genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13383120--13383191	3	24.7	3	79	10	78	34	30	0	34	1.58
13383123--13383164	11	4.0	11	78	12	52	35	23	0	40	1.55
13383120--13383164	14	2.8	17	74	19	60	35	24	0	40	1.56
13388156--13388201	18	2.5	19	89	10	78	45	4	0	50	1.21
13395021--13395045	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
13395419--13395447	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
13395836--13395891	27	2.1	26	83	9	69	42	5	7	44	1.54
13395836--13395891	25	2.1	28	83	9	73	42	5	7	44	1.54
13397211--13397266	29	1.9	29	96	0	103	37	25	8	28	1.86
13403006--13403049	16	2.8	16	83	10	54	40	2	2	54	1.25
13407019--13407082	3	21.3	3	100	0	128	0	0	32	67	0.91
13407502--13407535	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
13408486--13408526	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
13429254--13429283	15	1.9	16	93	6	53	53	33	3	10	1.51
13429372--13429453	13	6.9	13	76	21	74	36	52	0	10	1.37
13429385--13429429	22	2.0	22	95	0	81	37	55	0	6	1.26
13429370--13429453	35	2.4	35	91	0	141	35	53	0	10	1.36
13429868--13429952	23	3.6	23	69	9	64	30	8	2	58	1.40
13437525--13437563	20	1.9	19	85	10	51	35	17	43	2	1.63
13443144--13443176	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
13443472--13443682	92	2.3	92	90	0	332	18	26	13	41	1.88
13443462--13443684	46	4.8	46	85	1	286	18	25	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13448093--13448172	38	2.1	38	83	4	99	13	25	33	27	1.93
13458968--13458996	5	6.0	5	96	4	51	20	0	0	79	0.74
13470999--13471113	46	2.5	46	83	5	137	33	21	19	26	1.97
13471125--13471500	41	8.7	41	71	11	216	29	18	23	28	1.98
13471123--13471413	46	6.6	45	76	10	246	28	19	23	28	1.98
13470992--13471414	175	2.5	170	91	3	652	29	19	22	27	1.98
13471210--13471500	131	2.2	130	87	5	428	29	18	23	28	1.98
13473588--13473616	5	6.0	5	96	4	51	20	0	0	79	0.74
13479597--13479630	6	5.7	6	100	0	68	35	32	0	32	1.58
13479761--13479793	5	6.6	5	96	0	57	24	54	0	21	1.45
13483687--13483744	23	2.5	24	80	8	66	39	3	8	48	1.51
13484822--13484860	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
13484822--13484886	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
13486704--13486814	31	3.7	29	78	14	91	32	10	14	42	1.80
13495338--13495364	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
13496962--13497006	23	2.0	23	82	8	56	37	4	4	53	1.41
13498336--13498371	12	2.9	12	91	4	54	30	0	16	52	1.44
13522543--13522706	42	3.9	42	82	1	193	29	24	15	29	1.96
13526307--13526358	24	2.2	24	85	0	68	57	5	1	34	1.33
13526577--13526622	24	1.9	24	90	0	74	56	4	4	34	1.39
13526282--13526828	270	2.0	271	90	2	848	42	8	7	42	1.62
13528285--13528317	17	1.9	17	88	11	50	18	15	30	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13530675--13530821	56	2.6	56	91	0	231	34	23	14	28	1.94
13537072--13537135	32	2.0	32	100	0	128	25	28	21	25	1.99
13539712--13539856	51	2.9	50	72	12	129	42	5	4	47	1.48
13545711--13545767	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
13546761--13546834	23	3.3	22	76	12	69	55	2	2	39	1.28
13546821--13546890	22	3.3	20	78	21	72	70	0	4	25	1.06
13546810--13546890	4	19.0	4	80	14	83	67	0	3	28	1.07
13548135--13548187	16	3.3	16	76	10	54	33	5	24	35	1.79
13551473--13551522	24	2.1	24	100	0	100	12	12	22	54	1.69
13553817--13553948	42	3.0	43	76	19	128	40	20	16	21	1.91
13555506--13555539	12	2.9	11	91	8	50	44	0	52	2	1.16
13561793--13561900	26	4.2	26	92	0	180	35	24	8	32	1.85
13568896--13569003	26	4.2	26	96	0	198	36	25	7	31	1.83
13569550--13569645	40	2.5	40	82	3	124	34	35	12	17	1.88
13579111--13579218	26	4.2	26	95	0	189	33	7	23	36	1.83
13586101--13586362	41	6.4	41	87	1	332	35	22	21	21	1.96
