genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25212711--25212847	40	3.4	40	89	1	220	35	20	23	20	1.96
25213883--25213914	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
25216280--25216379	41	2.4	41	98	0	191	38	22	10	30	1.86
25218736--25218778	18	2.4	18	96	0	77	18	32	34	13	1.90
25230928--25230962	13	2.8	12	87	12	52	80	2	0	17	0.84
25230926--25230963	20	1.9	19	89	5	58	78	2	0	18	0.86
25232964--25233107	55	2.6	55	74	0	144	13	26	30	29	1.94
25246039--25246246	43	4.9	43	83	0	238	22	24	22	31	1.98
25248450--25248567	42	2.8	42	77	2	121	22	19	33	23	1.97
25249576--25249607	15	2.1	15	94	0	55	12	28	6	53	1.62
25250265--25250306	19	2.3	18	84	12	50	64	4	9	21	1.42
25250954--25251012	24	2.5	24	91	5	93	45	0	35	18	1.50
25253375--25253500	49	2.6	49	83	6	148	21	27	22	28	1.99
25253520--25253639	48	2.5	48	84	8	138	26	24	18	30	1.98
25266340--25266389	24	2.1	24	96	0	91	48	20	4	28	1.67
25266983--25267032	19	2.7	19	73	14	50	68	4	4	24	1.24
25267010--25267102	29	3.2	28	70	19	73	63	4	3	29	1.29
25266999--25267069	20	3.5	20	71	9	54	63	4	4	28	1.32
25267020--25267148	60	2.2	60	85	5	172	60	3	6	30	1.36
25267155--25267237	36	2.3	36	87	6	114	51	13	15	19	1.75
25267253--25267353	9	10.8	9	67	15	53	33	3	0	61	1.21
25267254--25267309	19	2.9	19	78	0	67	32	3	1	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25267309--25267363	27	2.1	27	93	3	94	41	3	0	54	1.18
25267418--25267639	90	2.5	89	84	4	272	35	8	18	38	1.81
25281146--25281187	21	2.0	20	82	13	50	23	16	21	38	1.93
25285689--25285766	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
25285719--25286045	173	1.9	174	92	0	557	30	14	24	30	1.94
25305326--25305403	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
25313427--25313504	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
25313606--25313680	29	2.6	29	82	4	89	28	12	30	29	1.92
25313457--25313783	173	1.9	174	92	0	557	30	14	23	31	1.94
25316508--25316618	55	2.0	55	91	3	179	21	18	27	31	1.97
25320815--25320876	21	3.2	21	61	25	55	33	24	14	27	1.94
25320816--25320886	36	2.0	36	100	0	142	35	22	16	25	1.95
25327033--25327093	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
25335722--25335825	40	2.5	43	79	6	115	29	13	27	28	1.94
25360830--25361001	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
25360822--25360998	46	3.8	46	78	12	209	28	28	20	21	1.98
25368357--25368534	46	3.8	46	78	11	211	29	27	20	22	1.99
25368364--25368536	93	1.9	93	92	2	294	28	27	20	23	1.99
25374725--25374913	50	3.8	49	83	2	234	30	24	16	27	1.97
25374738--25374921	101	1.8	99	87	2	269	30	25	16	27	1.97
25383733--25383763	16	1.9	16	93	0	53	61	6	9	22	1.50
25390866--25391132	40	6.7	40	94	0	462	20	28	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25399408--25399674	40	6.7	40	94	0	462	20	28	20	30	1.98
25403096--25403131	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
25404633--25404921	50	5.7	50	78	5	242	31	25	15	28	1.96
25404636--25404921	151	1.9	151	82	3	360	31	25	15	27	1.96
25414629--25414739	57	1.9	57	81	3	134	31	18	18	31	1.95
25415150--25415196	20	2.3	20	85	7	60	25	17	19	38	1.92
25417000--25417040	21	2.0	21	100	0	82	26	9	4	58	1.50
25423320--25423463	48	3.0	48	81	0	180	26	22	22	28	1.99
25425609--25425677	33	2.1	33	86	7	97	17	7	2	72	1.20
25427624--25427654	12	2.6	12	94	0	53	16	19	6	58	1.59
25434792--25434838	20	2.3	20	89	7	69	38	10	19	31	1.86
25434889--25435029	47	3.1	47	91	7	220	28	20	21	29	1.98
25434888--25435050	23	7.0	24	86	11	232	28	20	22	28	1.99
25442781--25442828	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
25442854--25442926	20	4.0	20	73	20	61	38	10	19	31	1.86
25442880--25442911	16	2.0	16	93	0	55	37	15	18	28	1.92
25442978--25443094	23	5.0	24	89	9	179	28	21	22	28	1.99
