genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56907162--56907199	13	2.9	13	100	0	76	15	23	39	21	1.92
56914292--56914329	16	2.3	17	81	9	51	21	5	10	63	1.46
56921452--56921504	26	2.0	26	96	0	97	28	18	0	52	1.46
56925556--56925657	24	4.2	24	87	2	125	17	17	21	43	1.88
56925556--56925657	48	2.1	48	87	0	141	17	17	21	43	1.88
56926999--56927032	16	2.1	16	100	0	68	41	5	47	5	1.52
56931876--56931920	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
56953956--56954036	23	3.6	23	80	8	103	14	27	19	38	1.91
56954213--56954267	9	6.3	9	74	16	53	40	9	12	38	1.75
56954238--56954277	18	2.2	18	86	0	53	40	7	15	37	1.75
56961498--56961541	18	2.4	18	84	0	61	40	4	13	40	1.65
56963558--56963616	24	2.7	20	76	20	64	49	0	22	28	1.50
56963564--56963613	24	2.1	24	100	0	100	46	0	26	28	1.53
56965864--56966091	46	5.0	46	92	1	332	40	14	23	21	1.90
56971331--56971518	49	3.8	48	81	6	241	28	25	19	27	1.98
56971336--56971517	100	1.8	100	96	0	337	28	25	19	26	1.99
56975048--56975072	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
56975635--56975686	25	2.1	24	82	13	61	57	1	0	40	1.10
56982894--56982939	18	2.5	18	85	3	65	32	15	17	34	1.91
56983216--56983272	30	1.9	29	85	3	78	19	40	0	40	1.51
57004003--57004106	51	2.0	51	98	0	199	29	16	27	25	1.97
57007748--57007917	40	4.3	39	86	5	198	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57011394--57011549	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
57011764--57011827	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
57011771--57011844	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
57019022--57019177	41	3.8	41	89	6	226	28	19	22	28	1.98
57019392--57019455	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
57019399--57019472	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
57020223--57020420	40	5.0	40	86	3	258	24	21	25	27	1.99
57023599--57023660	20	3.0	21	74	9	65	16	32	16	35	1.91
57026740--57026783	21	2.1	21	83	8	54	54	2	0	43	1.12
57035801--57035864	6	10.7	6	100	0	128	32	15	34	17	1.91
57038635--57038702	16	4.4	15	83	5	82	54	5	0	39	1.25
57038645--57038718	16	4.6	16	81	5	87	56	5	0	37	1.22
57038635--57038702	31	2.2	31	94	0	118	54	5	0	39	1.25
57038638--57038735	16	5.9	18	72	22	81	55	5	0	39	1.22
57046132--57046275	27	5.4	26	83	3	171	21	17	24	36	1.94
57046132--57046336	80	2.5	80	80	7	211	23	15	25	35	1.94
57055251--57055404	79	1.9	80	83	6	197	24	26	20	27	1.99
57055223--57055354	40	3.3	40	87	3	160	25	27	21	26	1.99
57062472--57062652	40	4.6	40	76	11	167	25	26	20	26	1.99
57062472--57062656	79	2.3	81	80	9	202	25	26	21	25	2.00
57065331--57065735	47	8.6	47	95	1	693	32	8	30	28	1.86
57070437--57070488	26	2.0	26	85	7	70	46	15	3	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57071645--57071751	28	3.7	27	71	21	74	25	27	20	27	1.99
57071780--57071835	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
57084618--57084835	40	5.5	40	87	4	275	26	28	22	22	1.99
57095737--57095913	39	4.5	40	77	9	193	24	22	27	24	2.00
57103629--57103849	40	5.6	41	81	9	255	25	23	26	24	2.00
57110342--57110640	47	6.4	47	86	5	383	27	30	7	33	1.85
57110345--57110640	89	3.2	90	83	7	319	28	30	7	33	1.85
57110493--57110638	49	3.0	49	90	2	224	28	32	7	30	1.85
57123435--57123487	27	2.0	27	88	0	79	30	16	20	32	1.95
57124386--57124457	35	2.1	35	91	0	117	55	13	4	26	1.56
57124756--57124789	18	1.9	18	88	5	52	52	11	11	23	1.70
57124777--57124864	25	3.6	25	87	3	133	43	14	21	20	1.88
57125099--57125160	22	2.8	22	78	9	72	33	25	22	17	1.96
57125632--57125695	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
57125675--57125782	27	4.0	27	87	0	144	25	22	18	33	1.97
57125675--57125791	54	2.2	54	85	0	162	27	20	17	35	1.95
