	146	41	0	20	37	1.53
89148104--89148138	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
89148524--89148553	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
89148961--89149008	13	3.6	13	78	13	53	20	0	4	75	0.97
89148955--89149017	28	2.3	28	81	8	76	25	0	7	66	1.18
89149045--89149078	6	5.3	6	96	3	50	85	0	0	14	0.60
89149044--89149075	7	4.7	7	92	7	57	87	0	0	12	0.54
89149044--89149093	14	3.8	13	81	10	57	80	0	4	16	0.87
89149049--89149104	17	3.4	17	77	20	57	75	0	7	17	1.03
89149306--89149370	27	2.4	26	87	12	96	3	1	32	63	1.19
89152580--89152613	13	2.6	13	100	0	68	29	38	23	8	1.85
89152882--89152932	25	2.0	25	100	0	102	31	15	0	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89153039--89153103	30	2.2	30	100	0	130	33	26	3	36	1.72
89154464--89154897	50	8.6	50	80	2	429	30	25	17	25	1.97
89154462--89154893	101	4.3	100	79	4	361	31	26	17	25	1.97
89154445--89154893	151	3.0	151	89	0	655	30	26	17	25	1.97
89160486--89160703	40	5.5	40	93	1	359	25	27	22	24	2.00
89166854--89166934	42	1.9	42	94	0	144	41	0	20	37	1.53
89166865--89166933	21	3.3	21	67	15	61	42	0	20	37	1.52
89178209--89178276	18	3.7	18	78	9	68	64	7	0	27	1.20
89179357--89179402	20	2.3	20	84	0	65	39	8	4	47	1.54
89180092--89180152	32	1.9	32	89	0	95	22	14	16	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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