25442978--25443094	47	2.5	46	89	9	175	28	21	22	28	1.99
25443288--25443350	30	2.1	31	90	3	101	38	15	22	23	1.93
25449044--25449221	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
25449065--25449220	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
25463256--25463331	21	3.5	21	66	16	55	36	27	13	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25480818--25480873	14	3.9	14	82	13	78	48	12	7	32	1.68
25480909--25480968	27	2.2	27	93	0	102	21	21	21	35	1.96
25492253--25492410	42	3.7	42	83	3	183	30	13	24	31	1.94
25495395--25495667	46	5.9	46	86	3	352	21	23	13	41	1.89
25497777--25497811	8	4.6	8	86	13	56	74	0	0	25	0.82
25497778--25497811	14	2.5	14	95	4	61	73	0	0	26	0.83
25500678--25501097	46	8.9	47	85	5	510	22	23	13	41	1.88
25500678--25501101	97	4.5	96	88	4	567	22	23	12	41	1.88
25500919--25500992	24	3.2	24	65	27	68	22	24	13	39	1.90
25502764--25502810	21	2.1	21	84	11	58	14	29	0	55	1.40
25507025--25507209	40	4.7	40	77	6	180	27	26	22	24	2.00
25511369--25511396	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
25525635--25525671	14	2.6	14	95	0	65	35	2	16	45	1.61
25537963--25538165	40	5.1	40	93	2	320	23	23	28	25	2.00
25554369--25554405	15	2.5	15	86	4	58	75	2	5	16	1.10
25559357--25559383	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
25573684--25573717	3	11.7	3	93	6	61	32	32	0	35	1.58
25587613--25587713	39	2.6	39	93	0	175	28	2	22	45	1.67
25588818--25588853	18	2.0	18	88	0	54	22	22	2	52	1.59
25591137--25591252	43	2.7	44	83	10	134	27	27	18	25	1.98
25593984--25594055	27	2.6	27	84	4	99	31	18	26	23	1.97
25594171--25594263	28	3.3	28	86	3	134	31	7	29	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25596223--25596483	39	6.7	40	85	8	310	25	22	27	24	2.00
25596223--25596516	78	3.8	76	82	10	276	26	21	27	24	1.99
25604826--25604915	28	3.2	27	80	4	99	32	23	24	20	1.98
25605021--25605113	28	3.3	28	95	3	161	30	7	27	34	1.85
25613160--25613239	35	2.3	35	84	0	106	25	21	31	22	1.98
25614877--25614937	30	2.0	30	100	0	122	26	6	16	50	1.69
25630297--25630351	28	2.0	28	88	0	83	29	18	27	25	1.98
25633622--25633703	29	2.8	29	92	0	137	37	13	24	24	1.91
25634914--25634942	9	3.3	9	90	9	51	89	0	0	10	0.48
25637222--25637256	17	2.0	18	94	5	63	11	40	31	17	1.85
25643976--25644087	27	4.1	27	83	7	122	35	21	24	18	1.95
25643976--25644087	54	2.1	54	84	3	145	35	21	24	18	1.95
25651974--25652066	27	3.5	27	81	10	102	38	23	23	13	1.91
25651974--25652088	54	2.1	54	82	3	133	35	24	23	16	1.95
25651992--25652085	27	3.4	27	84	10	111	32	24	24	18	1.97
25659114--25659165	16	3.3	15	76	7	50	32	11	15	40	1.83
25661302--25661353	20	2.6	20	90	0	86	13	30	30	25	1.94
25661429--25661453	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
25667471--25667504	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
25669804--25669847	23	1.9	23	86	9	63	31	11	25	31	1.91
25679903--25679958	28	2.0	28	100	0	112	39	7	10	42	1.67
25683352--25683503	46	3.3	47	72	15	145	30	30	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25690566--25690735	46	3.7	46	73	13	159	30	27	20	22	1.98
25692931--25693077	40	3.7	40	94	0	249	22	23	24	29	1.99
25692931--25693098	80	2.1	78	87	4	239	22	22	25	30	1.99
25698777--25698898	45	2.7	46	87	3	158	23	23	22	30	1.99
25698771--25698898	46	2.8	46	84	3	161	24	24	21	30	1.99
25698824--25699365	177	3.1	175	81	3	586	26	24	19	29	1.98
25699267--25699469	44	4.7	44	68	11	114	27	22	20	30	1.98
25698824--25699469	177	3.7	176	77	6	578	26	24	19	29	1.98
25699355--25699610	44	5.7	43	71	13	133	29	24	16	29	1.97
25699486--25699654	89	1.9	89	84	4	225	30	25	14	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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