genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29290851--29290912	30	2.1	30	84	0	79	32	16	16	35	1.91
29292167--29292208	14	2.9	14	82	3	57	21	0	19	59	1.38
29298380--29298595	47	4.7	47	77	14	204	25	26	17	31	1.97
29298387--29298556	88	1.9	88	93	2	297	25	28	15	31	1.96
29300237--29300271	18	1.9	18	88	0	52	28	14	17	40	1.88
29300268--29300323	24	2.3	24	84	0	76	39	1	14	44	1.55
29301258--29301314	28	2.0	28	86	0	78	22	24	21	31	1.98
29302782--29302823	22	1.9	22	85	9	59	30	38	0	30	1.58
29308199--29308421	79	2.8	79	80	9	249	25	26	21	26	1.99
29308199--29308419	39	5.6	40	83	8	226	25	27	21	26	1.99
29316159--29316250	40	2.3	40	88	5	134	27	26	21	25	2.00
29316263--29316401	39	3.6	38	83	12	162	22	28	22	26	1.99
29321315--29321462	27	5.5	28	87	7	200	33	27	12	27	1.93
29339831--29339961	6	21.3	6	72	16	90	48	12	19	20	1.80
29339852--29339961	31	3.4	31	76	14	112	47	11	20	20	1.81
29339840--29339939	37	2.7	37	88	0	137	47	11	21	21	1.81
29339840--29339961	37	3.5	37	76	13	130	48	11	19	20	1.80
29340107--29340248	67	2.1	69	86	5	198	31	22	26	19	1.97
29340465--29340956	27	18.2	27	80	9	434	42	7	20	29	1.79
29340465--29340956	54	9.1	55	83	4	538	42	7	20	29	1.79
29340465--29340956	81	6.1	81	84	4	609	42	7	20	29	1.79
29340941--29341024	27	3.2	25	76	18	73	26	9	21	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29340933--29341102	54	3.2	52	75	9	155	28	10	21	40	1.85
29340977--29341102	27	4.7	27	75	8	114	28	9	23	38	1.86
29343136--29343192	30	1.9	30	92	0	96	35	17	21	26	1.95
29350501--29350653	42	3.7	41	78	6	148	33	14	21	30	1.93
29351635--29351664	13	2.3	13	94	0	51	3	26	43	26	1.70
29358605--29358780	27	6.5	27	81	9	157	27	15	26	30	1.96
29358604--29358780	54	3.3	55	80	8	193	28	15	26	29	1.96
29358601--29358782	82	2.2	81	80	6	208	28	15	26	29	1.96
29366211--29366387	27	6.6	27	82	4	187	27	15	27	29	1.96
29366208--29366389	82	2.2	81	79	4	206	27	15	27	29	1.96
29377116--29377240	51	2.5	51	82	5	146	28	28	16	27	1.97
29386229--29386338	57	1.9	58	81	9	136	27	20	20	31	1.97
29399580--29399644	22	3.0	21	73	13	60	32	23	24	20	1.98
29400125--29400556	27	16.0	27	81	3	296	31	8	18	41	1.80
29400432--29400556	53	2.3	54	83	1	162	32	4	19	44	1.71
29400653--29400687	17	2.0	17	88	5	52	11	34	28	25	1.91
29403459--29403608	41	3.7	41	80	1	194	21	22	27	29	1.99
29409705--29409783	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
29409902--29410236	47	7.1	47	93	0	526	28	30	9	31	1.88
29413651--29413833	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
29414141--29414219	29	2.7	29	84	5	97	27	34	13	24	1.93
29414201--29414303	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29416154--29416232	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
29416351--29416687	47	7.1	47	90	2	521	28	30	9	31	1.89
29416351--29416687	96	3.5	94	91	2	521	28	30	9	31	1.89
29425846--29425971	47	2.7	44	83	11	155	28	18	29	23	1.98
29425846--29426119	46	5.8	48	75	11	137	28	20	28	22	1.99
29428033--29428255	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
29428187--29428264	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
29451968--29452139	46	3.7	46	77	13	199	22	19	28	30	1.98
29451963--29452131	93	1.8	93	94	0	302	22	20	27	29	1.98
29456170--29456244	27	2.8	27	79	0	96	29	13	18	38	1.89
29456223--29456614	27	14.7	27	77	5	334	30	10	20	38	1.87
29456198--29456611	133	3.1	132	83	2	479	30	10	20	37	1.87
29463296--29463363	34	2.0	34	97	0	127	38	7	23	30	1.82
29475293--29475716	47	8.9	47	94	1	722	32	8	30	29	1.86
29475835--29475913	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
29481651--29481828	43	4.2	43	81	5	157	32	28	14	24	1.95
29485918--29486094	40	4.4	40	82	4	216	23	22	28	26	1.99
