genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38692313--38692432	24	5.2	23	73	17	81	23	20	15	40	1.90
38692329--38692379	23	2.2	24	86	10	70	19	25	15	39	1.91
38697230--38697306	31	2.5	31	95	0	136	28	25	18	27	1.98
38697330--38697421	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
38697566--38697714	26	5.8	26	92	2	221	25	20	24	29	1.99
38697764--38697820	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
38698517--38698594	27	2.9	26	76	14	86	21	20	23	34	1.97
38698635--38698718	27	3.0	27	74	17	82	33	10	16	39	1.83
38698726--38698848	27	4.6	27	85	2	167	30	8	21	40	1.82
38698726--38698881	54	2.9	54	82	3	181	30	10	19	39	1.86
38698880--38699079	27	7.4	27	88	3	242	38	8	24	29	1.84
38698880--38699079	54	3.7	54	87	2	269	38	8	24	29	1.84
38698880--38699079	81	2.5	81	88	0	274	38	8	24	29	1.84
38707484--38707661	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
38715071--38715248	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
38715092--38715247	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
38719509--38719585	38	2.0	38	97	0	145	20	12	6	59	1.55
38734662--38734708	8	5.9	8	75	9	51	44	25	4	25	1.72
38740644--38740684	20	2.0	20	95	0	73	34	7	29	29	1.84
38745797--38745951	46	3.3	46	71	15	138	28	28	21	21	1.99
38746261--38746306	18	2.6	18	100	0	92	19	19	15	45	1.85
38748705--38748761	30	1.9	29	85	3	78	57	14	14	14	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38751701--38751869	46	3.7	46	75	13	157	31	29	19	19	1.96
38752792--38752816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
38754426--38755144	47	14.5	49	92	5	1071	33	7	27	31	1.85
38754439--38755142	100	7.1	100	90	5	1067	33	7	27	31	1.85
38754644--38754740	31	3.2	31	64	21	87	31	8	29	29	1.86
38754426--38755140	51	14.4	47	91	4	953	33	7	27	30	1.85
38756529--38756700	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
38756531--38756753	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
38756529--38756753	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
38756685--38756762	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
38764455--38764626	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
38764455--38764679	80	2.8	79	80	7	231	26	27	20	25	1.99
38764611--38764688	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
38780569--38780819	40	6.3	40	82	5	314	28	27	21	23	1.99
38780569--38780819	80	3.2	80	92	3	393	28	27	21	23	1.99
38786164--38786385	40	5.6	40	88	1	313	21	21	27	29	1.99
38787849--38787961	40	2.8	40	83	0	145	33	23	22	20	1.97
38799373--38799453	32	2.5	33	82	9	105	24	23	20	30	1.99
38811998--38812034	13	2.8	13	95	0	65	16	43	29	10	1.82
38813547--38813646	39	2.6	38	83	1	119	37	5	7	51	1.51
38821925--38822101	51	3.5	51	86	4	225	24	30	15	28	1.96
38824857--38825156	47	6.4	47	89	0	447	28	31	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38824857--38825156	94	3.2	94	94	0	501	28	31	8	32	1.87
38825893--38825921	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
38827183--38827252	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
38827183--38827280	28	3.5	28	90	2	135	31	27	14	26	1.95
38841535--38841697	67	2.5	64	75	8	177	28	16	31	23	1.96
38842958--38843226	46	5.8	46	75	14	275	21	19	28	30	1.98
38843007--38843172	47	3.6	47	78	14	216	22	18	28	30	1.97
38842955--38843219	93	2.8	92	95	1	467	21	20	29	29	1.98
38845401--38845578	27	6.6	27	83	3	178	29	28	14	27	1.95
38845427--38845577	82	1.9	81	88	4	232	29	27	15	27	1.96
38845401--38845578	54	3.3	55	82	3	200	29	28	14	27	1.95
38846060--38846085	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
38853510--38853687	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
38853531--38853686	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
38854169--38854194	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
