genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50334784--50334822	15	2.6	15	95	0	69	15	20	15	48	1.81
50335066--50335250	41	4.5	40	78	4	127	38	20	20	20	1.93
50335138--50335315	41	4.4	41	89	2	216	38	23	18	19	1.93
50335373--50335418	16	2.9	16	78	18	51	50	34	0	15	1.44
50335646--50335702	21	2.7	21	78	5	62	21	0	43	35	1.52
50335646--50335713	21	3.2	21	77	8	59	23	1	41	33	1.64
50335704--50335756	21	2.5	21	84	3	70	28	0	28	43	1.55
50335656--50335776	7	17.1	7	68	8	57	23	0	37	38	1.61
50335898--50335980	21	3.9	20	77	14	62	26	1	28	43	1.62
50335952--50336020	21	3.2	21	79	2	75	21	1	37	39	1.63
50336328--50336373	19	2.3	21	88	7	69	69	2	4	23	1.17
50336365--50336404	19	2.1	19	90	0	62	77	2	2	17	0.99
50341405--50341435	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
50342890--50343045	43	3.6	43	79	0	141	26	14	26	32	1.94
50344875--50344992	39	3.0	38	74	9	112	31	25	20	22	1.98
50353117--50353227	39	2.9	39	74	14	106	29	23	21	25	1.99
50359759--50360019	39	6.6	41	86	9	318	24	27	22	25	2.00
50369094--50369204	39	2.9	39	74	14	106	29	23	21	25	1.99
50375751--50376012	39	6.6	41	86	9	318	24	27	22	25	2.00
50381722--50382152	50	8.6	50	77	5	402	26	17	26	29	1.98
50381723--50382152	101	4.3	99	75	6	371	26	17	26	30	1.98
50381724--50382152	151	2.8	151	96	0	777	26	17	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50382367--50382398	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
50383572--50383596	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
50385089--50385153	34	1.9	34	83	0	85	29	20	24	26	1.99
50387134--50387169	8	4.5	8	85	0	54	50	13	25	11	1.75
50401082--50401129	18	2.6	19	77	9	55	10	20	39	29	1.86
50402939--50402995	20	2.7	20	71	17	53	68	0	19	12	1.20
50404732--50404862	50	2.6	49	81	9	149	33	13	12	40	1.82
50411159--50411284	27	4.7	26	81	6	135	27	17	26	27	1.98
50411158--50411284	54	2.3	54	82	11	152	28	17	26	27	1.98
50415017--50415281	40	6.7	40	85	6	272	25	27	21	25	1.99
50415213--50415290	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
50422217--50422314	51	2.0	49	89	4	151	57	9	4	29	1.49
50423163--50423188	13	2.0	13	100	0	52	15	30	15	38	1.88
50424914--50425039	42	3.0	43	87	4	168	23	31	19	24	1.98
50449439--50449498	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
50450576--50450724	27	5.4	27	79	6	145	34	21	17	26	1.95
50450576--50450712	54	2.5	54	84	4	166	33	22	17	26	1.96
50451135--50451233	33	3.0	33	82	5	137	24	20	28	27	1.99
50453515--50453539	12	2.1	12	100	0	50	8	8	16	68	1.38
50455066--50455126	27	2.3	27	85	5	79	39	14	19	26	1.90
50455296--50455373	27	2.9	27	84	0	84	25	23	19	32	1.98
50455566--50455664	33	3.0	33	76	5	101	27	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50458871--50458896	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
50461976--50462035	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
50462003--50462142	67	2.0	67	83	5	172	30	21	27	20	1.98
50462767--50463073	27	11.4	27	87	0	425	24	19	19	36	1.95
50462767--50463072	54	5.7	54	92	0	468	24	19	19	36	1.95
50463065--50463135	27	2.6	27	84	0	79	33	5	18	42	1.74
50463092--50463212	27	4.5	27	88	2	154	25	8	22	43	1.81
50472234--50472272	21	1.9	21	89	5	62	61	0	10	28	1.28
50473746--50473796	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
50481992--50482082	46	2.0	46	84	0	119	28	31	5	34	1.80
50482096--50482341	47	5.2	47	93	0	411	25	27	11	35	1.91
50482099--50482315	22	9.3	22	65	23	90	24	27	12	35	1.92
50482163--50482361	94	2.2	90	85	7	240	28	26	11	34	1.90
50484641--50484666	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
50495525--50495555	16	2.0	15	93	6	53	22	19	32	25	1.97
50501676--50501736	28	2.2	28	81	0	68	31	22	21	24	1.98
50502115--50502177	27	2.3	27	88	0	90	26	17	17	38	1.92