29486322--29486363	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
29492381--29492443	31	2.0	31	96	0	117	30	26	22	20	1.98
29504180--29504219	21	1.9	21	100	0	80	45	5	20	30	1.72
29508621--29508665	18	2.5	19	92	7	76	13	28	35	22	1.92
29516359--29517246	50	17.9	50	89	5	1338	36	6	25	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29516352--29517249	48	18.1	48	89	5	1267	36	6	25	31	1.81
29516352--29517249	98	9.1	98	90	4	1342	36	6	25	31	1.81
29517398--29517506	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
29519860--29519929	26	2.7	25	80	8	77	40	7	20	32	1.79
29520767--29520820	27	2.0	27	100	0	108	48	7	7	37	1.59
29524687--29524722	17	2.1	17	94	0	63	41	11	0	47	1.39
29529002--29529296	47	6.2	47	88	2	410	31	8	30	29	1.87
29529005--29529281	96	2.9	96	92	1	441	31	8	31	28	1.87
29532159--29532334	50	3.5	49	85	3	190	28	27	18	25	1.98
29532159--29532342	101	1.8	99	85	2	260	28	28	18	25	1.98
29535823--29535995	93	1.9	93	92	0	292	27	30	21	20	1.98
29535816--29535991	46	3.8	46	78	10	196	28	30	21	19	1.98
29537349--29537471	43	2.9	43	80	3	124	20	19	30	29	1.97
29545559--29545676	43	2.8	43	82	6	159	27	27	16	28	1.97
29546512--29546549	12	3.1	12	96	3	67	15	7	15	60	1.57
29548031--29548254	68	3.3	66	86	8	254	34	16	28	21	1.94
29556400--29556588	40	4.7	40	90	3	283	25	26	22	24	2.00
29565305--29565350	13	3.5	13	72	21	51	41	10	8	39	1.71
29565301--29565352	26	2.0	26	100	0	104	38	11	11	38	1.78
29566380--29566473	42	2.2	42	84	0	116	34	13	21	30	1.92
29569930--29570172	39	6.0	39	83	9	297	23	23	28	24	2.00
29569966--29570060	49	1.9	49	89	4	147	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29575779--29576021	39	6.0	39	81	9	279	24	24	26	24	2.00
29575815--29575909	49	1.9	49	91	0	154	28	20	26	25	1.99
29575779--29575948	88	1.9	88	90	2	270	27	23	25	23	2.00
29578418--29578470	27	2.0	27	88	7	81	30	26	26	16	1.97
29578641--29578843	95	2.1	95	87	0	289	36	22	21	19	1.95
29578994--29579046	27	2.0	27	85	7	72	32	13	16	37	1.88
29581788--29581845	17	3.5	17	81	9	84	65	12	8	13	1.47
29581804--29581851	15	3.1	15	77	11	60	58	12	10	18	1.62
29581788--29581851	32	2.0	32	100	0	128	62	12	9	15	1.54
29581892--29581969	28	2.8	28	84	5	88	47	3	3	44	1.39
29588430--29588601	38	4.5	38	85	2	202	20	19	26	33	1.96
29588412--29588589	76	2.3	77	83	5	216	23	20	25	30	1.98
29594713--29594798	43	2.0	43	84	8	113	24	17	29	29	1.97
29595405--29595433	14	2.1	14	100	0	58	31	0	27	41	1.56
29596865--29597049	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
29596866--29597049	79	2.3	81	82	7	225	24	22	27	25	2.00
29596866--29597072	79	2.6	79	80	8	190	25	21	27	25	1.99
29604752--29604936	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
29604753--29604936	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
29604753--29604969	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
29623093--29623212	47	2.6	45	80	11	127	30	18	28	23	1.98
29624593--29624631	21	1.9	21	89	5	62	15	35	28	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29626614--29626715	43	2.4	43	85	3	134	29	16	22	31	1.96
29627105--29627274	75	2.3	75	88	2	252	23	32	20	23	1.97
29628954--29629052	49	2.0	49	94	3	173	34	36	11	18	1.86
29634456--29634635	35	5.1	35	77	3	130	41	17	11	30	1.84
29634480--29634635	35	4.5	35	77	1	143	43	16	9	30	1.80
29649930--29649993	28	2.3	28	94	0	110	21	15	34	28	1.94
29650317--29650755	27	16.4	27	81	5	410	39	20	9	30	1.84
29651257--29651324	27	2.6	27	95	2	120	25	23	30	20	1.98
29652636--29652815	35	5.1	35	78	2	164	41	18	11	29	1.85
29669387--29669504	27	4.5	26	86	7	166	39	17	9	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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