genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  157  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52365812--52365996	98	1.9	97	83	5	239	23	27	18	29	1.98
52370152--52370192	15	2.7	15	88	0	55	43	29	2	24	1.67
52370306--52370385	7	11.6	7	80	7	56	32	21	1	45	1.60
52370330--52370378	21	2.3	21	89	6	73	34	14	0	51	1.43
52370306--52370386	14	5.9	14	74	12	69	32	20	1	45	1.59
52372113--52372236	63	2.0	63	80	3	142	34	29	4	31	1.76
52380434--52380651	108	2.0	109	99	0	429	33	22	20	24	1.97
52387296--52387493	27	7.3	27	82	4	211	29	24	8	37	1.84
52387296--52387493	81	2.4	81	85	3	256	29	24	8	37	1.84
52387492--52387651	27	5.9	27	85	0	203	38	18	10	33	1.84
52387492--52387651	54	3.0	54	87	0	230	38	18	10	33	1.84
52387497--52387646	81	1.9	81	90	2	239	40	18	8	32	1.81
52387642--52388286	27	23.9	27	89	0	853	32	20	22	24	1.98
52390393--52390571	85	2.1	85	97	0	340	37	7	27	26	1.84
52392759--52393218	47	9.7	47	93	1	733	32	9	29	28	1.88
52394773--52394970	27	7.3	27	81	4	220	28	23	9	39	1.85
52394778--52394970	81	2.4	81	89	3	282	29	21	9	39	1.84
52394982--52395127	27	5.4	27	85	0	184	39	21	8	30	1.84
52395118--52395708	27	22.0	27	87	1	731	33	19	21	24	1.97
52394975--52395681	54	13.1	54	84	3	342	35	19	19	26	1.95
52394999--52395667	81	8.3	81	81	5	281	34	20	19	25	1.96
52396112--52396176	19	3.8	19	69	26	63	18	15	16	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52396109--52396196	6	14.3	6	71	21	67	19	14	15	50	1.79
52396109--52396187	31	2.5	31	95	0	140	18	15	15	50	1.78
52404991--52405044	22	2.5	22	79	11	65	16	38	22	22	1.93
52407148--52407331	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
52429426--52429592	46	3.6	46	85	1	217	20	23	13	42	1.87
52429571--52429612	20	2.1	20	95	0	75	26	28	9	35	1.88
52429525--52429657	66	2.0	65	88	1	194	26	25	10	37	1.88
52429591--52429758	46	3.7	46	95	1	302	25	24	13	36	1.91
52429478--52429703	111	2.0	113	87	1	330	23	25	12	38	1.90
52429459--52429750	157	1.8	159	88	2	446	23	25	13	38	1.90
52429591--52429758	91	1.8	92	94	1	302	25	24	13	36	1.91
52433432--52433560	42	3.0	42	72	10	109	27	25	17	29	1.98
52436400--52436560	45	3.4	48	77	9	136	35	19	23	21	1.96
52436535--52436656	47	2.6	47	96	0	226	36	13	24	26	1.92
52436635--52436818	55	3.4	54	80	6	221	37	15	23	22	1.93
52436635--52436818	54	3.4	53	81	9	187	37	15	23	22	1.93
52436857--52437137	53	5.2	54	87	3	361	35	16	24	23	1.94
52440717--52440746	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
52440946--52441239	50	5.8	50	76	8	256	31	25	17	26	1.97
52440999--52441188	101	1.9	101	88	2	292	29	23	19	27	1.98
52440950--52441239	151	1.9	150	87	3	420	31	25	17	25	1.97
52447055--52447114	30	2.0	30	100	0	120	40	10	23	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52447788--52447833	20	2.3	20	88	0	65	36	17	23	21	1.94
52447800--52447834	10	3.5	10	88	0	52	34	14	28	22	1.93
52450834--52450952	35	3.4	35	79	4	114	44	29	8	17	1.78
52464839--52465435	47	12.6	47	92	2	817	27	29	8	33	1.87
52465077--52465154	25	3.2	25	62	17	65	32	30	7	29	1.85
52466700--52466878	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
52468133--52468453	40	8.1	40	91	0	473	25	28	21	24	1.99
52471011--52471654	47	13.6	47	92	2	920	27	29	9	33	1.88
52471011--52471654	143	4.5	143	90	3	923	27	29	9	33	1.88
52472920--52473098	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
52474214--52474433	46	4.6	49	78	10	176	26	19	29	24	1.98
52475483--52475536	21	2.6	21	87	0	81	14	33	27	24	1.94
52478212--52478293	26	3.2	25	66	19	62	24	12	30	32	1.92
52478150--52478294	50	2.9	51	82	1	175	24	15	29	29	1.96
52483851--52483892	21	2.0	21	100	0	84	19	4	28	47	1.69
