genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78439650--78439727	25	3.2	25	65	17	74	29	28	7	34	1.85
78439979--78440056	25	3.2	25	62	17	65	29	29	7	33	1.85
78443982--78444203	40	5.6	40	94	1	367	23	22	27	26	1.99
78448443--78448522	27	3.0	27	81	5	92	37	10	23	28	1.87
78452491--78452581	29	3.2	27	75	10	83	27	29	14	28	1.95
78455803--78455960	39	4.1	39	95	0	282	20	24	29	24	1.99
78468096--78468179	28	3.0	28	80	3	87	26	32	14	27	1.95
78471203--78471250	25	1.9	25	86	0	69	25	8	8	58	1.55
78479640--78479791	27	5.6	27	80	7	155	27	15	28	28	1.96
78480174--78481808	826	2.0	826	99	0	3261	30	16	23	30	1.96
78490447--78490603	43	3.7	44	81	5	169	29	14	24	31	1.94
78490689--78490837	43	3.5	44	80	7	173	28	14	22	33	1.94
78490376--78490859	242	2.0	241	90	1	772	30	14	22	31	1.94
78505646--78505953	40	7.7	40	95	0	535	22	26	20	31	1.98
78530710--78530740	12	2.6	12	94	0	53	32	3	45	19	1.66
78532519--78532750	40	5.8	40	92	1	263	28	27	20	23	1.99
78532499--78532750	80	3.2	79	85	4	319	29	26	20	23	1.99
78535887--78535954	34	2.0	34	85	0	91	27	23	20	27	1.99
78541702--78541877	49	3.6	48	79	8	180	25	18	31	24	1.97
78545764--78545895	48	2.8	46	81	4	156	29	15	29	25	1.96
78545724--78546086	48	7.7	49	69	12	143	28	17	28	25	1.97
78548709--78548753	6	7.5	6	94	0	72	44	15	22	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78549293--78549349	22	2.7	22	86	10	75	5	17	7	70	1.29
78549478--78549523	14	3.1	15	78	18	51	50	2	0	47	1.13
78551821--78551847	12	2.2	12	100	0	54	48	14	7	29	1.71
78554099--78554128	12	2.6	11	90	10	51	53	26	0	20	1.46
78554086--78554312	111	2.0	111	99	0	445	42	23	1	31	1.65
78554761--78554801	18	2.3	18	86	0	55	41	17	9	31	1.82
78554770--78554804	18	1.9	18	94	0	61	37	17	14	31	1.89
78554912--78554950	6	6.5	6	90	0	60	48	15	17	17	1.81
78554919--78554956	12	3.2	12	92	0	58	52	15	13	18	1.74
78555499--78555554	22	2.7	20	84	13	69	5	16	7	71	1.27
78555498--78555554	20	2.7	21	84	12	73	5	15	7	71	1.25
78557224--78557294	27	2.6	27	86	0	106	38	19	14	28	1.91
78557277--78557488	27	7.8	26	82	7	185	40	21	8	30	1.82
78557277--78557475	54	3.7	53	80	5	211	41	21	7	30	1.80
78557277--78557475	81	2.5	81	83	3	222	41	21	7	30	1.80
78557450--78557566	54	2.2	54	79	0	126	29	22	10	37	1.87
78557423--78557590	81	2.1	81	80	0	183	31	22	8	37	1.85
78557478--78557885	81	5.0	81	85	2	498	30	20	7	41	1.80
78557478--78557859	27	14.2	27	84	3	448	29	20	8	41	1.81
78558389--78558459	31	2.3	31	90	0	106	21	16	12	49	1.79
78558389--78558483	6	15.5	6	67	12	50	20	16	11	51	1.75
78558445--78558483	12	3.2	12	92	0	60	17	15	10	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78560348--78560430	27	3.1	26	81	6	94	33	19	19	27	1.96
78560412--78560615	27	7.6	27	87	2	214	39	21	8	30	1.83
78560611--78561020	27	15.2	26	83	6	435	30	21	7	40	1.80
78560611--78561020	54	7.6	54	89	1	563	30	21	7	40	1.80
78560611--78561020	81	5.1	81	87	1	563	30	21	7	40	1.80
78561346--78561405	27	2.3	27	79	2	68	21	21	20	36	1.95
78561553--78561654	6	16.7	6	71	15	66	19	16	12	50	1.77
78561524--78561603	31	2.6	31	80	4	90	21	17	11	50	1.77
78561553--78561645	37	2.5	37	83	0	114	19	17	11	51	1.75
78562298--78562335	19	2.0	19	94	0	67	23	26	39	10	1.87
78562300--78562343	19	2.3	19	88	0	61	25	27	34	13	1.93
78565238--78565415	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78565259--78565414	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78573045--78573222	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78573066--78573221	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78589316--78589446	55	2.4	55	81	2	138	29	30	22	17	1.97
78591291--78591343	6	9.0	6	85	2	72	16	1	1	79	0.92
