genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14621046--14621085	19	2.1	19	95	0	71	10	20	22	47	1.79
14621299--14621344	22	2.2	22	88	7	69	36	0	2	60	1.09
14624919--14625108	93	2.1	90	79	4	211	27	18	17	35	1.94
14627207--14627249	17	2.3	19	88	11	63	37	2	2	58	1.24
14627943--14627987	23	2.0	23	95	0	81	26	6	6	60	1.47
14628870--14628916	25	2.0	25	83	8	62	27	12	4	55	1.56
14629177--14629442	46	6.0	46	86	7	352	21	24	15	38	1.92
14629356--14629431	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
14634659--14634700	18	2.4	17	88	11	59	59	2	2	35	1.23
14634782--14634832	20	2.4	21	80	9	59	49	1	9	39	1.47
14634794--14634832	20	2.0	20	89	0	60	53	2	7	35	1.43
14635649--14635712	22	3.0	21	79	6	67	64	0	7	28	1.21
14637639--14637686	22	2.3	21	92	7	80	64	0	0	35	0.94
14638158--14638232	39	1.9	39	88	0	114	38	8	2	50	1.46
14639505--14639549	17	2.4	18	82	17	56	55	6	6	31	1.52
14639843--14640043	11	17.2	11	69	19	106	58	4	2	34	1.32
14639873--14640043	13	13.4	13	70	20	67	57	4	2	35	1.35
14639934--14640067	26	5.7	26	75	18	70	55	5	2	36	1.34
14640646--14640702	24	2.4	24	84	0	87	10	47	26	15	1.78
14642205--14642253	14	3.5	14	88	0	71	61	2	18	18	1.45
14642233--14642458	73	3.1	73	89	4	348	31	22	18	28	1.97
14642327--14642628	159	1.9	157	93	1	514	33	22	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14642382--14642543	86	1.9	85	88	1	243	35	22	16	25	1.95
14642468--14642623	73	2.2	73	88	2	226	33	22	17	26	1.96
14651398--14651456	29	2.0	29	96	0	109	28	20	15	35	1.93
14656389--14656442	13	4.2	13	80	0	54	31	22	22	24	1.98
14657236--14657265	10	3.0	10	100	0	60	30	0	40	30	1.57
14658736--14658765	9	3.3	9	90	0	51	13	0	33	53	1.40
14658736--14658779	18	2.5	18	88	3	63	11	0	34	54	1.36
14661791--14661866	32	2.4	32	82	8	93	40	10	13	35	1.79
14662475--14662547	35	2.1	35	89	2	110	52	12	9	26	1.69
14667282--14667357	40	1.9	40	88	0	116	27	13	18	40	1.88
14673480--14673612	48	2.8	48	84	0	176	36	25	15	22	1.94
14685456--14685491	18	2.0	18	100	0	72	50	5	11	33	1.61
14696418--14696480	28	2.2	28	91	5	101	38	20	6	34	1.78
14696657--14696900	75	3.3	75	79	6	262	31	21	19	27	1.97
14699746--14699792	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
14699763--14699841	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
14699763--14699835	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
14699764--14699851	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
14701819--14701847	14	2.1	14	93	6	51	27	24	0	48	1.51
14702398--14702439	21	2.0	21	95	0	75	11	7	23	57	1.59
14703543--14703597	16	3.5	15	81	16	58	65	5	0	29	1.15
14703559--14703603	22	1.9	24	86	13	67	66	2	0	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14705216--14705263	7	7.0	7	92	2	80	0	14	0	85	0.60
14705216--14705275	14	4.3	14	81	14	61	1	18	0	80	0.80
14705218--14705275	21	2.8	21	86	5	64	1	17	0	81	0.78
14706247--14706314	31	2.2	31	97	2	129	26	8	0	64	1.22
14715896--14715959	26	2.4	27	72	15	69	31	3	3	62	1.26
14716476--14716525	19	2.6	19	81	12	57	52	0	4	44	1.20
14716784--14716810	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
14716860--14716999	43	3.4	42	80	13	173	48	13	1	36	1.52
14722969--14723050	43	1.9	43	87	0	119	34	21	17	26	1.95
14723243--14723373	61	2.1	61	82	8	151	44	8	22	24	1.80
14730562--14730662	50	2.0	50	98	0	193	37	6	18	36	1.78
14735744--14735786	22	2.0	22	85	0	59	13	32	23	30	1.93
14735906--14735958	27	2.0	27	85	7	72	18	26	24	30	1.98
14746694--14746720	7	3.9	7	100	0	54	85	0	14	0	0.61
14747971--14748231	79	3.3	77	84	3	324	34	6	14	44	1.71
14748011--14748228	39	5.6	38	67	17	101	36	5	15	42	1.71
14749280--14749310	16	2.0	16	93	6	55	64	0	6	29	1.18
14762670--14762708	15	2.6	15	88	8	53	2	12	48	35	1.55