13586101--13586362	123	2.1	122	88	3	375	35	22	21	21	1.96
13586888--13586943	21	2.7	21	77	5	60	19	0	39	41	1.52
13586931--13586989	7	8.4	7	88	0	73	22	0	45	32	1.52
13590393--13590427	18	2.0	17	94	5	61	51	0	0	48	1.00
13590530--13590696	47	3.6	46	71	12	146	47	4	2	45	1.35
13590589--13590660	28	2.6	28	84	8	85	51	4	0	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13590828--13590872	22	2.0	22	100	0	90	42	13	0	44	1.43
13595256--13595296	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
13595551--13595686	43	3.2	43	93	0	227	25	18	28	27	1.98
13595986--13596093	26	4.2	26	89	0	162	33	4	22	39	1.74
13597426--13597472	19	2.5	19	100	0	94	36	12	31	19	1.89
13599249--13599329	33	2.4	33	77	8	83	40	37	8	13	1.75
13602459--13602509	20	2.6	20	84	3	68	33	9	11	45	1.74
13602479--13602526	20	2.5	20	83	12	57	41	14	10	33	1.80
13604981--13605137	43	3.7	42	77	7	156	24	17	26	31	1.97
13609176--13609495	84	3.8	84	86	0	453	42	20	15	21	1.89
13609093--13609495	126	3.2	124	81	5	418	41	20	16	21	1.90
13609093--13609491	42	9.5	42	81	4	378	41	20	15	21	1.89
13609552--13609585	16	2.0	18	88	11	54	32	14	0	52	1.42
13610260--13610428	84	2.0	83	90	7	270	46	12	13	27	1.79
13615299--13615352	3	17.0	3	85	11	56	62	5	0	31	1.18
13615427--13615504	3	25.3	3	73	19	56	64	1	3	30	1.20
13615427--13615504	12	6.3	12	78	17	72	64	1	3	30	1.20
13615432--13615516	9	9.1	10	75	14	76	67	1	3	28	1.15
13616424--13616729	68	4.5	68	88	3	431	26	22	24	26	2.00
13616847--13617790	87	10.9	87	87	2	1265	21	22	20	35	1.96
13617783--13618837	132	8.0	132	92	0	1723	27	23	17	32	1.97
13617935--13618949	88	11.5	88	74	9	687	26	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13618937--13619168	88	2.6	88	95	0	403	26	28	18	27	1.98
13618968--13619103	41	3.2	41	65	22	107	30	26	17	25	1.97
13619009--13619150	47	3.1	47	64	22	122	27	28	18	26	1.98
13621041--13621120	9	8.7	9	78	16	60	2	5	8	83	0.87
13625647--13625890	130	1.9	130	80	11	293	59	5	4	30	1.41
13625956--13626023	3	22.0	3	84	14	77	63	4	0	32	1.14
13626098--13626186	3	29.3	3	72	18	62	66	1	3	29	1.15
13626094--13626186	33	2.9	30	73	21	82	65	1	3	30	1.15
13626103--13626162	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
13626098--13626187	30	3.0	30	71	18	80	66	1	3	28	1.14
13627091--13627143	24	2.2	24	83	12	65	13	3	22	60	1.49
13630318--13630412	37	2.6	38	76	8	97	32	16	16	33	1.92
13634300--13634362	29	2.2	29	91	0	99	46	0	34	19	1.50
13634572--13634617	18	2.6	18	80	13	58	26	6	17	50	1.70
13635862--13635987	42	3.0	40	75	15	119	38	23	15	22	1.92
13637007--13637048	14	3.0	13	86	13	57	35	0	0	64	0.94
13637007--13637056	15	3.4	14	86	13	66	36	2	0	62	1.07
13643699--13643737	20	2.0	20	85	10	53	56	7	2	33	1.41
13643686--13643776	21	4.2	20	72	17	67	58	5	3	32	1.37
13644184--13644231	21	2.2	22	85	3	62	72	2	2	22	1.05
13644998--13645044	13	3.8	13	77	8	53	17	2	4	76	1.04
13645509--13645610	35	2.9	35	91	2	152	13	0	41	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13651228--13651260	13	2.3	15	85	15	52	3	18	0	78	0.87
13657915--13657975	27	2.1	29	82	14	74	59	3	4	32	1.35
13657912--13657976	29	2.3	26	80	17	69	55	3	4	36	1.36
13658112--13658152	21	1.9	22	90	5	66	34	7	29	29	1.84
13663363--13663456	49	1.9	49	86	0	134	26	21	7	44	1.78
13664894--13664948	27	2.1	26	89	3	83	21	23	0	54	1.45
13664903--13664958	19	2.9	19	87	10	71	21	23	0	55	1.44
13664901--13664958	25	2.2	27	93	6	102	20	24	0	55	1.44
13664933--13665017	43	2.0	43	92	0	143	21	24	2	51	1.59
13666910--13666941	15	2.1	15	94	0	55	37	9	0	53	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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