genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3338297--3338338	6	7.0	6	94	0	66	28	35	16	19	1.93
3340525--3340572	19	2.5	19	79	0	60	52	0	4	43	1.20
3342158--3342210	22	2.4	23	81	9	65	62	1	0	35	1.06
3347283--3347428	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
3347392--3347660	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
3347435--3347654	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
3347392--3347660	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
3353706--3353783	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
3353699--3353783	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
3359343--3359545	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
3359277--3359545	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
3359509--3359654	37	4.0	37	91	1	233	36	16	21	25	1.94
3361358--3361465	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
3361351--3361465	30	3.8	30	95	0	194	45	6	22	25	1.77
3362951--3363029	31	2.6	30	85	2	113	44	3	0	51	1.19
3363589--3363646	28	2.1	28	100	0	116	53	0	6	39	1.28
3368345--3369184	210	4.0	210	89	1	1247	29	21	16	32	1.95
3372117--3372249	55	2.4	55	96	1	241	24	22	3	49	1.66
3377851--3377875	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
3378417--3378450	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
3383056--3383089	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
3385359--3385384	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3385611--3385648	17	2.2	18	85	4	51	26	18	2	52	1.58
3389902--3389996	48	2.0	48	97	0	181	44	9	15	30	1.79
3392503--3392622	53	2.3	53	91	0	186	29	23	18	29	1.98
3400000--3400132	53	2.5	53	85	2	178	29	26	16	27	1.97
3405309--3405337	12	2.3	13	94	5	51	27	27	0	44	1.54
3407421--3407461	22	2.0	22	85	9	59	29	0	7	63	1.21
3409307--3409356	24	2.1	24	100	0	100	36	26	18	20	1.95
3414686--3414771	42	2.0	42	100	0	172	29	18	24	27	1.98
3415287--3415351	32	2.0	32	100	0	130	50	15	15	18	1.78
3420917--3420941	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
3426656--3426705	20	2.5	20	75	15	50	42	2	4	52	1.31
3428425--3428454	12	2.5	12	94	0	51	16	3	0	80	0.85
3429862--3429904	19	2.2	20	87	8	61	39	30	9	20	1.84
3429936--3429973	7	5.6	7	84	6	51	42	31	2	23	1.68
3429936--3429973	13	2.8	14	84	8	51	42	31	2	23	1.68
3442823--3442875	22	2.4	23	84	9	67	58	1	3	35	1.27
3442834--3442891	22	2.6	22	84	15	75	56	1	3	37	1.26
3453837--3453861	5	5.0	5	100	0	50	60	0	40	0	0.97
3454406--3454502	48	2.0	48	100	0	194	22	12	22	42	1.87
3458462--3458756	150	2.0	146	96	2	545	27	11	27	33	1.91
3463651--3463685	17	2.0	18	88	5	54	42	0	5	51	1.25
3464567--3464643	25	2.9	25	78	21	70	54	2	1	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3464597--3464663	25	2.9	23	68	20	59	56	0	0	43	0.99
3468835--3468891	28	1.9	30	86	10	82	24	7	3	64	1.34
3468844--3468899	29	2.0	28	85	3	76	25	8	3	62	1.41
3474464--3474519	19	3.1	17	75	14	58	60	0	7	32	1.24
3483210--3483254	14	3.1	14	90	3	63	20	48	11	20	1.79
3483208--3483262	15	3.6	15	80	16	60	18	45	14	21	1.85
3484234--3484282	21	2.3	22	75	10	57	38	4	8	48	1.52
3486814--3486838	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
3499237--3499290	15	3.6	15	78	9	56	31	7	1	59	1.36
3508238--3508317	11	6.9	11	70	16	54	63	3	2	30	1.25
3513234--3513282	22	2.2	23	85	7	66	34	6	20	38	1.77
3523556--3523584	15	1.9	15	100	0	58	20	13	17	48	1.81
3528046--3528084	19	2.1	19	85	0	51	51	5	0	43	1.24
3529140--3529188	25	1.9	26	87	4	73	40	2	4	53	1.32
3529174--3529238	34	1.9	34	90	6	105	29	6	4	60	1.41
3531642--3531697	25	2.2	27	87	9	82	66	3	3	26	1.25
