genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103775718--103775767	21	2.4	21	86	0	64	26	4	0	70	1.05
103776450--103776752	127	2.4	127	85	0	417	36	19	16	26	1.93
103778756--103778812	18	3.5	17	70	20	59	3	3	19	73	1.12
103779582--103779631	14	3.6	14	81	7	57	64	2	12	22	1.37
103779585--103779617	15	2.2	15	94	0	57	69	0	9	21	1.15
103779654--103779854	75	2.7	74	82	3	260	32	20	15	30	1.94
103779841--103779868	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
103779606--103780310	239	3.0	237	94	1	1187	33	20	17	27	1.96
103779850--103780073	74	3.0	73	90	1	340	32	22	17	27	1.96
103779856--103780404	312	1.8	295	81	9	674	34	20	16	27	1.95
103779998--103780165	92	1.8	91	88	6	259	34	20	16	28	1.94
103779925--103780381	166	2.9	164	81	9	524	33	21	16	28	1.95
103780128--103780381	73	3.5	73	90	1	377	32	20	16	30	1.95
103788475--103788510	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
103790708--103790740	8	4.1	8	100	0	66	12	12	51	24	1.73
103790748--103790804	18	3.5	17	70	20	59	3	3	19	73	1.12
103792620--103792663	21	2.2	20	87	4	61	56	4	9	29	1.50
103792599--103792688	46	2.0	44	84	6	117	55	6	6	31	1.52
103792641--103792780	25	5.5	25	75	12	142	56	4	6	32	1.44
103792756--103792803	13	3.5	13	75	10	51	56	6	2	35	1.36
103792994--103793065	24	3.0	24	83	2	72	54	5	4	36	1.43
103793072--103793110	19	2.0	19	85	5	51	56	5	7	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103793082--103793121	11	3.9	11	78	18	50	52	7	2	37	1.43
103793077--103793114	19	1.9	19	89	5	58	55	5	5	34	1.45
103793204--103793272	25	2.7	25	84	2	66	53	5	7	33	1.52
103793159--103793272	26	4.5	26	75	9	85	53	6	6	34	1.51
103793257--103793313	28	2.0	28	86	6	80	63	1	7	28	1.30
103793025--103793420	213	1.9	200	80	9	447	55	5	5	33	1.47
103793370--103793416	24	2.0	22	88	8	67	61	4	0	34	1.15
103793544--103793616	21	3.2	23	71	11	69	58	2	2	35	1.26
103793685--103793758	18	4.2	18	69	22	50	58	0	4	37	1.17
103798206--103798271	3	22.7	3	73	11	57	28	4	4	62	1.35
103798208--103798258	18	2.9	18	88	2	68	27	5	3	62	1.36
103799825--103799864	21	1.9	21	100	0	80	70	10	5	15	1.32
103813026--103813385	44	8.2	44	92	0	594	27	15	31	25	1.96
103813607--103813646	18	2.2	18	86	0	53	77	12	0	10	0.99
103817208--103817382	46	3.8	46	76	13	187	30	28	20	21	1.98
103817216--103817386	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
103824789--103824963	46	3.8	46	76	13	196	29	28	20	22	1.98
103824797--103824967	93	1.8	93	93	0	297	28	28	20	22	1.98
103827062--103827296	130	1.8	129	84	4	321	24	20	21	33	1.97
103827754--103827783	16	1.9	16	93	6	53	43	6	6	43	1.57
103830239--103830282	21	2.0	22	82	4	54	63	4	0	31	1.14
103830410--103830466	19	2.9	21	75	15	59	52	7	3	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103830605--103830677	29	2.4	31	82	11	89	61	6	1	30	1.30
103830605--103830678	3	24.3	3	72	8	60	62	6	1	29	1.29
103841469--103841828	44	8.2	44	92	0	576	27	15	31	26	1.96
103844759--103844999	131	1.8	131	84	3	333	26	21	18	34	1.96
103844757--103845094	131	2.6	131	78	6	317	25	20	20	34	1.96
103845140--103845374	130	1.8	129	85	4	330	25	20	20	34	1.97
103857175--103857211	18	2.0	20	89	10	60	59	0	2	37	1.12
103857175--103857218	19	2.2	20	84	11	56	61	2	4	31	1.28
103861359--103861389	13	2.4	13	94	0	53	35	19	3	41	1.67
103863927--103863986	28	2.1	28	84	6	77	33	26	8	31	1.86
103864106--103864146	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
103868012--103868074	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
103868239--103868301	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
103867922--103868374	227	2.0	227	100	0	906	33	17	14	33	1.91
103868421--103868461	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
103872385--103872409	11	2.3	11	100	0	50	68	0	32	0	0.90