38856733--38856944	40	5.3	40	88	3	261	27	26	21	24	1.99
38862313--38862366	21	2.6	21	82	5	65	24	29	24	22	1.99
38863548--38863689	57	2.5	58	83	3	162	31	18	19	30	1.96
38884238--38884303	20	3.3	20	70	8	62	31	18	33	16	1.93
38884219--38884337	40	3.0	40	89	0	175	35	17	30	16	1.93
38884252--38884312	20	3.0	20	73	0	59	34	16	29	19	1.94
38887246--38887297	27	2.0	26	84	3	68	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38899074--38899116	20	2.1	21	82	4	52	30	2	6	60	1.35
38899074--38899116	21	2.1	20	83	12	52	30	2	6	60	1.35
38907534--38907599	24	2.7	25	75	13	66	34	3	31	30	1.73
38911340--38911427	39	2.3	39	88	2	124	37	6	5	50	1.53
38914116--38914284	46	3.7	46	76	10	191	24	20	27	27	1.99
38914106--38914279	93	1.9	93	93	0	303	23	21	28	27	1.99
38925402--38925481	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
38925612--38926143	47	11.4	47	90	0	782	25	31	10	32	1.90
38931323--38931500	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
38931344--38931499	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
38931323--38931512	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
38954815--38954990	40	4.5	39	89	5	239	23	22	27	26	2.00
38954815--38954990	79	2.2	79	88	6	250	23	22	27	26	2.00
38955215--38955258	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
38962731--38962947	40	5.4	40	90	3	307	24	23	26	25	2.00
38963174--38963217	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
38965789--38965817	13	2.2	13	100	0	58	55	0	0	44	0.99
38967859--38967937	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
38968056--38968552	47	10.4	47	91	3	769	29	29	8	32	1.87
38971107--38971164	27	2.1	27	96	0	107	20	29	39	10	1.86
38976174--38976351	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
38976195--38976350	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38976174--38976363	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
38984249--38984425	27	6.6	27	83	5	205	29	28	15	27	1.96
38984270--38984424	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	27	1.96
38986193--38986256	31	2.1	31	97	2	121	29	25	15	29	1.96
38986298--38986389	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
38986521--38986654	51	2.7	51	87	11	197	27	23	20	27	1.99
38986521--38986655	26	5.3	26	86	8	183	27	23	20	28	1.99
38986705--38986771	20	3.3	20	93	4	109	31	19	10	38	1.85
38986807--38986854	25	1.9	25	82	0	60	29	14	20	35	1.93
38987660--38987815	81	1.9	81	83	5	199	27	10	21	41	1.85
38987814--38988096	27	10.4	27	82	4	174	35	9	22	32	1.86
38987883--38988015	28	4.9	27	80	7	151	31	8	21	38	1.83
38987883--38988015	55	2.4	54	81	6	160	31	8	21	38	1.83
38987830--38988108	54	5.1	54	75	5	202	34	9	21	34	1.86
38987741--38988108	191	1.9	189	84	4	490	32	9	22	35	1.87
38987575--38988107	27	19.6	27	76	8	170	32	9	21	36	1.86
39001937--39001989	28	1.9	27	92	3	88	22	43	18	15	1.87
39003024--39003151	49	2.6	49	78	7	143	24	27	20	28	1.99
39005566--39005739	49	3.6	48	75	15	153	25	26	18	28	1.98
39005760--39005925	46	3.6	47	79	4	185	23	29	18	28	1.98
39009815--39010008	51	3.8	51	88	2	284	30	24	11	33	1.91
39010032--39010123	28	3.4	27	82	13	118	25	26	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39010045--39010121	24	3.0	26	86	9	104	24	23	15	36	1.94
39013342--39013376	18	1.9	18	88	11	54	60	17	0	22	1.37
39014453--39014576	41	2.9	44	79	7	155	29	26	18	25	1.98
39014429--39014574	41	3.4	43	78	7	154	26	27	19	26	1.99
39015716--39015744	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
39017482--39017647	55	3.0	55	98	0	314	29	20	22	27	1.99
39020758--39021014	39	6.5	39	91	1	381	29	27	22	19	1.98
39023754--39023901	51	2.9	51	96	0	269	27	25	14	32	1.95
39023925--39023987	28	2.2	28	91	5	101	26	26	12	33	1.93
39027321--39027364	23	1.9	23	86	9	63	47	6	29	15	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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