genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26328669--26328805	48	2.9	48	89	0	202	25	23	24	26	2.00
26336586--26336761	46	3.8	46	75	4	183	30	28	19	21	1.97
26336594--26336764	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
26337185--26337244	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
26344145--26344315	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
26344140--26344312	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
26356531--26356589	10	5.9	10	82	7	75	20	10	1	67	1.28
26367570--26367600	16	1.9	16	93	0	53	80	0	16	3	0.83
26368232--26368290	10	5.9	10	80	7	75	22	10	1	66	1.31
26371461--26371508	22	2.1	24	88	7	73	41	12	2	43	1.54
26372944--26373121	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26372965--26373120	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26387953--26387984	11	2.8	12	86	13	50	81	0	6	12	0.87
26388792--26389000	44	4.6	45	71	16	151	30	20	15	33	1.94
26388769--26389027	140	1.9	140	91	0	428	28	21	16	34	1.94
26389096--26389198	54	1.9	54	93	0	179	27	16	17	38	1.91
26389157--26389523	44	8.4	44	71	5	163	27	23	19	30	1.98
26389515--26389931	87	4.9	86	85	4	558	25	23	21	29	1.99
26389529--26389665	43	3.2	42	65	20	111	23	20	25	30	1.98
26389515--26389920	173	2.4	170	87	2	575	25	23	22	28	1.99
26392022--26392087	8	8.4	8	79	12	57	13	1	9	75	1.10
26398063--26398091	12	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26398451--26398502	22	2.3	23	81	12	56	69	1	1	26	1.10
26398449--26398502	25	2.2	25	86	6	74	68	1	1	27	1.10
26398398--26398486	3	29.3	3	77	6	81	59	2	7	30	1.38
26400037--26400072	16	2.2	16	90	0	54	50	0	16	33	1.46
26400338--26400378	17	2.4	17	84	11	57	41	17	17	24	1.89
26400474--26400507	17	1.9	18	94	5	61	32	29	5	32	1.81
26405435--26405504	29	2.3	30	85	4	88	40	12	12	34	1.82
26408987--26409031	21	2.1	21	87	0	63	0	8	51	40	1.33
26419297--26419336	21	1.9	21	89	0	62	55	0	2	42	1.13
26419359--26419394	16	2.2	17	90	5	56	72	0	0	27	0.85
26419408--26419467	30	2.0	29	83	3	75	38	1	3	56	1.26
26419456--26419503	17	2.8	16	79	17	51	20	4	0	75	0.97
26419499--26419538	18	2.1	20	90	9	66	50	2	0	47	1.14
26421915--26422135	48	4.6	48	86	1	264	25	16	31	26	1.97
26428445--26428600	40	3.9	40	85	5	217	25	22	28	24	2.00
26433273--26433302	11	2.6	12	94	5	53	53	3	26	16	1.59
26442479--26442664	40	4.7	40	88	5	243	24	21	27	26	1.99
26442532--26442697	80	2.1	79	85	5	219	25	19	27	27	1.99
26450524--26450709	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
26450577--26450742	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
26454138--26454207	16	4.4	16	81	1	88	30	28	7	34	1.84
26454138--26454207	32	2.2	32	87	2	97	30	28	7	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26456718--26456742	9	2.8	9	100	0	50	32	0	24	44	1.54
26462124--26462168	22	2.0	22	91	0	72	35	13	22	28	1.92
26489105--26489137	17	1.9	17	100	0	66	54	12	12	21	1.69
26496039--26496078	13	3.1	13	85	0	53	15	27	35	22	1.94
26502824--26503037	67	3.2	64	77	8	189	33	14	28	24	1.94
26509830--26509891	30	2.1	30	93	0	106	37	1	27	33	1.67
26525142--26525317	24	7.0	24	82	10	208	24	19	15	40	1.90
26525130--26525317	76	2.5	77	82	8	233	24	21	14	39	1.91
26525142--26525319	52	3.5	51	88	3	236	24	20	15	39	1.91
26533123--26533200	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
26533319--26533688	47	7.8	47	96	1	650	30	29	7	33	1.85
26537584--26537935	40	8.8	40	92	0	569	26	27	21	24	1.99
26539151--26539228	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
26539347--26539669	47	6.8	47	94	1	538	30	29	7	32	1.85
26539347--26539669	96	3.4	94	93	3	538	30	29	7	32	1.85
26551947--26552013	33	2.0	33	100	0	134	49	11	11	26	1.74
