genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69970140--69970327	33	5.6	33	67	9	87	26	24	16	32	1.96
69971908--69971985	41	1.9	41	84	10	106	19	19	29	32	1.96
69972166--69972348	101	1.8	100	84	3	251	30	10	15	43	1.81
69972157--69972343	50	3.7	50	78	6	198	30	10	16	42	1.81
69975028--69975058	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
69975180--69975242	30	2.1	30	90	0	99	60	14	1	23	1.43
69981122--69981182	31	2.0	31	83	3	79	39	4	1	54	1.32
69982058--69982093	18	2.0	18	100	0	72	66	5	11	16	1.40
69983842--69983909	33	2.1	32	83	8	84	33	8	22	35	1.85
69984980--69985010	15	2.1	15	100	0	62	48	6	6	38	1.55
69990433--69990524	33	2.8	33	77	8	98	30	10	25	33	1.90
69996882--69996924	22	2.0	22	85	0	59	53	2	0	44	1.13
69996944--69996985	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
69996948--69996984	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
69997017--69997073	15	3.5	15	69	17	51	49	1	0	49	1.11
70001820--70001902	29	2.7	31	80	12	91	43	12	8	36	1.72
70005640--70005693	25	2.1	26	86	3	74	24	40	0	35	1.55
70010221--70010311	24	3.8	24	81	8	107	40	23	21	14	1.90
70010221--70010311	47	1.9	48	82	10	116	40	23	21	14	1.90
70010221--70010324	47	2.1	48	81	11	115	40	22	23	14	1.90
70013061--70013107	24	2.0	24	91	8	78	42	21	14	21	1.88
70015582--70015635	21	2.5	22	78	3	65	27	29	29	12	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70022101--70022209	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
70022355--70022551	98	2.0	96	88	6	290	31	24	6	36	1.81
70022355--70022539	48	3.8	48	88	4	282	31	25	6	36	1.81
70022509--70022639	47	2.8	47	86	0	181	26	28	12	32	1.92
70022563--70022714	80	1.9	80	94	0	268	24	28	13	32	1.94
70022610--70022675	33	2.0	33	100	0	132	21	27	18	33	1.96
70022643--70022735	47	2.0	47	89	0	141	27	29	9	33	1.89
70022657--70022736	25	3.3	25	68	16	69	32	27	6	33	1.82
70031409--70031679	39	7.0	39	91	2	431	25	29	23	21	1.99
70041642--70041694	27	2.0	26	96	3	97	28	18	7	45	1.77
70041647--70041704	27	2.1	27	87	6	82	34	18	6	39	1.78
70043998--70044035	19	2.0	19	94	0	67	34	21	2	42	1.67
70051213--70051242	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
70051452--70051729	50	5.6	50	80	5	285	33	27	14	24	1.94
70060235--70060278	14	3.0	15	80	6	54	63	6	0	29	1.20
70062971--70063132	80	2.0	80	97	0	306	43	29	5	21	1.75
70063946--70064161	109	2.0	109	90	1	346	37	17	17	28	1.92
70064922--70064951	14	2.1	14	93	0	51	60	3	0	36	1.14
70064923--70064955	3	11.3	3	87	6	50	63	3	0	33	1.10
70064923--70064975	17	3.2	17	76	10	56	62	5	1	30	1.29
70066312--70066359	22	2.2	21	88	3	69	6	18	16	58	1.59
70087677--70087715	13	2.9	13	88	3	51	25	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70088149--70088214	25	2.7	24	71	11	62	45	1	1	51	1.19
70089473--70089599	64	2.0	64	87	0	182	29	11	17	42	1.83
70090391--70090672	153	1.9	150	84	6	381	27	14	29	28	1.95
70094094--70094128	16	2.2	16	89	0	52	22	5	0	71	1.07
70094417--70094461	15	2.8	16	86	10	56	46	0	2	51	1.13
70094425--70094461	18	2.1	18	90	10	58	45	0	0	54	1.00
70097603--70097653	25	2.0	25	100	0	102	27	19	19	33	1.96
70102515--70102548	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
70102631--70102662	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
70103583--70103656	30	2.6	28	81	8	94	9	13	6	70	1.33
70103679--70103712	11	2.8	12	91	8	52	8	2	8	79	1.03
70103636--70103711	13	5.5	13	71	17	55	13	6	3	76	1.12
70106120--70106158	16	2.2	19	86	13	57	56	5	20	17	1.60
70116712--70116771	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
70121580--70121606	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
