genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  43  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14314481--14314554	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
14314864--14315006	40	3.6	40	86	3	180	24	22	27	25	2.00
14318755--14319043	47	6.1	47	88	5	411	31	8	31	28	1.88
14318755--14319043	142	2.0	143	89	2	447	31	8	31	28	1.88
14319162--14319231	35	2.0	36	88	2	106	22	20	30	27	1.98
14323537--14323585	20	2.5	20	93	6	82	55	2	20	22	1.54
14327851--14327889	12	3.2	12	85	0	51	17	20	7	53	1.68
14343182--14343220	20	1.9	21	89	5	62	41	20	0	38	1.53
14352067--14352111	22	2.0	22	82	0	54	31	17	8	42	1.80
14352456--14352495	17	2.3	18	84	16	57	37	15	0	47	1.45
14359690--14359750	24	2.5	24	89	5	88	32	27	16	22	1.96
14363243--14363500	40	6.5	40	91	2	369	24	24	27	24	2.00
14365286--14365325	17	2.3	18	84	16	57	37	15	0	47	1.45
14373083--14373573	47	10.4	47	94	0	820	32	8	29	29	1.87
14373087--14373573	237	2.1	237	94	0	843	32	8	29	29	1.87
14373692--14373770	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
14375677--14375750	29	2.6	29	89	4	105	22	16	35	25	1.95
14376060--14376179	40	3.2	37	78	16	122	25	22	25	26	2.00
14376121--14376251	40	3.3	40	83	0	154	23	22	28	25	1.99
14379787--14380279	47	10.4	47	93	1	806	32	8	29	29	1.87
14379787--14380279	143	3.5	141	92	2	815	32	8	29	29	1.87
14380398--14380476	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14382093--14382123	15	2.1	15	93	0	53	35	35	6	22	1.80
14382832--14382877	22	2.1	22	84	8	58	34	17	6	41	1.75
14383016--14383133	51	2.2	52	82	7	132	39	22	20	17	1.92
14384166--14384195	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
14384461--14384491	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
14387676--14387783	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
14390484--14390515	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
14394709--14394794	26	3.3	26	93	0	154	33	6	24	34	1.82
14401870--14401898	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
14403818--14403852	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
14409812--14409870	21	2.8	21	85	12	68	32	3	1	62	1.21
14410180--14410264	30	2.8	30	78	7	91	48	1	9	41	1.43
14410848--14410918	32	2.2	32	85	5	90	64	5	2	26	1.29
14411884--14411913	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
14412400--14412449	16	3.1	16	81	16	59	52	0	20	28	1.47
14418743--14418895	37	4.1	37	91	0	252	24	30	18	26	1.98
14435397--14435564	40	4.2	40	80	9	141	27	26	20	24	1.99
14435432--14435617	80	2.3	80	83	9	220	28	26	20	23	1.99
14435434--14435617	40	4.6	40	83	7	196	28	26	21	23	1.99
14437728--14437880	37	4.1	37	94	0	270	24	30	18	25	1.98
14437999--14438448	47	9.6	47	90	3	701	29	29	8	33	1.86
14437999--14438448	96	4.8	96	90	4	731	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14437999--14438448	186	2.4	187	94	2	780	29	29	8	33	1.86
14443053--14443181	46	2.8	46	84	3	152	23	16	27	33	1.95
14443053--14443181	47	2.8	46	85	1	159	23	16	27	33	1.95
14449891--14449951	31	2.0	31	90	0	95	36	26	26	11	1.90
14452238--14452475	47	5.1	47	90	1	325	33	10	29	26	1.90
14452286--14452363	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
14452311--14452385	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
14452449--14452539	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
14452885--14453031	72	2.0	72	100	0	294	31	13	21	33	1.92
14457278--14457349	36	2.0	36	97	0	135	27	15	18	38	1.90
14459927--14459966	14	2.9	14	88	0	62	30	12	20	37	1.89
14459947--14460039	14	6.6	14	78	2	87	36	18	12	32	1.89
14459928--14460038	28	3.9	28	78	2	96	35	17	14	33	1.90
14461349--14461418	35	2.0	35	94	0	122	35	27	12	24	1.92
