genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11615737--11615784	20	2.3	21	85	3	62	33	6	0	60	1.22
11615752--11615784	11	3.1	11	86	8	50	39	6	0	54	1.25
11620458--11620512	27	2.0	27	100	0	110	21	14	10	52	1.72
11624392--11624427	14	2.6	14	90	0	63	36	25	8	30	1.85
11626611--11626717	41	2.6	42	82	11	123	23	19	27	29	1.98
11626600--11626735	43	3.2	43	78	14	133	24	16	26	32	1.96
11626939--11626977	20	1.9	21	89	5	62	48	0	15	35	1.45
11629000--11629140	25	5.8	24	70	7	95	33	22	26	17	1.96
11631108--11631206	47	2.1	47	90	0	153	27	31	16	25	1.96
11631687--11631742	13	4.5	13	82	13	82	48	14	0	37	1.44
11631664--11631742	36	2.2	36	93	0	131	46	11	1	40	1.48
11631700--11631751	23	2.3	23	100	0	104	48	13	0	38	1.43
11631700--11631764	23	2.8	23	88	4	60	50	12	0	36	1.40
11636109--11636388	139	2.0	139	99	0	551	45	11	8	35	1.70
11636574--11636604	5	6.2	5	92	0	53	22	3	0	74	0.96
11637085--11637160	40	1.9	39	86	5	109	30	11	31	26	1.92
11639115--11639157	22	2.0	22	90	0	68	13	27	23	34	1.93
11644541--11644598	25	2.3	25	90	0	89	51	6	17	24	1.69
11646777--11646802	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
11646858--11647117	41	6.4	41	91	0	423	33	24	22	20	1.97
11646858--11647117	122	2.1	123	92	3	427	33	24	22	20	1.97
11647685--11647739	7	8.0	7	84	9	60	20	0	41	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11647682--11647739	21	2.8	22	79	10	68	20	0	39	39	1.53
11648539--11648610	33	2.2	34	82	9	87	52	2	44	0	1.15
11652904--11652944	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
11653180--11653386	43	4.8	43	84	0	261	25	15	28	29	1.96
11653180--11653386	86	2.4	86	86	0	288	25	15	28	29	1.96
11654227--11654276	16	2.9	17	77	14	57	60	4	2	34	1.27
11660011--11660173	26	6.6	25	67	22	78	61	1	9	26	1.34
11660007--11660155	47	3.2	45	80	13	176	61	1	10	27	1.36
11660243--11660283	20	2.1	20	86	4	57	70	2	7	19	1.22
11660272--11660319	5	9.0	5	78	13	51	52	0	18	29	1.46
11660355--11660439	19	4.1	20	68	20	59	62	1	7	29	1.29
11660432--11660462	5	6.0	5	92	7	53	58	0	19	22	1.40
11660390--11660462	16	4.4	16	79	16	69	57	0	12	30	1.35
11661169--11661294	49	2.5	49	76	5	135	29	22	13	34	1.92
11670164--11670207	21	2.2	20	84	8	54	40	6	18	34	1.77
11674403--11674439	17	2.2	17	100	0	74	59	0	0	40	0.97
11674862--11674892	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
11678431--11678575	50	2.9	49	83	6	177	28	20	25	25	1.99
11679515--11679582	30	2.3	30	89	0	100	23	23	32	20	1.98
11682373--11682427	23	2.4	23	96	0	101	21	20	21	36	1.95
11682374--11682459	23	3.9	23	83	4	97	20	19	22	37	1.95
11685231--11685255	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11688364--11688398	16	2.2	16	89	0	52	65	0	0	34	0.93
11691154--11691183	11	2.6	12	89	10	53	60	0	0	40	0.97
11692299--11692338	16	2.5	15	88	11	62	15	7	0	77	0.98
11693726--11693757	16	2.0	16	100	0	64	31	6	6	56	1.49
11695387--11695434	18	2.5	21	83	12	59	66	2	0	31	1.03
11701612--11701652	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
11703500--11703544	20	2.2	20	92	7	74	64	2	0	33	1.06
11705257--11705305	20	2.4	21	82	3	55	57	2	4	36	1.30
11705269--11705310	21	2.0	20	86	4	57	64	0	0	35	0.94
11709744--11709810	31	2.1	32	83	8	84	43	10	10	35	1.73
11709892--11709942	22	2.4	22	80	12	61	23	5	3	66	1.30
11709894--11709950	20	2.8	20	72	17	53	24	5	3	66	1.28
11717870--11719043	178	6.6	178	87	2	1533	30	18	21	29	1.97
11717868--11719048	355	3.3	356	87	1	1651	30	18	21	29	1.97
11717868--11719043	533	2.2	533	87	2	1686	30	18	21	29	1.97
11725219--11725321	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
11725241--11725326	46	1.9	44	90	4	136	29	24	13	32	1.94
