genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33280508--33280779	108	2.5	106	75	9	271	25	14	15	45	1.84
33282631--33282734	27	3.9	27	82	12	117	33	23	25	18	1.96
33282840--33282913	28	2.8	26	81	4	76	31	10	22	35	1.89
33284357--33284464	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
33285934--33286001	21	3.2	21	81	4	84	14	30	22	32	1.94
33289206--33289234	12	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
33289422--33289446	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
33290017--33290049	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
33295093--33295225	66	2.0	66	86	2	187	37	24	12	26	1.90
33298451--33298477	5	5.4	5	100	0	54	81	18	0	0	0.69
33298455--33298517	10	6.4	10	80	10	60	76	14	1	7	1.08
33298455--33298517	20	3.2	20	76	14	69	76	14	1	7	1.08
33299293--33299377	20	4.3	19	72	14	64	36	18	32	11	1.88
33299293--33299377	40	2.1	40	82	8	102	36	18	32	11	1.88
33299315--33299453	20	6.9	20	70	6	84	34	18	30	15	1.93
33299326--33299439	40	2.8	40	76	2	104	33	18	31	16	1.93
33302115--33302168	27	2.0	27	100	0	108	25	3	18	51	1.62
33311850--33312058	53	3.9	53	77	1	211	20	23	17	38	1.93
33313938--33313992	15	3.7	14	83	7	56	14	10	18	56	1.67
33318116--33318159	20	2.3	18	80	7	52	27	29	34	9	1.87
33321056--33321346	47	6.1	47	86	4	384	31	11	30	27	1.91
33321068--33321143	25	3.2	25	62	24	63	30	11	31	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33321056--33321346	100	3.0	94	85	5	393	31	11	30	27	1.91
33321056--33321323	147	1.8	147	95	0	482	31	11	29	27	1.92
33321320--33321410	46	2.0	46	82	0	110	32	8	31	26	1.87
33321554--33321735	37	4.9	37	94	0	310	24	18	30	25	1.98
33327071--33327121	21	2.4	21	93	0	84	25	27	13	33	1.94
33330402--33330539	20	6.9	20	79	1	116	36	20	31	12	1.89
33333115--33333216	42	2.4	42	84	9	145	18	28	31	21	1.97
33333817--33333847	10	3.2	10	95	4	55	74	0	6	19	1.03
33335911--33336086	45	3.9	45	85	3	239	47	13	17	22	1.82
33335911--33336116	45	4.6	45	83	4	195	46	13	18	21	1.83
33344539--33344702	63	2.6	63	74	4	163	25	18	23	32	1.97
33347659--33347723	8	8.6	7	74	24	53	70	1	3	24	1.10
33347690--33347723	15	2.3	15	90	10	52	67	0	5	26	1.13
33348123--33348152	9	3.3	9	90	0	51	53	33	3	10	1.51
33351816--33351897	3	27.3	3	100	0	164	67	0	32	0	0.91
33356860--33356903	23	1.9	23	90	9	72	54	4	4	36	1.41
33359211--33359273	3	21.0	3	83	6	83	31	4	1	61	1.26
33359402--33359479	35	2.2	36	80	13	90	35	8	2	52	1.47
33370504--33370543	20	2.1	19	85	4	53	35	7	10	47	1.65
33375639--33375908	75	3.6	75	90	2	393	14	17	9	58	1.62
33375892--33375933	15	2.9	15	86	10	52	16	2	7	73	1.15
33381242--33381336	46	2.1	46	89	0	145	25	6	21	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33387056--33387230	46	3.8	46	74	10	176	28	28	21	22	1.99
33387064--33387234	93	1.8	93	89	0	270	27	28	21	22	1.99
33387061--33387250	46	4.1	45	69	18	113	27	27	21	23	1.99
33389630--33389708	30	2.6	31	80	11	92	55	13	17	12	1.69
33389620--33389708	15	6.0	15	76	8	76	57	14	16	11	1.65
33391790--33391897	37	2.9	37	92	0	171	26	32	18	22	1.97
33392060--33392245	47	4.0	47	89	0	264	25	29	12	33	1.92
33396302--33396582	40	7.0	40	86	0	382	26	25	21	26	2.00
33396302--33396582	80	3.5	79	93	1	454	26	25	21	26	2.00
33397617--33397788	93	1.8	93	91	0	281	27	29	21	21	1.99
33397610--33397785	46	3.8	46	73	12	171	28	28	21	21	1.98
33397618--33397804	46	4.0	45	69	18	107	28	28	20	21	1.98
33399945--33400006	30	2.1	30	90	0	97	32	24	4	38	1.76
33403691--33403717	6	4.5	6	100	0	54	70	0	14	14	1.17
33403761--33403795	12	2.8	13	86	4	54	77	0	11	11	1.00
33408411--33408687	39	7.1	39	95	0	493	20	24	31	23	1.98
33413488--33413665	75	2.4	75	81	2	196	30	23	13	32	1.93
