genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33962688--33962788	24	4.2	24	93	0	157	33	0	39	25	1.63
33964175--33964285	27	4.1	27	87	5	154	14	26	22	36	1.92
33982448--33982479	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
33983796--33983857	28	2.2	28	88	5	99	35	19	24	20	1.96
33983903--33984020	29	4.1	28	77	8	114	31	16	27	25	1.96
33983910--33984026	58	2.0	57	83	4	146	28	17	29	25	1.97
33984614--33984640	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
33993074--33993152	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
33993270--33993706	47	9.2	47	90	2	658	29	30	8	31	1.86
33993270--33993708	96	4.6	95	91	2	666	29	30	7	31	1.86
33993270--33993706	143	3.1	143	91	3	702	29	30	8	31	1.86
34003010--34003047	19	2.1	18	85	9	51	2	26	18	52	1.58
34006029--34006250	40	5.6	40	91	1	349	27	26	22	23	1.99
34009102--34009220	29	4.1	29	81	6	109	26	12	31	29	1.93
34011705--34011849	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
34015305--34015537	49	4.7	50	78	10	271	26	18	25	29	1.98
34016569--34016612	22	2.0	22	100	0	88	31	13	18	36	1.90
34019721--34019765	21	2.1	21	100	0	90	22	8	31	37	1.85
34025134--34025355	40	5.5	41	77	10	138	26	27	22	24	2.00
34025171--34025355	40	4.6	39	80	11	178	27	27	22	23	1.99
34025134--34025355	81	2.8	80	78	12	222	26	27	22	24	2.00
34033047--34033267	40	5.5	41	76	9	136	26	26	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34033082--34033267	80	2.3	80	83	9	229	27	26	21	24	1.99
34033084--34033267	40	4.6	40	81	7	187	27	26	21	24	1.99
34047463--34047638	46	3.8	46	80	1	208	21	20	28	28	1.98
34047459--34047630	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
34054698--34054875	27	6.6	27	82	3	187	26	15	27	30	1.96
34054699--34054854	82	1.9	81	85	3	215	26	15	27	30	1.96
34054695--34054875	82	2.2	81	81	2	211	27	15	27	30	1.96
34074505--34074564	15	4.0	15	80	0	75	10	11	16	61	1.55
34074506--34074565	30	2.0	30	93	0	102	10	13	16	60	1.59
34080272--34080344	36	2.0	36	100	0	146	39	16	5	38	1.72
34080825--34080912	32	2.8	32	91	3	133	32	27	15	23	1.95
34080855--34080922	32	2.4	26	72	25	73	33	25	14	26	1.94
34084871--34084965	42	2.2	43	83	1	120	28	18	21	31	1.97
34090940--34091053	33	3.9	28	76	13	106	27	23	22	26	2.00
34090938--34091062	60	2.1	61	86	4	173	28	24	21	25	1.99
34101029--34101183	43	3.6	42	70	14	120	27	18	24	29	1.98
34103437--34103529	35	2.7	35	86	0	132	26	13	17	41	1.87
34106701--34106783	25	3.3	25	82	0	94	27	20	19	32	1.97
34108541--34108683	28	5.1	28	81	8	141	27	13	32	26	1.94
34108543--34108683	57	2.5	56	82	7	144	27	13	32	26	1.94
34109756--34109793	18	2.2	17	95	4	67	55	7	10	26	1.61
34117776--34117801	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34119584--34119775	9	22.1	9	69	12	73	36	1	16	45	1.55
34119601--34119754	43	3.6	43	87	2	211	37	1	15	45	1.55
34119696--34119775	33	2.4	35	89	6	121	33	1	15	50	1.52
34119738--34119787	24	2.1	24	85	7	66	30	2	16	52	1.55
34119789--34119822	15	2.4	14	90	5	50	50	0	0	50	1.00
34119960--34120014	15	3.7	15	75	22	62	52	0	0	47	1.00
34119950--34120016	29	2.3	29	92	7	109	53	0	0	46	1.00
34119957--34120006	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
34119982--34120072	39	2.4	39	94	1	157	51	4	0	43	1.21
34120012--34120072	20	3.2	19	71	15	63	50	6	0	42	1.28
34119992--34120057	20	3.3	20	73	12	73	54	3	0	42	1.15
34120009--34120075	19	3.5	19	74	11	73	52	5	0	41	1.26
34119789--34120502	235	3.1	232	92	3	1177	50	5	7	36	1.54
34120184--34120251	29	2.3	29	92	7	111	52	0	0	47	1.00
34120195--34120254	15	4.0	15	76	22	63	53	0	0	46	1.00
34120200--34120307	39	2.8	39	90	2	155	53	0	0	45	1.06
34120213--34120317	20	5.5	19	69	6	70	56	0	0	42	1.06
34120227--34120292	20	3.4	19	77	6	78	57	0	0	42	0.98
