genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80363884--80364234	44	7.8	44	70	10	127	31	17	22	28	1.97
80364576--80364617	21	2.0	21	86	9	59	38	28	9	23	1.86
80364789--80364817	13	2.1	14	93	6	51	55	20	20	3	1.58
80366191--80366242	23	2.3	21	81	12	59	28	3	5	61	1.37
80366340--80366405	22	2.8	23	84	9	89	28	1	1	68	1.08
80371050--80371116	20	3.5	19	69	17	57	31	4	2	61	1.31
80371034--80371111	38	2.0	39	92	2	131	32	3	2	61	1.27
80372070--80372094	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
80375040--80375205	40	4.2	39	72	18	144	22	21	27	28	1.99
80389099--80389252	44	3.6	43	80	6	127	26	19	24	29	1.98
80389141--80389252	44	2.6	44	84	4	138	25	17	27	29	1.98
80391357--80391407	22	2.3	21	81	15	59	29	3	5	60	1.38
80391508--80391567	22	2.6	24	86	7	88	30	1	1	66	1.11
80391434--80391567	24	5.5	24	72	16	114	28	5	4	61	1.39
80396201--80396267	20	3.5	19	69	17	57	31	4	2	61	1.31
80396185--80396262	38	2.0	39	92	2	131	32	3	2	61	1.27
80397221--80397245	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
80400229--80400331	42	2.5	40	77	10	100	27	21	25	26	1.99
80408542--80408635	42	2.3	41	83	9	111	26	19	25	28	1.98
80415828--80415999	42	4.1	42	80	8	174	36	24	19	19	1.95
80417875--80417914	20	2.0	20	100	0	80	20	25	5	50	1.68
80420173--80420217	22	2.0	22	100	0	90	42	17	26	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80426478--80426738	46	5.6	47	77	12	211	24	26	19	29	1.98
80431400--80431575	47	3.7	47	88	1	237	32	9	31	27	1.88
80431694--80431772	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
80436206--80436257	20	2.6	20	84	0	77	26	26	28	17	1.97
80438323--80438466	46	3.1	46	73	14	143	29	27	20	22	1.98
80443727--80443947	46	4.8	46	81	5	257	27	29	21	22	1.99
80443727--80443952	93	2.4	93	85	3	287	26	29	21	22	1.99
80447923--80448092	45	3.9	44	74	13	147	24	17	27	31	1.97
80453216--80453400	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
80453216--80453400	40	4.7	40	80	7	216	25	27	22	24	2.00
80456580--80456640	7	8.7	7	81	13	63	19	0	40	39	1.52
80456589--80456640	21	2.5	21	90	0	86	19	0	40	40	1.51
80456821--80457130	123	2.5	122	87	4	430	35	14	23	25	1.93
80456848--80457211	123	3.0	124	83	3	353	34	14	25	25	1.94
80458474--80458515	5	8.4	5	100	0	84	40	19	0	40	1.51
80458813--80458861	15	3.1	17	80	14	59	10	24	16	48	1.76
80459623--80459679	28	2.1	27	80	9	62	33	8	1	56	1.41
80459906--80460268	105	3.4	105	92	2	584	34	5	4	55	1.43
80460546--80460664	9	13.0	9	75	13	91	48	14	0	36	1.49
80460526--80460633	56	1.9	56	88	0	162	50	13	0	35	1.49
80475845--80475951	26	4.2	26	92	5	173	35	24	7	32	1.83
80480736--80480851	27	4.3	26	85	5	142	37	23	22	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80480736--80480851	54	2.1	54	87	3	162	37	23	22	17	1.94
80482468--80482577	26	4.2	26	95	0	175	35	24	6	33	1.81
80485968--80486200	40	5.8	40	92	1	371	22	24	29	24	1.99
80492774--80492798	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
80495805--80495837	14	2.5	13	90	9	57	72	0	9	18	1.10
80497221--80497288	27	2.5	27	95	0	127	14	14	26	44	1.84
80505133--80505171	10	3.7	10	80	12	51	58	2	0	38	1.12
80506462--80506493	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
80508115--80508146	13	2.4	14	94	5	57	75	0	0	25	0.81
80511317--80511343	8	3.4	8	100	0	54	40	0	0	59	0.98
80515469--80515512	19	2.2	21	84	8	56	45	6	11	36	1.67
80517138--80517183	10	4.5	10	78	5	56	43	2	0	54	1.12
80518627--80518677	18	2.7	19	81	9	59	54	5	1	37	1.36
80518636--80518682	18	2.6	18	86	6	60	51	4	2	42	1.33
80522353--80522395	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
80527166--80527205	19	2.0	20	85	4	55	77	2	12	7	1.07
