genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28307528--28307847	101	3.2	100	85	3	329	32	24	17	25	1.97
28310493--28310561	30	2.3	30	92	0	120	36	31	14	17	1.90
28315590--28315715	39	3.2	39	93	0	198	22	20	29	27	1.98
28315590--28315753	39	4.2	39	86	2	188	21	21	29	26	1.99
28319370--28319404	12	2.9	12	86	0	52	34	22	0	42	1.54
28328580--28328609	15	1.9	16	93	6	53	80	3	3	13	0.97
28337061--28337245	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
28337061--28337245	40	4.6	41	84	7	231	24	22	27	25	2.00
28337114--28337278	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
28344431--28344514	38	2.2	38	93	2	141	38	16	17	27	1.92
28345526--28345639	35	3.2	36	74	4	108	19	16	13	50	1.77
28348217--28348490	145	1.9	145	96	0	503	31	23	15	30	1.95
28348468--28348546	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
28356322--28356595	145	1.9	145	96	0	503	31	23	15	30	1.95
28356573--28356651	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
28358541--28358687	72	2.0	72	97	0	276	31	21	14	31	1.93
28358811--28358938	51	2.5	51	81	0	166	25	28	10	35	1.90
28360822--28360873	11	4.8	11	79	15	56	65	0	1	32	1.04
28360835--28360914	29	2.8	29	73	16	85	63	0	2	33	1.08
28360823--28360915	10	9.6	10	77	10	79	62	0	3	34	1.11
28360834--28360928	9	10.1	9	77	13	77	63	0	3	33	1.10
28360893--28361001	31	3.6	28	72	14	83	59	1	6	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28360909--28360952	14	2.8	17	76	20	58	61	0	6	31	1.22
28360893--28360965	30	2.4	30	78	12	78	61	1	4	32	1.23
28361171--28361285	20	5.7	20	70	16	67	40	3	1	54	1.27
28361187--28361281	10	9.4	10	70	19	63	42	3	2	52	1.29
28361182--28361281	41	2.5	40	82	9	123	41	4	2	53	1.31
28363889--28363928	17	2.4	17	87	8	55	65	0	2	32	1.06
28364176--28365190	247	4.1	246	82	5	1107	28	14	12	44	1.81
28364207--28365189	495	2.0	496	84	2	1287	28	14	12	44	1.81
28365675--28365792	62	1.9	63	89	1	184	51	13	6	27	1.66
28365688--28365782	28	3.2	27	68	25	66	51	14	6	27	1.66
28366174--28366211	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
28380282--28380418	43	3.2	42	82	6	170	31	18	24	26	1.97
28382835--28383007	46	3.7	45	77	10	145	27	19	28	24	1.99
28384014--28384046	13	2.6	13	90	4	50	24	30	42	3	1.70
28389665--28389689	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
28390766--28391028	79	3.3	80	86	6	333	25	22	27	25	2.00
28390766--28391028	40	6.7	40	89	5	342	25	22	27	25	2.00
28390767--28391061	79	3.7	77	81	10	280	26	21	27	24	1.99
28394686--28394725	18	2.2	19	86	4	55	25	5	0	70	1.08
28394719--28394776	26	2.3	26	82	11	68	22	10	1	65	1.32
28399207--28399244	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28399469--28399641	46	3.7	46	77	13	210	28	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28404599--28404671	35	2.1	35	100	0	146	24	17	21	35	1.95
28406158--28406293	46	3.0	45	82	9	134	27	17	29	25	1.97
28406181--28406303	46	2.7	44	87	7	158	27	19	29	23	1.98
28409353--28409530	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
28428967--28429150	40	4.6	40	82	2	235	25	22	26	25	2.00
28431341--28431419	41	1.9	42	89	2	124	22	17	29	30	1.97
28433256--28433293	20	1.9	20	88	0	58	36	28	5	28	1.79
28435323--28435538	46	4.7	46	93	0	351	22	24	14	37	1.92
28435276--28435648	92	3.9	93	86	6	451	22	23	14	39	1.91
28435479--28435598	60	2.0	60	98	0	231	23	25	15	35	1.94
28435433--28435644	106	2.0	106	98	0	406	23	24	15	36	1.93
28435539--28435656	46	2.6	46	97	0	218	23	23	14	38	1.92
28437790--28437839	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
28444967--28445715	47	16.2	47	93	2	1214	32	10	31	26	1.89
28445846--28445925	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
28447721--28448164	40	11.1	40	90	4	390	27	19	27	26	1.99