26552345--26552426	43	1.9	42	87	2	119	34	25	15	24	1.95
26553914--26554026	41	2.7	41	79	4	127	27	23	16	31	1.96
26561336--26561445	43	2.6	42	83	8	134	27	26	18	28	1.98
26564607--26564768	27	6.0	27	86	0	189	40	20	14	25	1.90
26565763--26565976	17	12.7	17	70	12	97	29	9	2	58	1.43
26565763--26565944	3	59.7	3	75	10	111	29	8	2	58	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26565943--26565984	21	2.0	22	86	13	61	28	16	2	52	1.56
26572025--26572365	48	6.9	50	87	7	489	36	5	26	31	1.80
26572025--26572365	98	3.4	98	89	4	508	36	5	26	31	1.80
26572515--26572623	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
26583802--26584184	40	9.6	40	86	4	434	25	19	27	27	1.99
26590254--26590556	40	7.6	40	89	2	387	25	20	27	27	1.99
26591986--26592084	49	2.0	49	90	3	155	44	23	7	25	1.78
26594700--26594736	20	1.9	20	88	5	58	56	5	5	32	1.45
26596205--26596248	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
26598903--26599074	90	1.9	91	90	3	276	48	8	9	32	1.67
26598906--26599099	90	2.1	89	85	8	241	50	8	9	31	1.65
26599318--26599350	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
26599968--26600010	23	2.0	21	86	9	59	20	11	39	27	1.88
26603527--26603559	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
26610338--26610402	34	1.9	34	87	6	96	81	4	6	7	0.98
26610917--26610978	22	2.9	21	83	9	81	74	6	0	19	1.03
26612503--26612605	44	2.3	46	77	11	108	31	17	21	30	1.96
26612243--26613502	177	7.1	177	88	1	1659	30	17	24	27	1.97
26612677--26613310	44	14.3	45	65	11	240	30	17	24	27	1.97
26623017--26623200	40	4.6	40	83	6	221	26	23	25	24	2.00
26623017--26623200	80	2.3	80	85	3	246	26	23	25	24	2.00
26624832--26624869	20	1.9	19	85	15	51	5	28	13	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26628084--26628306	119	1.9	120	85	2	313	40	9	19	29	1.84
26630941--26631158	40	5.5	40	88	3	307	24	28	23	23	2.00
26630941--26631162	80	2.8	80	89	2	340	24	27	22	24	2.00
26643619--26643703	41	2.1	41	97	0	161	36	23	11	28	1.90
26648189--26648239	21	2.4	22	87	6	70	64	0	0	35	0.94
26648201--26648291	33	2.7	33	75	14	89	58	3	0	38	1.15
26663041--26663279	119	2.0	119	100	0	478	21	18	17	41	1.90
26665273--26665341	26	2.7	26	79	0	66	33	15	8	42	1.78
26671221--26671268	25	1.9	25	82	0	60	37	4	20	37	1.72
26676341--26676383	22	2.0	22	81	9	52	25	6	2	65	1.30
26678412--26678441	12	2.5	12	94	0	51	30	43	20	6	1.77
26682292--26682448	43	3.6	44	81	7	187	28	14	24	32	1.95
26684482--26684601	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
26685354--26685578	40	5.7	40	85	5	269	24	21	27	26	1.99
26685393--26685611	79	2.8	79	84	5	239	26	20	26	25	1.99
26692479--26692647	39	4.3	40	80	2	180	26	30	20	23	1.98
26692479--26692648	79	2.2	79	82	3	207	26	30	20	23	1.98
26694256--26694432	43	4.2	41	78	9	160	22	15	29	33	1.94
26709086--26709239	24	6.4	24	88	0	227	27	21	19	31	1.97
26709289--26709346	11	5.6	11	72	15	61	31	18	13	36	1.90
26709289--26709344	20	2.8	20	97	0	103	32	19	12	35	1.89
26712230--26712350	48	2.5	49	82	8	140	31	28	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26712263--26712394	48	2.7	49	84	2	160	26	31	17	25	1.97
26719883--26719987	55	1.9	55	82	9	133	23	27	23	24	2.00
26719880--26720001	56	2.2	55	77	12	124	25	26	22	25	2.00
26720964--26721117	23	6.6	23	74	10	125	36	20	19	24	1.95
26723263--26723368	43	2.5	43	77	0	113	31	22	16	30	1.95
26735617--26735979	121	3.0	121	99	0	717	27	13	17	41	1.87
26737858--26737974	40	3.0	40	92	1	191	23	17	29	29	1.97
26739708--26740117	49	8.6	49	92	3	660	29	29	8	32	1.86
26739708--26740117	96	4.3	94	92	3	631	29	29	8	32	1.86
26739708--26740117	145	2.9	145	94	1	684	29	29	8	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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