genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35066110--35066331	39	5.7	40	82	9	239	26	22	26	25	2.00
35067840--35068058	83	2.7	80	86	6	275	23	23	27	26	2.00
35067836--35068058	40	5.6	40	84	7	283	23	22	26	26	2.00
35075922--35076141	40	5.6	40	88	5	315	23	23	26	25	2.00
35080861--35081010	48	3.1	48	82	0	201	27	23	22	27	1.99
35082766--35082852	42	2.1	42	84	0	111	26	29	18	25	1.98
35082803--35082935	48	2.8	48	77	0	158	27	27	18	26	1.98
35086748--35086785	18	2.1	18	100	0	76	34	21	15	28	1.94
35086749--35086789	10	4.2	10	78	15	50	36	21	17	24	1.94
35086766--35087016	47	5.4	46	76	7	202	34	17	24	23	1.96
35086989--35087191	54	3.8	54	84	4	257	35	17	25	21	1.95
35087003--35087226	108	2.1	109	86	2	308	37	17	24	20	1.94
35087516--35087540	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
35091634--35091689	29	2.0	28	96	3	103	21	17	28	32	1.96
35094682--35094709	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
35097116--35097186	25	2.9	25	78	2	72	26	22	21	29	1.99
35106589--35106773	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
35106589--35106773	40	4.6	41	82	7	222	24	22	27	24	2.00
35106628--35106798	79	2.2	79	79	8	188	28	21	25	25	1.99
35110325--35110502	40	4.5	40	88	6	229	26	28	20	24	1.99
35113882--35114098	93	2.3	94	80	10	239	24	30	18	26	1.98
35113882--35114149	94	2.9	90	78	8	270	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35113935--35114153	46	4.8	44	73	15	151	24	30	18	26	1.98
35115820--35115858	20	1.9	20	84	5	51	38	2	17	41	1.64
35119261--35119327	26	2.6	26	83	6	75	17	26	19	35	1.94
35119367--35119500	24	5.6	25	70	13	77	20	24	20	35	1.96
35121040--35121069	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
35127510--35127685	46	3.8	46	77	12	198	21	19	28	30	1.97
35127507--35127676	93	1.8	93	93	0	295	22	19	28	30	1.98
35131254--35131305	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
35131192--35131421	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
35131202--35131389	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
35131383--35131424	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
35131374--35131415	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
35131550--35131659	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
35131640--35131691	16	3.2	16	94	0	86	36	34	0	28	1.58
35136787--35136819	3	11.0	3	93	0	57	3	0	63	33	1.10
35136777--35136819	9	4.8	9	88	0	50	4	0	58	37	1.19
35146876--35146921	10	4.5	10	83	2	56	47	23	2	26	1.63
35148638--35148789	42	3.6	42	84	1	205	27	16	27	28	1.97
35151385--35151562	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
35151406--35151561	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
35164054--35164194	43	3.3	43	76	4	126	31	26	12	29	1.92
35167456--35167498	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35167973--35168150	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	29	1.95
35167974--35168129	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	29	1.95
35167970--35168150	82	2.2	81	82	2	220	27	14	28	29	1.96
35187709--35187773	20	3.3	19	75	16	60	38	15	21	24	1.92
35187709--35187773	10	6.5	10	71	13	53	38	15	21	24	1.92
35188344--35188377	10	3.3	10	87	4	50	14	11	23	50	1.76
35188334--35188377	20	2.1	21	83	4	54	15	15	22	45	1.85
35188341--35188388	21	2.3	20	85	3	60	12	16	22	47	1.80
35199533--35199571	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
35199564--35199635	36	2.0	36	83	5	92	8	25	2	63	1.36
35199582--35199626	18	2.5	18	81	0	54	8	28	0	62	1.25
35199630--35199726	42	2.3	42	89	1	151	14	22	3	59	1.49
35199637--35199704	21	3.2	21	65	8	57	11	22	4	61	1.47
35199745--35199791	17	2.6	17	78	18	51	4	25	4	65	1.29
35201462--35201508	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
35204551--35204580	7	4.3	7	100	0	60	16	13	16	53	1.73
35205226--35205292	12	5.5	12	83	13	75	79	1	8	10	1.01
35206335--35206376	18	2.3	18	87	0	57	71	4	16	7	1.26
35208929--35208958	7	4.3	7	100	0	60	16	13	16	53	1.73
35210033--35210076	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
35210801--35210825	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
35211768--35211854	30	2.9	30	77	3	95	29	26	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35216790--35216886	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
35219551--35219621	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
35219561--35219610	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
35219671--35219701	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
35221879--35221975	30	3.2	30	73	2	97	29	26	14	28	1.95
35227474--35227537	30	2.1	30	85	5	85	21	18	18	40	1.91
35227482--35227528	20	2.3	20	85	7	60	21	17	17	44	1.86
35230300--35230338	13	2.9	14	84	3	53	71	0	15	12	1.14
35230336--35230398	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
35234018--35234050	12	2.7	12	95	4	57	15	6	0	78	0.93
35247116--35247154	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
35247544--35247569	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
35248098--35248149	26	2.0	26	100	0	104	15	19	26	38	1.91
35248705--35248749	9	5.1	9	91	5	65	82	0	2	15	0.77
35248707--35248749	8	5.0	8	88	11	59	83	0	2	13	0.74
35248707--35248749	17	2.5	17	92	3	68	83	0	2	13	0.74
35249720--35249800	6	13.0	6	70	12	56	72	3	18	4	1.17
35249762--35249799	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
35249702--35249799	12	7.9	12	72	14	56	70	3	21	5	1.21
35249818--35249857	18	2.3	18	82	4	55	65	5	20	10	1.42
35251133--35251171	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
35251561--35251586	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35252974--35252998	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
35260559--35260583	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
35263701--35263734	10	3.3	10	91	4	50	14	0	5	79	0.91
35263701--35263730	10	3.0	10	90	0	51	13	0	6	80	0.91
35263691--35263749	20	2.9	20	76	2	64	8	8	3	79	1.03
35264795--35264819	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
35270242--35270294	13	3.8	15	83	14	69	3	22	1	71	1.12
35270230--35270294	14	4.7	14	76	16	64	3	24	3	69	1.17
35274846--35274893	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
35274840--35274899	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
35275876--35275920	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
35280853--35280926	12	5.8	12	73	18	60	16	6	4	72	1.21
35280842--35280888	24	2.0	24	83	8	60	10	10	6	72	1.28
35280866--35280926	13	4.5	13	75	13	61	16	4	4	73	1.18
35280876--35280916	16	2.8	14	88	7	55	21	7	2	68	1.26
35284356--35284402	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
35286143--35286202	12	4.5	13	76	14	59	15	8	3	73	1.20
35286181--35286213	10	3.0	11	91	8	50	15	3	9	72	1.21
35290086--35290135	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
35290061--35290138	24	3.2	24	79	0	93	12	28	0	58	1.34
35300468--35300564	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
35302744--35302774	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35302835--35302884	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
35302824--35302894	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
35302820--35302880	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
35303810--35303839	12	2.6	11	94	5	51	3	13	0	83	0.77
35303824--35303878	19	2.8	19	77	2	56	7	10	3	78	1.08
35303823--35303879	20	2.9	19	81	5	60	7	10	3	78	1.05
35305581--35305677	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
35306333--35306380	15	3.3	15	73	5	53	31	2	22	43	1.65
35308554--35308602	20	2.4	21	80	10	57	26	36	12	24	1.91
35310074--35310141	12	5.5	12	80	13	75	73	4	5	16	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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