28447721--28448065	80	4.3	80	87	4	446	28	19	26	25	1.99
28447721--28448065	120	2.9	119	91	3	514	28	19	26	25	1.99
28448006--28448072	23	3.2	23	60	24	56	23	23	28	23	2.00
28447721--28448190	80	5.9	80	86	3	441	27	19	26	25	1.99
28447721--28448164	120	3.7	120	87	3	486	27	19	27	26	1.99
28447994--28448199	40	5.2	39	91	2	295	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28452484--28452558	23	3.2	23	63	29	59	32	8	32	28	1.86
28452459--28453008	47	12.1	47	90	6	836	32	10	31	26	1.90
28452754--28452873	23	5.2	23	61	28	58	34	9	29	27	1.88
28452424--28452946	268	2.0	262	93	4	899	32	10	30	26	1.90
28453139--28453218	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
28455005--28455448	40	11.1	40	90	4	390	27	19	27	26	1.99
28455005--28455349	80	4.3	80	87	4	446	28	19	26	25	1.99
28455005--28455349	120	2.9	119	91	3	514	28	19	26	25	1.99
28455290--28455356	23	3.2	23	60	24	56	23	23	28	23	2.00
28455005--28455474	80	5.9	80	86	3	441	27	19	26	25	1.99
28455005--28455448	120	3.7	120	87	3	486	27	19	27	26	1.99
28455278--28455483	40	5.2	39	91	2	295	23	20	28	27	1.99
28460267--28460341	23	3.2	23	63	29	59	36	8	28	28	1.85
28459720--28460477	47	16.2	47	93	0	1261	32	10	30	26	1.90
28460608--28460687	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
28474842--28474916	38	2.0	37	89	2	114	50	10	6	32	1.63
28480066--28480189	63	2.0	63	93	0	212	31	20	22	25	1.98
28486642--28486712	22	3.2	22	82	7	72	35	19	23	21	1.96
28486660--28486723	22	2.8	22	85	4	74	35	21	23	18	1.95
28495304--28495465	42	3.8	41	80	7	146	25	17	24	31	1.97
28495341--28495471	42	3.1	42	84	2	163	27	16	22	32	1.96
28500638--28500672	16	2.2	16	90	10	54	8	20	17	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512824--28512893	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
28518958--28519128	93	1.8	93	88	0	261	21	20	28	29	1.98
28518956--28519129	46	3.8	46	76	4	188	22	20	28	28	1.98
28526537--28526704	46	3.7	45	75	19	168	21	20	28	29	1.98
28526534--28526702	92	1.8	92	92	2	286	21	20	28	28	1.98
28526925--28526962	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28528879--28529057	51	3.5	51	84	6	222	30	14	27	27	1.95
28528879--28529055	52	3.5	52	83	7	188	30	14	27	27	1.95
28532476--28532574	50	2.0	50	84	6	128	31	25	18	25	1.97
28534092--28534195	44	2.5	42	81	9	113	34	11	21	32	1.89
28539890--28539927	20	2.0	20	89	5	60	26	28	31	13	1.93
28565167--28565335	27	6.3	27	81	0	185	27	23	7	41	1.81
28565175--28565334	81	2.0	81	92	0	266	28	21	7	41	1.80
28565222--28565366	54	2.7	54	84	2	166	30	22	6	40	1.80
28565398--28565523	27	4.7	27	85	3	164	39	22	9	28	1.85
28565365--28565520	54	2.9	54	81	3	154	39	19	12	28	1.88
28565402--28565549	54	2.7	55	80	4	167	40	21	9	28	1.84
28565514--28565607	27	3.4	27	80	13	111	41	18	8	31	1.80
28565617--28565759	53	2.7	54	89	4	209	30	23	6	40	1.79
28565617--28565759	27	5.3	27	91	3	209	30	23	6	40	1.79
28565619--28565783	80	2.1	80	81	6	192	32	22	7	38	1.82
28565795--28566030	27	8.7	27	76	7	174	39	19	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28565762--28565917	54	2.9	54	81	5	156	39	19	10	30	1.86
28565222--28566019	397	2.0	398	96	0	1454	35	20	9	34	1.85
28566061--28566125	27	2.4	27	82	5	78	36	18	24	20	1.94
28566937--28567003	25	2.7	24	81	4	71	28	25	20	25	1.99
28566937--28567019	25	3.4	24	80	8	69	30	21	21	26	1.99
28567154--28567245	42	2.2	42	98	0	175	31	13	20	34	1.91
28567269--28567352	31	2.7	31	92	1	143	28	17	26	27	1.98
28568531--28568590	31	1.9	31	89	0	93	25	23	18	33	1.97
28568788--28568905	23	5.0	24	85	5	152	29	22	19	27	1.98
28568953--28568999	20	2.3	20	92	0	85	34	23	10	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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