genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  300  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99575174--99575319	31	4.7	31	94	0	249	28	16	26	28	1.97
99576226--99576381	27	5.8	27	72	6	91	42	18	14	25	1.87
99576215--99576345	54	2.4	54	84	0	154	41	19	14	25	1.89
99579575--99579666	34	2.7	35	76	10	91	31	19	23	25	1.98
99591888--99592045	18	8.8	18	75	18	91	37	10	14	37	1.80
99591908--99592033	18	7.5	15	76	20	92	38	9	15	37	1.80
99591895--99592045	35	4.2	35	87	5	205	37	10	13	37	1.80
99591887--99592045	53	2.9	53	89	4	239	37	10	14	37	1.80
99591889--99592053	17	9.3	19	81	11	109	38	9	14	36	1.79
99595226--99595250	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
99597778--99597820	15	2.8	16	85	3	61	86	0	13	0	0.58
99597778--99597826	12	4.2	11	80	19	55	85	0	12	2	0.68
99597778--99597826	15	3.2	14	80	11	53	85	0	12	2	0.68
99597778--99597826	21	2.4	21	83	10	57	85	0	12	2	0.68
99597778--99597826	24	2.0	24	84	7	64	85	0	12	2	0.68
99598783--99598924	44	3.3	44	67	9	139	30	21	21	26	1.98
99598773--99599145	85	4.4	84	84	8	465	30	21	22	25	1.99
99599025--99599146	43	2.9	41	72	15	115	31	20	23	24	1.98
99599270--99600189	207	4.5	207	93	0	1511	29	17	23	29	1.97
99599270--99600189	413	2.2	413	91	0	1518	29	17	23	29	1.97
99600554--99600695	18	7.8	18	88	4	198	35	11	15	37	1.83
99600554--99600695	35	3.9	37	86	8	202	35	11	15	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99600554--99600695	53	2.6	54	94	3	250	35	11	15	37	1.83
99609782--99609894	48	2.4	46	79	16	124	55	2	1	39	1.24
99609800--99609894	49	1.9	50	89	6	149	56	1	2	40	1.18
99612312--99612351	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
99612413--99612550	27	5.1	26	89	4	159	35	23	23	18	1.95
99612413--99612552	54	2.6	54	87	2	183	36	22	22	17	1.95
99614168--99614269	26	3.9	26	96	0	159	37	25	3	33	1.74
99618224--99618360	27	5.1	27	84	7	156	34	24	22	18	1.96
99632374--99632407	13	2.6	13	90	0	50	55	2	0	41	1.15
99632427--99632460	17	2.0	17	88	0	50	47	0	2	50	1.16
99633835--99633928	40	2.4	39	84	5	118	38	36	10	14	1.81
99654941--99655434	257	1.9	256	90	2	778	38	13	19	28	1.90
99655889--99656024	26	5.2	26	97	0	245	34	5	23	36	1.79
99657466--99657541	26	2.8	26	86	4	89	35	19	13	31	1.90
99657646--99657783	27	5.1	27	83	2	143	18	22	23	36	1.95
99661757--99661866	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
99663487--99663623	27	5.1	27	86	4	170	18	23	23	35	1.96
99663486--99663623	54	2.6	54	87	4	190	18	23	23	35	1.95
99663685--99663724	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
99666139--99666232	48	1.9	49	87	8	138	39	2	1	57	1.18
99666146--99666250	48	2.2	45	78	17	113	40	1	2	55	1.26
99667299--99667332	14	2.5	14	90	4	52	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99672957--99673012	21	2.6	21	76	23	55	69	0	19	10	1.17
99683973--99684311	27	12.6	27	78	7	260	30	8	21	39	1.82
99694840--99695216	193	2.0	193	89	1	585	27	27	13	32	1.93
99698062--99698158	28	3.5	27	80	2	86	19	23	21	35	1.96
99698059--99698171	27	4.2	26	83	8	127	17	23	22	37	1.94
99698059--99698171	55	2.1	54	85	5	147	17	23	22	37	1.94
99699937--99700079	71	2.0	71	91	0	232	30	16	13	38	1.88
99702176--99702216	18	2.2	17	87	12	55	70	4	0	24	1.06
99702173--99702217	20	2.3	20	88	7	67	68	4	0	26	1.08
99704046--99704084	20	2.0	20	94	0	69	38	5	5	51	1.46
99704397--99704478	41	2.0	41	97	0	155	15	21	10	51	1.75
99707694--99707870	86	2.1	86	93	0	309	36	9	20	32	1.85
99709137--99709171	17	2.1	17	94	0	61	28	17	28	25	1.97
99722628--99722671	22	2.0	22	82	8	54	47	6	34	11	1.66
99725490--99725551	18	3.4	18	79	16	58	30	0	0	69	0.89
