genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70286640--70286808	33	5.2	33	80	8	175	19	14	32	33	1.92
70288895--70288938	22	2.0	21	87	12	63	25	18	25	31	1.97
70289842--70290296	105	4.3	103	76	6	353	28	26	14	30	1.95
70289853--70290296	210	2.1	210	81	4	511	28	26	13	31	1.94
70289884--70290380	210	2.4	210	78	7	490	29	26	13	30	1.94
70290626--70291310	342	2.0	342	92	0	1147	36	23	14	25	1.92
70294263--70294291	12	2.3	13	94	5	51	37	0	3	58	1.15
70296933--70296988	29	1.9	29	96	0	103	23	19	17	39	1.92
70297345--70297389	21	2.1	22	87	4	65	22	6	20	51	1.70
70302034--70302089	28	2.0	28	96	0	103	16	17	30	35	1.92
70310856--70311192	33	10.4	33	90	3	454	17	35	14	33	1.90
70310979--70311030	15	3.3	15	70	15	50	23	38	3	34	1.73
70311984--70312607	33	19.2	33	74	7	310	19	18	32	29	1.95
70312275--70312598	66	4.9	66	89	3	456	18	21	32	27	1.97
70318772--70318809	2	19.0	2	88	0	58	50	2	44	2	1.30
70318974--70319007	17	1.9	17	88	5	50	11	8	0	79	0.94
70331882--70331963	26	3.2	26	98	1	157	46	7	7	39	1.60
70337378--70337440	31	2.0	31	90	0	99	26	4	6	61	1.40
70338094--70338125	15	2.0	17	88	11	50	46	3	0	50	1.17
70341860--70341900	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
70342126--70342158	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
70348323--70348397	18	4.2	18	85	0	96	34	13	22	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70353966--70354142	55	3.2	55	87	0	228	30	28	13	27	1.94
70353966--70354117	27	5.6	27	90	3	214	29	28	13	28	1.95
70358865--70359132	40	6.7	40	94	0	455	22	26	20	31	1.98
70363415--70363677	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
70363454--70363712	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
70371361--70371623	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
70371400--70371658	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
70376925--70377101	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
70376925--70377076	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
70379178--70379277	51	2.0	51	85	0	137	23	18	28	31	1.97
70382861--70382903	15	2.8	15	82	3	50	13	11	18	55	1.68
70385643--70385841	47	4.1	47	78	11	170	24	15	28	32	1.95
70385656--70385806	54	3.0	51	82	11	193	24	15	27	33	1.95
70388625--70388723	43	2.3	42	85	1	135	19	15	32	33	1.92
70388701--70388784	43	2.0	43	95	0	150	20	17	29	32	1.96
70388745--70388844	51	2.0	51	84	4	130	23	15	28	34	1.94
70391233--70391265	15	2.1	16	88	5	50	57	3	6	33	1.38
70393559--70393606	20	2.4	20	92	0	87	16	31	33	18	1.94
70400288--70400317	14	2.1	14	100	0	60	56	13	0	30	1.37
70404103--70404186	42	2.0	42	88	0	123	26	17	9	46	1.79
70411476--70411515	21	2.0	20	86	13	57	52	2	25	20	1.59
70413704--70413754	24	2.1	24	96	0	93	41	0	15	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70415480--70415561	41	2.0	41	100	0	164	46	12	14	26	1.80
70415881--70415939	31	1.9	31	89	0	91	25	23	15	35	1.94
70420418--70420447	12	2.6	12	94	5	53	26	0	6	66	1.16
70421222--70421295	29	2.4	30	76	15	80	31	20	8	40	1.81
70429207--70429433	40	5.7	40	96	0	409	30	20	27	20	1.98
70449065--70449291	40	5.7	40	96	0	409	30	20	27	20	1.98
70457667--70457893	40	5.7	40	96	0	409	29	20	28	21	1.98
70461830--70461859	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
70467919--70467966	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70468003--70468073	20	3.5	20	90	0	106	35	11	22	30	1.89
70468003--70468083	40	2.0	40	83	4	101	37	12	20	29	1.90
70468119--70468259	25	5.9	24	91	2	205	27	21	21	29	1.99
70475746--70475793	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70475830--70475899	20	3.5	20	86	3	97	35	11	22	30	1.90
70475945--70476019	23	3.1	24	90	3	116	32	21	20	26	1.97
70475945--70476025	24	3.4	23	88	6	117	30	20	22	25	1.98
70498625--70498712	27	3.1	28	78	4	70	22	26	19	31	1.98