78593414--78593439	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
78594628--78594672	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
78597668--78597697	12	2.5	12	94	0	51	26	16	30	26	1.97
78604975--78605340	48	7.7	47	72	12	218	27	19	28	24	1.99
78604978--78605338	49	7.6	47	71	14	176	28	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78607193--78607312	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
78608759--78609357	47	12.6	47	90	3	805	33	9	28	28	1.88
78609208--78609329	22	5.3	22	63	18	68	32	11	30	25	1.91
78609275--78609354	25	3.3	24	66	11	65	32	5	32	30	1.79
78608759--78609357	145	4.2	141	88	5	798	33	9	28	28	1.88
78611567--78611629	30	2.2	28	82	5	72	39	7	19	33	1.80
78626660--78626775	43	2.7	42	77	2	133	32	17	22	27	1.96
78630330--78630368	21	1.9	21	89	5	62	25	30	33	10	1.89
78631518--78631777	46	5.6	47	77	11	218	24	28	18	28	1.98
78631614--78631783	94	1.8	92	87	7	254	24	29	18	27	1.98
78634704--78634846	27	5.4	25	74	9	88	31	10	18	39	1.85
78637149--78637240	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
78637376--78637433	25	2.4	24	83	11	73	29	22	18	29	1.98
78638388--78638495	27	3.9	27	76	15	96	32	7	18	41	1.78
78638476--78638549	27	2.7	28	87	4	98	22	6	24	45	1.76
78638450--78638563	27	4.2	26	79	9	97	25	6	24	43	1.77
78638542--78638887	27	12.8	27	87	1	433	40	7	23	29	1.82
78638865--78639039	27	6.5	26	77	6	154	31	9	20	38	1.85
78638865--78639062	54	3.7	53	81	5	188	30	9	20	39	1.84
78638579--78638981	81	5.0	81	82	2	319	37	7	22	31	1.83
78638864--78639062	80	2.5	81	81	2	222	30	10	20	39	1.85
78638893--78639071	27	6.6	27	72	9	96	32	10	18	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78641891--78641929	21	1.9	21	89	5	62	25	30	33	10	1.89
78643017--78643138	48	2.5	49	84	4	140	28	27	15	27	1.96
78643115--78643322	46	4.5	46	80	8	219	23	30	18	27	1.98
78642965--78643285	46	6.8	48	76	11	247	24	29	18	27	1.98
78643115--78643425	97	3.3	90	80	10	263	26	28	18	26	1.98
78643262--78643455	97	2.0	97	97	0	370	32	26	15	25	1.96
78646091--78646226	29	4.7	29	77	3	130	37	22	13	27	1.91
78646091--78646226	58	2.3	58	77	6	150	37	22	13	27	1.91
78650314--78650429	37	3.1	37	87	4	171	27	32	17	22	1.96
78650548--78651017	47	9.7	47	90	5	708	28	30	8	31	1.87
78650846--78650960	57	2.0	57	100	0	230	30	31	6	31	1.84
78650799--78650996	104	1.9	104	98	0	387	29	30	8	32	1.86
78654367--78654562	40	4.9	40	84	2	198	25	27	22	23	2.00
78654380--78654562	80	2.3	81	82	5	221	25	27	23	24	2.00
78654868--78654946	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
78654928--78655030	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
78656293--78656408	37	3.1	37	93	0	187	25	31	18	23	1.97
78656531--78656845	47	6.7	47	93	2	497	28	30	8	32	1.88
78656531--78656824	96	3.1	96	93	2	488	28	30	8	32	1.87
78656531--78656845	143	2.2	141	91	2	506	28	30	8	32	1.88
78662786--78662826	6	6.8	6	94	0	64	70	2	0	26	0.99
78665658--78665701	19	2.3	19	84	7	54	27	22	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78687353--78687414	33	1.9	32	86	3	88	48	19	3	29	1.64
78699101--78699159	12	5.0	12	71	8	50	44	3	1	50	1.28
78699174--78699206	13	2.5	13	90	0	57	81	0	12	6	0.85
78699753--78699800	23	2.1	23	84	0	60	20	29	18	31	1.97
78699911--78699980	25	2.8	25	95	0	122	20	30	20	30	1.97
78699885--78699980	50	1.9	50	82	4	122	23	29	18	28	1.98
78708084--78708157	37	2.0	37	91	0	121	63	8	6	21	1.45
78708987--78709025	18	2.1	18	85	9	51	41	7	5	46	1.55
78709088--78709156	5	13.8	5	98	0	129	42	0	17	40	1.49
78719891--78720078	100	1.9	100	93	2	324	26	20	25	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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