57125809--57125985	54	3.3	53	81	6	196	28	8	23	39	1.84
57125855--57125979	27	4.6	27	81	4	128	27	7	22	43	1.79
57129311--57129415	43	2.4	43	87	0	147	35	21	14	28	1.93
57130077--57130108	16	2.0	16	93	0	55	37	6	34	21	1.79
57134952--57135001	25	2.0	25	96	0	91	26	24	18	32	1.97
57137176--57137205	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57140052--57140174	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
57141618--57141675	23	2.5	23	75	5	55	10	18	1	68	1.26
57149876--57149919	22	2.0	22	86	0	61	56	4	0	38	1.20
57152011--57152274	38	6.2	38	73	17	161	31	24	14	29	1.94
57152051--57152322	48	5.9	48	80	9	325	31	23	14	30	1.94
57152113--57152274	85	1.9	86	89	1	254	31	24	13	30	1.94
57152028--57152352	133	2.4	133	93	0	542	31	24	14	30	1.94
57155845--57155896	18	2.9	18	88	0	77	19	21	13	46	1.84
57162178--57162218	21	2.0	21	90	4	66	26	0	21	51	1.48
57162837--57162893	29	2.0	28	86	10	80	22	22	22	31	1.98
57164314--57164379	19	3.7	18	67	30	52	31	0	16	51	1.45
57165258--57165295	15	2.4	17	82	13	53	42	2	13	42	1.57
57165434--57165590	43	3.7	41	74	16	135	26	21	25	26	1.99
57166670--57166727	29	2.0	29	96	0	107	39	0	22	37	1.54
57179229--57179313	42	2.0	42	97	0	161	32	18	0	48	1.49
57179822--57180187	199	1.9	196	96	1	678	23	18	14	43	1.87
57183552--57183612	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
57189671--57189788	57	2.1	57	80	7	132	27	17	20	33	1.95
57193614--57193753	27	5.2	28	89	5	175	35	22	23	17	1.95
57195373--57195482	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
57199070--57199210	27	5.3	26	87	2	156	36	22	22	18	1.95
57199070--57199208	54	2.6	54	86	3	174	35	22	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57199311--57199386	26	2.8	27	80	4	82	31	11	21	35	1.89
57200827--57200936	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
57203221--57203258	19	2.0	19	100	0	76	31	21	10	36	1.87
57204062--57204172	42	2.6	42	82	2	125	28	12	18	39	1.88
57205207--57205355	74	2.0	75	86	1	210	46	7	14	31	1.72
57205331--57205891	281	2.0	276	87	3	813	40	7	6	45	1.57
57217655--57218346	138	5.0	137	88	2	1003	40	7	6	45	1.57
57217655--57218346	137	5.0	138	88	2	982	40	7	6	45	1.57
57217655--57218346	275	2.5	276	88	2	1007	40	7	6	45	1.57
57218596--57218643	19	2.3	22	86	13	66	39	2	4	54	1.32
57223148--57223252	52	2.0	52	98	0	201	26	15	20	38	1.92
57227956--57228127	79	2.2	79	82	3	211	25	21	27	25	1.99
57227956--57228125	40	4.3	39	85	5	198	25	21	27	25	2.00
57231608--57231632	9	2.8	9	100	0	50	40	60	0	0	0.97
57235412--57235826	48	8.6	48	76	6	392	26	19	28	26	1.99
57235393--57235725	96	3.5	96	91	0	522	25	19	29	26	1.99
57235412--57235824	144	2.9	142	83	3	468	25	19	28	26	1.99
57235397--57235822	96	4.4	94	85	3	442	26	19	28	26	1.99
57235648--57235829	98	1.9	96	82	4	231	27	18	26	27	1.98
57238142--57238177	18	2.0	18	100	0	72	16	27	11	44	1.82
57240775--57240838	33	2.0	32	84	3	83	20	25	20	34	1.96
57240800--57240859	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57255077--57255144	22	3.1	21	76	14	66	11	30	35	22	1.90
57255088--57255144	22	2.6	22	88	0	87	12	31	35	21	1.90
57259223--57259400	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
57259244--57259399	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
57273075--57273167	25	3.7	25	80	0	114	26	24	23	24	2.00
57274094--57274122	14	2.0	15	93	6	51	17	0	6	75	1.01
57275217--57275320	52	2.0	52	98	0	199	44	18	5	31	1.73
57275229--57275310	26	3.2	26	61	13	60	43	18	6	31	1.74
57281596--57281983	27	14.4	26	88	4	481	25	22	18	34	1.96
57282217--57282254	19	2.0	19	85	10	51	21	44	26	7	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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