genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72626512--72626659	48	3.1	48	91	0	233	30	24	8	37	1.84
72628106--72628149	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
72633211--72633467	46	5.7	44	74	14	186	23	28	19	28	1.98
72633299--72633470	92	1.9	92	87	4	258	23	28	19	28	1.98
72646135--72646322	45	4.1	46	85	4	238	27	29	9	32	1.89
72646135--72646322	89	2.1	91	85	4	254	27	29	9	32	1.89
72658689--72658836	48	3.1	48	91	0	233	30	24	8	37	1.84
72660285--72660328	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
72665455--72665718	47	5.6	45	76	11	185	23	28	18	29	1.98
72665502--72665718	46	4.6	46	78	8	190	23	29	18	29	1.98
72665548--72665721	94	1.9	92	85	7	244	22	29	19	28	1.98
72671367--72671403	18	2.1	18	100	0	74	59	0	16	24	1.37
72688641--72688950	47	6.6	48	72	14	206	28	19	27	25	1.98
72697213--72698241	515	2.0	515	100	0	2058	27	17	23	31	1.97
72709608--72709681	6	11.8	6	91	5	103	13	14	2	68	1.31
72733514--72733557	12	3.7	12	93	0	79	27	31	0	40	1.56
72734197--72734258	15	3.9	15	76	14	61	66	3	1	29	1.17
72734201--72734275	34	2.2	35	85	7	109	64	2	2	30	1.21
72739160--72739293	67	2.0	67	94	0	232	39	17	24	17	1.92
72743599--72743640	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
72744826--72744882	30	1.9	29	86	10	80	22	35	26	15	1.94
72753261--72753291	3	10.7	3	93	6	55	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72759846--72759894	17	2.9	17	81	9	64	61	2	2	34	1.19
72762536--72762631	40	2.4	41	84	6	117	30	16	27	26	1.97
72763713--72763765	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
72765245--72765309	32	2.0	32	96	0	121	38	23	6	32	1.79
72770156--72770186	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
72771371--72771409	15	2.6	15	100	0	78	23	33	23	20	1.97
72771798--72771850	26	2.0	26	82	7	63	26	11	20	41	1.86
72773330--72773394	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
72775356--72775394	19	2.2	17	86	9	51	61	2	2	33	1.23
72775356--72775395	18	2.2	19	86	4	55	62	2	2	32	1.22
72783014--72783045	9	3.6	9	100	0	64	21	0	0	78	0.76
72784538--72784570	15	2.2	15	94	0	57	21	0	3	75	0.93
72785120--72785157	19	2.0	19	89	0	58	34	18	7	39	1.80
72791766--72792194	45	9.4	45	72	8	168	32	17	18	31	1.95
72791955--72792193	89	2.7	89	88	1	345	31	17	19	32	1.95
72791951--72792201	45	5.6	44	79	2	261	31	16	19	32	1.95
72791810--72792426	323	1.9	323	86	2	871	32	17	18	31	1.94
72793811--72793842	12	2.8	11	90	9	55	25	0	9	65	1.22
72798826--72798936	22	5.0	22	78	0	87	42	18	23	15	1.88
72801446--72801572	47	2.7	47	92	0	218	30	21	11	36	1.89
72806632--72806657	12	2.2	12	100	0	52	23	23	26	26	2.00
72807656--72807705	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72812295--72812344	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
72813818--72813865	19	2.5	19	81	18	64	56	4	6	33	1.44
72813837--72813879	21	2.1	20	83	12	52	55	6	4	32	1.47
72814050--72814092	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
72814906--72814965	17	3.5	17	71	15	61	3	5	16	75	1.12
72831010--72831066	22	2.7	21	73	15	55	21	42	24	12	1.87
72836241--72836478	131	1.8	132	81	4	302	29	21	15	32	1.95
72836371--72836714	131	2.6	129	79	5	336	25	19	18	36	1.94
72836497--72836746	129	1.9	128	81	6	299	25	16	19	38	1.92
72838321--72838372	17	3.1	16	75	8	50	61	0	7	30	1.24
72840918--72840954	15	2.6	14	86	4	56	67	0	32	0	0.91
72844279--72844431	78	2.0	78	94	2	272	31	18	18	31	1.95
72846216--72846281	12	5.4	12	75	10	53	34	4	0	60	1.17
72846434--72846506	10	7.2	10	71	18	53	32	5	1	60	1.28
72858384--72858788	44	9.5	44	85	7	507	30	13	27	27	1.94
72858580--72858642	32	2.0	32	100	0	126	25	19	30	25	1.98
72858536--72858684	76	2.0	76	98	0	289	26	17	28	26	1.98