50504727--50504803	29	2.7	29	88	6	104	28	28	15	27	1.96
50511486--50511522	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
50518270--50518298	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
50521643--50521679	12	3.0	12	88	4	56	64	13	2	18	1.39
50524138--50524294	43	3.6	44	77	6	151	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50526471--50526512	18	2.4	17	88	4	57	30	0	28	40	1.57
50526506--50526644	29	4.9	29	90	1	183	25	16	30	27	1.97
50527520--50527558	15	2.6	15	87	0	51	30	2	5	61	1.31
50527676--50527748	20	3.5	22	75	17	82	19	2	16	61	1.46
50531023--50531126	29	3.6	28	84	7	129	25	14	30	28	1.95
50532169--50532203	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
50538479--50538558	15	5.4	15	75	12	76	10	17	13	58	1.62
50540940--50541114	46	3.8	45	79	6	192	21	20	29	28	1.98
50540936--50541107	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	27	1.98
50542417--50542605	48	4.0	47	80	4	200	29	17	28	24	1.98
50548274--50548430	43	3.7	43	75	7	131	25	15	26	31	1.96
50563260--50563389	49	2.7	49	80	4	147	30	20	27	21	1.98
50567027--50567316	41	7.1	40	83	6	160	37	23	21	17	1.94
50567057--50567316	41	6.4	40	86	4	290	38	23	21	16	1.93
50567058--50567316	81	3.2	81	86	2	342	37	23	22	16	1.93
50567057--50567316	122	2.1	122	86	2	362	38	23	21	16	1.93
50567478--50567510	14	2.4	14	100	0	66	39	0	15	45	1.46
50567492--50567565	21	3.3	21	73	14	76	29	1	24	44	1.62
50567492--50567581	46	2.0	46	90	0	144	30	2	24	43	1.66
50568158--50568220	23	2.7	23	75	18	76	36	0	6	57	1.24
50573378--50573520	43	3.3	43	81	5	173	23	20	29	26	1.99
50577535--50577659	46	2.7	46	85	2	162	28	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50583736--50583865	56	2.3	56	93	0	215	31	29	14	24	1.95
50586555--50586614	29	2.0	30	93	3	104	25	16	10	48	1.77
50592512--50592682	78	2.2	79	91	1	272	21	29	26	22	1.99
50601357--50601461	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
50601320--50601461	40	3.6	40	80	12	150	24	22	28	24	2.00
50601686--50601900	47	4.6	47	91	0	340	33	8	29	28	1.86
50611590--50611650	12	5.1	12	85	0	77	18	24	1	55	1.51
50611582--50611650	36	1.9	36	82	5	86	15	26	1	56	1.48
50612685--50612752	12	5.5	12	77	16	68	17	11	5	64	1.45
50612680--50612753	11	5.8	13	76	23	77	18	12	5	63	1.47
50612680--50612759	26	3.2	25	84	15	103	20	12	5	62	1.48
50612695--50612759	14	5.2	12	75	17	60	18	12	4	64	1.43
50628714--50628742	9	3.2	9	100	0	58	37	10	31	20	1.86
50630651--50630823	93	1.9	93	87	2	258	31	30	17	20	1.96
50635471--50635495	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
50647623--50647751	46	2.8	46	92	0	204	20	20	27	31	1.98
50653086--50653213	46	2.8	46	87	0	193	21	20	27	31	1.98
50659419--50659483	5	12.6	5	93	6	112	18	0	0	81	0.69
50664079--50664136	25	2.4	25	85	2	82	34	6	6	51	1.55
50664987--50665066	40	2.0	40	82	0	97	35	22	18	23	1.96
50665233--50665345	38	2.9	37	83	7	111	28	20	24	26	1.99
50666012--50666065	22	2.5	22	85	8	67	48	24	1	25	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50666509--50666679	42	4.1	42	94	0	279	18	1	35	43	1.61
50666533--50666679	21	7.0	21	71	9	129	18	2	36	43	1.62
50666850--50667208	84	4.3	82	80	6	287	33	16	23	26	1.96
50667016--50667208	84	2.3	84	93	0	323	33	18	22	26	1.96
50667567--50667599	16	2.1	16	100	0	66	12	12	18	57	1.64
50681498--50681722	40	5.7	40	88	5	271	25	27	21	25	2.00
50681465--50681722	80	3.3	79	81	8	265	25	26	21	26	1.99
50690079--50690153	6	11.8	6	73	9	60	70	1	21	6	1.17
50715882--50715949	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
50715771--50716098	174	1.9	174	94	0	584	31	24	14	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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