genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29669384--29669531	26	5.6	25	80	10	145	40	18	9	31	1.82
29669387--29669533	52	2.8	53	86	6	174	40	18	9	31	1.83
29669513--29669773	27	9.7	27	85	0	326	31	19	22	26	1.97
29669980--29670038	26	2.2	27	85	8	77	16	22	22	38	1.93
29675687--29675858	46	3.7	46	78	10	188	22	19	28	29	1.98
29675679--29675851	93	1.9	93	91	0	283	21	20	28	28	1.98
29676788--29676896	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
29677046--29677192	50	3.0	50	92	3	235	30	24	7	37	1.83
29677151--29677342	47	4.1	47	89	1	271	26	29	11	32	1.92
29681845--29681888	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
29684289--29684464	46	3.8	46	76	12	180	22	19	27	30	1.98
29684285--29684455	93	1.8	93	91	2	281	22	20	28	28	1.99
29689161--29689384	48	4.7	48	89	1	317	24	16	31	28	1.96
29696947--29697225	48	5.8	48	86	2	364	25	16	28	29	1.97
29704755--29704893	43	3.3	43	78	2	145	32	27	17	23	1.96
29706327--29706470	43	3.4	44	69	14	122	25	18	25	30	1.98
29706651--29706694	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
29708859--29708919	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
29727470--29727502	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
29729813--29729984	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
29729807--29729981	46	3.8	46	78	13	205	29	28	21	21	1.98
29729855--29729993	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29757278--29757671	47	8.4	47	94	0	653	32	8	30	28	1.86
29757286--29757408	22	5.3	22	64	24	65	31	8	30	28	1.88
29757509--29757582	25	3.1	25	66	18	75	36	8	29	25	1.85
29758863--29758896	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
29760015--29760108	28	3.3	29	88	2	129	31	29	12	25	1.93
29763123--29763288	43	3.9	43	83	4	228	28	13	24	34	1.93
29763125--29763376	131	2.0	127	81	6	292	27	14	23	34	1.94
29766223--29766260	19	2.0	19	100	0	76	42	0	10	47	1.38
29767404--29767575	48	3.6	48	88	0	236	25	18	30	26	1.98
29778252--29778418	43	3.9	43	75	9	153	25	15	23	35	1.94
29782188--29782374	49	3.8	49	80	4	232	27	18	25	28	1.98
29782183--29782369	99	1.9	100	93	1	322	26	19	25	28	1.99
29783762--29783799	20	1.9	20	88	0	58	28	2	34	34	1.71
29783761--29783805	20	2.3	19	81	11	54	28	2	35	33	1.70
29788755--29788836	40	2.0	40	100	0	164	40	9	17	32	1.82
29789771--29789977	53	3.8	53	74	5	182	39	16	23	20	1.92
29795461--29795667	53	3.8	53	76	3	198	38	17	23	20	1.93
29802697--29802789	44	2.1	45	83	4	116	35	23	6	34	1.81
29802771--29802841	16	4.4	16	85	3	90	28	26	7	38	1.82
29803845--29803877	17	1.9	17	100	0	66	18	18	36	27	1.94
29812134--29812205	30	2.4	31	88	4	110	40	8	13	37	1.75
29819416--29819472	26	2.2	26	80	3	60	28	19	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29823202--29823301	43	2.3	43	91	3	157	33	19	16	32	1.93
29829698--29829766	29	2.4	29	82	2	77	37	7	8	46	1.63
29832771--29832892	43	2.9	42	81	7	165	27	25	16	31	1.96
29834606--29834776	83	2.1	83	93	0	288	30	18	25	25	1.98
29835724--29835820	25	3.9	25	72	6	72	35	19	24	20	1.96
29836367--29836405	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
29841968--29842023	29	2.0	29	85	3	78	25	3	3	67	1.22
29844971--29845004	16	2.1	16	88	0	50	41	11	14	32	1.82
29848347--29848394	24	2.0	24	91	0	78	43	6	31	18	1.75
29851472--29851508	18	2.0	19	94	5	67	37	16	8	37	1.78
29868176--29868212	15	2.4	16	82	13	51	48	43	8	0	1.32
29868273--29868337	29	2.2	29	94	0	112	18	49	20	12	1.79
29876754--29876788	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
29877091--29877199	44	2.7	38	75	19	94	35	20	4	39	1.73
29877176--29877231	16	3.5	16	72	0	58	30	17	5	46	1.71
29878605--29878668	30	2.1	32	82	5	78	46	4	4	43	1.45