72858492--72858729	120	2.0	120	93	0	404	29	15	27	27	1.96
72858450--72858754	164	1.9	164	90	0	493	29	15	26	28	1.96
72858404--72858788	208	1.9	208	87	3	569	29	14	27	28	1.95
72860407--72860443	12	3.0	12	84	7	56	35	5	0	59	1.20
72860601--72860673	10	7.2	10	73	18	62	34	5	0	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72867408--72867453	22	2.1	22	95	0	83	28	26	2	43	1.66
72869482--72869517	18	2.0	18	100	0	72	16	33	27	22	1.95
72872563--72872792	76	3.0	74	88	4	318	56	8	6	29	1.54
72875114--72875334	105	2.2	98	87	7	318	51	16	0	31	1.45
72875182--72875233	23	2.3	22	75	12	52	59	17	0	23	1.37
72875114--72875367	98	2.5	101	86	8	331	51	16	0	31	1.47
72875568--72875680	58	1.9	59	85	7	158	49	14	3	32	1.60
72875852--72875912	20	3.0	19	73	17	52	0	29	0	70	0.88
72876218--72876255	18	2.1	18	100	0	76	52	10	10	26	1.68
72889135--72889172	19	2.0	20	89	5	60	26	7	0	65	1.19
72931430--72931465	5	7.2	5	100	0	72	77	0	0	22	0.76
72933042--72933091	15	3.3	15	79	17	59	38	4	0	58	1.17
72946653--72946692	21	2.0	20	85	5	53	47	27	0	25	1.52
72971008--72971050	23	1.9	23	85	4	61	46	25	4	23	1.71
72971811--72971967	43	3.7	43	80	12	180	29	24	19	25	1.98
72971811--72971980	86	2.0	84	85	5	209	31	24	18	24	1.98
72983546--72983738	40	4.8	40	90	1	289	22	21	30	25	1.99
72996984--72997034	26	2.0	26	88	0	75	39	19	15	25	1.91
73000844--73000985	41	3.5	41	81	2	162	32	16	29	21	1.95
73000917--73000983	21	3.2	21	65	12	57	28	17	31	22	1.97
73008036--73008068	13	2.5	13	95	0	57	27	33	18	21	1.96
73010105--73010160	28	2.0	28	100	0	112	46	10	0	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73011133--73011247	58	2.0	58	98	0	221	24	20	15	40	1.91
73019643--73019724	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
73022924--73022954	12	2.6	12	94	0	53	12	25	48	12	1.77
73027826--73027933	26	4.2	26	93	0	189	31	7	25	35	1.84
73035676--73035708	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
73040415--73040497	43	1.9	43	97	0	157	33	7	14	44	1.73
73040427--73040515	43	2.1	42	85	8	117	37	7	13	41	1.74
73041549--73041760	46	4.6	46	79	8	209	27	19	30	22	1.98
73052027--73052298	46	5.8	48	73	11	199	26	19	29	23	1.98
73053407--73053514	51	2.1	51	89	0	162	19	25	31	24	1.98
73053407--73053535	51	2.5	51	82	2	116	18	25	32	23	1.97
73055292--73055511	47	4.7	48	76	6	177	26	19	30	23	1.98
73058201--73058328	46	2.8	46	92	0	211	21	21	28	29	1.98
73065260--73065435	46	3.8	46	77	12	198	22	20	28	28	1.98
73065257--73065427	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
73072453--73072616	46	3.5	45	80	10	163	29	20	28	22	1.98
73073813--73073851	21	1.9	21	89	5	62	10	33	30	25	1.89
73079204--73079344	32	4.3	33	71	11	101	41	1	3	53	1.27
73085088--73085176	29	3.3	29	68	20	84	41	13	2	42	1.56
73086017--73086042	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
73088274--73088396	25	5.0	25	77	7	101	23	23	20	32	1.98
73091126--73091175	24	2.1	24	96	0	91	36	4	20	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73091126--73091164	14	3.1	14	72	27	50	35	5	20	38	1.75
73092690--73092761	29	2.4	30	77	11	76	40	20	1	37	1.62
73093297--73093337	18	2.2	19	86	4	57	4	12	7	75	1.16
73106222--73107001	75	10.1	75	85	8	946	32	16	17	32	1.93
73106222--73107001	148	5.1	150	85	7	928	32	16	17	32	1.93
73107348--73107420	29	2.4	31	80	11	89	39	20	1	38	1.61
73107874--73107916	20	2.1	21	86	4	61	4	11	6	76	1.13
73108763--73108798	18	1.9	19	88	5	56	38	0	2	58	1.13
73109797--73109850	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
73109787--73109885	30	3.3	30	95	0	171	25	50	6	18	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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