genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64204892--64204917	10	2.6	10	100	0	52	19	0	7	73	1.07
64205057--64205109	19	2.9	18	74	17	56	39	1	0	58	1.09
64218918--64219075	78	2.0	78	100	0	316	48	10	7	34	1.65
64222433--64222466	18	1.9	18	88	5	52	35	5	14	44	1.70
64224455--64224716	29	9.3	28	73	14	184	37	22	16	23	1.93
64224504--64224716	55	3.8	55	83	4	239	38	22	16	22	1.93
64224511--64224728	84	2.6	85	78	12	225	37	22	16	23	1.94
64229225--64229354	65	2.0	65	98	0	251	36	20	2	41	1.65
64230944--64231003	28	2.2	26	77	11	66	28	28	10	33	1.89
64230951--64231029	28	2.8	28	86	0	113	29	26	11	32	1.91
64235136--64235191	11	5.6	10	79	12	62	35	10	17	35	1.85
64235153--64235204	20	2.5	22	87	12	83	36	13	17	32	1.89
64235237--64235305	25	2.8	25	93	2	113	24	27	21	26	1.99
64235524--64235636	30	3.7	31	95	2	196	28	15	27	28	1.96
64241302--64241508	103	2.0	103	97	1	389	33	15	13	38	1.86
64247448--64247598	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
64249505--64249680	46	3.8	46	79	10	196	30	28	19	21	1.97
64255479--64255630	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
64255479--64255630	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
64263510--64263661	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
64263510--64263661	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
64266652--64266827	68	2.6	68	79	12	184	21	28	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64273482--64273605	52	2.4	52	89	2	196	32	37	13	16	1.87
64275150--64275265	53	2.2	53	100	0	232	22	25	26	25	2.00
64275150--64275281	53	2.5	53	93	2	194	21	27	27	23	1.99
64275562--64275596	17	2.1	17	100	0	70	45	5	17	31	1.71
64280359--64280437	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
64280558--64280934	47	7.9	47	95	1	601	29	30	8	31	1.87
64283617--64283647	16	1.9	16	93	0	53	38	12	6	41	1.69
64283865--64284054	56	3.4	56	91	0	281	31	25	14	28	1.94
64291670--64291803	43	3.1	41	79	11	153	29	15	23	30	1.96
64297169--64297347	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
64297171--64297326	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
64297167--64297347	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
64305736--64305786	26	2.0	26	100	0	102	23	3	31	41	1.73
64307893--64307947	21	2.6	21	77	13	58	32	5	0	61	1.19
64307842--64307982	41	3.4	40	69	18	110	34	3	1	60	1.22
64311137--64311258	22	5.3	22	63	21	61	26	29	10	33	1.90
64311109--64311593	47	10.3	47	90	2	717	26	30	10	32	1.90
64311130--64311587	141	3.2	141	96	1	830	25	30	11	32	1.91
64312701--64312820	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
64323593--64324165	44	13.0	44	84	2	722	31	14	26	27	1.95
64325994--64326054	20	3.0	20	72	15	54	36	1	3	59	1.24
64349572--64349667	42	2.3	43	81	5	115	27	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64350924--64350961	20	1.9	20	94	0	67	36	7	10	44	1.68
64353754--64353796	22	1.9	23	85	4	61	46	9	20	23	1.79
64364540--64364598	15	4.0	15	77	2	66	57	18	13	10	1.64
64364541--64364597	30	1.9	29	89	3	87	56	19	14	10	1.67
64367017--64367190	46	3.8	46	79	13	221	31	29	18	21	1.97
64367026--64367195	93	1.8	93	98	0	331	30	28	19	21	1.98
64369909--64369949	16	2.6	16	81	14	50	14	12	0	73	1.11
64380835--64380874	13	3.1	13	82	10	55	15	17	15	52	1.75
64383983--64384079	48	2.0	47	86	2	131	28	8	21	41	1.82
64384023--64384394	91	4.1	91	91	0	591	29	7	19	43	1.79
64390786--64391123	48	7.0	48	96	0	604	35	6	26	31	1.81
64391264--64391366	37	2.8	37	89	0	161	24	21	30	24	1.99
64402848--64402981	43	3.1	44	83	7	184	23	17	29	28	1.97
64403251--64403443	38	5.1	38	82	3	203	23	20	24	31	1.98
64403251--64403443	76	2.5	75	81	6	235	23	20	24	31	1.98
