genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.342.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111141836--111141863	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
111142403--111142508	51	2.1	51	100	0	212	26	16	11	45	1.82
111159035--111159066	16	2.0	16	100	0	64	43	6	6	43	1.54
111163875--111163950	38	2.0	38	100	0	152	39	5	18	36	1.73
111167158--111167228	37	1.9	37	82	0	88	45	15	23	15	1.85
111185233--111185451	104	2.1	103	93	2	368	54	14	0	31	1.44
111188520--111188559	15	2.7	15	84	0	53	60	27	0	12	1.33
111188994--111189027	15	2.1	17	89	10	54	58	0	0	41	0.98
111198578--111198652	34	2.2	34	78	7	80	49	14	8	28	1.71
111198520--111198652	69	1.9	68	80	4	151	45	15	9	28	1.78
111199392--111199450	31	1.9	31	85	0	82	38	16	10	33	1.83
111199861--111199889	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
111199828--111199898	35	2.1	34	82	12	83	43	2	0	53	1.15
111199891--111199936	18	2.6	18	82	3	58	34	4	17	43	1.69
111201656--111201726	31	2.2	32	80	11	85	32	7	9	50	1.62
111204635--111204668	12	2.8	12	95	0	59	35	0	11	52	1.38
111205977--111206005	15	1.9	15	100	0	58	31	41	6	20	1.79
111207739--111207774	4	9.0	4	100	0	72	25	0	25	50	1.50
111209670--111209699	6	5.0	6	100	0	60	33	66	0	0	0.92
111216935--111217001	28	2.4	28	97	2	127	28	5	53	11	1.61
111226015--111226157	36	4.0	36	75	7	146	39	9	22	27	1.85
111226019--111226180	36	4.5	35	74	7	137	40	9	22	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111226019--111226186	72	2.3	72	89	0	246	39	8	23	27	1.84
111226422--111226484	29	2.2	29	91	0	99	26	19	28	25	1.98
111227166--111227420	81	3.2	79	77	10	234	35	24	14	25	1.93
111231614--111231660	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
111234323--111234441	62	1.9	61	96	1	220	31	16	28	22	1.96
111236373--111236579	101	2.0	101	98	0	396	34	2	23	39	1.70
111236669--111236951	121	2.3	121	90	5	424	29	12	21	36	1.90
111236821--111237215	147	2.6	147	87	5	526	28	14	20	36	1.92
111239061--111239107	19	2.5	19	96	0	85	34	12	14	38	1.85
111239260--111239303	19	2.3	18	85	11	61	61	4	0	34	1.16
111239259--111239326	20	3.3	20	78	12	66	57	4	0	38	1.19
111239259--111239309	20	2.5	20	87	6	68	60	5	0	33	1.21
111242148--111242189	21	1.9	23	85	9	61	11	28	19	40	1.87
111242918--111242953	18	2.0	18	94	0	63	47	25	11	16	1.79
111244442--111244509	32	2.2	33	79	12	81	33	19	5	41	1.75
111254381--111254411	12	2.5	12	94	5	53	41	3	0	54	1.16
111266501--111266534	17	2.0	17	88	0	50	76	8	2	11	1.12
111266960--111267005	24	1.9	24	82	8	58	54	6	4	34	1.46
111267537--111267574	7	5.4	7	93	0	67	47	36	0	15	1.46
111268076--111268105	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
111268470--111269063	44	13.6	44	70	13	219	27	21	19	30	1.98
111268508--111268802	87	3.4	87	70	10	260	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111268421--111268893	174	2.7	174	92	2	754	27	21	19	31	1.97
111268738--111269022	129	2.2	129	94	0	498	28	22	19	29	1.98
111291531--111291578	25	2.0	25	87	4	71	37	2	14	45	1.57
111293650--111293705	22	2.5	22	80	14	60	58	1	1	37	1.19
111296725--111296756	4	8.0	4	92	0	55	50	25	3	21	1.64
111297944--111297993	26	1.9	26	88	8	75	18	26	0	56	1.42
111299068--111299109	18	2.3	19	87	4	59	23	2	2	71	1.10
111300330--111300363	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
111303807--111303834	12	2.3	12	100	0	56	35	0	10	53	1.36
111304502--111304554	21	2.5	21	84	3	61	47	3	5	43	1.45
111311657--111311737	40	2.0	40	100	0	162	37	12	4	45	1.63
111317864--111317923	31	1.9	31	96	0	111	43	11	15	30	1.82
111319510--111319600	44	2.1	44	100	0	182	40	9	24	25	1.85
111321681--111321891	105	2.0	105	100	0	422	36	12	14	36	1.83
111325651--111325678	8	3.5	8	100	0	56	35	0	0	64	0.94
111328282--111328314	15	2.1	17	88	11	52	30	0	6	63	1.18
111328866--111328958	17	5.1	18	72	20	77	30	10	10	48	1.72
