genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107185201--107185238	16	2.3	17	81	4	51	36	15	10	36	1.82
107185161--107185240	19	4.3	19	69	18	51	41	12	7	38	1.71
107190022--107190059	16	2.3	17	86	4	51	23	0	2	73	0.95
107190200--107190366	36	4.8	34	73	13	115	31	14	8	44	1.77
107190200--107190278	16	4.6	16	76	10	68	30	16	8	44	1.78
107190222--107190396	36	4.9	36	77	6	133	32	14	10	42	1.79
107190269--107190404	73	1.9	72	81	1	164	36	13	9	41	1.77
107190212--107190729	17	29.8	17	68	13	220	32	12	11	43	1.78
107190747--107190784	16	2.3	17	81	4	51	36	15	10	36	1.82
107190708--107190786	19	4.3	19	70	16	58	40	12	7	39	1.72
107194206--107194370	72	2.3	71	89	3	251	22	14	21	41	1.89
107194303--107194786	140	3.4	140	96	1	880	24	16	20	38	1.93
107194488--107194522	13	2.6	13	90	4	52	20	11	8	60	1.57
107194628--107194661	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
107194710--107194934	72	3.0	72	85	10	292	30	16	19	34	1.94
107194888--107194983	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
107194816--107195052	123	1.9	121	93	1	402	32	16	19	31	1.94
107194761--107195130	198	1.9	198	90	4	593	31	16	19	32	1.94
107194937--107195138	75	2.7	74	89	2	314	31	16	19	31	1.95
107195043--107195221	91	2.0	89	91	4	288	29	16	18	35	1.93
107195148--107195370	75	3.0	75	82	4	290	33	16	19	30	1.94
107194987--107195293	166	1.9	165	88	2	463	33	15	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107194940--107195473	240	2.2	241	96	1	984	32	15	18	32	1.93
107195391--107195549	85	1.8	86	87	2	239	34	16	20	27	1.95
107195284--107195643	91	4.0	89	79	6	329	29	16	18	35	1.93
107196303--107196378	26	3.0	26	98	1	145	73	19	2	3	1.11
107196300--107196381	25	3.3	24	91	8	137	75	18	2	3	1.06
107199334--107199364	16	1.9	16	93	0	53	77	3	12	6	1.08
107199381--107199430	3	16.7	3	82	0	64	68	8	0	24	1.16
107199995--107200032	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
107201105--107201129	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
107201513--107201622	26	4.2	26	96	0	175	34	5	23	36	1.78
107203244--107203356	27	4.2	27	86	3	138	15	24	23	36	1.94
107203242--107203356	54	2.1	54	90	3	178	15	24	23	36	1.94
107206197--107206240	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
107210933--107211020	3	29.0	3	79	2	95	32	6	1	59	1.31
107211629--107211711	26	3.2	26	96	1	150	34	6	22	36	1.79
107218487--107218704	47	4.6	47	82	3	206	32	29	15	22	1.95
107218487--107218704	94	2.3	94	81	3	233	32	29	15	22	1.95
107219608--107219655	23	2.1	22	81	11	53	20	6	12	60	1.54
107223550--107223605	26	2.2	26	93	0	94	39	25	5	30	1.78
107224884--107225090	70	3.0	70	89	0	315	34	28	13	24	1.93
107228265--107228314	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
107229209--107229241	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107229795--107229831	19	2.0	18	89	5	56	24	0	2	72	0.97
107230394--107230477	42	2.0	42	100	0	168	35	7	11	45	1.69
107230784--107230816	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
107232803--107232854	21	2.5	21	73	17	54	38	1	13	46	1.54
107234632--107234838	67	3.2	64	71	10	161	32	16	28	22	1.96
107237811--107237886	29	2.6	29	95	0	134	25	10	30	34	1.89
107238220--107238247	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
107245476--107245509	18	1.9	17	88	5	50	50	29	0	20	1.49
107250366--107250399	18	1.9	17	88	5	50	50	29	0	20	1.49
107250866--107250914	25	1.9	25	83	4	62	51	0	14	34	1.43
107251362--107251398	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
107258684--107258792	45	2.4	45	87	4	148	62	5	30	1	1.28
107259640--107259677	18	2.1	18	90	0	58	23	15	13	47	1.81
107260857--107260931	31	2.5	31	80	2	89	34	10	10	44	1.74
107263741--107263775	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
107264016--107264051	18	2.1	17	89	5	54	27	0	0	72	0.85