33415469--33415501	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
33415909--33415939	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
33418964--33419101	66	2.1	66	91	4	226	36	5	24	33	1.78
33419116--33419161	21	2.1	21	84	4	56	10	8	4	76	1.15
33420074--33420117	21	2.1	21	95	0	79	56	13	9	20	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33422924--33423141	44	4.8	44	85	8	289	27	16	29	25	1.97
33422924--33423143	90	2.4	89	84	10	295	28	16	29	25	1.97
33425757--33425818	31	2.0	30	84	3	79	29	24	8	38	1.84
33427726--33427981	40	6.4	40	87	2	322	25	21	26	27	1.99
33435867--33435900	18	1.9	18	88	5	52	11	20	44	23	1.84
33436113--33436297	27	6.9	27	78	3	176	40	19	10	29	1.85
33436113--33436297	54	3.4	54	86	0	226	40	19	10	29	1.85
33436113--33436297	81	2.3	81	82	5	205	40	19	10	29	1.85
33436305--33436450	27	5.4	27	84	0	184	32	19	23	24	1.98
33436673--33436751	26	3.0	26	88	0	113	21	16	18	43	1.88
33436887--33436990	33	3.1	33	81	1	127	24	19	25	30	1.98
33445188--33445359	93	1.9	92	85	3	238	20	17	31	30	1.95
33452106--33452143	14	2.7	15	84	12	53	44	15	0	39	1.47
33453928--33454022	47	2.0	47	87	0	136	50	13	8	27	1.70
33453936--33454034	47	2.1	47	84	0	126	52	11	8	28	1.65
33459017--33459054	19	2.0	19	94	0	67	21	0	13	65	1.26
33462726--33462769	19	2.3	19	80	7	54	54	2	0	43	1.12
33462742--33462816	32	2.3	33	88	4	107	57	1	1	40	1.16
33470539--33470581	22	2.0	23	86	9	63	37	0	2	60	1.10
33470608--33470691	26	3.3	26	86	5	100	60	5	1	32	1.28
33470633--33470705	26	2.8	26	87	6	87	64	5	1	28	1.24
33472607--33472689	27	3.1	27	89	0	121	18	21	33	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33472751--33472796	24	1.9	24	90	0	74	50	17	15	17	1.79
33478040--33478091	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
33483118--33483236	60	2.0	60	88	3	177	53	11	0	34	1.37
33483401--33483446	20	2.2	21	77	11	51	2	21	0	76	0.90
33483407--33483457	14	3.7	14	86	2	59	1	25	0	72	0.95
33485482--33485956	54	8.8	53	80	5	418	37	13	19	29	1.90
33485464--33485963	108	4.6	107	80	5	495	37	14	18	29	1.90
33485493--33485956	162	2.9	162	81	4	513	37	13	19	29	1.90
33487289--33487332	20	2.1	22	87	8	65	15	4	13	65	1.41
33488153--33488255	56	1.9	51	82	9	125	30	6	2	60	1.37
33488582--33488639	22	2.5	24	80	8	66	25	5	6	62	1.42
33500650--33500801	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
33500650--33500801	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
33520657--33520833	27	6.5	27	82	1	165	26	14	28	30	1.95
33520653--33520833	82	2.2	81	80	2	202	27	14	27	30	1.95
33528650--33528826	27	6.5	27	81	3	158	26	15	28	29	1.96
33537323--33537576	40	6.3	40	92	0	393	24	22	25	27	2.00
33545390--33545636	40	6.2	40	88	3	340	25	22	26	25	2.00
33545393--33545636	79	3.1	79	86	4	332	25	22	26	25	2.00
33545390--33545636	119	2.1	119	87	4	356	25	22	26	25	2.00
33565260--33565485	40	5.7	40	88	4	253	25	26	21	26	1.99
33565260--33565485	120	1.9	120	82	7	289	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33573356--33573621	40	6.7	40	90	3	342	25	27	21	25	1.99
33575233--33575335	43	2.4	43	80	0	116	30	17	24	28	1.97
33582305--33582383	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
33582502--33582716	47	4.6	47	89	0	313	26	30	9	32	1.89
33582941--33583072	40	3.3	39	84	5	167	28	27	20	24	1.99
33592697--33592741	18	2.5	18	88	0	63	46	6	17	28	1.73
33593083--33593157	27	2.8	27	89	0	96	40	20	13	26	1.89
33602768--33602831	30	2.1	30	94	0	110	21	28	31	18	1.97
33608271--33608568	40	7.5	40	90	3	385	24	22	26	26	2.00
33616678--33616914	40	5.9	40	88	4	320	24	22	27	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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