34120426--34120483	16	3.9	16	73	26	56	51	0	0	48	1.00
34120425--34120485	29	2.1	29	93	6	106	50	0	0	49	1.00
34120426--34120475	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
34120719--34120765	24	2.0	24	87	8	69	46	8	17	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34121961--34122041	42	1.9	42	100	0	162	44	7	14	33	1.73
34122827--34122860	16	2.1	16	100	0	68	52	11	17	17	1.73
34123306--34123444	73	1.9	71	84	5	181	38	6	35	19	1.78
34123804--34123979	73	2.4	74	87	3	250	34	20	14	31	1.92
34124318--34124377	21	2.8	21	87	12	79	25	0	25	50	1.50
34124326--34124377	14	3.7	14	78	0	59	23	0	26	50	1.50
34124495--34124538	16	2.8	16	86	3	54	22	0	34	43	1.54
34124991--34125023	15	2.1	16	94	5	59	33	42	0	24	1.55
34124995--34125030	15	2.4	15	85	0	54	41	36	0	22	1.54
34130034--34130185	43	3.6	43	81	8	168	33	23	15	26	1.95
34132804--34132834	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
34132801--34132840	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
34133026--34133277	55	4.8	53	78	9	230	21	24	17	36	1.95
34133073--34133273	108	1.8	110	87	4	300	21	24	18	35	1.96
34136166--34136217	22	2.4	22	83	0	68	11	30	36	21	1.89
34141171--34141201	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
34141168--34141207	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
34141401--34141647	55	4.7	52	77	12	181	20	24	18	36	1.95
34141440--34141637	108	1.8	110	84	6	278	22	25	17	34	1.95
34141985--34142042	30	2.0	30	86	3	82	27	27	3	41	1.72
34146445--34146512	28	2.4	28	92	0	109	33	27	7	30	1.84
34146618--34146708	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34157294--34157326	16	2.0	17	88	5	50	51	18	3	27	1.60
34159816--34159943	40	3.2	39	85	4	175	29	27	19	23	1.98
34159814--34159999	80	2.3	79	81	9	200	27	26	21	23	1.99
34167632--34167850	40	5.5	39	80	8	192	26	26	21	25	1.99
34175342--34175494	39	3.9	39	92	0	216	24	19	28	28	1.99
34175361--34175531	39	4.4	39	82	4	132	23	19	28	28	1.98
34175342--34175522	78	2.3	78	83	1	211	23	19	28	28	1.99
34183152--34183193	15	2.8	15	92	7	68	26	4	14	54	1.59
34199380--34199423	23	1.9	23	90	0	70	34	22	13	29	1.93
34204419--34204461	19	2.3	19	95	0	77	25	41	23	9	1.84
34224609--34224733	55	2.3	55	84	2	153	15	28	31	24	1.95
34237145--34237369	40	5.6	40	83	0	279	26	24	26	23	2.00
34241706--34241876	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
34241698--34241873	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
34244271--34244326	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
34247284--34247427	46	3.1	45	70	21	111	28	29	19	22	1.98
34250920--34250991	34	2.2	33	87	2	99	25	19	23	31	1.98
34254590--34254657	34	2.0	34	100	0	136	32	26	5	35	1.81
34256712--34256896	40	4.7	40	81	6	207	24	22	27	25	2.00
34256765--34256929	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
34264879--34265063	40	4.6	39	84	5	212	23	22	28	25	2.00
34264879--34265061	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34264932--34265086	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	26	1.99
34268595--34268710	38	3.0	38	83	8	146	48	11	9	31	1.71
34273262--34273655	47	8.4	47	90	0	574	31	9	31	26	1.89
34273318--34273392	22	3.3	22	65	17	62	29	10	33	26	1.90
34273774--34273853	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
34275643--34276023	40	9.8	40	91	5	622	24	21	28	25	1.99
34275643--34276023	78	4.9	80	90	6	631	24	21	28	25	1.99
34275643--34276023	114	3.3	116	92	3	617	24	21	28	25	1.99
34280099--34280496	95	4.3	94	80	13	434	31	9	31	27	1.88
34280133--34280376	134	1.8	135	90	4	395	31	10	31	25	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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