genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74902630--74902713	31	2.7	31	90	1	134	27	15	27	29	1.96
74903600--74903648	21	2.3	21	78	3	53	20	24	32	22	1.98
74911316--74911367	20	2.6	20	96	0	95	21	30	26	21	1.98
74913844--74914343	132	3.8	131	79	4	492	33	16	19	30	1.94
74916034--74916068	3	11.0	3	90	6	52	65	2	0	31	1.07
74917996--74918207	89	2.4	89	87	0	289	24	18	23	33	1.97
74918261--74918792	138	3.9	137	73	11	452	29	22	17	31	1.96
74918624--74918792	41	3.9	41	76	15	115	27	21	18	31	1.97
74930525--74930891	132	2.8	132	81	3	366	35	15	19	29	1.93
74930641--74930926	132	2.2	132	88	2	423	33	15	18	32	1.92
74932617--74932654	3	12.0	3	91	5	58	65	2	0	31	1.06
74934681--74934708	13	2.2	13	100	0	56	28	21	7	42	1.79
74934715--74934744	14	2.1	14	100	0	60	30	20	6	43	1.77
74942677--74942785	55	2.0	55	100	0	218	23	18	25	32	1.97
74950994--74951078	42	2.0	42	95	0	152	36	34	4	24	1.77
74954080--74954117	17	2.2	17	90	0	58	13	7	2	76	1.11
74958000--74958053	27	2.0	26	82	3	63	57	7	5	29	1.49
74959432--74959546	34	3.3	35	83	6	146	14	0	26	58	1.43
74959499--74959532	14	2.3	15	85	10	52	20	0	20	58	1.39
74959432--74959554	35	3.6	35	84	5	144	15	0	26	57	1.44
74960339--74960444	44	2.4	45	82	1	124	28	21	20	29	1.98
74960531--74960636	44	2.4	44	90	1	167	31	22	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74960732--74961130	44	9.2	43	72	9	292	26	24	21	28	1.99
74960699--74961100	130	3.1	130	93	0	689	26	23	22	28	1.99
74962473--74962552	3	26.7	3	100	0	160	0	32	0	67	0.91
74967860--74967913	27	2.0	26	85	3	72	57	5	5	31	1.45
74969293--74969364	34	2.1	35	92	2	119	9	2	27	59	1.43
74969551--74969851	156	1.9	155	87	3	435	42	4	9	43	1.59
74973900--74973933	16	2.1	16	94	0	59	26	29	2	41	1.70
74978480--74978507	8	3.5	8	100	0	56	25	0	10	64	1.26
74978558--74978598	21	2.0	21	85	9	57	39	2	0	58	1.11
74978543--74978610	22	3.1	22	75	12	59	39	1	0	58	1.07
74981634--74981658	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
74982375--74982416	3	13.7	3	95	5	75	35	0	0	64	0.94
74982628--74982670	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
74982806--74983032	3	76.3	3	66	14	78	31	8	2	57	1.42
74982818--74982849	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
74983017--74983077	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
74982511--74982549	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
74983510--74983617	54	2.0	54	100	0	216	38	16	7	37	1.77
75000293--75000358	23	3.2	22	64	28	54	39	13	3	43	1.60
75000290--75000368	39	2.0	39	97	0	149	37	13	2	45	1.58
75008029--75008124	49	2.0	49	97	0	183	37	7	14	40	1.74
75022050--75022090	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75025154--75025185	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
75032572--75032679	26	4.2	26	96	0	198	29	6	27	36	1.82
75034274--75034414	27	5.2	26	76	13	126	17	24	23	34	1.96
75034271--75034414	54	2.7	54	90	2	209	17	24	23	34	1.96
75035526--75035722	48	4.1	48	88	4	290	31	9	11	47	1.72
75038158--75038230	16	4.4	16	67	23	53	67	12	0	20	1.23
75038547--75038590	12	3.7	12	80	19	56	0	31	0	68	0.90
75042598--75042660	32	2.0	32	96	0	117	50	3	7	38	1.47
75042606--75042660	16	3.4	16	74	18	60	54	1	7	36	1.39
75055683--75055845	27	6.0	27	86	5	206	36	22	23	17	1.95
75055683--75055845	54	3.0	54	90	1	256	36	22	23	17	1.95
75057468--75057577	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
75064282--75064336	21	2.8	20	75	22	53	65	0	32	1	1.03
75064389--75064428	11	3.6	11	86	6	55	20	0	5	75	0.99
75064445--75064655	113	1.9	114	81	3	264	27	1	17	52	1.55
75065498--75065537	17	2.4	17	87	4	55	27	2	2	67	1.16
75074515--75074626	36	3.1	35	77	10	118	33	10	16	39	1.84
75074515--75074626	18	6.2	18	70	4	82	33	10	16	39	1.84