107264016--107264064	25	2.0	25	84	8	64	32	2	0	65	1.04
107264085--107264154	34	2.1	34	92	7	117	42	7	0	50	1.30
107265520--107265574	22	2.5	23	85	8	71	56	7	3	32	1.44
107265523--107265592	3	23.3	3	71	11	54	60	5	2	31	1.35
107266017--107266054	18	2.1	18	95	0	67	52	0	47	0	1.00
107288964--107289015	25	2.1	25	100	0	104	51	0	11	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107290843--107290945	54	1.9	54	93	0	179	31	15	23	30	1.95
107298566--107298607	17	2.4	18	84	4	59	71	0	0	28	0.86
107303559--107303622	28	2.3	28	89	5	94	34	0	6	59	1.23
107305920--107305999	5	15.0	5	81	11	54	18	5	0	76	0.97
107305919--107305998	13	6.3	12	70	17	56	17	5	0	77	0.94
107305954--107305999	20	2.2	21	88	3	67	21	2	0	76	0.90
107305959--107305996	8	4.9	8	81	18	53	23	0	0	76	0.79
107306945--107307175	118	2.0	118	90	0	363	23	17	30	28	1.97
107309586--107309644	21	2.8	22	80	12	70	23	37	16	22	1.94
107310601--107310642	17	2.3	18	88	12	59	59	0	0	40	0.97
107310597--107310637	21	2.0	20	85	4	55	53	0	0	46	1.00
107311734--107311848	58	2.0	57	83	6	144	42	17	5	34	1.72
107313469--107313509	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
107314426--107314515	28	3.2	27	68	22	78	30	7	5	56	1.50
107316017--107316053	16	2.3	16	100	0	74	83	5	10	0	0.79
107317119--107317172	26	2.1	25	82	3	63	53	5	7	33	1.52
107320972--107321008	10	3.7	10	85	0	56	70	0	2	27	1.01
107321813--107321868	28	2.0	29	96	3	105	53	3	10	32	1.53
107322950--107322981	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
107328075--107328106	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
107329097--107329182	35	2.3	37	86	7	113	63	0	0	36	0.94
107329108--107329176	27	2.5	28	78	17	58	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107329126--107329183	10	6.6	8	78	21	55	62	0	0	37	0.96
107329126--107329183	17	3.3	17	79	13	64	62	0	0	37	0.96
107329909--107329958	10	5.0	10	76	13	50	22	8	4	66	1.35
107330671--107330710	18	2.2	18	91	8	64	27	10	5	57	1.52
107331710--107331757	25	1.9	25	87	8	71	25	2	2	70	1.09
107334726--107334761	16	2.2	16	90	0	54	55	11	5	27	1.57
107336971--107337009	17	2.2	18	86	4	53	43	25	7	23	1.80
107340108--107340175	33	2.1	33	97	0	127	41	5	1	51	1.35
107344270--107344295	12	2.2	12	100	0	52	7	15	0	76	0.99
107346037--107346093	30	2.0	30	86	6	82	43	3	0	52	1.18
107349963--107350032	34	2.0	35	81	8	81	50	7	2	40	1.45
107350032--107350460	223	1.9	229	83	8	567	45	6	11	37	1.65
107350980--107351029	9	5.7	9	77	11	50	58	0	4	38	1.17
107352718--107352801	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
107358450--107358533	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
107362846--107362887	22	2.0	21	85	4	57	59	2	14	23	1.47
107362882--107362964	33	2.5	34	78	9	82	56	6	6	31	1.48
107362940--107362993	24	2.2	26	83	9	69	59	3	5	31	1.38
107363036--107363162	24	5.2	25	71	17	81	53	4	8	33	1.52
107363144--107363191	21	2.3	20	82	3	51	52	10	6	31	1.60
107363574--107363615	3	13.7	3	85	14	59	64	2	0	33	1.07
107363457--107363748	133	2.2	133	98	1	568	59	8	3	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107363707--107363759	3	17.3	3	96	3	97	64	1	0	33	1.05
107365243--107365276	17	2.0	17	100	0	68	35	23	17	23	1.95
107365585--107365948	54	6.7	54	91	1	557	38	17	13	30	1.88
107365585--107365948	110	3.3	108	91	2	584	38	17	13	30	1.88
107365916--107365983	34	2.0	34	94	0	118	22	22	13	42	1.87
107365697--107366207	253	2.0	254	91	3	839	36	18	13	31	1.90
107365950--107366275	55	5.9	55	92	3	521	37	17	13	30	1.89
107365862--107366037	89	2.0	88	94	1	307	32	19	13	34	1.91
107365806--107366092	143	2.0	144	94	0	504	35	18	13	32	1.90
107365950--107366275	109	2.9	109	90	4	526	37	17	13	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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