14762916--14762969	17	3.2	16	79	10	54	77	3	7	11	1.09
14780620--14780662	10	4.0	10	77	16	50	53	27	6	11	1.63
14783919--14784000	40	2.0	40	100	0	164	45	14	10	29	1.79
14789182--14789240	21	2.8	22	84	5	77	10	15	33	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14792370--14792420	24	2.1	24	82	13	61	66	1	27	3	1.20
14795944--14795990	21	2.1	22	84	7	60	51	2	8	38	1.45
14803499--14803669	43	4.0	43	72	11	145	31	24	15	28	1.95
14820472--14820592	63	1.9	63	91	3	199	33	28	8	29	1.86
14822033--14822224	39	4.9	40	79	13	186	41	26	17	15	1.89
14822033--14822224	78	2.5	78	82	10	241	41	26	17	15	1.89
14824427--14824566	43	3.3	43	81	6	167	32	25	17	24	1.97
14829408--14829528	63	1.9	63	91	3	199	33	28	8	29	1.86
14830969--14831160	39	4.9	40	79	13	186	41	26	17	15	1.89
14830969--14831160	78	2.5	78	82	10	241	41	26	17	15	1.89
14833368--14833507	43	3.3	43	81	6	167	32	25	17	24	1.97
14843204--14843229	12	2.2	12	100	0	52	26	38	11	23	1.89
14847182--14847206	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
14855521--14855581	22	2.7	22	80	12	70	62	0	4	32	1.17
14862409--14862488	27	2.9	27	79	1	79	36	21	16	26	1.94
14862612--14862663	27	2.0	27	92	3	88	17	21	23	38	1.93
14862612--14862676	27	2.4	27	87	2	87	18	18	23	40	1.92
14871991--14872016	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
14887227--14887261	18	1.9	19	88	11	56	17	34	22	25	1.96
14895531--14895590	25	2.4	26	76	15	63	60	1	1	36	1.17
14896407--14896467	30	2.1	30	84	3	79	49	9	8	32	1.66
14901323--14901363	20	2.0	20	100	0	82	41	9	9	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14901402--14901500	49	2.0	49	96	0	180	28	7	15	49	1.70
14902860--14903030	46	3.7	46	82	4	218	23	29	19	27	1.98
14912813--14912838	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
14916306--14916386	41	2.0	41	95	0	144	41	7	14	35	1.74
14922214--14922367	70	2.2	70	90	0	245	20	22	20	36	1.95
14926461--14926544	38	2.2	38	84	0	114	22	21	25	30	1.98
14926537--14926777	43	5.6	43	91	0	383	11	24	33	31	1.91
14927107--14927233	45	2.9	44	82	8	143	25	21	28	25	1.99
14928322--14928399	39	2.0	38	82	9	95	34	3	19	42	1.69
14929605--14929654	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
14929610--14929985	94	4.0	94	96	0	689	39	19	10	30	1.85
14937430--14937492	24	2.6	26	82	12	80	33	28	15	22	1.95
14937517--14937566	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
14937522--14937887	93	4.0	94	93	5	606	40	20	10	28	1.85
14937526--14937887	182	2.0	185	91	4	601	40	20	10	29	1.86
14948852--14948972	19	6.0	18	70	25	66	55	2	0	42	1.13
14948852--14948978	10	13.4	9	71	18	57	55	2	0	41	1.12
14948858--14948916	28	2.1	27	84	9	75	55	1	0	42	1.09
14948892--14948939	24	2.0	24	91	0	78	50	2	0	47	1.12
14948870--14948979	43	2.6	41	79	14	116	55	2	0	41	1.14
14948933--14948978	11	4.2	11	89	8	67	58	4	0	36	1.18
14948868--14948988	19	5.7	23	73	17	77	52	3	0	43	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14949047--14949078	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
14952556--14953091	46	11.7	46	89	4	602	21	22	14	41	1.89
14952556--14953091	92	5.8	92	88	2	666	21	22	14	41	1.89
14952556--14953088	138	3.9	138	87	3	671	21	22	14	42	1.89
14964054--14964106	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
14970578--14970642	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
14972124--14972176	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
14993822--14993876	28	2.0	28	85	3	76	54	7	0	38	1.28
14993890--14993921	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
14995870--14995954	44	1.9	44	87	0	125	23	17	27	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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