103876444--103876473	15	1.9	16	93	6	53	20	6	6	66	1.38
103878816--103879031	111	1.9	111	88	0	324	19	39	14	25	1.91
103879166--103879320	30	5.3	30	89	2	190	16	51	9	22	1.72
103879199--103879307	15	7.3	15	66	22	68	14	52	11	22	1.73
103879640--103879820	93	1.9	93	91	2	292	19	33	14	31	1.93
103879643--103879841	93	2.1	93	87	3	285	19	34	14	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103889818--103889895	23	3.4	23	77	8	70	37	1	0	61	1.04
103889829--103889864	18	2.1	17	89	5	54	30	0	0	69	0.89
103899726--103899853	39	3.3	39	84	0	175	21	26	20	32	1.97
103904557--103904623	32	2.1	32	100	0	134	26	16	20	35	1.94
103905384--103905563	46	3.9	47	90	1	256	40	14	23	21	1.90
103905384--103905558	93	1.9	93	87	2	262	41	14	24	20	1.89
103905647--103905689	13	3.3	13	76	0	50	37	2	23	37	1.68
103905647--103905715	26	2.6	26	80	11	70	37	4	21	36	1.74
103908597--103908659	31	2.0	31	87	6	92	42	7	12	36	1.72
103913515--103913581	34	1.9	35	87	3	100	26	26	25	20	1.99
103919853--103919919	34	1.9	35	81	3	82	28	23	25	22	1.99
103920739--103920805	18	3.5	18	75	16	55	62	2	4	29	1.29
103921045--103921069	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
103925232--103925466	66	3.6	65	91	4	366	26	10	6	56	1.57
103928764--103929033	56	4.8	56	89	0	396	33	24	14	27	1.94
103928764--103929068	168	1.8	168	84	1	423	32	24	14	27	1.95
103929014--103929155	43	3.3	43	91	2	223	30	27	15	26	1.96
103936037--103936081	22	2.0	22	86	0	63	40	17	15	26	1.90
103944044--103944095	21	2.5	21	96	3	97	7	21	0	71	1.11
103946706--103946739	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
103950862--103950908	21	2.1	23	88	7	71	57	0	27	14	1.38
103950853--103950910	21	2.7	22	76	12	59	58	0	27	13	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103950869--103950918	21	2.3	21	82	6	55	58	0	32	10	1.31
103963207--103963250	18	2.4	18	88	7	63	77	0	4	18	0.94
103963206--103963253	17	2.8	16	84	12	60	75	0	4	20	0.97
103963207--103963255	6	8.0	6	80	11	55	75	0	4	20	0.96
103970711--103970746	17	2.1	17	89	0	54	63	19	5	11	1.46
103972922--103972981	29	2.1	28	81	9	68	63	8	1	26	1.32
103974354--103974581	90	2.5	90	95	1	404	39	14	20	25	1.91
103976986--103977050	33	2.0	33	87	6	96	30	26	23	20	1.98
103983027--103983077	24	2.1	24	82	7	59	54	5	11	27	1.59
103984847--103984978	54	2.4	53	80	11	122	27	17	25	30	1.97
103985021--103985384	46	8.0	46	84	3	394	40	14	23	20	1.90
103985021--103985379	91	3.9	92	83	2	402	41	14	23	20	1.89
103985031--103985402	182	2.0	182	82	2	451	41	15	22	20	1.89
103985665--103985697	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
104000624--104000665	18	2.3	18	92	8	68	26	26	4	42	1.75
104008819--104008926	26	4.2	26	96	0	189	31	5	25	37	1.79
104013533--104013581	9	5.6	9	92	2	82	59	0	8	32	1.27
104013581--104013699	3	40.0	3	84	1	150	31	5	1	62	1.27
104013851--104013886	8	4.6	8	96	3	65	63	0	0	36	0.94
104014676--104014710	18	1.9	18	88	0	52	34	2	0	62	1.10
104024535--104024572	17	2.2	17	90	0	58	68	0	28	2	1.03
104027062--104027106	20	2.2	21	84	4	56	60	6	0	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104027878--104027908	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
104034448--104034483	14	2.6	14	95	0	63	52	5	11	30	1.59
104035746--104035793	25	2.0	24	87	4	69	20	20	20	37	1.95
104044595--104044639	23	2.0	24	87	12	69	31	0	6	62	1.21
104044651--104044770	60	2.0	62	81	5	145	56	2	4	36	1.32
104045397--104045423	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
104059814--104059850	8	4.6	8	93	0	65	13	0	70	16	1.17
104062336--104062392	15	3.8	15	86	13	82	71	1	0	26	0.95
104062336--104062392	4	15.2	4	76	20	61	71	1	0	26	0.95
104062342--104062429	34	2.7	32	81	16	92	69	3	1	26	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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