99725499--99725534	14	2.5	14	90	4	54	30	0	0	69	0.89
99725510--99725551	15	2.9	14	86	13	50	28	0	0	71	0.86
99727388--99727482	50	1.9	50	91	6	158	41	2	2	54	1.24
99727967--99728027	27	2.3	27	91	5	99	44	8	6	40	1.60
99727967--99728035	27	2.6	27	86	6	79	40	8	7	43	1.63
99728077--99728110	14	2.4	14	85	0	50	41	8	8	41	1.67
99730024--99730049	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99730833--99730915	41	2.0	41	97	0	157	20	19	33	26	1.96
99730848--99730916	21	3.3	21	66	11	61	18	17	36	27	1.94
99742713--99742737	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
99745255--99745300	18	2.6	18	89	3	67	21	30	36	10	1.88
99759291--99759348	24	2.4	25	83	13	68	18	0	43	37	1.51
99759302--99759372	22	3.2	22	72	16	65	18	1	42	38	1.59
99759305--99759379	21	3.4	21	78	14	64	18	2	41	37	1.65
99759525--99759569	7	6.4	7	84	0	54	24	0	24	51	1.49
99759525--99759569	14	3.2	14	87	0	63	24	0	24	51	1.49
99759533--99759578	21	2.2	21	88	0	65	26	0	28	45	1.54
99759948--99759987	13	2.9	13	85	7	53	80	0	0	20	0.72
99766963--99767011	19	2.7	17	81	9	53	24	2	2	71	1.07
99766963--99767011	17	2.7	18	84	6	55	24	2	2	71	1.07
99767829--99767912	41	2.0	41	100	0	168	42	16	11	28	1.84
99770243--99770272	6	4.8	6	95	4	51	46	0	0	53	1.00
99774383--99774411	15	1.9	15	100	0	58	27	62	0	10	1.28
99778163--99778212	20	2.5	20	100	0	100	36	20	16	28	1.93
99780430--99780483	23	2.4	23	87	3	74	74	7	7	11	1.23
99780430--99780494	11	5.8	12	80	12	75	73	6	7	12	1.23
99781398--99781447	21	2.4	21	86	6	66	80	4	16	0	0.87
99781398--99781465	5	13.0	5	75	17	59	77	2	16	2	1.00
99781409--99781465	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99781513--99781543	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
99785128--99785159	6	5.3	6	100	0	64	15	50	0	34	1.45
99787799--99787843	24	1.9	24	86	4	65	22	4	0	73	1.01
99787799--99787858	24	2.5	24	81	5	59	21	5	3	70	1.22
99787908--99788170	3	90.3	3	68	14	115	27	5	2	64	1.28
99788012--99788121	44	2.4	44	80	8	114	30	3	0	64	1.17
99787994--99788156	49	3.3	48	78	13	138	27	4	1	66	1.21
99790517--99790720	99	2.1	99	97	1	383	25	7	19	47	1.76
99797851--99797894	24	1.9	24	86	9	65	36	9	2	52	1.46
99800934--99800958	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
99801774--99801807	14	2.4	14	90	0	50	41	11	14	32	1.82
99802297--99802337	18	2.3	18	83	8	57	73	9	0	17	1.09
99802340--99802409	23	3.1	23	76	15	74	65	7	7	20	1.41
99802327--99802491	44	3.8	41	78	13	152	63	10	8	16	1.50
99802297--99802400	21	5.1	20	72	13	70	68	10	3	17	1.34
99802377--99802477	48	2.1	48	87	5	143	66	9	9	13	1.45
99802383--99802477	46	2.1	45	86	7	129	65	10	9	14	1.47
99805724--99805752	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
99811651--99811713	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
99811743--99811785	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
99815395--99815466	36	2.0	36	97	0	135	25	34	8	31	1.85
99816209--99816259	26	2.0	26	92	0	84	43	13	9	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99816214--99816266	26	2.2	24	83	12	65	41	15	11	32	1.82
99817739--99817767	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
99818479--99818526	20	2.5	20	80	10	55	50	6	2	41	1.39
99820040--99820084	11	4.2	11	80	5	56	51	0	2	46	1.13
99825961--99826013	22	2.3	23	84	9	74	54	0	1	43	1.11
99826452--99826492	18	2.2	19	86	4	57	53	0	0	46	1.00
99828248--99828287	5	7.8	5	94	5	71	82	0	0	17	0.67
99830115--99830571	138	3.3	138	86	3	614	27	18	19	34	1.95
99830180--99830750	44	12.6	44	69	12	237	28	17	19	33	1.95
99830546--99830801	138	1.9	138	88	0	386	29	16	20	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344