genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11366383--11366436	21	2.5	22	81	6	74	57	3	0	38	1.17
11368392--11370078	565	3.0	566	98	0	3200	27	12	17	42	1.84
11375101--11375147	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
11375111--11375173	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
11379113--11379163	26	2.0	26	96	0	93	33	13	3	49	1.61
11380529--11380655	50	2.5	51	89	2	193	32	16	25	25	1.96
11380633--11380750	31	3.8	31	89	0	173	25	19	27	27	1.99
11380770--11380891	47	2.6	47	84	1	147	30	15	24	29	1.96
11381630--11381679	24	2.1	24	81	7	57	36	2	0	62	1.07
11381696--11381790	40	2.4	41	83	3	113	24	1	9	65	1.29
11383503--11383538	18	2.0	18	94	0	63	16	30	11	41	1.83
11385090--11385568	238	2.0	238	100	0	958	32	18	20	28	1.96
11385996--11386030	18	1.9	18	94	0	61	22	45	20	11	1.82
11388976--11389040	34	1.9	35	84	6	89	40	0	4	55	1.21
11392662--11392690	14	2.0	15	93	6	51	75	13	3	6	1.13
11393513--11393540	12	2.3	12	100	0	56	50	0	14	35	1.43
11393776--11393837	30	2.0	31	84	9	83	56	1	1	40	1.19
11396567--11396629	33	1.9	32	84	15	85	55	6	0	38	1.25
11404608--11404677	24	3.0	24	87	6	74	38	14	4	42	1.65
11404621--11404677	24	2.4	24	96	0	105	42	14	3	40	1.62
11415065--11415104	20	2.0	20	95	0	71	42	10	22	25	1.84
11416334--11416457	64	1.9	64	88	0	185	31	16	13	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11416562--11416892	178	1.9	178	89	1	520	32	17	21	28	1.96
11416844--11416953	44	2.5	44	85	2	159	31	16	24	27	1.96
11420215--11420251	19	1.9	19	89	10	58	86	0	13	0	0.57
11434774--11435181	46	8.9	46	87	0	521	40	14	24	21	1.90
11435462--11435494	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
11437737--11437879	43	3.3	43	71	5	135	33	18	18	29	1.95
11437967--11438124	44	3.6	44	75	6	158	29	19	22	28	1.98
11437962--11438140	44	4.1	44	75	0	151	32	19	21	26	1.97
11442458--11442502	24	1.9	23	95	4	81	26	0	11	62	1.29
11442679--11443002	129	2.5	129	90	2	510	25	16	20	38	1.92
11450688--11450733	24	1.9	24	86	8	67	60	2	6	30	1.34
11452291--11452402	45	2.5	45	79	7	120	28	19	20	31	1.97
11452555--11452841	44	6.5	44	72	15	200	30	24	16	28	1.97
11452717--11452856	45	3.2	44	73	10	133	29	26	12	31	1.93
11452591--11452856	89	3.0	87	77	12	258	29	25	15	29	1.96
11452909--11453030	64	1.9	64	89	0	190	37	15	16	30	1.90
11467239--11467274	11	3.2	12	92	7	58	72	0	5	22	1.05
11467261--11467294	9	3.7	9	92	4	50	67	0	0	32	0.91
11467239--11467293	21	2.6	21	82	8	67	69	0	3	27	1.05
11467239--11467302	32	2.0	33	84	9	87	67	0	3	29	1.06
11467311--11467413	39	2.6	40	83	3	120	56	1	5	35	1.35
11470004--11470042	16	2.3	17	86	8	53	64	2	5	28	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11470089--11470149	25	2.4	25	83	8	61	6	26	0	67	1.15
11470118--11470157	21	1.9	21	85	10	55	7	32	2	57	1.40
11470732--11470796	31	2.1	32	94	2	114	63	0	10	26	1.27
11472856--11473030	65	2.7	65	84	2	235	28	9	5	56	1.55
11480281--11480487	42	4.7	43	79	12	179	30	28	13	28	1.94
11480351--11480487	49	2.9	48	87	4	188	32	28	11	27	1.92
11480366--11480528	47	3.4	47	80	5	150	31	27	13	26	1.94
11485165--11485237	30	2.4	30	88	0	110	30	13	23	32	1.93
11486613--11486655	15	2.7	16	78	10	52	65	0	9	25	1.22
11491627--11491857	51	4.7	51	81	8	262	38	6	13	41	1.71
11491716--11491740	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
11491636--11491821	95	2.0	95	92	0	309	37	5	15	41	1.71
11500617--11500645	14	2.1	14	100	0	58	20	6	34	37	1.80
11503333--11503416	26	3.2	26	93	0	141	36	23	4	34	1.76
11507901--11507953	27	1.9	28	88	3	81	41	0	3	54	1.18
11508341--11508370	12	2.6	12	94	5	53	70	0	0	30	0.88
11510443--11510491	24	2.0	24	96	0	89	36	22	18	22	1.95