11727395--11727432	16	2.4	16	86	8	51	18	0	26	55	1.43
11727429--11727605	96	1.8	99	82	6	236	46	2	12	38	1.56
11727603--11727632	15	2.0	15	100	0	60	20	0	33	46	1.51
11727713--11728250	125	4.3	126	89	2	821	33	18	21	27	1.96
11727705--11728235	251	2.1	251	90	1	841	33	18	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11731672--11731709	18	2.1	18	95	0	67	42	13	26	18	1.87
11733507--11733556	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
11733507--11733564	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
11733507--11733570	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
11740337--11740361	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
11742948--11743206	78	3.3	77	82	4	297	27	16	13	42	1.87
11752554--11752613	30	2.0	30	93	0	102	55	15	5	25	1.60
11752645--11752693	22	2.2	22	81	0	62	59	8	12	20	1.58
11752653--11752703	22	2.3	22	80	6	59	56	5	17	19	1.61
11762806--11762850	22	2.0	22	91	0	72	24	24	31	20	1.98
11770224--11770258	18	2.0	18	88	5	54	22	22	0	54	1.45
11773189--11773354	43	3.9	43	83	2	174	26	13	25	33	1.94
11776102--11776150	24	2.0	24	92	0	80	32	12	16	38	1.86
11778143--11778193	24	2.1	25	88	3	77	23	0	3	72	1.01
11786727--11786761	18	1.9	18	88	11	54	31	0	5	62	1.18
11789661--11789704	19	2.3	19	100	0	88	63	0	20	15	1.31
11789661--11789710	19	2.6	19	93	0	73	64	4	18	14	1.44
11792811--11792875	5	12.6	5	78	12	60	24	1	1	72	1.02
11794944--11794989	17	2.6	17	78	21	51	32	2	28	36	1.69
11799495--11799524	15	2.0	15	100	0	60	20	6	40	33	1.78
11801235--11801281	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
11803099--11803332	88	2.7	87	82	6	251	24	24	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11803494--11803846	44	8.2	43	71	6	178	27	22	19	30	1.98
11803482--11803643	87	1.9	87	85	2	227	25	22	20	30	1.98
11808641--11808689	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
11810806--11810852	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
11811665--11811735	34	2.1	34	100	0	142	32	19	2	45	1.65
11813331--11813358	5	5.6	5	100	0	56	17	60	0	21	1.36
11822144--11822176	5	6.8	5	93	6	59	57	0	0	42	0.98
11822159--11822235	41	1.9	40	84	7	102	42	3	2	50	1.34
11822753--11822831	39	2.0	39	97	0	149	24	16	15	44	1.86
11824490--11824529	18	2.2	19	86	8	57	15	25	45	15	1.84
11828220--11828275	24	2.3	24	84	6	69	33	8	3	53	1.49
11828317--11828399	32	2.7	31	85	5	105	37	4	0	57	1.20
11833888--11833985	51	1.9	51	85	4	135	31	21	21	25	1.98
11833938--11834777	44	18.6	44	72	10	552	30	18	21	29	1.97
11833939--11834702	89	8.4	89	75	10	620	31	18	21	28	1.97
11833872--11834287	227	1.8	230	86	6	610	32	19	19	27	1.97
11833938--11834787	133	6.3	133	73	10	454	30	18	21	29	1.97
11835389--11835430	22	2.0	22	85	4	59	0	16	4	78	0.91
11836483--11836564	24	3.5	24	75	17	82	30	10	4	53	1.57
11836583--11836662	32	2.7	29	81	11	83	37	5	0	57	1.21
11838966--11839011	18	2.6	18	96	0	83	41	4	28	26	1.74
11841754--11841859	33	3.2	31	81	11	108	40	5	1	51	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11841779--11841833	25	2.2	24	81	12	67	41	5	0	52	1.24
11841869--11841936	30	2.4	28	74	13	66	38	4	2	54	1.36
11848419--11849040	210	2.9	209	87	6	882	50	4	5	38	1.47
11857405--11857560	4	39.0	4	98	0	303	50	24	0	25	1.50
11857843--11857872	15	2.0	15	93	0	51	43	30	6	20	1.77
11864475--11864546	26	2.8	25	85	12	85	62	1	4	31	1.23
11864475--11864518	3	15.0	3	95	4	81	65	0	0	34	0.93
11864715--11864762	11	4.5	11	80	15	57	58	4	2	35	1.29
11864731--11864777	24	2.0	24	83	8	60	55	2	4	38	1.31
11864715--11864786	31	2.4	31	84	9	87	56	4	2	36	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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