75076471--75076514	22	2.0	22	100	0	88	45	0	13	40	1.44
75077313--75077376	33	1.9	33	96	0	119	28	9	42	20	1.83
75077317--75077399	33	2.5	33	86	0	103	27	10	42	19	1.84
75080500--75080650	43	3.5	43	79	4	171	32	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75081183--75081229	18	2.6	18	80	10	51	42	21	4	31	1.72
75083098--75083142	23	1.9	24	82	13	58	2	31	0	66	1.04
75084859--75084942	29	2.9	29	75	7	82	41	5	21	30	1.77
75089849--75089923	28	2.7	28	85	0	96	33	10	25	30	1.90
75096618--75096698	28	2.9	28	86	0	117	32	9	28	29	1.89
75096591--75096697	56	1.9	56	88	3	162	32	11	26	29	1.91
75096911--75096984	37	2.0	37	100	0	148	43	10	10	35	1.75
75102664--75102743	35	2.3	33	79	12	88	26	18	25	30	1.98
75103226--75103302	28	2.8	28	82	9	95	29	24	18	27	1.98
75111744--75112074	165	2.0	165	98	0	644	24	17	20	36	1.94
75124119--75124161	22	1.9	23	85	4	61	30	0	9	60	1.28
75132043--75132108	29	2.3	29	77	10	75	45	0	0	54	0.99
75139050--75139079	8	3.8	8	100	0	60	66	10	0	23	1.21
75149416--75149455	21	2.0	20	85	14	55	37	12	12	37	1.81
75150619--75150700	29	2.9	28	78	12	85	67	10	0	21	1.22
75152574--75152612	13	3.0	13	84	0	51	46	7	5	41	1.55
75154559--75154831	90	3.0	90	81	3	282	24	23	17	34	1.96
75155538--75155582	23	2.0	23	83	8	58	44	8	2	44	1.47
75156076--75156113	15	2.5	15	83	12	51	47	0	0	52	1.00
75156304--75156355	20	2.5	20	87	3	77	51	11	11	25	1.71
75164568--75164621	24	2.2	26	83	9	69	70	0	5	24	1.08
75164671--75164759	29	3.6	25	77	21	82	62	0	8	28	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75164696--75164741	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
75164696--75164756	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
75165320--75165352	11	3.0	11	83	16	50	63	18	0	18	1.31
75170235--75170295	30	2.1	29	96	3	113	27	16	19	36	1.93
75192603--75192650	22	2.2	22	81	7	53	18	18	6	56	1.62
75192688--75192750	30	2.1	30	93	0	108	26	3	14	55	1.54
75192833--75192872	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
75192874--75192906	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
75199523--75199564	16	2.7	15	79	13	50	59	0	2	38	1.10
75201199--75201248	13	3.5	15	71	18	52	54	0	10	36	1.34
75201710--75201750	15	2.9	15	75	24	52	21	2	12	63	1.40
75204387--75204414	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
75205874--75205900	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
75209156--75209374	46	4.7	46	81	8	246	27	20	29	22	1.98
75209155--75209374	94	2.3	93	82	11	254	27	20	29	22	1.99
75219237--75219285	7	7.0	7	81	9	64	42	36	0	20	1.52
75221952--75222002	21	2.4	21	100	0	102	39	9	3	47	1.55
75225987--75226038	23	2.3	23	83	6	70	0	28	0	71	0.87
75226233--75226272	20	1.9	22	90	10	66	52	0	0	47	1.00
75226233--75226291	28	2.0	30	81	12	70	55	1	0	42	1.09
75232376--75232507	27	4.9	26	84	7	158	34	22	24	18	1.97
75232394--75232507	54	2.1	54	95	3	203	34	24	23	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75234096--75234203	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
75239472--75239630	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
75239490--75239630	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
75241219--75241326	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
75246625--75246757	27	5.0	27	86	6	182	35	23	24	17	1.95
75246621--75246757	54	2.5	54	92	2	231	35	22	24	17	1.95
75248371--75248478	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
75248371--75248478	52	2.1	52	98	0	207	36	23	7	33	1.83
75262994--75263036	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
75264833--75264883	10	5.0	10	82	2	57	21	5	1	70	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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