80528009--80528035	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
80529204--80529246	21	2.1	21	87	8	63	16	4	23	55	1.59
80533963--80533999	19	1.9	20	88	5	58	48	8	10	32	1.67
80541416--80541593	27	6.6	27	80	5	180	30	28	14	26	1.95
80541436--80541592	82	1.9	81	87	3	226	31	28	14	26	1.95
80549438--80549615	27	6.6	27	81	5	189	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80549458--80549614	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
80564881--80565015	40	3.4	40	95	0	243	20	18	30	30	1.97
80564881--80565039	80	2.0	80	86	2	221	22	20	28	28	1.98
80569596--80569780	40	4.7	40	79	6	198	25	22	26	25	2.00
80569652--80569813	79	2.1	79	81	6	186	27	19	26	25	1.99
80571124--80571441	126	2.5	126	91	1	514	27	16	16	38	1.90
80571302--80571782	240	2.0	237	93	2	829	35	16	11	36	1.85
80571856--80571897	22	1.9	22	100	0	84	42	14	0	42	1.45
80571878--80571952	34	2.2	35	85	2	98	46	13	0	40	1.43
80572003--80572081	35	2.3	34	82	2	86	44	25	2	27	1.67
80577858--80577919	30	2.1	30	82	17	76	29	16	8	46	1.75
80578080--80578150	25	2.8	25	82	0	88	32	16	23	26	1.96
80578092--80578184	25	3.7	26	76	13	79	32	20	23	23	1.98
80581753--80581877	42	3.0	42	79	6	137	43	17	23	16	1.88
80581753--80581814	21	3.0	21	75	0	52	43	17	24	14	1.86
80581790--80581925	63	2.2	63	81	5	150	42	16	22	18	1.88
80581980--80582046	24	2.8	24	90	0	107	20	29	7	41	1.80
80591460--80591506	25	1.9	25	86	4	69	25	23	14	36	1.93
80592349--80592389	18	2.3	18	86	0	55	14	39	26	19	1.90
80601995--80602042	20	2.4	21	82	10	64	29	0	27	43	1.55
80602227--80602283	5	11.4	5	100	0	114	40	0	0	59	0.97
80614672--80614714	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80615159--80615392	56	4.2	56	91	2	321	25	13	28	32	1.94
80615184--80615392	28	7.5	28	95	1	332	26	13	28	31	1.94
80622900--80622942	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
80623413--80623620	28	7.5	28	92	1	323	25	13	29	31	1.94
80627306--80627536	44	5.2	45	72	4	155	32	18	20	29	1.96
80627449--80627628	97	1.8	99	83	2	238	33	15	19	31	1.92
80627548--80627655	43	2.5	43	82	7	123	32	15	18	33	1.93
80627679--80627786	44	2.5	44	84	3	128	32	22	16	28	1.96
80627816--80628060	44	5.5	44	72	6	129	31	16	20	31	1.94
80627822--80628061	132	1.8	133	81	6	299	31	16	20	32	1.94
80628582--80628609	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
80629608--80629684	24	3.2	24	88	0	109	35	3	40	20	1.71
80631115--80631226	27	4.2	26	85	7	143	16	24	23	36	1.94
80631115--80631226	54	2.1	54	89	3	172	16	24	23	36	1.94
80632747--80632800	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
80633049--80633184	49	2.7	51	86	2	195	27	18	25	29	1.98
80645155--80645210	9	6.4	9	82	10	55	82	0	16	1	0.76
80645153--80645212	20	2.8	20	82	9	66	83	0	15	1	0.73
80645153--80645213	22	2.9	21	80	17	65	81	0	14	3	0.80
80646082--80646263	44	4.1	44	75	8	181	29	17	24	28	1.97
80646253--80646846	119	5.0	119	95	0	1017	33	17	18	29	1.94
80646770--80647198	83	5.1	83	95	1	759	33	19	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80652644--80652685	11	3.7	11	79	17	50	69	2	0	28	1.01
80654093--80654123	11	2.7	12	90	10	55	45	12	0	41	1.42
80654093--80654127	11	3.2	11	92	8	54	45	11	0	42	1.40
80658329--80658631	152	2.0	151	93	3	520	43	15	14	26	1.85
80660684--80660967	47	6.1	47	92	1	419	32	9	30	27	1.89
80660684--80660967	139	2.0	141	88	1	419	32	9	30	27	1.89
80661084--80661161	37	2.1	37	86	6	106	25	17	30	25	1.97
80663167--80663237	8	8.5	8	77	11	63	32	0	2	64	1.08
80663160--80663213	15	3.6	15	87	0	63	33	0	1	64	1.04
80663180--80663235	9	6.3	9	78	14	55	28	0	1	69	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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