14466444--14466606	85	1.9	86	83	3	213	31	19	17	31	1.95
14470057--14470108	27	2.0	27	84	3	70	57	7	1	32	1.38
14472303--14472362	24	2.2	28	83	16	74	63	6	0	30	1.20
14472347--14472420	28	2.6	28	85	6	87	67	8	5	18	1.36
14472359--14472420	29	2.2	28	85	2	79	67	8	6	17	1.37
14473689--14473881	86	2.3	86	97	0	361	30	15	14	39	1.87
14473869--14473914	16	2.8	16	76	3	56	45	19	2	32	1.62
14480875--14480926	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14481370--14481442	35	2.1	34	87	2	101	36	15	9	38	1.80
14482621--14482692	14	4.7	15	78	10	67	59	2	2	34	1.26
14482610--14482692	14	6.0	14	71	20	59	59	2	2	36	1.24
14482820--14482858	16	2.4	16	79	12	53	69	2	0	28	1.02
14482823--14482861	15	2.5	15	91	4	60	66	2	0	30	1.05
14482826--14482896	37	1.9	37	86	11	101	61	1	2	33	1.19
14482829--14482896	13	5.2	13	80	19	72	61	1	2	33	1.20
14484349--14484389	21	2.0	21	90	0	64	36	14	7	41	1.74
14486326--14486369	18	2.4	18	84	0	61	45	20	6	27	1.76
14486575--14486607	17	2.1	16	88	11	50	51	6	3	39	1.42
14487313--14487349	18	2.1	18	94	0	65	32	13	10	43	1.79
14488148--14488209	19	3.0	21	79	13	67	40	1	0	58	1.08
14488142--14488208	32	2.1	31	83	8	82	41	1	0	56	1.08
14488434--14488499	31	2.1	31	86	5	89	37	16	4	40	1.69
14493127--14493391	145	1.8	145	90	1	433	45	20	4	29	1.72
14493374--14493402	6	4.8	6	100	0	58	68	17	0	13	1.20
14494008--14494062	22	2.5	23	79	8	69	43	0	1	54	1.10
14496111--14496136	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
14496616--14496658	17	2.5	17	76	3	50	65	0	0	34	0.93
14502650--14502753	26	4.0	26	92	0	172	32	6	24	36	1.81
14509760--14509863	26	4.0	26	93	0	181	32	7	24	35	1.84
14513786--14513950	77	2.1	77	93	2	278	55	7	10	26	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14515952--14516147	44	4.4	44	71	12	157	27	19	22	30	1.98
14515897--14516196	135	2.2	135	88	2	460	26	20	21	32	1.97
14516290--14516420	45	2.9	45	79	4	140	27	25	18	29	1.98
14516819--14516924	46	2.3	46	85	4	151	23	26	16	33	1.95
14528842--14528998	78	2.0	77	95	1	278	58	8	8	24	1.56
14529225--14529274	25	2.0	25	96	0	91	52	18	4	26	1.63
14530592--14530621	15	1.9	16	93	6	53	10	0	33	56	1.32
14534585--14534624	18	2.3	18	91	4	64	75	2	0	22	0.93
14538658--14538695	18	2.1	19	90	5	60	18	2	0	78	0.86
14538879--14538927	22	2.2	22	81	0	62	57	6	14	22	1.59
14543982--14544043	31	2.0	31	100	0	124	64	3	6	25	1.33
14545560--14545605	14	3.4	14	74	14	51	52	4	4	39	1.41
14552683--14552764	26	3.2	26	96	0	146	28	8	29	34	1.87
14557793--14558012	110	2.0	110	96	0	404	20	27	17	34	1.95
14576735--14576873	55	2.5	54	80	4	154	29	32	25	12	1.93
14580764--14580796	11	2.8	12	86	9	50	54	24	0	21	1.45
14586051--14586088	18	2.1	18	95	0	67	50	28	5	15	1.66
14588184--14588234	25	2.0	25	96	0	93	56	1	23	17	1.51
14589161--14589201	21	2.0	21	85	0	55	12	36	29	21	1.90
14590395--14590427	9	3.7	9	100	0	66	9	24	0	66	1.20
14601245--14601378	50	2.8	49	73	18	127	40	3	3	52	1.37
14603292--14603354	28	2.2	30	82	5	76	39	11	3	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14610437--14610482	19	2.5	18	82	6	56	47	10	2	39	1.51
14615890--14615923	17	2.0	17	88	0	50	26	11	17	44	1.83
14616001--14616037	18	2.1	18	94	0	65	29	21	13	35	1.92
14617348--14617372	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
14617643--14617709	21	3.1	21	72	18	66	38	0	1	59	1.06
14617642--14617709	22	3.1	22	74	19	79	38	0	1	60	1.06
14617686--14617718	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
14618060--14618171	58	2.0	57	88	8	169	55	1	2	40	1.24
14619079--14619114	18	2.1	18	90	10	58	55	5	16	22	1.62
14620961--14621040	40	2.0	40	100	0	160	27	22	12	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344