70506435--70506523	27	3.2	27	82	10	110	20	23	23	32	1.98
70508971--70509024	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
70509250--70509308	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
70509504--70509571	25	2.7	25	79	6	75	19	0	23	57	1.41
70528515--70528572	27	2.1	27	100	0	116	27	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70529077--70529256	93	1.9	92	97	1	342	26	8	21	43	1.81
70529657--70529708	24	2.2	24	82	6	61	28	28	23	19	1.98
70533081--70533195	43	2.7	43	84	6	146	15	22	18	43	1.87
70533130--70533191	21	3.0	21	75	0	79	16	27	17	38	1.91
70533079--70533208	42	3.1	43	81	8	133	14	22	18	44	1.86
70544470--70544544	33	2.3	33	80	15	77	21	22	18	37	1.94
70548576--70548666	45	2.0	44	91	2	146	24	18	16	40	1.90
70551269--70551416	43	3.4	43	78	0	125	29	25	18	27	1.98
70557479--70557654	46	3.8	46	76	12	180	20	20	28	30	1.98
70557476--70557647	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	29	1.98
70572195--70572248	19	2.8	19	78	10	56	33	7	22	37	1.82
70574884--70574953	26	2.7	26	84	0	86	25	22	21	30	1.99
70582495--70582618	23	5.3	23	75	10	110	23	24	19	33	1.97
70584603--70584652	22	2.3	21	79	3	55	12	30	38	20	1.88
70593993--70594251	47	5.3	49	81	6	249	27	13	27	32	1.93
70594206--70594306	42	2.4	41	83	3	130	28	12	28	29	1.93
70594381--70594414	15	2.3	15	100	0	68	35	5	23	35	1.79
70595017--70595068	26	2.1	26	83	16	67	48	0	21	30	1.51
70598959--70598997	14	2.7	15	84	11	55	25	15	28	30	1.96
70615241--70615364	43	2.9	42	76	8	133	29	25	16	28	1.96
70618583--70618612	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
70624134--70624266	62	2.2	57	84	6	167	41	3	3	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70624210--70624271	12	5.1	12	72	27	51	48	1	1	48	1.21
70627191--70627215	12	2.1	12	100	0	50	24	24	0	52	1.48
70627499--70627579	23	3.6	23	77	3	92	17	1	39	41	1.57
70629587--70629624	20	1.9	20	88	0	58	34	21	15	28	1.94
70632700--70632740	19	2.2	19	100	0	82	34	17	0	48	1.47
70644117--70644141	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
70655854--70655878	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
70658948--70659013	10	6.4	9	74	20	51	71	3	3	22	1.14
70663661--70663698	20	1.9	20	88	0	58	52	23	13	10	1.71
70663972--70664011	21	2.0	20	90	5	62	70	10	2	17	1.27
70666479--70666554	22	3.6	23	75	24	94	40	18	7	32	1.79
70666469--70666531	19	3.2	18	73	26	65	39	20	6	33	1.78
70666468--70666555	41	2.1	41	100	0	176	38	20	6	34	1.79
70670511--70670683	46	3.7	46	74	13	165	21	20	27	30	1.98
70670508--70670678	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
70673579--70673753	40	4.4	40	82	7	187	23	21	26	28	1.99
70673579--70673753	80	2.2	80	84	10	216	23	21	26	28	1.99
70685202--70685385	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
70685202--70685382	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
70693155--70693338	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
70693155--70693335	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
70708024--70708119	47	2.0	47	97	0	183	26	18	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70712089--70712273	40	4.7	39	81	10	198	24	28	22	24	1.99
70712089--70712273	79	2.3	81	81	9	220	24	28	22	24	1.99
70720743--70720918	46	3.8	45	78	11	187	20	19	30	29	1.97
70720739--70720911	93	1.9	93	92	2	294	20	20	30	28	1.98
70726998--70727075	39	2.0	39	89	0	120	33	17	7	41	1.79
70735372--70735406	15	2.3	15	90	0	52	31	11	2	54	1.51
70735550--70735610	24	2.5	24	86	0	86	16	42	3	37	1.64
70737793--70737840	9	5.3	9	78	9	53	43	0	31	25	1.55
70739799--70739857	18	3.3	18	80	4	57	37	15	11	35	1.84
70739847--70739881	18	1.9	18	88	0	52	22	17	14	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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