11511829--11511944	51	2.3	51	87	4	171	49	6	18	25	1.72
11511926--11511951	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
11511845--11511964	51	2.4	51	85	2	143	50	6	15	27	1.68
11512544--11512717	86	2.0	86	92	0	285	28	20	25	25	1.99
11514489--11514530	19	2.2	19	86	0	57	61	2	2	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11514711--11514747	18	2.1	18	89	0	56	21	2	2	72	1.09
11515518--11515555	18	2.2	18	85	4	51	31	0	0	68	0.90
11516614--11516648	13	2.6	13	95	4	61	17	0	0	82	0.66
11517190--11517226	18	2.1	18	89	0	56	24	24	2	48	1.64
11517239--11517304	34	2.0	33	82	8	80	48	18	0	33	1.48
11518092--11518130	15	2.6	15	91	0	60	56	0	0	43	0.99
11518088--11518119	12	2.6	12	95	5	55	56	0	0	43	0.99
11518363--11518394	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
11522056--11522173	60	2.0	60	91	0	191	28	29	14	27	1.95
11528813--11528862	9	5.6	9	85	0	64	44	16	10	30	1.80
11528882--11528922	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
11530241--11530437	9	21.6	9	63	20	54	61	2	4	31	1.28
11530238--11530337	26	3.8	26	71	15	73	61	2	1	36	1.14
11530365--11530410	19	2.4	19	88	3	65	54	2	8	34	1.43
11530296--11530446	28	5.4	27	68	14	85	60	1	4	33	1.29
11530378--11530460	19	4.3	20	72	15	61	57	1	7	33	1.34
11530320--11530468	56	2.6	57	78	10	137	59	3	6	30	1.38
11530655--11530702	19	2.5	19	72	0	60	35	4	0	60	1.16
11530710--11530780	26	2.6	28	78	8	85	38	0	0	61	0.96
11530710--11530780	27	2.6	29	78	12	80	38	0	0	61	0.96
11530963--11530987	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
11531473--11531506	17	2.1	17	94	5	61	29	2	5	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11533102--11533149	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
11541916--11542325	86	4.8	86	90	0	588	43	12	10	33	1.76
11547628--11547791	43	3.9	42	78	7	154	32	24	15	27	1.96
11552736--11552949	46	4.6	46	78	9	179	29	18	27	24	1.98
11552875--11553097	48	4.7	48	74	14	169	26	17	30	25	1.98
11561623--11561733	43	2.6	44	82	7	147	30	24	16	28	1.96
11564083--11564236	27	5.7	27	86	5	186	22	25	11	40	1.88
11564087--11564236	81	1.8	82	84	7	207	22	24	12	41	1.87
11565126--11565222	51	1.9	49	93	4	167	24	15	10	49	1.76
11565467--11565501	17	2.1	17	94	0	61	40	22	8	28	1.84
11574072--11574111	18	2.2	18	100	0	80	37	0	5	57	1.21
11574138--11574169	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
11577962--11578036	26	3.1	24	78	14	66	30	24	21	24	1.99
11583702--11583743	19	2.4	18	81	14	52	26	16	23	33	1.96
11592292--11592328	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
11592381--11592454	38	1.9	38	97	0	139	25	21	0	52	1.47
11593741--11593849	51	2.1	52	91	1	175	27	21	7	44	1.78
11597504--11597735	40	5.8	41	85	4	303	24	21	28	25	1.99
11597504--11597755	120	2.1	120	91	2	418	23	21	28	26	1.99
11597504--11597735	80	2.9	80	88	1	340	24	21	28	25	1.99
11599568--11599601	18	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
11600487--11600550	32	2.0	32	100	0	128	40	15	12	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11604396--11604459	21	2.9	23	74	9	78	48	21	15	14	1.80
11605610--11605665	23	2.4	23	87	0	76	35	14	5	44	1.68
11605909--11605947	11	3.2	12	85	10	53	28	0	2	69	1.02
11605910--11606041	41	3.3	39	75	13	115	26	2	6	64	1.30
11606353--11606417	3	22.3	3	81	12	82	63	1	0	35	1.04
11606323--11606411	36	2.4	37	86	5	126	59	4	1	34	1.25
11607205--11607285	26	3.2	26	92	3	146	29	7	28	34	1.84
11609990--11610316	175	1.9	176	92	1	559	31	7	14	46	1.72
11611251--11611381	6	21.8	6	95	0	235	32	0	15	51	1.43
11612839--11612921	24	3.5	24	91	0	130	38	15	7	38	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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