111338995--111339314	86	3.8	89	77	12	262	30	15	20	34	1.93
111339154--111339458	71	4.1	73	85	8	370	31	15	19	33	1.93
111339404--111339520	58	2.0	59	88	1	173	25	18	23	31	1.98
111339462--111339827	72	4.9	72	84	7	421	30	16	20	32	1.95
111339462--111340700	144	8.2	146	83	8	1360	30	16	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111339736--111339902	86	1.9	86	88	7	250	29	16	18	35	1.93
111339822--111339986	73	2.3	73	83	8	210	30	16	17	34	1.93
111340003--111340705	72	9.6	72	89	4	935	30	16	21	32	1.95
111342578--111342609	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
111343214--111343258	17	2.6	18	89	10	76	31	8	8	51	1.64
111343737--111343791	18	3.2	18	71	10	51	43	12	3	40	1.60
111343715--111343801	34	2.5	33	75	10	77	43	12	4	39	1.63
111348448--111348493	21	2.1	23	84	8	60	39	2	10	47	1.51
111349790--111349845	23	2.4	23	96	3	103	64	5	10	19	1.44
111354378--111354545	92	1.8	92	93	0	291	28	13	29	29	1.94
111358672--111358745	35	2.1	35	89	0	112	21	5	20	52	1.66
111367767--111367848	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
111371506--111371546	16	2.6	16	88	3	57	41	0	7	51	1.30
111379636--111379716	40	2.0	40	100	0	162	17	17	22	43	1.88
111380487--111380523	11	3.5	11	85	7	58	67	8	0	24	1.17
111380481--111380531	21	2.4	21	75	12	68	68	5	0	25	1.12
111385281--111385371	30	3.0	31	73	10	89	38	15	13	32	1.86
111386908--111386953	18	2.8	17	78	15	53	30	41	28	0	1.56
111388919--111389039	45	2.6	48	80	7	133	31	33	9	25	1.89
111393652--111393712	22	2.7	23	68	14	54	39	6	11	42	1.67
111393987--111394051	34	1.9	34	84	6	87	43	6	1	49	1.37
111400240--111400287	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111400236--111400287	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
111400235--111400291	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
111400437--111400501	25	2.7	25	88	6	91	52	4	7	35	1.51
111400608--111400653	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
111401140--111401314	30	5.8	30	92	0	287	22	3	48	25	1.66
111401140--111401314	60	2.9	60	97	0	323	22	3	48	25	1.66
111402062--111402111	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
111402091--111402328	74	3.2	74	84	3	300	34	20	16	28	1.95
111402318--111402345	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
111402460--111402509	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
111402319--111402843	180	3.0	172	85	8	556	39	19	16	24	1.91
111402639--111402689	14	3.5	15	84	7	61	64	3	11	19	1.41
111402420--111402843	180	2.3	182	90	4	696	39	18	15	25	1.91
111402669--111402910	78	3.2	75	83	8	266	36	20	16	26	1.93
111402712--111403074	71	4.8	73	77	15	285	35	19	15	29	1.93
111402791--111403158	155	2.3	158	83	9	448	35	18	15	29	1.92
111403202--111403485	77	3.8	74	83	6	351	33	21	14	30	1.93
111402790--111403545	416	1.8	416	83	7	1003	35	19	16	28	1.93
111403476--111403617	72	2.0	73	90	1	223	38	23	15	22	1.92
111403209--111403631	160	2.7	157	82	8	483	34	21	15	28	1.94
111403771--111404110	72	4.5	76	87	4	449	32	20	15	32	1.93
111403771--111404110	75	4.5	74	87	4	443	32	20	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111403771--111404128	147	2.4	148	82	7	429	34	19	14	31	1.92
111404128--111404302	70	2.5	70	85	4	212	33	22	14	29	1.94
111412603--111412650	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
111412599--111412650	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
111412598--111412654	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
111412801--111412865	25	2.7	25	88	6	91	52	4	7	35	1.51
111412888--111413019	25	5.6	25	71	15	84	57	2	4	35	1.32
111426138--111426168	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
111426715--111426807	18	5.2	18	88	0	141	27	23	16	32	1.96
111430861--111430891	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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