52484395--52484567	46	3.7	47	80	9	169	27	19	30	23	1.98
52484866--52484896	13	2.4	13	100	0	62	12	19	41	25	1.87
52498748--52499019	136	2.0	136	92	0	454	46	14	15	23	1.82
52501185--52501315	50	2.6	50	82	2	147	28	12	21	37	1.90
52501246--52501307	28	2.3	26	81	8	63	25	9	24	40	1.85
52502256--52502288	16	2.1	16	88	11	50	48	9	12	30	1.71
52503984--52504055	37	1.9	37	91	0	117	27	29	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52504205--52504577	48	7.8	48	86	5	497	30	26	7	35	1.83
52504202--52504577	96	3.9	96	89	4	564	30	26	7	35	1.83
52504500--52504787	47	6.1	47	92	0	423	26	27	11	34	1.90
52504452--52504787	94	3.6	94	86	2	417	27	27	10	34	1.90
52509806--52510042	50	4.7	50	82	1	276	26	17	24	31	1.97
52509806--52510042	101	2.4	100	83	0	285	26	17	24	31	1.97
52511671--52511817	73	2.0	73	94	0	258	29	12	25	31	1.92
52515560--52515656	50	1.9	50	95	0	176	24	14	25	35	1.94
52515873--52515904	16	2.0	16	93	0	55	40	0	12	46	1.42
52527041--52527106	34	2.0	34	96	3	125	37	16	24	21	1.93
52534751--52534799	24	2.0	24	100	0	98	48	0	24	26	1.51
52534845--52534913	35	2.0	35	97	0	129	34	14	26	24	1.94
52537362--52537420	16	3.7	16	86	0	82	47	16	22	13	1.82
52537366--52537412	8	5.9	8	82	0	58	42	17	23	17	1.88
52537631--52537774	29	5.0	29	88	1	175	25	15	30	27	1.96
52541827--52541863	16	2.3	16	100	0	74	48	16	24	10	1.77
52542080--52542194	29	4.0	28	82	2	122	26	15	29	28	1.96
52542093--52542208	58	2.0	56	83	3	142	25	14	29	30	1.95
52547459--52547678	47	4.7	48	75	14	183	28	18	29	24	1.98
52547456--52547629	94	1.9	94	88	2	269	28	17	29	24	1.97
52547459--52547676	94	2.3	94	84	5	262	28	17	28	24	1.98
52548961--52549004	21	2.1	21	100	0	88	29	4	31	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52554724--52554894	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
52554728--52554899	46	3.7	46	79	13	208	21	22	28	27	1.99
52558815--52558922	37	2.9	37	91	0	162	28	30	17	23	1.97
52559041--52560160	47	23.6	47	91	4	1770	29	29	8	33	1.86
52559041--52560160	96	11.8	94	93	3	1770	29	29	8	33	1.86
52559091--52560160	470	2.2	474	96	2	2004	29	28	8	33	1.86
52563345--52563470	46	2.8	43	80	11	119	25	20	30	23	1.99
52563256--52563567	49	6.6	49	71	16	205	26	20	29	23	1.99
52570007--52570049	15	2.7	15	89	7	59	32	4	0	62	1.15
52571248--52571319	23	3.1	23	92	4	110	13	5	41	38	1.68
52571279--52571376	29	3.6	28	76	9	80	16	1	34	47	1.53
52571974--52572040	11	6.5	11	78	13	72	44	1	0	53	1.09
52571974--52572040	20	3.3	20	85	8	82	44	1	0	53	1.09
52571980--52572057	30	2.6	30	91	4	122	43	3	0	52	1.19
52571974--52572051	9	7.8	10	76	15	72	44	2	0	52	1.14
52574939--52575000	31	2.0	31	96	0	115	24	9	24	41	1.84
52578094--52578154	29	2.1	29	93	0	104	26	14	31	27	1.95
52578458--52578510	27	2.0	26	85	7	72	47	22	15	15	1.82
52585842--52585988	29	5.2	29	78	6	124	28	14	31	24	1.95
52586684--52587176	245	2.0	245	99	0	968	31	13	22	32	1.92
52589061--52589118	29	2.0	29	100	0	116	27	13	24	34	1.93
52589637--52590068	48	9.0	48	92	0	693	35	5	26	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52589637--52590068	144	3.0	144	96	0	801	35	5	26	31	1.80
52590113--52590220	37	2.9	37	91	0	171	24	19	32	24	1.98
52592954--52592987	15	2.3	15	90	10	52	73	8	5	11	1.24
52593054--52593113	3	20.7	3	81	6	52	58	0	5	36	1.20
52593970--52594004	18	1.9	18	94	0	61	85	2	5	5	0.81
52594665--52594772	26	4.2	26	93	0	189	31	7	25	35	1.84
52596254--52596306	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
52597425--52597483	29	2.0	29	90	6	93	45	1	13	38	1.54
52600816--52600926	50	2.3	49	86	7	147	29	20	27	22	1.99
52602452--52602620	46	3.6	45	82	10	198	28	20	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344