70122606--70122644	14	2.7	15	80	11	55	74	0	17	7	1.05
70124606--70124639	16	2.0	18	88	11	54	50	2	0	47	1.16
70124683--70124819	63	2.1	65	76	6	145	32	10	22	35	1.88
70125239--70125298	29	2.3	24	83	13	66	63	3	0	33	1.11
70125355--70125407	16	3.2	17	74	15	58	67	0	0	32	0.91
70126104--70126165	23	2.6	23	74	23	65	25	1	4	67	1.19
70126992--70127033	16	2.6	16	88	3	57	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70127998--70128037	16	2.5	16	80	15	55	55	0	25	20	1.44
70129525--70129562	18	2.2	18	85	4	51	44	0	7	47	1.32
70129739--70129774	18	2.0	18	94	0	63	38	25	5	30	1.78
70134113--70134155	22	1.9	23	86	13	63	53	16	9	20	1.70
70139853--70140046	87	2.2	86	79	8	198	40	18	6	34	1.77
70140090--70140136	10	4.8	10	73	5	51	57	0	0	42	0.98
70140081--70140197	19	6.2	19	71	7	85	56	0	3	39	1.22
70142503--70142555	23	2.2	24	77	9	56	32	7	3	56	1.45
70143324--70143694	132	2.8	131	83	2	458	30	18	18	32	1.95
70144477--70144529	20	2.6	21	82	8	65	28	3	0	67	1.07
70144477--70144536	30	2.0	30	83	0	75	30	3	0	66	1.07
70144614--70144827	88	2.4	89	81	6	256	35	9	16	37	1.82
70148534--70148591	23	2.6	23	91	5	93	56	10	17	15	1.66
70151013--70151133	46	2.7	44	85	7	154	26	19	29	24	1.98
70152720--70152776	29	2.0	29	100	0	114	52	0	12	35	1.39
70154393--70154431	7	5.6	7	96	0	69	69	12	0	17	1.19
70154430--70154466	14	2.6	15	87	8	51	32	51	0	16	1.45
70154485--70154608	7	17.4	7	72	9	63	49	25	0	24	1.56
70154471--70154538	35	1.9	36	82	8	86	48	29	0	22	1.51
70154504--70154540	15	2.5	15	86	4	58	45	35	0	18	1.50
70154987--70155132	40	3.7	40	82	3	170	27	21	19	30	1.98
70157691--70157729	20	2.0	20	85	10	53	58	15	5	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70159896--70159940	24	1.9	23	81	4	54	62	0	4	33	1.15
70166619--70166783	85	1.9	85	82	4	208	44	10	26	18	1.82
70174143--70174176	6	5.7	6	92	0	50	32	2	38	26	1.71
70175917--70175967	21	2.3	22	80	10	59	41	1	13	43	1.55
70176301--70176381	42	1.9	43	85	12	114	32	18	22	27	1.97
70176360--70176792	46	9.4	46	81	1	436	28	21	20	29	1.98
70184402--70184457	26	2.2	25	78	12	60	32	35	5	26	1.79
70184406--70184463	27	2.2	26	81	3	62	32	39	5	22	1.76
70186345--70186390	3	15.3	3	86	8	67	30	0	2	67	1.03
70188427--70188486	25	2.5	23	84	13	68	20	30	20	30	1.97
70204914--70204947	17	2.0	17	88	0	50	23	2	38	35	1.70
70224353--70224538	90	2.0	92	88	3	277	37	15	17	29	1.91
70225143--70225181	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
70225324--70225360	15	2.6	14	87	8	56	59	0	0	40	0.97
70225326--70225392	16	4.1	16	74	20	59	59	0	1	38	1.06
70229067--70229127	30	2.1	29	84	9	79	37	4	4	52	1.45
70231860--70232029	90	1.9	89	86	4	243	28	24	18	28	1.98
70234146--70234278	66	2.0	66	97	0	248	26	25	11	36	1.90
70239236--70239269	16	2.1	16	100	0	68	29	8	5	55	1.54
70240265--70240436	43	4.0	43	80	7	179	26	17	25	30	1.97
70248626--70248767	49	2.9	49	80	4	151	24	21	26	27	1.99
70251339--70251556	40	5.5	40	87	4	291	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70256119--70256157	15	2.7	15	80	4	53	17	10	7	64	1.48
70270363--70270434	37	2.0	37	86	2	101	45	8	0	45	1.33
70270474--70270580	20	5.8	18	69	20	69	52	3	2	41	1.34
70272765--70272862	42	2.3	42	86	6	137	26	31	23	18	1.97
70273816--70273918	23	4.5	22	79	9	100	34	19	19	26	1.95
70274057--70274099	9	4.9	9	81	16	54	34	11	4	48	1.60
70274052--70274118	26	2.5	26	95	4	116	34	13	2	49	1.57
70278872--70279177	105	2.9	105	85	0	378	29	25	12	32	1.93
70281474--70281503	10	3.0	10	95	0	51	56	10	10	23	1.62
70286640--70286797	65	2.4	66	79	3	176	20	13	32	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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