64403441--64403563	45	2.7	45	87	0	174	21	18	28	30	1.97
64405258--64405322	25	2.6	25	83	9	71	27	20	30	21	1.98
64407900--64407950	13	4.0	13	76	2	50	45	7	0	47	1.32
64414655--64414797	27	5.3	27	86	5	173	28	22	8	40	1.83
64414655--64414790	53	2.5	53	88	3	184	28	22	8	40	1.82
64414801--64414897	27	3.6	27	91	2	124	43	21	8	26	1.81
64414826--64415045	27	8.1	27	80	5	165	40	17	9	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64414828--64414978	81	1.9	81	81	2	187	40	19	9	29	1.84
64414796--64414940	54	2.7	53	83	2	182	37	17	13	31	1.88
64415969--64416038	25	2.8	24	86	4	95	24	24	24	27	2.00
64415968--64416051	25	3.4	24	80	8	89	27	21	23	27	1.99
64416186--64416273	42	2.1	42	95	0	158	34	14	17	34	1.90
64416301--64416382	30	2.7	30	90	3	121	28	19	25	26	1.99
64418612--64418777	27	6.2	27	87	1	217	31	24	5	38	1.78
64418612--64418777	81	2.1	80	89	1	251	31	24	5	38	1.78
64418813--64418936	27	4.6	27	85	3	169	40	22	8	29	1.82
64418780--64418935	54	2.9	54	82	3	163	39	20	10	29	1.87
64418813--64418989	81	2.2	81	80	9	191	41	20	7	29	1.81
64418838--64419024	27	6.9	27	76	11	96	40	19	9	31	1.82
64418785--64419044	108	2.4	106	77	6	254	40	20	10	29	1.85
64419952--64420021	25	2.8	24	93	4	113	24	25	24	25	2.00
64420169--64420302	42	3.2	42	96	2	243	32	13	20	34	1.91
64420326--64420470	31	4.7	31	93	2	240	28	16	25	28	1.97
64420326--64420470	61	2.4	61	91	4	231	28	16	25	28	1.97
64423037--64423067	12	2.6	12	94	0	53	6	45	22	25	1.76
64424301--64424355	29	1.9	29	92	3	94	30	27	20	21	1.98
64429335--64429371	11	3.5	11	78	14	51	75	0	21	2	0.92
64429331--64429369	20	2.0	20	100	0	78	76	0	20	2	0.90
64429408--64429476	35	2.0	35	91	0	111	15	7	18	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64430192--64430326	44	3.1	42	78	11	139	22	14	27	36	1.92
64430206--64430327	42	2.8	43	86	6	149	22	15	27	34	1.95
64432950--64433121	79	2.2	80	91	3	276	25	20	27	26	1.99
64432897--64433121	40	5.7	40	83	5	278	25	21	27	25	2.00
64441273--64441333	30	2.0	30	96	0	113	42	39	1	16	1.58
64443049--64443168	46	2.6	46	100	0	240	30	30	20	19	1.97
64448891--64448932	21	2.0	21	85	0	57	19	16	42	21	1.89
64454718--64454878	80	2.0	80	100	0	322	27	21	21	30	1.98
64470708--64470915	100	2.1	101	82	5	251	31	10	17	39	1.84
64470707--64470916	50	4.2	50	78	6	192	31	10	17	40	1.84
64479072--64479144	27	2.7	28	87	6	105	36	24	10	27	1.89
64479128--64479341	27	7.9	27	86	2	286	32	21	21	24	1.98
64479101--64479331	54	4.3	52	79	9	207	32	21	20	24	1.97
64479329--64479395	26	2.6	27	76	7	75	26	16	22	34	1.95
64479336--64479385	26	1.9	26	91	0	82	30	14	22	34	1.93
64481618--64481681	31	2.1	31	96	0	119	48	12	9	29	1.72
64482818--64483274	46	10.0	46	90	0	630	21	24	14	40	1.90
64486859--64486889	14	2.2	14	100	0	62	48	16	0	35	1.46
64487169--64487219	25	2.0	25	92	0	84	47	21	15	15	1.83
64489124--64489350	48	4.8	48	72	10	200	27	21	23	27	1.99
64492256--64492426	41	4.2	41	91	0	263	52	6	20	20	1.68
64494290--64494323	17	2.0	17	94	0	59	50	0	20	29	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64494292--64494332	17	2.4	17	87	0	55	56	0	12	31	1.36
64495177--64495344	43	3.9	43	77	7	144	27	15	23	32	1.95
64502617--64503107	206	2.4	204	90	3	743	30	21	17	30	1.96
64511184--64511233	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
64514061--64514281	40	5.6	39	91	2	300	27	28	19	25	1.99
64514064--64514320	40	6.5	40	87	4	267	26	28	19	24	1.99
64521659--64521921	40	6.6	40	87	3	316	26	27	20	25	1.99
64531711--64531774	24	2.7	24	87	0	83	28	28	37	6	1.81
64531792--64531830	18	2.2	18	90	9	62	20	15	5	58	1.55
64539165--64539216	16	3.2	16	76	10	52	51	11	7	28	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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