3533911--3533979	3	24.0	3	79	8	63	34	7	0	57	1.26
3533892--3533975	37	2.3	38	79	8	93	35	7	0	57	1.26
3535682--3535841	51	3.2	50	89	1	230	30	21	15	33	1.94
3542412--3542571	51	3.2	50	90	1	239	29	22	15	33	1.94
3544966--3544995	10	3.0	10	95	0	51	36	3	0	60	1.14
3550005--3550031	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3558333--3558437	54	2.0	54	90	3	169	61	3	1	32	1.24
3564141--3564263	60	2.0	60	100	0	246	29	31	8	30	1.86
3567348--3567377	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
3571706--3571738	8	4.1	8	88	11	50	87	0	0	12	0.53
3572293--3572338	6	7.7	6	87	0	65	15	13	39	32	1.85
3572287--3572341	12	4.6	12	88	0	65	14	10	41	32	1.81
3572287--3572338	18	2.9	18	85	0	68	13	11	42	32	1.80
3580036--3580066	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
3587994--3588062	28	2.5	28	83	4	77	59	0	0	40	0.97
3589330--3589398	30	2.3	31	80	7	79	44	7	17	30	1.75
3591811--3591865	23	2.6	21	83	11	67	60	5	0	34	1.20
3591813--3592001	25	7.6	24	68	10	94	60	3	6	29	1.38
3592077--3592122	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
3592052--3592113	21	2.7	25	78	19	80	62	0	8	29	1.23
3592071--3592157	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
3592069--3592155	15	6.0	14	75	13	61	65	0	8	26	1.20
3599933--3600131	39	5.1	39	94	0	335	23	24	29	22	1.99
3602180--3602245	33	2.0	33	90	0	105	33	1	1	63	1.13
3605769--3605827	23	2.6	23	94	2	102	55	1	20	22	1.52
3607971--3608023	25	2.2	24	86	10	72	47	0	0	52	1.00
3612182--3612211	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
3614599--3614640	20	2.1	20	86	8	59	66	4	7	21	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3619075--3619185	47	2.4	47	83	6	145	36	23	15	25	1.94
3622048--3622092	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
3622130--3622172	20	2.4	19	82	17	56	72	0	27	0	0.85
3629170--3629464	46	6.4	46	91	1	430	42	13	23	20	1.88
3629160--3629639	138	3.3	138	77	14	498	42	13	23	20	1.88
3629444--3629486	22	2.0	22	95	0	77	48	9	23	18	1.76
3629312--3629624	160	2.0	160	91	0	509	42	14	24	18	1.88
3629397--3629532	68	2.0	68	95	0	245	43	12	25	19	1.85
3629465--3629639	46	3.8	46	86	0	233	41	15	24	18	1.89
3629259--3629639	206	1.8	206	88	1	575	41	14	24	19	1.88
3629351--3629578	114	2.0	114	92	0	375	42	13	25	18	1.87
3633152--3633193	13	3.2	13	89	3	57	78	2	9	9	1.05
3636397--3636428	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
3636764--3637129	131	2.8	131	83	3	432	30	19	18	31	1.96
3639565--3640037	46	10.2	46	90	2	678	22	23	14	39	1.91
3641137--3641175	16	2.4	17	83	12	55	0	20	0	79	0.73
3641135--3641174	15	2.7	15	84	0	53	0	22	0	77	0.77
3641199--3641246	18	2.6	19	80	12	55	6	20	0	72	1.05
3642260--3642311	20	2.6	20	87	0	77	21	36	28	13	1.91
3643477--3643537	19	3.2	19	66	25	56	49	14	8	27	1.72
3643470--3643544	38	2.0	38	100	0	150	46	16	8	29	1.75
3643830--3643893	18	3.6	18	79	8	76	31	15	15	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3643810--3643893	36	2.3	36	85	4	107	33	15	15	35	1.89
3644272--3644323	20	2.7	19	83	13	70	36	11	5	46	1.64
3644773--3644822	19	2.9	18	82	14	61	58	4	0	38	1.17
3649475--3649513	6	6.5	6	87	0	51	33	20	25	20	1.97
3649923--3649974	4	13.0	4	95	0	95	25	1	25	48	1.62
3650712--3650765	20	2.8	19	81	18	58	55	0	3	40	1.17
3656341--3656383	17	2.5	17	76	0	50	37	13	11	37	1.82
3657249--3657282	16	2.1	16	88	0	50	44	11	2	41	1.56
3658038--3658066	15	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
3660316--3660357	15	2.9	15	82	3	50	52	0	2	45	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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