29879859--29879899	20	2.2	19	86	8	57	73	2	17	7	1.17
29880811--29880854	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
29880946--29880974	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
29881910--29881977	15	4.7	15	67	10	52	5	25	0	69	1.11
29881920--29881970	17	3.1	17	75	10	52	3	23	0	72	1.01
29883393--29883529	60	2.3	60	83	8	163	30	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29885803--29885848	9	5.1	9	86	0	65	45	19	10	23	1.82
29885876--29886010	17	7.4	17	63	14	63	48	14	5	32	1.65
29885868--29885993	17	6.8	20	66	13	81	46	15	6	32	1.71
29885868--29886032	74	2.2	74	91	4	253	46	14	6	32	1.69
29885867--29886015	37	4.0	37	95	0	262	45	14	6	33	1.70
29887340--29887372	11	3.1	11	86	4	50	0	27	21	51	1.48
29887341--29887374	10	3.3	10	84	8	50	0	23	20	55	1.43
29896580--29896753	46	3.7	46	79	13	194	27	20	29	22	1.98
29896966--29897014	22	2.2	22	81	3	53	40	10	12	36	1.77
29898328--29898406	39	2.0	39	97	0	149	24	29	5	41	1.76
29898424--29898453	15	1.9	16	93	6	53	56	10	0	33	1.32
29899883--29900507	45	13.7	45	68	14	318	27	20	19	32	1.97
29899833--29900553	137	5.3	137	94	0	1237	26	20	19	32	1.97
29900026--29900511	92	5.3	90	69	14	268	26	20	19	32	1.97
29900303--29900544	45	5.5	41	72	14	142	27	21	19	31	1.97
29903894--29904045	27	5.6	27	92	3	223	28	13	28	29	1.94
29903894--29904045	55	2.8	55	91	0	232	28	13	28	29	1.94
29925774--29925867	22	4.1	22	79	5	89	24	24	18	32	1.97
29947677--29947796	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
29949539--29949803	49	5.5	49	90	4	416	32	8	30	28	1.86
29949539--29949803	96	2.8	96	93	2	435	32	8	30	28	1.86
29949922--29950000	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29956863--29956921	27	2.3	25	82	8	82	40	1	18	38	1.61
29956872--29956923	12	4.1	12	76	11	50	38	0	17	44	1.49
29963146--29963332	40	4.7	40	91	0	295	26	22	27	22	1.99
29963584--29963629	22	2.1	22	84	8	58	28	8	15	47	1.74
29970876--29971069	40	4.9	40	91	0	309	27	22	27	22	1.99
29970876--29971096	80	2.8	80	86	2	313	28	23	26	21	1.99
29988684--29988855	93	1.9	92	82	10	217	22	25	21	30	1.98
29989858--29990071	50	4.3	50	79	4	225	30	25	17	26	1.97
29989889--29990070	101	1.8	101	88	0	283	29	24	18	27	1.98
29992723--29992751	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
29994205--29994244	21	1.9	21	89	0	62	17	40	22	20	1.92
29994205--29994252	21	2.3	21	85	0	60	18	39	22	18	1.92
29995576--29995605	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
29995801--29995944	50	2.8	51	85	2	182	34	26	13	26	1.93
29995813--29995946	52	2.6	50	84	2	169	35	26	12	26	1.92
29999791--29999819	14	2.1	14	100	0	58	20	13	20	44	1.85
30007625--30008066	47	9.4	47	93	0	704	32	9	29	28	1.88
30008185--30008263	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
30010128--30010230	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
30010212--30010286	29	2.6	29	87	4	98	26	16	33	24	1.95
30010520--30010702	40	4.6	40	85	5	210	24	23	27	25	2.00
30023892--30023976	40	2.2	39	86	2	116	29	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30027906--30028016	43	2.6	43	78	5	134	31	27	15	26	1.96
30028010--30028152	50	2.9	49	83	3	160	23	31	17	27	1.97
30030885--30030965	40	2.1	39	83	2	99	29	29	16	24	1.96
30035690--30035727	20	2.0	20	89	5	60	21	7	0	71	1.11
30038135--30038170	19	1.9	19	88	5	56	33	2	5	58	1.36
30039059--30039091	14	2.3	15	89	5	50	42	6	3	48	1.43
30039184--30039243	20	2.8	21	78	17	61	43	11	8	36	1.71
30040430--30040486	29	2.0	29	86	6	80	19	33	29	17	1.95
30059774--30059894	56	2.2	56	84	10	151	34	15	14	34	1.89
30066157--30066303	42	3.5	42	80	3	161	30	19	21	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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